<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CU442703.8	1	GAATTCTTTGTCAAAGATTGTGTCCATAAGGGTGTTGTTTTATTTCTGAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	2000	GAATTCTTTGTCAAAGATTGTGTCCATAAGGGTGTTGTTTTATTTCTGAG	1951

  CU442703.8	51	TGTTCAATTCTATTCTCTTGATCTATTTGTCTGTCTCTGTACCAATACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1950	TGTTCAATTCTATTCTCTTGATCTATTTGTCTGTCTCTGTACCAATACCA	1901

  CU442703.8	101	TGCTATTTGTATTACTATTGCTCTGTATTATAGCTTGAGGTCAGAAATGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1900	TGCTATTTGTATTACTATTGCTCTGTATTATAGCTTGAGGTCAGAAATGG	1851

  CU442703.8	151	TGATTCCCCAAGAAGTTCTTTTATTTTTAGAAATTGTTTTTGCTATACTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1850	TGATTCCCCAAGAAGTTCTTTTATTTTTAGAAATTGTTTTTGCTATACTG	1801

  CU442703.8	201	GGTTTTTTGCATTCCCATAAAAAAATTGAAAATTTCTCTTTCAATATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1800	GGTTTTTTGCATTCCCATAAAAAAATTGAAAATTTCTCTTTCAATATTTT	1751

  CU442703.8	251	AAAATTTTTCTGTTGGAATATTGATGGAATTGCAGTGAATCTATAGATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1750	AAAATTTTTCTGTTGGAATATTGATGGAATTGCAGTGAATCTATAGATTG	1701

  CU442703.8	301	CTTTTTGTAGAATTGCTATTTTTACTATGTTAATCCTACCAATCCATGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1700	CTTTTTGTAGAATTGCTATTTTTACTATGTTAATCCTACCAATCCATGAG	1651

  CU442703.8	351	GATGGGAGGTTTCTCCATTTTCTGAGGTCTTCTTTGAATTATTTCTTGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1650	GATGGGAGGTTTCTCCATTTTCTGAGGTCTTCTTTGAATTATTTCTTGAA	1601

  CU442703.8	401	CAAGAAACCTGAGGGCAGAGGAAGTGAGCAAATTGGTTCGGAGAGGTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1600	CAAGAAACCTGAGGGCAGAGGAAGTGAGCAAATTGGTTCGGAGAGGTGAT	1551

  CU442703.8	451	GAGGTGGGGCAGGAGAAAAGGTGAAAAATTTCAGGTATTGGGGAAGAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1550	GAGGTGGGGCAGGAGAAAAGGTGAAAAATTTCAGGTATTGGGGAAGAGAA	1501

  CU442703.8	501	GCAGGAATGAAGCCTCGAGGGCCAGCCAAATGAACAGAAATATACAACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1500	GCAGGAATGAAGCCTCGAGGGCCAGCCAAATGAACAGAAATATACAACTT	1451

  CU442703.8	551	TGGAATGTGGGGATGTGTGAACCCTTTAGAATGTACCAGAGACCTGGGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1450	TGGAATGTGGGGATGTGTGAACCCTTTAGAATGTACCAGAGACCTGGGAA	1401

  CU442703.8	601	GTGAGAGAATCTCAAGGTTAATGGGAAGGACTTTAGATGGAATAACCAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1400	GTGAGAGAATCTCAAGGTTAATGGGAAGGACTTTAGATGGAATAACCAAC	1351

  CU442703.8	651	AGTGGGGAGAGAGAACTTGTGGACTCCACCTTTCAGTAGAAAGTCTGGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1350	AGTGGGGAGAGAGAACTTGTGGACTCCACCTTTCAGTAGAAAGTCTGGGT	1301

  CU442703.8	701	ATCAAGTGAAGGGACTGGATTTCTGTTGCACAGCAAAAATTCTGACTCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1300	ATCAAGTGAAGGGACTGGATTTCTGTTGCACAGCAAAAATTCTGACTCAA	1251

  CU442703.8	751	AATAATTCCCGACTAAAAGAACTGCAGGGACAAAAATGGAGACTGAATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1250	AATAATTCCCGACTAAAAGAACTGCAGGGACAAAAATGGAGACTGAATAA	1201

  CU442703.8	801	AAGGAGGTTCAGTGACTGGCACTAGTTGGAACCCATCTCAAGAGGAGACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1200	AAGGAGGTTCAGTGACTGGCACTAGTTGGAACCCATCTCAAGAGGAGACT	1151

  CU442703.8	851	ACAGTGCCTGACACTCCTACTGATACTGTGATGTACTTACAGATAGGAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1150	ACAGTGCCTGACACTCCTACTGATACTGTGATGTACTTACAGATAGGAGC	1101

  CU442703.8	901	CTAGCAGAGCAGCTCTCTGATAGGCCTATAAGAAGCTGACTGAGACAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1100	CTAGCAGAGCAGCTCTCTGATAGGCCTATAAGAAGCTGACTGAGACAGAA	1051

  CU442703.8	951	GCAAATGCTTACCTCTACTGAATGATCTGAAGTTGTGGACCCCTGTAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1050	GCAAATGCTTACCTCTACTGAATGATCTGAAGTTGTGGACCCCTGTAACT	1001

