<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 400 bps

Full alignment

CU466549.6	1	TGCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAG	50
			|||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
CU467494.10	199789	TGCAGTGGTGGTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAG	199838

CU466549.6	51	TGGTGGTCGGGTTGGGCGCAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTG	100
			|||||||| || |||| | ||| |||||| || | || ||||||||||||
CU467494.10	199839	TGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTG	199888

CU466549.6	101	GTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAG	150
			||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
CU467494.10	199889	GTCAGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGG	199938

CU466549.6	151	GGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTAG	200
			|||||| ||||| |||||| || | || ||||||||||||||  | || |
CU467494.10	199939	GGTGGGCGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGG	199988

CU466549.6	201	GTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCGTA	250
			||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||| |||| || |||
CU467494.10	199989	GTGTAGATCTTGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTA	200038

CU466549.6	251	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGGGTGTAGATCT	300
			|| |||||||||||||| ||| |||||||||   | ||||| ||||| | 
CU467494.10	200039	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCC	200088

CU466549.6	301	TGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGG	350
			|||| || ||||||||| |||||||             ||||||||||||
CU467494.10	200089	TGAGCCACTGCTGGATGCAGTGGTG-------------TAGAGCCTGAGG	200125

CU466549.6	351	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	400
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200126	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	200175

CU466549.6	401	CTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200176	CTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGA	200225

CU466549.6	451	TACAGTGGTGGTCGGGTTGGGCGCAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200226	TACAGTGGTGGTCGGGTTGGGCGCAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAG	200275

CU466549.6	501	TGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTAGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200276	TGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTAGTG	200325

CU466549.6	551	GTTGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGTGGTGGTCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200326	GTTGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGTGGTGGTCAG	200375

CU466549.6	601	GGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200376	GGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGG	200425

CU466549.6	651	GCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGCGGAGGTCAGGGTAGGTATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200426	GCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGCGGAGGTCAGGGTAGGTATA	200475

CU466549.6	701	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200476	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCC	200525

CU466549.6	751	TGAGCCACTGCTAGATGCAGTGGTGGTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200526	TGAGCCACTGCTAGATGCAGTGGTGGTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGATC	200575

CU466549.6	801	CAGTGCTGGATGCAGTAGTGGTTGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200576	CAGTGCTGGATGCAGTAGTGGTTGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGTG	200625

CU466549.6	851	CTAGATGCAGTGGTGGTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200626	CTAGATGCAGTGGTGGTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGA	200675

CU466549.6	901	TGCAGCGGTGGTCAGGGTAGGAATAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200676	TGCAGCGGTGGTCAGGGTAGGAATAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAG	200725

CU466549.6	951	TGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200726	TGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTG	200775

CU466549.6	1001	GTCAGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200776	GTCAGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGG	200825

CU466549.6	1051	GGTGGGCGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGGGTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200826	GGTGGGCGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGGGTGG	200875

CU466549.6	1101	GTGTAGATCTTGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCAGGTAGGTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200876	GTGTAGATCTTGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCAGGTAGGTGTA	200925

CU466549.6	1151	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200926	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCC	200975

CU466549.6	1201	TGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCATAGATCCTGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200976	TGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCATAGATCCTGAGG	201025

CU466549.6	1251	CAGAGCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201026	CAGAGCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGAG	201075

CU466549.6	1301	CTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201076	CTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGA	201125

CU466549.6	1351	TGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201126	TGCAGTGGTGGTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAG	201175

CU466549.6	1401	TGGTGGTCGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGTGGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201176	TGGTGGTCGGGGTGGGCATAGATCCTGAGGCAGAGCTGGATGCAGTGGTG	201225

CU466549.6	1451	GTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201226	GTCAGGGTGGGTGAGGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAG	201275

CU466549.6	1501	GGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201276	GGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTAG	201325

CU466549.6	1551	GTGTAGAGCCTGATCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201326	GTGTAGAGCCTGATCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCGTA	201375

CU466549.6	1601	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGGGTGTAGATCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201376	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGGGTGTAGATCT	201425

CU466549.6	1651	TGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201426	TGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGG	201475

CU466549.6	1701	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201476	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	201525

CU466549.6	1751	CTGGATGCAGTGGTGGTTAGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201526	CTGGATGCAGTGGTGGTTAGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGA	201575

CU466549.6	1801	TGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGCTGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201576	TGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGCTGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAG	201625

CU466549.6	1851	TGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGAGTCTGAGACAGTGCTGGATACAGTGGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201626	TGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGAGTCTGAGACAGTGCTGGATACAGTGGTG	201675

CU466549.6	1901	GTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGGCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201676	GTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGGCAC	201725

CU466549.6	1951	AGATCCTGAGGCCTTGCTAGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	201726	AGATCCTGAGGCCTTGCTAGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGATC	201775

Compact alignment

CU466549.6	1	TGCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAG	50
			|||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
CU467494.10	199789	TGCAGTGGTGGTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAG	199838

CU466549.6	51	TGGTGGTCGGGTTGGGCGCAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTG	100
			|||||||| || |||| | ||| |||||| || | || ||||||||||||
CU467494.10	199839	TGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTG	199888

CU466549.6	101	GTAGGGGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAG	150
			||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
CU467494.10	199889	GTCAGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGG	199938

CU466549.6	151	GGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTCCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGTAG	200
			|||||| ||||| |||||| || | || ||||||||||||||  | || |
CU467494.10	199939	GGTGGGCGTAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGG	199988

CU466549.6	201	GTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCGGGGTGGGCGTA	250
			||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||| |||| || |||
CU467494.10	199989	GTGTAGATCTTGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTA	200038

CU466549.6	251	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTAGGAGTGGGTGTAGATCT	300
			|| |||||||||||||| ||| |||||||||   | ||||| ||||| | 
CU467494.10	200039	GAGCCTGAGGCAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCC	200088

CU466549.6	301	TGAGGCAGTGCTGGATGTAGTGGTGGTCCGGGTAGGTGTAGAGCCTGAGG	350
			|||| || ||||||||| |||||||             ||||||||||||
CU467494.10	200089	TGAGCCACTGCTGGATGCAGTGGTG-------------TAGAGCCTGAGG	200125

CU466549.6	351	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGGCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	400
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU467494.10	200126	CAGTGCTGGATTCAGTGGTGGTCAGGGTGGGGGTAGAGCCTGAGCCACTG	200175

skip 1600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU466549.6 - 3780 bps
Hit
CU467494.10 - 201775 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
196.83163620001200011997892017751
Short-link