<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU458744.1	1	GCAAATGGGGCTGGGGAGCTGGTAAACCCTAAGGGGATAAGCACTTGTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144446	GCAAATGGGGCTGGGGAGCTGGTAAACCCTAAGGGGATAAGCACTTGTCA	144495

CU458744.1	51	TCTGTCATCATCACCGATCTGGGAACCTGTCGTTAACTTTCAGTGTGACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144496	TCTGTCATCATCACCGATCTGGGAACCTGTCGTTAACTTTCAGTGTGACC	144545

CU458744.1	101	TTGGACAGGTCACTCCCCTAGTCTGAGCATCACTTTCCTGACCCTTAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144546	TTGGACAGGTCACTCCCCTAGTCTGAGCATCACTTTCCTGACCCTTAAAA	144595

CU458744.1	151	TGAGCTACTGGGAGAGAATGTTTGCAATAATCAATGAATGCATGAATCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144596	TGAGCTACTGGGAGAGAATGTTTGCAATAATCAATGAATGCATGAATCAA	144645

CU458744.1	201	CCAATCAGTGACATTTATAAAGCACCTGCAGTGAATGAACGGACGAATGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144646	CCAATCAGTGACATTTATAAAGCACCTGCAGTGAATGAACGGACGAATGA	144695

CU458744.1	251	TAAAGCATTTTTTAAGTTCTTACTAAGTGCCAGACTCCGTGTTAGGTGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144696	TAAAGCATTTTTTAAGTTCTTACTAAGTGCCAGACTCCGTGTTAGGTGCT	144745

CU458744.1	301	GGGGACGCAAGTAGAAAAGTAATTCAGTCCTCACCTTCAAGGAGCGCTTT	350
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144746	GGGGACGCAGGTAGAAAAGTAATTCAGTCCTCACCTTCAAGGAGCGCTTT	144795

CU458744.1	351	TTTGTCTTGTTCTTTTCTCTTACCGCCCCCCCCAGCCACTCGGATCATCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144796	TTTGTCTTGTTCTTTTCTCTTACCGCCCCCCCCAGCCACTCGGATCATCA	144845

CU458744.1	401	CAGATTGGCCAATAACAGGTCTCTGGCCAAGTCCTCCTTGGTCATTGTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144846	CAGATTGGCCAATAACAGGTCTCTGGCCAAGTCCTCCTTGGTCATTGTTT	144895

CU458744.1	451	GGGCCCTGATCGGCTCTGAGGGAGTGTGAATAGAGATTCTTTATGTTTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144896	GGGCCCTGATCGGCTCTGAGGGAGTGTGAATAGAGATTCTTTATGTTTTG	144945

CU458744.1	501	ACTGAAGCCCTGAGAGTCTTCCCTTCCCTGATCTACATTTACTTTTTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144946	ACTGAAGCCCTGAGAGTCTTCCCTTCCCTGATCTACATTTACTTTTTCAA	144995

CU458744.1	551	GGGACCATTATTTCCCTCATTTTTTATTTAAGCCTTAATCACTGAATGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144996	GGGACCATTATTTCCCTCATTTTTTATTTAAGCCTTAATCACTGAATGGT	145045

CU458744.1	601	GCTACTTTAGTCAGACTGAGATATGTTAAAGACCTTAACTTAAAAAGGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145046	GCTACTTTAGTCAGACTGAGATATGTTAAAGACCTTAACTTAAAAAGGCC	145095

CU458744.1	651	AAGGTCTCCCACTGTTTTCTGGGTCCTGATCCGTATCTGGCCAAGAACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145096	AAGGTCTCCCACTGTTTTCTGGGTCCTGATCCGTATCTGGCCAAGAACAA	145145

CU458744.1	701	AGGACAAGCCACAGAAAGGGTGGTCTGGTGTTTGGAGTGCTGAGCCCAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145146	AGGACAAGCCACAGAAAGGGTGGTCTGGTGTTTGGAGTGCTGAGCCCAGA	145195

CU458744.1	751	GTCAGGAAGCCTTGAGTTCAAATATGGCCAGACACTAGCTGTATGACCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145196	GTCAGGAAGCCTTGAGTTCAAATATGGCCAGACACTAGCTGTATGACCCT	145245

CU458744.1	801	GGGCAAGTCACTTAACCCTGTTTGCCTCGGTTTCCTCCTAATAACAGCAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145246	GGGCAAGTCACTTAACCCTGTTTGCCTCGGTTTCCTCCTAATAACAGCAC	145295

CU458744.1	851	CTGTCTCCCCAGACTGTGGGGAGGTTTAAGTGAGATAATATTTATGAAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145296	CTGTCTCCCCAGACTGTGGGGAGGTTTAAGTGAGATAATATTTATGAAGT	145345

CU458744.1	901	TCTTAGCACAGTTAGTGCTATATAACCTTGGGGGAGAGGACACTTGGAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145346	TCTTAGCACAGTTAGTGCTATATAACCTTGGGGGAGAGGACACTTGGAGG	145395

CU458744.1	951	AGAATGGCAGCCAGGGAGCTCTGAGTCACCGCATCCCGGGAATGTTGAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145396	AGAATGGCAGCCAGGGAGCTCTGAGTCACCGCATCCCGGGAATGTTGAGT	145445

CU458744.1	1001	GAACCAGGGTATGCCCAGCGCACCATTTTGTTGTGTTGGACTCTCCACGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145446	GAACCAGGGTATGCCCAGCGCACCATTTTGTTGTGTTGGACTCTCCACGA	145495

