<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302416.11	1	GATCCTGCTGTCAGGATTAACTTGAGGGACAGGTTTAGAATCCCTGAGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18048	GATCCTGCTGTCAGGATTAACTTGAGGGACAGGTTTAGAATCCCTGAGAT	18097

CU302416.11	51	CTTCAGCCTGGGTGGATGGAGGCAGGTAGGCAGCCTACAGGGAGGACAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18098	CTTCAGCCTGGGTGGATGGAGGCAGGTAGGCAGCCTACAGGGAGGACAGC	18147

CU302416.11	101	TTTATCCTCAGGGTTCTTTCTCACCTCCTTTTCTCCTCTAGCTGAGCCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18148	TTTATCCTCAGGGTTCTTTCTCACCTCCTTTTCTCCTCTAGCTGAGCCCA	18197

CU302416.11	151	AGGTGACTGTGTACCCTGCAAAGACACAGCCTCTGGAACACCATAACCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18198	AGGTGACTGTGTACCCTGCAAAGACACAGCCTCTGGAACACCATAACCTC	18247

CU302416.11	201	CTGGTCTGCTCTGTGATTGACTTCTACCCTGGCAGCATTGAAGTCAGATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18248	CTGGTCTGCTCTGTGATTGACTTCTACCCTGGCAGCATTGAAGTCAGATG	18297

CU302416.11	251	GTTCCGGAATGGCGAGGAGGAGAAGACTGGAGTTGTGTCCACTGGACTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18298	GTTCCGGAATGGCGAGGAGGAGAAGACTGGAGTTGTGTCCACTGGACTGA	18347

CU302416.11	301	TCCAAAATAGAGACTGGACCTACCAGACCCTGGTGATGCTGGAGATGGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18348	TCCAAAATAGAGACTGGACCTACCAGACCCTGGTGATGCTGGAGATGGTT	18397

CU302416.11	351	CCTCGGGGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAGGTGGAGCATCCCAGCCTGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18398	CCTCGGGGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAGGTGGAGCATCCCAGCCTGAC	18447

CU302416.11	401	CAGCCCTGTCACAGTGGAGTGGAGTGAGTGGGAAACCCTTGACTCTGCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18448	CAGCCCTGTCACAGTGGAGTGGAGTGAGTGGGAAACCCTTGACTCTGCAA	18497

CU302416.11	451	ATGCCCAACCACTGTGTAGTAGGAGTGACTTTCTCTGCCTGTTCCCTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18498	ATGCCCAACCACTGTGTAGTAGGAGTGACTTTCTCTGCCTGTTCCCTTTC	18547

CU302416.11	501	TCTGACCCTGTAAATCCCTGCCTACCAGGGAAGCACATGGGTGACTCCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18548	TCTGACCCTGTAAATCCCTGCCTACCAGGGAAGCACATGGGTGACTCCAC	18597

CU302416.11	551	AAGAAAAATGAATACAATTTCCAAGTTACTAGCTTTTATTCCTCACATAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18598	AAGAAAAATGAATACAATTTCCAAGTTACTAGCTTTTATTCCTCACATAG	18647

CU302416.11	601	TTCAACATCTATGCCCGGTACACTTGCTGATTAAGATGGAGGCCTTGTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18648	TTCAACATCTATGCCCGGTACACTTGCTGATTAAGATGGAGGCCTTGTGG	18697

CU302416.11	651	AAATGTTCCCAAACAGAAAGTCACTGAAAAAGTAAAGATCTAGATAGATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18698	AAATGTTCCCAAACAGAAAGTCACTGAAAAAGTAAAGATCTAGATAGATT	18747

CU302416.11	701	GGGTGAAGGCACTGGGTGCCTTCTGCAGGGTTTGTCAATGAAGACACATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18748	GGGTGAAGGCACTGGGTGCCTTCTGCAGGGTTTGTCAATGAAGACACATG	18797

CU302416.11	751	TCCCCAGTACAGTACATGGCATGAGCTGGGTTCTTTGTCAAGATTGGGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18798	TCCCCAGTACAGTACATGGCATGAGCTGGGTTCTTTGTCAAGATTGGGAC	18847

CU302416.11	801	AAAATGAACCTATAAGGTTTATACATAGCCCCAGAAAGACACACTTCCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18848	AAAATGAACCTATAAGGTTTATACATAGCCCCAGAAAGACACACTTCCTC	18897

CU302416.11	851	ATGGACAGCAGCTATTAAGAGCGAAGTGGAGTTGCCATCATAGGCTTTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18898	ATGGACAGCAGCTATTAAGAGCGAAGTGGAGTTGCCATCATAGGCTTTTC	18947

CU302416.11	901	AGCCATCGTCCCAAGGTCTGTCGATGGTCAAATTCTCCAATTTCATTTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18948	AGCCATCGTCCCAAGGTCTGTCGATGGTCAAATTCTCCAATTTCATTTCT	18997

CU302416.11	951	TTATGATGTAGCAGACTCAAGTAAGATGCAAGTTCTCCACAGAACACTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	18998	TTATGATGTAGCAGACTCAAGTAAGATGCAAGTTCTCCACAGAACACTAT	19047

CU302416.11	1001	TGACCGCAGAGCTGCAAATAACCTTGGACCAAGTTACTTAGGAACTCCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19048	TGACCGCAGAGCTGCAAATAACCTTGGACCAAGTTACTTAGGAACTCCAG	19097

