<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU234142.1	1	GAATTCACAAGTCCAAGTCCAAAGTCTCATCTAAGACAAGGCAAGTCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	119752	GAATTCACAAGTCCAAGTCCAAAGTCTCATCTAAGACAAGGCAAGTCTCT	119801

CU234142.1	51	TCCCCGTATAAGCCTGTAAAATTAAAAACAAGTTAGCTACTTCCAAGATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	119802	TCCCCGTATAAGCCTGTAAAATTAAAAACAAGTTAGCTACTTCCAAGATA	119851

CU234142.1	101	CAATGGGGATATAGGCACTGGGTGAATGTTTCCATTCCAAATGGGAGAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	119852	CAATGGGGATATAGGCACTGGGTGAATGTTTCCATTCCAAATGGGAGAAA	119901

CU234142.1	151	TTATCCAAAGCCAAGGGGCCACAGGCCGTGTGGTGATGGGTTTGTAGGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	119902	TTATCCAAAGCCAAGGGGCCACAGGCCGTGTGGTGATGGGTTTGTAGGTG	119951

CU234142.1	201	CAGCAAACCACCAGGGCACAAGTTTACTTATGTGGCAAACCTGCACGTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	119952	CAGCAAACCACCAGGGCACAAGTTTACTTATGTGGCAAACCTGCACGTCC	120001

CU234142.1	251	TGGACATGTACCCTGGAACTTAAAATAAACAAAATAACATTGATTATAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120002	TGGACATGTACCCTGGAACTTAAAATAAACAAAATAACATTGATTATAAA	120051

CU234142.1	301	AAGATATGAGGCCTAGAGAATCCCAGGAATACCTCCGCCGAACCCCACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120052	AAGATATGAGGCCTAGAGAATCCCAGGAATACCTCCGCCGAACCCCACAA	120101

CU234142.1	351	CCCACAACCCCAGTGTCACTAGGTTGCTGGGACAACACTGGCACTACCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120102	CCCACAACCCCAGTGTCACTAGGTTGCTGGGACAACACTGGCACTACCTG	120151

CU234142.1	401	CCTCAAAACTTATTGTGAAGTGAAACATTAAATGTCTTTATTATTAAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120152	CCTCAAAACTTATTGTGAAGTGAAACATTAAATGTCTTTATTATTAAAAC	120201

CU234142.1	451	AAAAGGAGAGAATGACAATGATCGTAACAAATACTTTCAAGCTTTATGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120202	AAAAGGAGAGAATGACAATGATCGTAACAAATACTTTCAAGCTTTATGGA	120251

CU234142.1	501	CATATACAAATTGTACATATTTGGTGGGTGGAATATGATGTTTTGATGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120252	CATATACAAATTGTACATATTTGGTGGGTGGAATATGATGTTTTGATGTA	120301

CU234142.1	551	TGTGAAATAATTACCACAATCGAGCTAACAAGAAAGTGTCTCTCCCCTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120302	TGTGAAATAATTACCACAATCGAGCTAACAAGAAAGTGTCTCTCCCCTCA	120351

CU234142.1	601	CAGGGTTATCATTTTTGTCTTCATTTTTTTTTATGTGGTGAGAATATGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120352	CAGGGTTATCATTTTTGTCTTCATTTTTTTTTATGTGGTGAGAATATGTA	120401

CU234142.1	651	AGACGTATCCTGTTAGCAAATTTCAGGTGTGTAATACAGTCTTTTTACAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120402	AGACGTATCCTGTTAGCAAATTTCAGGTGTGTAATACAGTCTTTTTACAC	120451

CU234142.1	701	TATAGTCAGGCGGGTTTTGAGTGTGGGAAATGAGGACACGTTGGTCAAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120452	TATAGTCAGGCGGGTTTTGAGTGTGGGAAATGAGGACACGTTGGTCAAAG	120501

CU234142.1	751	GCTACAAAGTTTGGTTATGCAGGATGAAAATGTTCTAGAGATCTAATGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120502	GCTACAAAGTTTGGTTATGCAGGATGAAAATGTTCTAGAGATCTAATGTA	120551

CU234142.1	801	AGCATGGTGACGATAGCTCACAGAGCTTCCGATGGAAGAGGCTATTTTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120552	AGCATGGTGACGATAGCTCACAGAGCTTCCGATGGAAGAGGCTATTTTGT	120601

CU234142.1	851	GTGCAGATTTTGCCTTGCTCCAAGATGGCAAAACTGCAGAAGAAATTGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120602	GTGCAGATTTTGCCTTGCTCCAAGATGGCAAAACTGCAGAAGAAATTGTC	120651

CU234142.1	901	CAATGGGCAGAAGAAACTGGAGGTTTATTGGGATGTGTTGACTTCCCTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120652	CAATGGGCAGAAGAAACTGGAGGTTTATTGGGATGTGTTGACTTCCCTCC	120701

CU234142.1	951	ACCAATTGAAGATAAGAGATGACCAGAATTCAAGGTGCTGCCTACTTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120702	ACCAATTGAAGATAAGAGATGACCAGAATTCAAGGTGCTGCCTACTTCAC	120751

