<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU466552.10	1	CCAGGAAAGCCCCACATGCCTGTGCGTGCAGAACAATCCCCTGGTGGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166650	CCAGGAAAGCCCCACATGCCTGTGCGTGCAGAACAATCCCCTGGTGGAAG	166699

CU466552.10	51	AGTAGGCAAAGTAAGAATACAACCAACCAACACCAGAGCCAAGCCCAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166700	AGTAGGCAAAGTAAGAATACAACCAACCAACACCAGAGCCAAGCCCAGAG	166749

CU466552.10	101	GCCTGTGCTGGAGGACAAGGGTGTAAGCAGACCGCAAGAAGCCAAGGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166750	GCCTGTGCTGGAGGACAAGGGTGTAAGCAGACCGCAAGAAGCCAAGGTCA	166799

CU466552.10	151	GGAGCCAAGGGTGTCAAGACAGGGTTTCTTTGTGTCCTGGCTGTCCTGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166800	GGAGCCAAGGGTGTCAAGACAGGGTTTCTTTGTGTCCTGGCTGTCCTGGA	166849

CU466552.10	201	TCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGAGTTCTGCTTACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166850	TCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGAGTTCTGCTTACC	166899

CU466552.10	251	TCTGCCTTCCAAGTGCTACGACTAAAGGCATGAGTCACCACTACCTGTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166900	TCTGCCTTCCAAGTGCTACGACTAAAGGCATGAGTCACCACTACCTGTCA	166949

CU466552.10	301	CCTCCTGGGTCTCTGATCTCCCTCTGGTTGACCATTCTCTTCCTGCAGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	166950	CCTCCTGGGTCTCTGATCTCCCTCTGGTTGACCATTCTCTTCCTGCAGTG	166999

CU466552.10	351	AATACATCAGGAGCTGGTGTCTTTGCATGGGCTGACTGGAGTGACAAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167000	AATACATCAGGAGCTGGTGTCTTTGCATGGGCTGACTGGAGTGACAAGGA	167049

CU466552.10	401	GGCTCTGGATTTGGTGTGCTCTGTTGGAAGAGAGTAAGCTCTTTGACGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167050	GGCTCTGGATTTGGTGTGCTCTGTTGGAAGAGAGTAAGCTCTTTGACGAG	167099

CU466552.10	451	GCTCTCTGCTCTGAACACATCTTTTGTTTTGTTTTGTTTAGAGCCAGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167100	GCTCTCTGCTCTGAACACATCTTTTGTTTTGTTTTGTTTAGAGCCAGTTT	167149

CU466552.10	501	TTCTAGGTGTAGCCATCACTGATTATCCTGGACTTACTTTGTTGACCAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167150	TTCTAGGTGTAGCCATCACTGATTATCCTGGACTTACTTTGTTGACCAGG	167199

CU466552.10	551	CTGGCCTTGAACTCACAGTTCTGCCTCTGTATCCTGAGTCCCTGGATCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167200	CTGGCCTTGAACTCACAGTTCTGCCTCTGTATCCTGAGTCCCTGGATCAA	167249

CU466552.10	601	AGATGTGCACAGACATACCAGGCTTTCAAGTTCTTTTTTTAGCTGTTGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167250	AGATGTGCACAGACATACCAGGCTTTCAAGTTCTTTTTTTAGCTGTTGCA	167299

CU466552.10	651	TGAAAGAGAGTTGTCCATATTTATGGGCTTTCCTGTGATATTTGCACATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167300	TGAAAGAGAGTTGTCCATATTTATGGGCTTTCCTGTGATATTTGCACATC	167349

CU466552.10	701	TGTATTCATATTTGAAAGTGATCCTGTGATAGTTCCAACCTGTATAATTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167350	TGTATTCATATTTGAAAGTGATCCTGTGATAGTTCCAACCTGTATAATTA	167399

CU466552.10	751	TCTGTGGGCTTTCCTGTGATATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167400	TCTGTGGGCTTTCCTGTGATATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGC	167449

CU466552.10	801	TACCCTGTGATATCTCCAACCTGTATAATTATCTGTGGGCTAACCTGTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167450	TACCCTGTGATATCTCCAACCTGTATAATTATCTGTGGGCTAACCTGTGA	167499

CU466552.10	851	TATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACTTCCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167500	TATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACTTCCAC	167549

CU466552.10	901	ACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACTTCCACACCTGTATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167550	ACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACTTCCACACCTGTATA	167599

