<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU467495.3	1	CATCCACTTTTGTATTTGTCAGGCACAAGGCCACACCTTCTAATAGTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166575	CATCCACTTTTGTATTTGTCAGGCACAAGGCCACACCTTCTAATAGTGCC	166624

CU467495.3	51	ACTCCCTGGGCCATGCATATTCAAACCATTACAATGGTGATACTGAAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166625	ACTCCCTGGGCCATGCATATTCAAACCATTACAATGGTGATACTGAAATT	166674

CU467495.3	101	GAAGGCTTAGTGGACACTGGGGTTGAGATGAGGTATTTATAATCTTGGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166675	GAAGGCTTAGTGGACACTGGGGTTGAGATGAGGTATTTATAATCTTGGAA	166724

CU467495.3	151	TCAAAATTGGCCTTTGCAAGAAGTCTCTATTCAGTTTATAGGTATCGGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166725	TCAAAATTGGCCTTTGCAAGAAGTCTCTATTCAGTTTATAGGTATCGGAA	166774

CU467495.3	201	TGCCATTTCATGTGAAACAGAGTGTTTTGTTTATTAGATTAAATACATAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166775	TGCCATTTCATGTGAAACAGAGTGTTTTGTTTATTAGATTAAATACATAG	166824

CU467495.3	251	GGCCATAAGGCCAAGTAGGGAAGTTAAAACCATATGTGGCTGGCATAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166825	GGCCATAAGGCCAAGTAGGGAAGTTAAAACCATATGTGGCTGGCATAGCC	166874

CU467495.3	301	ATAAACCTATGGGTAAGGGGTTTCTTAGAACAATGGGGAGCTCAAATTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166875	ATAAACCTATGGGTAAGGGGTTTCTTAGAACAATGGGGAGCTCAAATTAA	166924

CU467495.3	351	TGCTCCTCAAATTTTAGAAACAGCTCATAAAATGATGTTTAAAATGGGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166925	TGCTCCTCAAATTTTAGAAACAGCTCATAAAATGATGTTTAAAATGGGTT	166974

CU467495.3	401	ATATTACTGGAAAAGATATTGGGAAAAATTATCAAGGAGGATCACAGGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	166975	ATATTACTGGAAAAGATATTGGGAAAAATTATCAAGGAGGATCACAGGTT	167024

CU467495.3	451	GTCTATAAGCAGGACAAAGCAAACTGACTTTCCAAATTTAGACTAGGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167025	GTCTATAAGCAGGACAAAGCAAACTGACTTTCCAAATTTAGACTAGGAAC	167074

CU467495.3	501	TACGGCTAATAACATACCAGCAGCCCTGCCTTTAAATTGGCTAATCAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167075	TACGGCTAATAACATACCAGCAGCCCTGCCTTTAAATTGGCTAATCAATA	167124

CU467495.3	551	AGCCTGCATAGATAGACCAGTGAATCTTAGCAAAAGAAAATTTACAGGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167125	AGCCTGCATAGATAGACCAGTGAATCTTAGCAAAAGAAAATTTACAGGTA	167174

CU467495.3	601	CTTGAGCAAGAACAATTGGATGCTAAACATATTATGGAGTCTACTAGTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167175	CTTGAGCAAGAACAATTGGATGCTAAACATATTATGGAGTCTACTAGTCC	167224

CU467495.3	651	TTGAAATTCTGTATTTGCAATATAAAGGAAATTTGGAAAATTGAGAATGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167225	TTGAAATTCTGTATTTGCAATATAAAGGAAATTTGGAAAATTGAGAATGT	167274

CU467495.3	701	TAACAGATTTAAGAGTTGTAAATAAAGTAACTCAGCCTATATGGTCTTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167275	TAACAGATTTAAGAGTTGTAAATAAAGTAACTCAGCCTATATGGTCTTTG	167324

CU467495.3	751	CAGCCTTGAATTCCTTTACTTTCCAAAACACCCAGAGATTGGCCCATAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167325	CAGCCTTGAATTCCTTTACTTTCCAAAACACCCAGAGATTGGCCCATAAT	167374

CU467495.3	801	AGTTATTGATTCAAAATATTAAAATTTATTATTATTATCATCATCATCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167375	AGTTATTGATTCAAAATATTAAAATTTATTATTATTATCATCATCATCAT	167424

CU467495.3	851	CATCATCATCATCATCATCTATTCTCTTGCAAGTACAAGACAGGGAAAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167425	CATCATCATCATCATCATCTATTCTCTTGCAAGTACAAGACAGGGAAAAT	167474

CU467495.3	901	TTTGCTTTAATTGTGCCCATGTATAGTAATACTAAACCTGTGAAAAGGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167475	TTTGCTTTAATTGTGCCCATGTATAGTAATACTAAACCTGTGAAAAGGTA	167524

CU467495.3	951	TCAGTGGAATGTTTTCCCTCAGAGAATGTTAAATTGTCCAATGTATGTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167525	TCAGTGGAATGTTTTCCCTCAGAGAATGTTAAATTGTCCAATGTATGTCA	167574

CU467495.3	1001	ATATTTTATGCAACGACTGCTAGAAGTAATTTGTAGACTATTTCCTCAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167575	ATATTTTATGCAACGACTGCTAGAAGTAATTTGTAGACTATTTCCTCAGT	167624