CU234142.1	1001	GTTAGTATTGAGGAAGGAGCTCATTCCTCTTAACAATGAAGAGTAATCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120752	GTTAGTATTGAGGAAGGAGCTCATTCCTCTTAACAATGAAGAGTAATCAG	120801

CU234142.1	1051	ATTTTAAACTGTCATGGTTGCTGTAAAGAAAAAGCAAAGCGTAAGTATAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120802	ATTTTAAACTGTCATGGTTGCTGTAAAGAAAAAGCAAAGCGTAAGTATAC	120851

CU234142.1	1101	CCTAATAAAATTTTTGTGTATAAGAAGGGAAACTATTCAGAAAGTGAAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120852	CCTAATAAAATTTTTGTGTATAAGAAGGGAAACTATTCAGAAAGTGAAAG	120901

CU234142.1	1151	TGATACAAATATGAGATAGCCCCAGAGAAATTTGAGGCACCTCGAGTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120902	TGATACAAATATGAGATAGCCCCAGAGAAATTTGAGGCACCTCGAGTTTC	120951

CU234142.1	1201	TTTCAAAAATAAAATGCAATTGGGAAGCCAAGGCAGGCGGATCACCTGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	120952	TTTCAAAAATAAAATGCAATTGGGAAGCCAAGGCAGGCGGATCACCTGAG	121001

CU234142.1	1251	GTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCCAACATGGCGAAACCCCATCTGTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121002	GTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCCAACATGGCGAAACCCCATCTGTAC	121051

CU234142.1	1301	TAAAATTACAAAATATTAGCTGGTGTGGTGGTGGGGGTCTGTAATCCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121052	TAAAATTACAAAATATTAGCTGGTGTGGTGGTGGGGGTCTGTAATCCCAG	121101

CU234142.1	1351	CTATTCGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTAAACCTGGGAGGCAGAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121102	CTATTCGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTAAACCTGGGAGGCAGAGG	121151

CU234142.1	1401	TTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACCCCAGCCTGGGCGACAAGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121152	TTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACCCCAGCCTGGGCGACAAGAG	121201

CU234142.1	1451	TGAAACTTCGTCTTAAAATAAATAAATGAATAAATAAATAAATAAAATGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121202	TGAAACTTCGTCTTAAAATAAATAAATGAATAAATAAATAAATAAAATGC	121251

CU234142.1	1501	ATTAAAACACCAAAACATAGAAATGTTATATAAGTTAGAAGAGTTATTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121252	ATTAAAACACCAAAACATAGAAATGTTATATAAGTTAGAAGAGTTATTTC	121301

CU234142.1	1551	CCTCATTTTAATGATGCTAAAAGTGAGGTAAAAATAAAAAGAAATTCGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121302	CCTCATTTTAATGATGCTAAAAGTGAGGTAAAAATAAAAAGAAATTCGTG	121351

CU234142.1	1601	AATTTATAAGAAATGTATTAAATAAGTGAAACATATTAAAATACAGAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121352	AATTTATAAGAAATGTATTAAATAAGTGAAACATATTAAAATACAGAAAA	121401

CU234142.1	1651	GATAAAGTAACTGTAGCTGGAAACAGAGAGAGGCATGCTTGCAGAAAGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121402	GATAAAGTAACTGTAGCTGGAAACAGAGAGAGGCATGCTTGCAGAAAGTA	121451

CU234142.1	1701	TATAAAAAGGGATGGAAACATATACATATTTAAAAAATAATCAGCCAGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121452	TATAAAAAGGGATGGAAACATATACATATTTAAAAAATAATCAGCCAGGG	121501

CU234142.1	1751	TACAGTCATATGAAGACAGATCAAGAACACCCAATGTTTTTAAAATTGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121502	TACAGTCATATGAAGACAGATCAAGAACACCCAATGTTTTTAAAATTGGA	121551

CU234142.1	1801	ATTTTTGAAGAAGAGAACGCAAGCAAGGAATAGATAGGATCTAGTTTATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121552	ATTTTTGAAGAAGAGAACGCAAGCAAGGAATAGATAGGATCTAGTTTATT	121601

CU234142.1	1851	TGTCCAGGATCCATATTTGAAAAATTCAGGTATGGCTTATTTCTGACCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121602	TGTCCAGGATCCATATTTGAAAAATTCAGGTATGGCTTATTTCTGACCTT	121651

CU234142.1	1901	CTGAATTTACTCTTTTATATGTTTTTCCAGAGGAATCCATAAGCCTGTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121652	CTGAATTTACTCTTTTATATGTTTTTCCAGAGGAATCCATAAGCCTGTTA	121701

CU234142.1	1951	GGAGATTAGGCTACGAAATTTCTTTAAATGTACCTCAAGTGAATAGAACC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467002.2	121702	GGAGATTAGGCTACGAAATTTCTTTAAATGTACCTCAAGTGAATAGAACC	121751

Overview

Query
CU234142.1 - 119624 bps
Hit
CU467002.2 - 121751 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link