CU302416.11	1051	GCAGCTGTCCCCGTTTTTATCATCTCACATGTGCAAGTTAGGTGACTCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19098	GCAGCTGTCCCCGTTTTTATCATCTCACATGTGCAAGTTAGGTGACTCCC	19147

CU302416.11	1101	ACCCCTGAACATGCTTGATATGCACAGGAGACCTGCAGGGGTACCCAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19148	ACCCCTGAACATGCTTGATATGCACAGGAGACCTGCAGGGGTACCCAAGA	19197

CU302416.11	1151	GTCATGGTAGCTTCTGCCACAGGACAATGGACAGGTGACACTGTCTCTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19198	GTCATGGTAGCTTCTGCCACAGGACAATGGACAGGTGACACTGTCTCTCT	19247

CU302416.11	1201	TGGGACAAGACAGTAGCAGTAACATGATAAGGACAAAGGGCTACTCTAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19248	TGGGACAAGACAGTAGCAGTAACATGATAAGGACAAAGGGCTACTCTAGC	19297

CU302416.11	1251	TTTGGGTCAGCATGTATTTGGTTCCTCTTGGTCTAGTTCCATTCTGAGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19298	TTTGGGTCAGCATGTATTTGGTTCCTCTTGGTCTAGTTCCATTCTGAGTC	19347

CU302416.11	1301	TGTGTAATGGCTGACTCCCTCATTAGGCAATGGCTCAGAAAATGCCCAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19348	TGTGTAATGGCTGACTCCCTCATTAGGCAATGGCTCAGAAAATGCCCAGG	19397

CU302416.11	1351	GGTACCACCGTTGGCATCTTGGTCTGAACTGCTTCTTCACTGCTGGATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19398	GGTACCACCGTTGGCATCTTGGTCTGAACTGCTTCTTCACTGCTGGATGT	19447

CU302416.11	1401	AGAGATGGACACAATTATCATGCATAACATACTATTGGACAACATTGTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19448	AGAGATGGACACAATTATCATGCATAACATACTATTGGACAACATTGTGG	19497

CU302416.11	1451	TATGCAACACTACCCAGCCACCAGCTGCAGCTGTTCAGTTAACAGGAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19498	TATGCAACACTACCCAGCCACCAGCTGCAGCTGTTCAGTTAACAGGAATA	19547

CU302416.11	1501	AGTTCTCCAGTTTCATTACAAGAGATGGCAGAGATGGATAAAGCAACTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19548	AGTTCTCCAGTTTCATTACAAGAGATGGCAGAGATGGATAAAGCAACTCT	19597

CU302416.11	1551	AGATGTTTACATTCTCATCCATGGCTGCAGCCACTGTCTTCCACTTTTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19598	AGATGTTTACATTCTCATCCATGGCTGCAGCCACTGTCTTCCACTTTTGC	19647

CU302416.11	1601	TGTGACTCTGAAATATCTTTCCAGAAGTGGCAAGTTCTAACTACCCCAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19648	TGTGACTCTGAAATATCTTTCCAGAAGTGGCAAGTTCTAACTACCCCAGT	19697

CU302416.11	1651	GCTCTGATATCAGGTGTTGAATTTGTGATAAAACCCATATCTGGCTTCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19698	GCTCTGATATCAGGTGTTGAATTTGTGATAAAACCCATATCTGGCTTCCA	19747

CU302416.11	1701	TCCTTAGGGGCTCGGTCCACATCTGCACAGAACAAGTTGTTGAGCGGAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19748	TCCTTAGGGGCTCGGTCCACATCTGCACAGAACAAGTTGTTGAGCGGAGT	19797

CU302416.11	1751	CATGGGCATGGCGCTAGGTCTGTTCATCCTCGCAGTGGGGCTGTTCTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19798	CATGGGCATGGCGCTAGGTCTGTTCATCCTCGCAGTGGGGCTGTTCTTCT	19847

CU302416.11	1801	ATTTAAGGAATCTGAGAGGTAAGAAGCCTGGCGGTGGCTGAGACTCCATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19848	ATTTAAGGAATCTGAGAGGTAAGAAGCCTGGCGGTGGCTGAGACTCCATA	19897

CU302416.11	1851	GCGTTTCATGTGGGAGAGTTATTCATGGCTTAGGTATGGTTAAATTACCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19898	GCGTTTCATGTGGGAGAGTTATTCATGGCTTAGGTATGGTTAAATTACCA	19947

CU302416.11	1901	GGGAATTGGCAGAATCTGTGTGAAGATGCTCAACCCCCAGATGATCCCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19948	GGGAATTGGCAGAATCTGTGTGAAGATGCTCAACCCCCAGATGATCCCAG	19997

CU302416.11	1951	ACACTAAGCAACAGTCTATGACTGCCAGAGGGAAACCTGTAGCCATAACT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467498.4	19998	ACACTAAGCAACAGTCTATGACTGCCAGAGGGAAACCTGTAGCCATAACT	20047

Overview

Query
CU302416.11 - 160158 bps
Hit
CU467498.4 - 20047 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001999200012000118048200471
282.34151365148098148462-1303033971
385.03761503776037909-1399641421
493.4310813724705248411401341491
590.08891325306253193-1715072801
692.4110914661893620381715172951
791.6110514385628857701715172931
883.826713937761378991716072951
991.221051487040570552-1815683031
1084.78971869252992714115477156601
1183.61871825674156922-115478156601
121004848132191132238-115479155261
Short-link