CU466552.10	951	CATATCTGTGGGCTAACCTGTGATATCTCCACACCTGTATAATTATCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167600	CATATCTGTGGGCTAACCTGTGATATCTCCACACCTGTATAATTATCTGT	167649

CU466552.10	1001	GGGCTAACCTGTGATATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167650	GGGCTAACCTGTGATATCTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCC	167699

CU466552.10	1051	TGTGATACTTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167700	TGTGATACTTCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATACT	167749

CU466552.10	1101	TCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATATCTCCAACACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167750	TCCACACCTGTATACATATCTGTGGGCTGCCCTGTGATATCTCCAACACT	167799

CU466552.10	1151	TGTGTACACGGTATAAGGTCTGAATGGGAATCCTATACATCTCCTCCCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167800	TGTGTACACGGTATAAGGTCTGAATGGGAATCCTATACATCTCCTCCCAG	167849

CU466552.10	1201	GTGTGATTTCTGCAGTGAAGACATTTAGAGTCTTGGCTTCCAGCTTTCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167850	GTGTGATTTCTGCAGTGAAGACATTTAGAGTCTTGGCTTCCAGCTTTCTG	167899

CU466552.10	1251	AAAGCTACAGCCTGTTTTGGTTTCCTCGTTGCCCCCTGTCTTAGTCAGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167900	AAAGCTACAGCCTGTTTTGGTTTCCTCGTTGCCCCCTGTCTTAGTCAGGG	167949

CU466552.10	1301	TCTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAACAAGTTGGGGAGGAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	167950	TCTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAACAAGTTGGGGAGGAAA	167999

CU466552.10	1351	GGGTTTATTCGGCTTACACTTCCATACTGCTGTCCATCACCAAGGAAGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168000	GGGTTTATTCGGCTTACACTTCCATACTGCTGTCCATCACCAAGGAAGTC	168049

CU466552.10	1401	AGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGAAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168050	AGGACTGGAACTCAAGCAGATCAGAAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCAT	168099

CU466552.10	1451	GGAGGGATGCTCTTTACTGGCTTACTCATCCTGCTCTCTTAAGAACCAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168100	GGAGGGATGCTCTTTACTGGCTTACTCATCCTGCTCTCTTAAGAACCAAG	168149

CU466552.10	1501	ACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAGGGGCCTTTCCCCCTTGATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168150	ACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAGGGGCCTTTCCCCCTTGATT	168199

CU466552.10	1551	ACTAATTGGGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168200	ACTAATTGGGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCA	168249

CU466552.10	1601	ACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAGGTTGACACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168250	ACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAGGTTGACACAA	168299

CU466552.10	1651	AACTAGCCAGTACACCTACCTTGCAGCTGCCCATTAATTACCCCTCCGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168300	AACTAGCCAGTACACCTACCTTGCAGCTGCCCATTAATTACCCCTCCGTC	168349

CU466552.10	1701	CTAACTGTAGCCCCTTCTCAGCCACCCTCACCCTGACAGTCCCCTCCTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168350	CTAACTGTAGCCCCTTCTCAGCCACCCTCACCCTGACAGTCCCCTCCTGA	168399

CU466552.10	1751	TCTGTCAATGTGTACTACTCAGGTCACTTCAGAAGCCTCACAGAAGTGGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168400	TCTGTCAATGTGTACTACTCAGGTCACTTCAGAAGCCTCACAGAAGTGGT	168449

CU466552.10	1801	GCTGTGGAGACCTCTGCAAATTATTGCAGTTTCGTGGTATTTTTTTGTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168450	GCTGTGGAGACCTCTGCAAATTATTGCAGTTTCGTGGTATTTTTTTGTTT	168499

CU466552.10	1851	TGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCGTTTTGTTTTCTATTGTTGTTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168500	TGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCGTTTTGTTTTCTATTGTTGTTGTT	168549

CU466552.10	1901	GTTTGGGTGTTTTTGTTTTTGTTTTATTTGTTGTTTTTTGCTTTTTGTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168550	GTTTGGGTGTTTTTGTTTTTGTTTTATTTGTTGTTTTTTGCTTTTTGTTT	168599

CU466552.10	1951	GTTTCCTTGAAACAGAATCTTTCGATGTAGCTCTGGTTGCCCTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463853.8	168600	GTTTCCTTGAAACAGAATCTTTCGATGTAGCTCTGGTTGCCCTTGAATTC	168649

Overview

Query
CU466552.10 - 104314 bps
Hit
CU463853.8 - 168649 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link