<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU467816.3	1	GAATTCATATTATATAAAAAGGAATAAATAGCCTGAGCACAGTGGCTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84372	GAATTCATATTATATAAAAAGGAATAAATAGCCTGAGCACAGTGGCTCAC	84421

CU467816.3	51	ACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGCAGGTGGATCATTTGAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84422	ACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGCAGGTGGATCATTTGAGG	84471

CU467816.3	101	TCAGGAGTTCTGGCCAATATGGCAAAACTTCATCTCTACAAAAAAAAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84472	TCAGGAGTTCTGGCCAATATGGCAAAACTTCATCTCTACAAAAAAAAAAT	84521

CU467816.3	151	ACAAAAAAAAAAATTGGCTGGGTATGGTGGCGCATGCCTGTAGTCCCAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84522	ACAAAAAAAAAAATTGGCTGGGTATGGTGGCGCATGCCTGTAGTCCCAGC	84571

CU467816.3	201	TACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAATTGCTGAAACCTGGAAGGCAGAGGTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84572	TACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAATTGCTGAAACCTGGAAGGCAGAGGTTG	84621

CU467816.3	251	CAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGAGACGGCAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84622	CAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGAGACGGCAAG	84671

CU467816.3	301	ATATTCTGTCAAAAATAAATAAATAAAAAACAGAAGAAGAAATACAAGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84672	ATATTCTGTCAAAAATAAATAAATAAAAAACAGAAGAAGAAATACAAGAA	84721

CU467816.3	351	TGACAGCAAACTTTGTATTCAAAACTATGAAAGTAAGAAACAGGTGGACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84722	TGACAGCAAACTTTGTATTCAAAACTATGAAAGTAAGAAACAGGTGGACC	84771

CU467816.3	401	AACATTTTTAAAGTGCTACAAGAAAATATTTCAAACTAGAATCTTTCAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84772	AACATTTTTAAAGTGCTACAAGAAAATATTTCAAACTAGAATCTTTCAAC	84821

CU467816.3	451	CTGAAAAGGAAAACATTTTCCTGCAATAAAGGTGCCATTAAAAATGTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84822	CTGAAAAGGAAAACATTTTCCTGCAATAAAGGTGCCATTAAAAATGTCTC	84871

CU467816.3	501	ACAATTTATTACATGAAGCATTGTTCTACAATAAATGTTAAGCTCTTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84872	ACAATTTATTACATGAAGCATTGTTCTACAATAAATGTTAAGCTCTTGAA	84921

CU467816.3	551	GCAAAGATTAATGATACCATTTAGTAACTTGAAATTCAAAAAAGTGGAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84922	GCAAAGATTAATGATACCATTTAGTAACTTGAAATTCAAAAAAGTGGAAG	84971

CU467816.3	601	TATCCCAAGAGGCAAATACGTGTGCAATTATTAAATGTTTCATATCAACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	84972	TATCCCAAGAGGCAAATACGTGTGCAATTATTAAATGTTTCATATCAACA	85021

CU467816.3	651	CCCAACCTTATGCTGTCTACATAAGCTGCACTTCAAATACTAATCCACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85022	CCCAACCTTATGCTGTCTACATAAGCTGCACTTCAAATACTAATCCACAA	85071

CU467816.3	701	GATGTAAATATTGAAAGAATGACATTACCTTGTCATGATAATGCCCAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85072	GATGTAAATATTGAAAGAATGACATTACCTTGTCATGATAATGCCCAGTG	85121

CU467816.3	751	CAAAATATGCTTCTAGTCAGTTGTATACATAGAATAGGTAAATGTTTGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85122	CAAAATATGCTTCTAGTCAGTTGTATACATAGAATAGGTAAATGTTTGTA	85171

CU467816.3	801	ATAAAAAGTATTCCTCAATAGAAGTTTCTTAACTCAAAGAATGAAATATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85172	ATAAAAAGTATTCCTCAATAGAAGTTTCTTAACTCAAAGAATGAAATATT	85221

CU467816.3	851	TCACCATGCACATACAAAGAAGAGATATATGGAGATATGAAGAGGAGTAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85222	TCACCATGCACATACAAAGAAGAGATATATGGAGATATGAAGAGGAGTAC	85271

CU467816.3	901	TTCATAATGACAAAGAGGCAAATTCATAAATAAGACATAATCATCCTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85272	TTCATAATGACAAAGAGGCAAATTCATAAATAAGACATAATCATCCTAAA	85321

CU467816.3	951	TGCCTACACACTTAAAGCTGGAACCTCAAAACACATTAAATTAAAGGCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85322	TGCCTACACACTTAAAGCTGGAACCTCAAAACACATTAAATTAAAGGCAT	85371

