<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU633441.6	1	GGAGGAGCACACAACCTGGGGTGCAGGTGCAGGAAGAGATGACTATGGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179070	GGAGGAGCACACAACCTGGGGTGCAGGTGCAGGAAGAGATGACTATGGGG	179119

CU633441.6	51	TGTTCTGATGGTTCCCTCTGTCACCATAGTAACCCCAGAACAACTGGCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179120	TGTTCTGATGGTTCCCTCTGTCACCATAGTAACCCCAGAACAACTGGCCC	179169

CU633441.6	101	ATCCTGGTGTGCTCAGGAGGCCCTGCCTGGCTGGGGCGGAGGACAAGGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179170	ATCCTGGTGTGCTCAGGAGGCCCTGCCTGGCTGGGGCGGAGGACAAGGGT	179219

CU633441.6	151	TGTGTGGGAAGGCCTTGGGGTTCTGTAGCAGTCAACCCACACTGTGTCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179220	TGTGTGGGAAGGCCTTGGGGTTCTGTAGCAGTCAACCCACACTGTGTCTC	179269

CU633441.6	201	ACTCAGCCCTGTGCCCAGGTCCCGACCCCCTCCCGTGAACATTCTCTCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179270	ACTCAGCCCTGTGCCCAGGTCCCGACCCCCTCCCGTGAACATTCTCTCTC	179319

CU633441.6	251	TCCCTCTTCCCCACCTGCCTCTCCTTGCCTCCACATATGAATCTTGTCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179320	TCCCTCTTCCCCACCTGCCTCTCCTTGCCTCCACATATGAATCTTGTCAT	179369

CU633441.6	301	TTTAATTATTAGTTCTTATTTCTCCTCCCTTGTCAATAGTTCGTGTTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179370	TTTAATTATTAGTTCTTATTTCTCCTCCCTTGTCAATAGTTCGTGTTTGT	179419

CU633441.6	351	ACAAGCAAGGAAAACAATTTTGAGACCTTCCTTTGGCAACACTTAATTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179420	ACAAGCAAGGAAAACAATTTTGAGACCTTCCTTTGGCAACACTTAATTTT	179469

CU633441.6	401	TGTAAGCGGAAGTTATCCATGAAGGAGGCAAAACTGAACTGTGGGGGTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179470	TGTAAGCGGAAGTTATCCATGAAGGAGGCAAAACTGAACTGTGGGGGTCT	179519

CU633441.6	451	CCCTCACCTGTTGCGGTCACTCAGTGTCCCAGATACACCGCTAAGCCTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179520	CCCTCACCTGTTGCGGTCACTCAGTGTCCCAGATACACCGCTAAGCCTGT	179569

CU633441.6	501	CCCTGGCGCCATCTGTTTCTGATCCCCTGGACCTTGAAGGTACAGTTCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179570	CCCTGGCGCCATCTGTTTCTGATCCCCTGGACCTTGAAGGTACAGTTCCC	179619

CU633441.6	551	ACAGCTGAGCTGTCCCTTAGTTGGGTCTCGCAGCCTTCTGTGATCATCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179620	ACAGCTGAGCTGTCCCTTAGTTGGGTCTCGCAGCCTTCTGTGATCATCAA	179669

CU633441.6	601	GGACAAGTTCTTTCTCCCTCCTTGGCAAGTGCACCCAATGTGCAAAAGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179670	GGACAAGTTCTTTCTCCCTCCTTGGCAAGTGCACCCAATGTGCAAAAGGT	179719

CU633441.6	651	ACGGGCTCCTGGCTCACCGTGCATCCGATGTCACCGAAAAAGGCACAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179720	ACGGGCTCCTGGCTCACCGTGCATCCGATGTCACCGAAAAAGGCACAAGG	179769

CU633441.6	701	CTTCTACCCCACCCTGGGTGAGCAGAAGCCATTCTCTTAAAGCTGAGTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179770	CTTCTACCCCACCCTGGGTGAGCAGAAGCCATTCTCTTAAAGCTGAGTCT	179819

