<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463829.12	1	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGCTGATCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	1781	GATCCTGAGGCAGTGCTAGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGCTGATCC	1830

CU463829.12	51	TGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGAGTCTGAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	1831	TGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCGGGGTGGGTGTAGAGTCTGAGA	1880

CU463829.12	101	CAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	1881	CAGTGCTGGATACAGTGGTGGTCAGAGTGGGTGTAGAGCCTGAGCCAGTG	1930

CU463829.12	151	CTGGATACAGTGGTGGGCACAGATCCTGAGGCCTTGCTAGATGCAGTGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	1931	CTGGATACAGTGGTGGGCACAGATCCTGAGGCCTTGCTAGATGCAGTGGT	1980

CU463829.12	201	GGTCGGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGGGGTGGTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	1981	GGTCGGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATACAGGGGTGGTTG	2030

CU463829.12	251	GGGTGGGTGAAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGGGGTGGTCGGGGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2031	GGGTGGGTGAAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGGGGTGGTCGGGGTA	2080

CU463829.12	301	GGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTTGATGGAGTGGTGGTCAGGGTGGGCGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2081	GGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTTGATGGAGTGGTGGTCAGGGTGGGCGT	2130

CU463829.12	351	AGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCGGAGTGGGTGTAGAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2131	AGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCGGAGTGGGTGTAGAGC	2180

CU463829.12	401	CTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGGCACAGATCTTGAGGCTTTGCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2181	CTGAGCCAGTGCTGGATACAGTGGTGGGCACAGATCTTGAGGCTTTGCTA	2230

CU463829.12	451	GATGCAGTAGTGGTCGGGGTAGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2231	GATGCAGTAGTGGTCGGGGTAGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGC	2280

CU463829.12	501	AGGGGTGGTTGGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2281	AGGGGTGGTTGGGGTGGGTGTAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGG	2330

CU463829.12	551	TGGTCGTTGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGGGGTGGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2331	TGGTCGTTGTGGGTGTAGAGCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGGGGTGGTC	2380

CU463829.12	601	GGGGTGGACATAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2381	GGGGTGGACATAGATCCTGAGGCAGTGCTGGATGCAGTGGTGGTCAGGGT	2430

CU463829.12	651	GGGCTTAGAGTCTGAGGCAATGCTGGATGCCTTGGTGGTCAGGGTGGGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2431	GGGCTTAGAGTCTGAGGCAATGCTGGATGCCTTGGTGGTCAGGGTGGGCA	2480

CU463829.12	701	TAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATATAGTGGTGGTCGGGGTGGTTTCATAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2481	TAGATCCTGAGGCAGTGCTAGATATAGTGGTGGTCGGGGTGGTTTCATAG	2530

CU463829.12	751	TCTGTGGCTATGCTCTTCGTTTCTGATGAAGGATTTGAAGTTGTGGTGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2531	TCTGTGGCTATGCTCTTCGTTTCTGATGAAGGATTTGAAGTTGTGGTGGA	2580

CU463829.12	801	GGAAATATGGGCATAACCTATGGTATAACAGAAGTTTTTTCTGAATAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2581	GGAAATATGGGCATAACCTATGGTATAACAGAAGTTTTTTCTGAATAAGA	2630

CU463829.12	851	CCATGATAAGTACCCAGGGCATACTTATATATTTGTTTTCTGCTTTCTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2631	CCATGATAAGTACCCAGGGCATACTTATATATTTGTTTTCTGCTTTCTCC	2680

CU463829.12	901	TTTGTTAAATTCATTGCATGGGTGATTTTTTTCAGTGCTCCTCAGTGCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2681	TTTGTTAAATTCATTGCATGGGTGATTTTTTTCAGTGCTCCTCAGTGCTC	2730

CU463829.12	951	CGTGCACACCACTCTTGATTATCTAATCAAGTTTTAGAAATATTGATGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2731	CGTGCACACCACTCTTGATTATCTAATCAAGTTTTAGAAATATTGATGGT	2780

