<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU464136.6	1	GAATTCAGTTTCCAATACTCATGTCAGGTGCCGCACAACTCCAGCCCCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126351	GAATTCAGTTTCCAATACTCATGTCAGGTGCCGCACAACTCCAGCCCCAA	126400

CU464136.6	51	GGGCTCTGATCCTTTTTTTTTGGTCTCTGTGGGGACAACCACACAACACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126401	GGGCTCTGATCCTTTTTTTTTGGTCTCTGTGGGGACAACCACACAACACA	126450

CU464136.6	101	CAACTCACACACACACACACAGATTAATGATAAAATGATTCTTTTTTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126451	CAACTCACACACACACACACAGATTAATGATAAAATGATTCTTTTTTTTT	126500

CU464136.6	151	TTTAAGACTTTGATCTCTGAATTTTCCCTAGGAATAATAACCTGTTTCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126501	TTTAAGACTTTGATCTCTGAATTTTCCCTAGGAATAATAACCTGTTTCTT	126550

CU464136.6	201	CTATCCTCTCTTCTCCACTGAGTTAATCCTTCACTTTGACTCAGATCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126551	CTATCCTCTCTTCTCCACTGAGTTAATCCTTCACTTTGACTCAGATCTCT	126600

CU464136.6	251	AGCCTCTCTTTCATTAAAAAAAATTACATTTTAAAAATTATTTTGTGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126601	AGCCTCTCTTTCATTAAAAAAAATTACATTTTAAAAATTATTTTGTGTAT	126650

CU464136.6	301	GCAGGGGTGAATACGTGCCCCGGTTCATGTGTGCAGGTTAGAGAACAACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126651	GCAGGGGTGAATACGTGCCCCGGTTCATGTGTGCAGGTTAGAGAACAACT	126700

CU464136.6	351	TACGGGAATCAGTTCAGTTTCTCTTTCTACCTTGTGGGGTTCAAAGGTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126701	TACGGGAATCAGTTCAGTTTCTCTTTCTACCTTGTGGGGTTCAAAGGTCA	126750

CU464136.6	401	GTTTCACATCACTGGTGCCAGGTGTGGTGGTGTACGCCATTAATCCCAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126751	GTTTCACATCACTGGTGCCAGGTGTGGTGGTGTACGCCATTAATCCCAGA	126800

CU464136.6	451	CCTGGGGAGGCAGAGACAGGTGGATCTCTATGAGTTTGAGAGAAACCTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126801	CCTGGGGAGGCAGAGACAGGTGGATCTCTATGAGTTTGAGAGAAACCTGG	126850

CU464136.6	501	CCTACATAGGAAGCTCAGACTAGACATAGACAAGGCTACAGAGTAAGACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126851	CCTACATAGGAAGCTCAGACTAGACATAGACAAGGCTACAGAGTAAGACC	126900

CU464136.6	551	TATCTCAATGTTTTTTTCTATTCAAGATAGGGTGTCTCCGTGTTGCCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126901	TATCTCAATGTTTTTTTCTATTCAAGATAGGGTGTCTCCGTGTTGCCCTG	126950

CU464136.6	601	GCTGTTCTAAGATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTTAGAGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	126951	GCTGTTCTAAGATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTTAGAGAT	127000

CU464136.6	651	CCACCTGCCTCTGCCTCCCATGTGCTGGGATTAAGCACATGTTCCACTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127001	CCACCTGCCTCTGCCTCCCATGTGCTGGGATTAAGCACATGTTCCACTGC	127050

CU464136.6	701	ATTCTGGCTGAAAAAAAATTTTTTTTCCTAAATTCAGGCAAGCACTTTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127051	ATTCTGGCTGAAAAAAAATTTTTTTTCCTAAATTCAGGCAAGCACTTTTA	127100

CU464136.6	751	CCTTAATTTTTCTTTCCTTTTTGTCTTTCTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127101	CCTTAATTTTTCTTTCCTTTTTGTCTTTCTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCT	127150

CU464136.6	801	TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127151	TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCC	127200

CU464136.6	851	CTCCCTCCCTCCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGGTTTTATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127201	CTCCCTCCCTCCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGGTTTTATTT	127250

CU464136.6	901	TACTTTTTATGTATATGAGTGTTCTACCTGTAGGTATGCCTACATGCCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127251	TACTTTTTATGTATATGAGTGTTCTACCTGTAGGTATGCCTACATGCCAG	127300

CU464136.6	951	AAGAGAGCATCAGATCCCATTACAGATAGTTGTCAACCACCATGTGGTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127301	AAGAGAGCATCAGATCCCATTACAGATAGTTGTCAACCACCATGTGGTTG	127350

CU464136.6	1001	CTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCATCAGTGCTCTTAACCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127351	CTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCATCAGTGCTCTTAACCTC	127400

CU464136.6	1051	TGAGCCAGCTCTCCAGCTCCCTCCCTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127401	TGAGCCAGCTCTCCAGCTCCCTCCCTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC	127450