CU467816.3	1001	AATTCAAAACATAATCAATCACATCCAAATTGCAGCTAGAGATAGCAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85372	AATTCAAAACATAATCAATCACATCCAAATTGCAGCTAGAGATAGCAACA	85421

CU467816.3	1051	TTCACCTCACTTCCAGAACAAGTACACAGAAAATTATTAAGCATATGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85422	TTCACCTCACTTCCAGAACAAGTACACAGAAAATTATTAAGCATATGAAA	85471

CU467816.3	1101	GACTTGAAAAACATTTGTGTAGGCGGCGGGTGCATAAGGTTGGGTGTTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85472	GACTTGAAAAACATTTGTGTAGGCGGCGGGTGCATAAGGTTGGGTGTTGA	85521

CU467816.3	1151	TATGAAACATTTAATAATTTCAATAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85522	TATGAAACATTTAATAATTTCAATAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAAA	85571

CU467816.3	1201	TGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCACCATAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85572	TGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCACCATAG	85621

CU467816.3	1251	TGAGACCCCGTCTCTATTTTTTTTAAATAAAGAAAAACATTTGAATGATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85622	TGAGACCCCGTCTCTATTTTTTTTAAATAAAGAAAAACATTTGAATGATT	85671

CU467816.3	1301	TTTTTCTTAACTGACATTTAGAAAACATCCACCTCAAATCTTCCTAATCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85672	TTTTTCTTAACTGACATTTAGAAAACATCCACCTCAAATCTTCCTAATCC	85721

CU467816.3	1351	ACAAACTTGTCTAGCACCCCTGGAACATTCACCAAAATAAATTTTTAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85722	ACAAACTTGTCTAGCACCCCTGGAACATTCACCAAAATAAATTTTTAAAT	85771

CU467816.3	1401	GCTGAATCATAGGTAATATGATAGATGAAACAGTTGAATTAAATTATAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85772	GCTGAATCATAGGTAATATGATAGATGAAACAGTTGAATTAAATTATAAA	85821

CU467816.3	1451	TGTACAACAAGGAAATGCTGGGGAAATTATCAAATATTTTAAAATTAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85822	TGTACAACAAGGAAATGCTGGGGAAATTATCAAATATTTTAAAATTAATA	85871

CU467816.3	1501	AACACACATAGCAATAAACAATGAGTGGAAGAAAAACATTTCAAAGAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85872	AACACACATAGCAATAAACAATGAGTGGAAGAAAAACATTTCAAAGAAAG	85921

CU467816.3	1551	GTGGAAAATATTTTGTATCAATTAAAAATGAAAACACATCTCGGCAAATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85922	GTGGAAAATATTTTGTATCAATTAAAAATGAAAACACATCTCGGCAAATG	85971

CU467816.3	1601	ACTGGGGATACAGATAGAACAGCGTTAAGGGACAATAAGCCTCAAATGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	85972	ACTGGGGATACAGATAGAACAGCGTTAAGGGACAATAAGCCTCAAATGTC	86021

CU467816.3	1651	TGTGTTAGAAAAGAAGGAAGAGCTGAGTAAATAGGTAACTTTCACTTGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86022	TGTGTTAGAAAAGAAGGAAGAGCTGAGTAAATAGGTAACTTTCACTTGCA	86071

CU467816.3	1701	GAAATACTACACATCAGCAAATTAATTCCAAAGTAACGTCGAGGAAAAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86072	GAAATACTACACATCAGCAAATTAATTCCAAAGTAACGTCGAGGAAAAAC	86121

CU467816.3	1751	ATAAAATGGCAAGCAAATATATACGTGCATATGTACATACATTCATAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86122	ATAAAATGGCAAGCAAATATATACGTGCATATGTACATACATTCATAAAT	86171

CU467816.3	1801	GACAAACAGGACAGAAAAATCAGTGACATCAATTTTGTTCCTTAGAAGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86172	GACAAACAGGACAGAAAAATCAGTGACATCAATTTTGTTCCTTAGAAGAA	86221

CU467816.3	1851	ACAGGAAAATTGACCCCAAAAAACTTTCCAGGCCACATTTGGTCATGATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86222	ACAGGAAAATTGACCCCAAAAAACTTTCCAGGCCACATTTGGTCATGATG	86271

CU467816.3	1901	GAAATATTTTGGCACTTCCTGGTTAAGCTCAACACCAACTTGCACCCAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86272	GAAATATTTTGGCACTTCCTGGTTAAGCTCAACACCAACTTGCACCCAAA	86321

CU467816.3	1951	ACCAATAATTTCATTTCTAGGTAAATATGTCTAATTAATTCAGCATATGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467612.4	86322	ACCAATAATTTCATTTCTAGGTAAATATGTCTAATTAATTCAGCATATGT	86371

Overview

Query
CU467816.3 - 61966 bps
Hit
CU467612.4 - 86371 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link