CU463829.12	1001	TTCCTTGTGCCCACAGAGGTCAGAAGAACGTGTTGGAATCCCTGGCACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2781	TTCCTTGTGCCCACAGAGGTCAGAAGAACGTGTTGGAATCCCTGGCACTG	2830

CU463829.12	1051	GAATTACAGAGGGTTCTTGGGAATGGGCCTTTGGTACTGTGAAGAGCATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2831	GAATTACAGAGGGTTCTTGGGAATGGGCCTTTGGTACTGTGAAGAGCATC	2880

CU463829.12	1101	CCATATTCCAACCTACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACAGTGAATTTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2881	CCATATTCCAACCTACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACAGTGAATTTTTT	2930

CU463829.12	1151	TTCCATTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2931	TTCCATTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCA	2980

CU463829.12	1201	AAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCTACCCACTCCCCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	2981	AAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCTACCCACTCCCCC	3030

CU463829.12	1251	TTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3031	TTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTTTC	3080

CU463829.12	1301	TAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3081	TAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACA	3130

CU463829.12	1351	TATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3131	TATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTG	3180

CU463829.12	1401	TTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3181	TTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTA	3230

CU463829.12	1451	GCTCCTTCATTGGGAGCCCCCCACAGTGAATTTTAGACCAGCCTAGCCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3231	GCTCCTTCATTGGGAGCCCCCCACAGTGAATTTTAGACCAGCCTAGCCTA	3280

CU463829.12	1501	CATCAGACCATGTCTAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACTCTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3281	CATCAGACCATGTCTAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACTCTCA	3330

CU463829.12	1551	AGAAGCTAAACAAAATAAGAGCAATGATAACATCAAAAAGCAAGACTGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3331	AGAAGCTAAACAAAATAAGAGCAATGATAACATCAAAAAGCAAGACTGAG	3380

CU463829.12	1601	TTTATCTGATAAACATTATTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3381	TTTATCTGATAAACATTATTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTTA	3430

CU463829.12	1651	TTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCCGACACTCCAGAAGAGGGCGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3431	TTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCCGACACTCCAGAAGAGGGCGC	3480

CU463829.12	1701	CAGATCTCATTACCATGTGGTTGCTGGGAATCGAACTCAGGACCTTTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3481	CAGATCTCATTACCATGTGGTTGCTGGGAATCGAACTCAGGACCTTTGGA	3530

CU463829.12	1751	AGAATAGTCAATGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATCTGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3531	AGAATAGTCAATGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATCTGAT	3580

CU463829.12	1801	AAACATTCTATATTCTCACATTAACAAAATCTCAGTTTAAAAAAAAATAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3581	AAACATTCTATATTCTCACATTAACAAAATCTCAGTTTAAAAAAAAATAC	3630

CU463829.12	1851	CAGAAAGGAATTGGAGGGCTGGGGCCCACCTTAGTGGTAAGCGTTTGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3631	CAGAAAGGAATTGGAGGGCTGGGGCCCACCTTAGTGGTAAGCGTTTGCCA	3680

CU463829.12	1901	AATACAGATAAAGACCTGTCTTTGAACCTCAGCTTGAATGTGCAGACACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3681	AATACAGATAAAGACCTGTCTTTGAACCTCAGCTTGAATGTGCAGACACT	3730

CU463829.12	1951	CATGTACAAACACACACACATACACACATACATAGACACATGCATAGACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466549.6	3731	CATGTACAAACACACACACATACACACATACATAGACACATGCATAGACA	3780

Overview

Query
CU463829.12 - 155191 bps
Hit
CU466549.6 - 3780 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019872000120001178137801
285.8635973947421297851
386.0121042714271715061
484.81338739474212099651
583.9924957217174212958751
6853417421742129610551
785.473477394742161413701
884.53257374740179415481
986.012114271427183612711
1085.682054244427188413161
1182.9728473947421101917751
1286.721542714271106114961
1384.512475591757331137919461
1483.930673047331146922071
1582.922195681757421146920361
1686.4534768546881151422071
1783.0127873617361160123361
1880.4123176147641169424541
1982.0126473947421173924771
2081.9224769716971182625221
2182.8320755615561195225161
2290.0926342444271204524681
Short-link