CU633441.6	751	GTCACGTGACCTGAGTCCCCTCAAGGCTGTGATGGAGAGGTAGAGAAACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179820	GTCACGTGACCTGAGTCCCCTCAAGGCTGTGATGGAGAGGTAGAGAAACC	179869

CU633441.6	801	CAGGAGGCTGAGCCTTCTGACCGCTCTGTAAACTTTGCCCTGCAAACTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179870	CAGGAGGCTGAGCCTTCTGACCGCTCTGTAAACTTTGCCCTGCAAACTTA	179919

CU633441.6	851	TTCTAGAACTCCAGGCCCGTTGTCCACAGAATGTGGCACGCAGACCCCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179920	TTCTAGAACTCCAGGCCCGTTGTCCACAGAATGTGGCACGCAGACCCCTT	179969

CU633441.6	901	AGCATTTCTGCTGGGTTCACGGTTTCTATATTTCCGGGACTGGGAAAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	179970	AGCATTTCTGCTGGGTTCACGGTTTCTATATTTCCGGGACTGGGAAAAAC	180019

CU633441.6	951	TGGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAATGCGGGTATGAGCCTGCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180020	TGGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAATGCGGGTATGAGCCTGCTTT	180069

CU633441.6	1001	TCTAGCTGTGGGAGAAGCCCGACTGTTTCTAGAAGTGTGGTCCTATAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180070	TCTAGCTGTGGGAGAAGCCCGACTGTTTCTAGAAGTGTGGTCCTATAAGA	180119

CU633441.6	1051	GGAAAGTCCTGAGCCAGGCTCTTCAGAGTACCCGCTCTTACCTGGAGTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180120	GGAAAGTCCTGAGCCAGGCTCTTCAGAGTACCCGCTCTTACCTGGAGTGG	180169

CU633441.6	1101	CCCCACCTTGGGTCTCTCTGGCTCAGCAACACCATCAAAGCTGCTGTCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180170	CCCCACCTTGGGTCTCTCTGGCTCAGCAACACCATCAAAGCTGCTGTCCA	180219

CU633441.6	1151	GGGGACCATAGGGACCCATGGGACCATCATGGAGCTGGAAGGGTAGCTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180220	GGGGACCATAGGGACCCATGGGACCATCATGGAGCTGGAAGGGTAGCTGA	180269

CU633441.6	1201	AGTGAGAAAAGCAAAGGTCAGGGGATGGTGGACTCCTTAAGTTGAACTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180270	AGTGAGAAAAGCAAAGGTCAGGGGATGGTGGACTCCTTAAGTTGAACTCC	180319

CU633441.6	1251	TGAATGAACAGCAGCGCCTATGACTGAAGTTGTCTGCTATGATCCCATTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180320	TGAATGAACAGCAGCGCCTATGACTGAAGTTGTCTGCTATGATCCCATTG	180369

CU633441.6	1301	GACAGAGGCTGAGGAAAAAACCAATGAGGCTTGAGCTTCCTATGAGTCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180370	GACAGAGGCTGAGGAAAAAACCAATGAGGCTTGAGCTTCCTATGAGTCAT	180419

CU633441.6	1351	CAGTTACTGGGCTGATGATGGTAAGAGGACTGACAACCTAGTGATACAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180420	CAGTTACTGGGCTGATGATGGTAAGAGGACTGACAACCTAGTGATACAGA	180469

CU633441.6	1401	TGAGATGACTGGATAGAAAGGAGGAGGGGTTCGTGGGAGACAGGACCACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180470	TGAGATGACTGGATAGAAAGGAGGAGGGGTTCGTGGGAGACAGGACCACA	180519

CU633441.6	1451	GGGCACCATCCAATAGGGAACGGCCTGGCCCACTCCCATTGACTGCCAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180520	GGGCACCATCCAATAGGGAACGGCCTGGCCCACTCCCATTGACTGCCAAC	180569