CU467495.3	1051	TCATTATTTACCATCAAATGTATAGTGAGTTGTTCTGCTGCTGCTGCTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167625	TCATTATTTACCATCAAATGTATAGTGAGTTGTTCTGCTGCTGCTGCTAT	167674

CU467495.3	1101	ATATTCAAATGCAAAATTCTGTACCCCAAGATCTGGTTGCCTCTGACCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167675	ATATTCAAATGCAAAATTCTGTACCCCAAGATCTGGTTGCCTCTGACCAG	167724

CU467495.3	1151	GAGATCCTCATGTATAACACCTTATGTTGTGTAAATCTTGCCCCCTAAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167725	GAGATCCTCATGTATAACACCTTATGTTGTGTAAATCTTGCCCCCTAAGT	167774

CU467495.3	1201	TATCCCTGATTGGTCAATAAAGATGCCTATAGCCTGGACTGAGTAGAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167775	TATCCCTGATTGGTCAATAAAGATGCCTATAGCCTGGACTGAGTAGAAGA	167824

CU467495.3	1251	GAGAGGGTAGAACAAAAGGTTCTCAAGCTCGGGGTCTGAAGCAGGGACCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167825	GAGAGGGTAGAACAAAAGGTTCTCAAGCTCGGGGTCTGAAGCAGGGACCT	167874

CU467495.3	1301	CAAGGAGAGAAGAAAGAGATGAGAAAAGAAGAAGGCACCATGAGGTAGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167875	CAAGGAGAGAAGAAAGAGATGAGAAAAGAAGAAGGCACCATGAGGTAGGT	167924

CU467495.3	1351	GGATCATGAGTGCTTGGTCATTTGGGCCAGTCAGTTGGAGTAGGAGTGGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167925	GGATCATGAGTGCTTGGTCATTTGGGCCAGTCAGTTGGAGTAGGAGTGGT	167974

CU467495.3	1401	CTAGTTGGAACATGGTCAGTAATATCTCGGATTTTGACAGGGAAATAGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	167975	CTAGTTGGAACATGGTCAGTAATATCTCGGATTTTGACAGGGAAATAGAC	168024

CU467495.3	1451	AAAACAGCACAGAGGGTTGATATCTGACAAGCTCTACTGCTCTAAGGCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168025	AAAACAGCACAGAGGGTTGATATCTGACAAGCTCTACTGCTCTAAGGCTT	168074

CU467495.3	1501	ATTATAACTATAAAGGTTTTGTGTCTTTTTTTTAGGAGCTAAATGATCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168075	ATTATAACTATAAAGGTTTTGTGTCTTTTTTTTAGGAGCTAAATGATCTA	168124

CU467495.3	1551	AGGTGAGGTAGAAACCCCCAAATAATATTTACCACAATATACATTGATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168125	AGGTGAGGTAGAAACCCCCAAATAATATTTACCACAATATACATTGATAT	168174

CU467495.3	1601	TTTATTGACTGGTTCTGATACAGATACCTTAGGATAAAATATTTAATGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168175	TTTATTGACTGGTTCTGATACAGATACCTTAGGATAAAATATTTAATGAA	168224

CU467495.3	1651	ACATGAAAGATTTTACTTTACTGGGCACTACAGATTACACCTAAAAAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168225	ACATGAAAGATTTTACTTTACTGGGCACTACAGATTACACCTAAAAAATA	168274

CU467495.3	1701	CAGGAAGGAAATTCTATAAATTATTTTGGATTTAAACTCAATCAACAAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168275	CAGGAAGGAAATTCTATAAATTATTTTGGATTTAAACTCAATCAACAAAA	168324

CU467495.3	1751	AATACAACTATAAAAGGTTCAGATTAGAGAAGATAAATTAAAAACTCTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168325	AATACAACTATAAAAGGTTCAGATTAGAGAAGATAAATTAAAAACTCTTA	168374

CU467495.3	1801	AAGATTTAAAAAATTATCAGGAGATATTAACTGGTTATGCCCTACTATTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168375	AAGATTTAAAAAATTATCAGGAGATATTAACTGGTTATGCCCTACTATTG	168424

CU467495.3	1851	GATTAACTACTCCAGTGTTAAGTAATTTGTTTCAAACCTTGCAAGGTGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168425	GATTAACTACTCCAGTGTTAAGTAATTTGTTTCAAACCTTGCAAGGTGAT	168474

CU467495.3	1901	TCAAATATAAACAGTTCATGTAAATTAATAGCTGAAGCAGAAAAGTAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168475	TCAAATATAAACAGTTCATGTAAATTAATAGCTGAAGCAGAAAAGTAATT	168524

CU467495.3	1951	GGCCCACATAGAAAGGAGAATACAAGGTGCCTAAGTGGACAGATTAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467496.5	168525	GGCCCACATAGAAAGGAGAATACAAGGTGCCTAAGTGGACAGATTAGATC	168574

Overview

Query
CU467495.3 - 42969 bps
Hit
CU467496.5 - 168574 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193220001200011665751685741
2100456097789837163303633621
310045602829728356-163312633711
41003368291422920911377741378411
588.94122199345803477811563241565221
692.5551942829728390-11630231631161
710049669772983711630421631071
Short-link