CU458744.1	1051	TCCCATTTGGGGTTTTCTTGGCAGAGATCCTGGAGTGGTTTGCCATTTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145496	TCCCATTTGGGGTTTTCTTGGCAGAGATCCTGGAGTGGTTTGCCATTTCC	145545

CU458744.1	1101	TTTATCAGCTCATTTTACACATGGGGAAACTGAGGCAAACAGGATGATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145546	TTTATCAGCTCATTTTACACATGGGGAAACTGAGGCAAACAGGATGATAA	145595

CU458744.1	1151	AGTGACTTGCCCAGGGTCACCCAGCTTGGAAAGATCTGAGGACCCAAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145596	AGTGACTTGCCCAGGGTCACCCAGCTTGGAAAGATCTGAGGACCCAAACC	145645

CU458744.1	1201	CAAGTGCTCTGTGCACTATGGCGCCACCTAGCTGCCTCTCAAAGCTACAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145646	CAAGTGCTCTGTGCACTATGGCGCCACCTAGCTGCCTCTCAAAGCTACAA	145695

CU458744.1	1251	ATTAGCAATAATACTAGACCCTACTGTGCTCTCAAGTCCTCCATCCAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145696	ATTAGCAATAATACTAGACCCTACTGTGCTCTCAAGTCCTCCATCCAGTT	145745

CU458744.1	1301	CTAAGGAAAAACTTAATCACTACTCAGGCAACCTCCCAGGAAAGCAATGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145746	CTAAGGAAAAACTTAATCACTACTCAGGCAACCTCCCAGGAAAGCAATGC	145795

CU458744.1	1351	CCACCCCCACAGTGCTAAAGGCCTGACCATTTTCTTTGAGGAAACTGGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145796	CCACCCCCACAGTGCTAAAGGCCTGACCATTTTCTTTGAGGAAACTGGAT	145845

CU458744.1	1401	GAAAGTGGAGGGTTGTGGGCCCCCCAACTCTGTTCTGGCTGAGGATGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145846	GAAAGTGGAGGGTTGTGGGCCCCCCAACTCTGTTCTGGCTGAGGATGGGA	145895

CU458744.1	1451	CTGAGGTTCTGGCTGGCCTAGGACCGGGAGGGGTTTTAGATTTACGTTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145896	CTGAGGTTCTGGCTGGCCTAGGACCGGGAGGGGTTTTAGATTTACGTTCA	145945

CU458744.1	1501	CTGGATTGATTCACTTCAGGACAAGACACTTTGTCCCACTGCTTGGGCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145946	CTGGATTGATTCACTTCAGGACAAGACACTTTGTCCCACTGCTTGGGCCA	145995

CU458744.1	1551	GATCAGGGTAATGATTGACTAAGAGAAGGAAGAAGTCTTTAATTATGGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	145996	GATCAGGGTAATGATTGACTAAGAGAAGGAAGAAGTCTTTAATTATGGGT	146045

CU458744.1	1601	GGTGGGAAGGAGTGGTCTAAGAGGGGTTGAATGGTGGGGTCAGGAGGATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146046	GGTGGGAAGGAGTGGTCTAAGAGGGGTTGAATGGTGGGGTCAGGAGGATT	146095

CU458744.1	1651	CAGGAGGGTGTGCCTCTTGTGAGTCACTGCCTTTCTGATCCTTCCTGCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146096	CAGGAGGGTGTGCCTCTTGTGAGTCACTGCCTTTCTGATCCTTCCTGCAG	146145

CU458744.1	1701	CTCCCAGTTTGATTGGTTTGATTAGATCTGTGGGGTTTTGCTGGAGAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146146	CTCCCAGTTTGATTGGTTTGATTAGATCTGTGGGGTTTTGCTGGAGAATA	146195

CU458744.1	1751	ATGTAAAAGTGGCAGGTCAAAGAGAGAGGTTTCCAGAGTTGGGAGGGAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146196	ATGTAAAAGTGGCAGGTCAAAGAGAGAGGTTTCCAGAGTTGGGAGGGAAC	146245

CU458744.1	1801	TCGTCTGGTGGGACTTCTGTCTCTTCCCTTGTGTGCCAGAAGGTGGCTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146246	TCGTCTGGTGGGACTTCTGTCTCTTCCCTTGTGTGCCAGAAGGTGGCTGG	146295

CU458744.1	1851	GTCAAGTCTGCCCTACCCTCTTCTGAATTGTGCTTTTAAATGAACCAGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146296	GTCAAGTCTGCCCTACCCTCTTCTGAATTGTGCTTTTAAATGAACCAGAC	146345

CU458744.1	1901	ACATAGGGTTGCAACGGAAACCAATGACATTGAAAGTTATCAGAGGATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146346	ACATAGGGTTGCAACGGAAACCAATGACATTGAAAGTTATCAGAGGATTT	146395

CU458744.1	1951	GGAAGAACCCACCATGGTCACAGACCCTAAGCCCCAAAGTTAGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	146396	GGAAGAACCCACCATGGTCACAGACCCTAAGCCCCAAAGTTAGAAAGCTT	146445

Compact alignment

skip 300 bps 100% identity alignment

CU458744.1	301	GGGGACGCAAGTAGAAAAGTAATTCAGTCCTCACCTTCAAGGAGCGCTTT	350
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467493.1	144746	GGGGACGCAGGTAGAAAAGTAATTCAGTCCTCACCTTCAAGGAGCGCTTT	144795

skip 1650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU458744.1 - 78449 bps
Hit
CU467493.1 - 146445 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95199420001200011444461464451
284.731783895502755415-1578261741
310031636069360755121470215321
498.4131631204912111192759928211
587.11512655103351297-11377261379811
Short-link