CU633441.6	1501	AGAGGAAACACTGACTGGATGTCCCGCACTGCTTCCATGATCCCCAGCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180570	AGAGGAAACACTGACTGGATGTCCCGCACTGCTTCCATGATCCCCAGCAA	180619

CU633441.6	1551	CCACATGGCCGCTCACAATCTGTAACTCCAGCTCCAGGGAATCTGATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180620	CCACATGGCCGCTCACAATCTGTAACTCCAGCTCCAGGGAATCTGATTTT	180669

CU633441.6	1601	CTCTTCTGGCCTCTGTAGGCACTGCACACATGCACTTATACTTATGCAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180670	CTCTTCTGGCCTCTGTAGGCACTGCACACATGCACTTATACTTATGCAGG	180719

CU633441.6	1651	CAAACACTCAATATAAAATAAAAAATAAAGGAATCTAAAAGGACAGCAGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180720	CAAACACTCAATATAAAATAAAAAATAAAGGAATCTAAAAGGACAGCAGC	180769

CU633441.6	1701	CACAACCATCATTTTACACATCACAGGAACCATCTGTGAAAATAGTTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180770	CACAACCATCATTTTACACATCACAGGAACCATCTGTGAAAATAGTTTTG	180819

CU633441.6	1751	CCTTTTTCTGAGAGACAAAAACATTGAAGCTAAAAAGATTGTTCTAAAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180820	CCTTTTTCTGAGAGACAAAAACATTGAAGCTAAAAAGATTGTTCTAAAGT	180869

CU633441.6	1801	AGTTCACCTAGTCAGGACTCAAGGTTCGAATTCATCCACAACTCTGAGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180870	AGTTCACCTAGTCAGGACTCAAGGTTCGAATTCATCCACAACTCTGAGCA	180919

CU633441.6	1851	CAGACTGACTCTGTACATGTAGACCTTACAGCTGAACCCCGCCCGCCAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180920	CAGACTGACTCTGTACATGTAGACCTTACAGCTGAACCCCGCCCGCCAGG	180969

CU633441.6	1901	ACCCCATCCCGCTCTATGTGGCTGCCTCTATGGAGCTGTGTTTGGGACCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	180970	ACCCCATCCCGCTCTATGTGGCTGCCTCTATGGAGCTGTGTTTGGGACCT	181019

CU633441.6	1951	AGCAGAGCACCAGAGCCTGCCTCCCAGGATCTTATGACCTTCCTAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467497.6	181020	AGCAGAGCACCAGAGCCTGCCTCCCAGGATCTTATGACCTTCCTAGGATC	181069

Overview

Query
CU633441.6 - 32040 bps
Hit
CU467497.6 - 181069 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200011790701810691
289.6810315719288194441134514991
391.511081552685727011-1134714991
490.851091662685627021-1478949521
591.911301743031530488-113483136551
693.181031332686426996-127663277941
794.331161412010420244127663278031
892.521111482686427011-128913290591
992.751572073031430520-138471386771
1096.2111413214091540-143876440071
1190.961402003031430513-144406446041
1291.281081502686127010-147653478011
1393.21151482685627003154231543771
1494.781121342010220235-154239543721
1585.711132092969629904-161087612891
1690.541031502009520244-167695678421
1791.391091521929319444-167696678461
1892.721131502685727006167696678461
1993.571381713031430484167860680301
2090.511051632685727019-175913760701
2190.131031621928119442-186530866911
2291.141081612685927019186530866871
2392.641041372686126997191222913571
2498.311681783031530492195143953201
2589.761071671928119447-199113992781
2691.25110159268612701911090181091771
2791.25103154268682702111133991135581
2891.951131492969829846-11212381213861
2993.08121161268612702111786621788201
3090.121041581927819435-11786661788271
3194.44104126115671169211786661787911
Short-link