CU464136.6	1101	CTTCCTTCCTTCCTTTAAATATTTATTTATTTTACATATATGACTACACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127451	CTTCCTTCCTTCCTTTAAATATTTATTTATTTTACATATATGACTACACT	127500

CU464136.6	1151	GTCACTGTCTTCAGACACACCAGAAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127501	GTCACTGTCTTCAGACACACCAGAAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTT	127550

CU464136.6	1201	GCTGGGATTTGAACTTAGAATCCTTGGAAGAAGAGTCAGCACTCTTAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127551	GCTGGGATTTGAACTTAGAATCCTTGGAAGAAGAGTCAGCACTCTTAATG	127600

CU464136.6	1251	ACTGAGCCATCTTTCCAACCCCCTGAATTCTTTCTTGGTGTTTATTTTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127601	ACTGAGCCATCTTTCCAACCCCCTGAATTCTTTCTTGGTGTTTATTTTTG	127650

CU464136.6	1301	GGGATGTGGGACTTGAGACTGTCCAATAGCATAGGTTGGTCTTGGTTTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127651	GGGATGTGGGACTTGAGACTGTCCAATAGCATAGGTTGGTCTTGGTTTTG	127700

CU464136.6	1351	ATATATAGCTGAAGTTGACTTTGAACCCCCGGTGCTTTTGCCTTCACGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127701	ATATATAGCTGAAGTTGACTTTGAACCCCCGGTGCTTTTGCCTTCACGTC	127750

CU464136.6	1401	TAAAGGCTGGACTGCAGGCATAATCCACCACACCGGGCTACTTCTGATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127751	TAAAGGCTGGACTGCAGGCATAATCCACCACACCGGGCTACTTCTGATTT	127800

CU464136.6	1451	TAAAAATTCTTGTGTGCGCTTTCACACGTGTGTCTGGAGGTCAGTGGGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127801	TAAAAATTCTTGTGTGCGCTTTCACACGTGTGTCTGGAGGTCAGTGGGCA	127850

CU464136.6	1501	GCCTCGGGAGGCTTGTGTTACCTTCTCCCTTGTTTGAGGCAGGTTCAGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127851	GCCTCGGGAGGCTTGTGTTACCTTCTCCCTTGTTTGAGGCAGGTTCAGGT	127900

CU464136.6	1551	TTTGTGGCTGCACAGCCCAGGCTAGCCCACAAGTGCCTGGGGATTCTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127901	TTTGTGGCTGCACAGCCCAGGCTAGCCCACAAGTGCCTGGGGATTCTCCT	127950

CU464136.6	1601	TCCCTCCTCATGTTCTATCTCAAGGTAGGATTGCTGGGCTTGCTGCCCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	127951	TCCCTCCTCATGTTCTATCTCAAGGTAGGATTGCTGGGCTTGCTGCCCAA	128000

CU464136.6	1651	GTGCCCATGCTTATGTGGAAAATGCACCATCCCCATCCCAGCCATCTCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128001	GTGCCCATGCTTATGTGGAAAATGCACCATCCCCATCCCAGCCATCTCAG	128050

CU464136.6	1701	CCCCTCCCCAGCTCCCTCATCCCAGCCTCAGCCCCAGTCCCATCCCCCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128051	CCCCTCCCCAGCTCCCTCATCCCAGCCTCAGCCCCAGTCCCATCCCCCAG	128100

CU464136.6	1751	CCCAGCCATTTCTCAGCCCAGCCAGCCCCCAGCAATTCTTGCTGGTTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128101	CCCAGCCATTTCTCAGCCCAGCCAGCCCCCAGCAATTCTTGCTGGTTTTT	128150

CU464136.6	1801	GTTTACCACAAACAAACAGGCTCAACAATTTCAGTTACACTCTCAGTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128151	GTTTACCACAAACAAACAGGCTCAACAATTTCAGTTACACTCTCAGTTTT	128200

CU464136.6	1851	GAAAAATGTTCCCACCCGATGTTTAACCAAGAAGACCTTGAAGATCTCGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128201	GAAAAATGTTCCCACCCGATGTTTAACCAAGAAGACCTTGAAGATCTCGG	128250

CU464136.6	1901	TTTGAGGAAATGAAAGGCATTTCCTGGGTTTTCCTCCTGAGCTGCAGAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128251	TTTGAGGAAATGAAAGGCATTTCCTGGGTTTTCCTCCTGAGCTGCAGAAT	128300

CU464136.6	1951	CGGTCACGAGGGGCTGCTGGTGGGCCCCCAGGCTGCTCGCCCGGGTTTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466548.15	128301	CGGTCACGAGGGGCTGCTGGTGGGCCCCCAGGCTGCTCGCCCGGGTTTCA	128350

Overview

Query
CU464136.6 - 155448 bps
Hit
CU466548.15 - 128350 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link