  CU442703.8	1001	GAATTAGGGAAAGCCTGGGAGAAGTTAAGTAGGGGCATAATCCCTTAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	1000	GAATTAGGGAAAGCCTGGGAGAAGTTAAGTAGGGGCATAATCCCTTAAGA	951

  CU442703.8	1051	AAACAAGAAGTTGCAACAAACCTGGACCGCATGAGAACTCATAGACAGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	950	AAACAAGAAGTTGCAACAAACCTGGACCGCATGAGAACTCATAGACAGTC	901

  CU442703.8	1101	ATCCACCAACCAGTCAGCATACAGTAGTTGATATGAGGCTCCTAACACAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	900	ATCCACCAACCAGTCAGCATACAGTAGTTGATATGAGGCTCCTAACACAT	851

  CU442703.8	1151	ATAGAGTAGAGGACTGCTTTGTGTGGCCTCAGTAAGAGAAGAGGCACCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	850	ATAGAGTAGAGGACTGCTTTGTGTGGCCTCAGTAAGAGAAGAGGCACCTA	801

  CU442703.8	1201	ACCCTTGAGAGATTTGAGGCCCCATAGAATCAGGAGGCTTTATGGGGTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	800	ACCCTTGAGAGATTTGAGGCCCCATAGAATCAGGAGGCTTTATGGGGTGT	751

  CU442703.8	1251	GGGAGTGTGTGGGGTGTGGTTCTGGGGACAACTTCTTGAAAACAGTAGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	750	GGGAGTGTGTGGGGTGTGGTTCTGGGGACAACTTCTTGAAAACAGTAGTG	701

  CU442703.8	1301	GAGGAATGAGATGAATACTGTCAGAGAATGGACTTGGAGTGGGTTAACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	700	GAGGAATGAGATGAATACTGTCAGAGAATGGACTTGGAGTGGGTTAACAG	651

  CU442703.8	1351	TTTGATTGTAATAAAAAACTAAGTATAATAAAAATAAATTAATAACATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	650	TTTGATTGTAATAAAAAACTAAGTATAATAAAAATAAATTAATAACATTT	601

  CU442703.8	1401	TAAAAAGATATAATAGGCAACTCAGAATATAATAACTATGAACACTACTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	600	TAAAAAGATATAATAGGCAACTCAGAATATAATAACTATGAACACTACTT	551

  CU442703.8	1451	TAAGATAAATACAGAATTATTTGGGGGGGAAGTCAGTATTTAGTTATTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	550	TAAGATAAATACAGAATTATTTGGGGGGGAAGTCAGTATTTAGTTATTCT	501

  CU442703.8	1501	AAAACAATCAATAAGCCAGAGGAATGAAAGTGTGTGCTAAGAAAGCAGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	500	AAAACAATCAATAAGCCAGAGGAATGAAAGTGTGTGCTAAGAAAGCAGCA	451

  CU442703.8	1551	GGGCAGATTCTGAGCATTAAAGGATCAAATGGAGATGAAAAATGAAAGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	450	GGGCAGATTCTGAGCATTAAAGGATCAAATGGAGATGAAAAATGAAAGAC	401

  CU442703.8	1601	AAGGGACAGGAAATAATAGAAGATGAGTTAACAAAAACAACAGGTCTCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	400	AAGGGACAGGAAATAATAGAAGATGAGTTAACAAAAACAACAGGTCTCAA	351

  CU442703.8	1651	AATGCCTTATGCAGAATCACTAGTTAGAAGGTTATAGTTGACAACACAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	350	AATGCCTTATGCAGAATCACTAGTTAGAAGGTTATAGTTGACAACACAAA	301

  CU442703.8	1701	ACAGATTCCTTATGTCTTTGGTAGATTGTGTGATTTACTTCTTTGGTGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	300	ACAGATTCCTTATGTCTTTGGTAGATTGTGTGATTTACTTCTTTGGTGTG	251

  CU442703.8	1751	GTTTGCTCTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATGTTTGGTTACTTGATTGATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	250	GTTTGCTCTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATGTTTGGTTACTTGATTGATT	201

  CU442703.8	1801	TTCACATTTCTTTTGTTTTGGTACTCACCGATAAGTGATTATTAGGCAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	200	TTCACATTTCTTTTGTTTTGGTACTCACCGATAAGTGATTATTAGGCAAA	151

  CU442703.8	1851	AAAGTACAGAATACTCATGATACAACTTAAAAGCCACATGCATCTCAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	150	AAAGTACAGAATACTCATGATACAACTTAAAAGCCACATGCATCTCAAGA	101

  CU442703.8	1901	CAAGGAAGACCCAAGTGTGGGTGTTTTAGTCATTCTTAGAAGAAGTAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	100	CAAGGAAGACCCAAGTGTGGGTGTTTTAGTCATTCTTAGAAGAAGTAACA	51

  CU442703.8	1951	ATATATTCATAAGAACAAATAAAGGAGACAATGTGTGTAGCAGTAATGGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU467659.6	50	ATATATTCATAAGAACAAATAAAGGAGACAATGTGTGTAGCAGTAATGGA	1

Overview

Query
CU442703.8 - 161728 bps
Hit
CU467659.6 - 83524 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link