<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974427.5	1	GATCCATCAAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91121	GATCCATCAAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCC	91170

CR974427.5	51	CCAGCATAGTCTCACAAGAGAGAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91171	CCAGCATAGTCTCACAAGAGAGAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAAT	91220

CR974427.5	101	CTTGCTAGTGTAAGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91221	CTTGCTAGTGTAAGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGATG	91270

CR974427.5	151	GATCCCCAGGTATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCGTCTCAGCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91271	GATCCCCAGGTATGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCGTCTCAGCTC	91320

CR974427.5	201	CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATCGGTGTTTTGTTCCCAATTCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91321	CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATCGGTGTTTTGTTCCCAATTCTA	91370

CR974427.5	251	AGAAGGGGCAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAGTTTCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91371	AGAAGGGGCAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAGTTTCAT	91420

CR974427.5	301	GTGTTTTGTAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATTCTAAATTTTTGGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91421	GTGTTTTGTAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATTCTAAATTTTTGGGCT	91470

CR974427.5	351	AATATCCACTTATCAGAAAGTACATATCATGTGAGTTCTTTTGTGATTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91471	AATATCCACTTATCAGAAAGTACATATCATGTGAGTTCTTTTGTGATTGG	91520

CR974427.5	401	GTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91521	GTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAA	91570

CR974427.5	451	TTTTATAACTTCATTCTTTTTAATAGCTGCTTAGTACTCCATTGTGTAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91571	TTTTATAACTTCATTCTTTTTAATAGCTGCTTAGTACTCCATTGTGTAGA	91620

CR974427.5	501	TGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACAACTGGGTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91621	TGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACAACTGGGTTCT	91670

CR974427.5	551	TTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91671	TTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCA	91720

CR974427.5	601	TGTGTCCTTCTTACTGGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91721	TGTGTCCTTCTTACTGGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAAGT	91770

CR974427.5	651	GGTATTTCGGGATCCTCCGGTAATACAATGTCCAATTTTCTGAGGAACTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91771	GGTATTTCGGGATCCTCCGGTAATACAATGTCCAATTTTCTGAGGAACTG	91820

CR974427.5	701	CCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTTCAATCCCACCAACAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91821	CCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTTCAATCCCACCAACAAT	91870

CR974427.5	751	GGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTTCTCTCACCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91871	GGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTTCTCTCACCT	91920

CR974427.5	801	GAATTTTTGATCTTAGCCATTCTCAATGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91921	GAATTTTTGATCTTAGCCATTCTCAATGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGT	91970

CR974427.5	851	TGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAATGATGCTGAACATTTTTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	91971	TGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAATGATGCTGAACATTTTTTCA	92020

CR974427.5	901	GGTGTTTCTCAACCATTCAGTATTCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTTAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92021	GGTGTTTCTCAACCATTCAGTATTCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTTAAC	92070

CR974427.5	951	TCTGAGTCCCATTTTTAATAGGATTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92071	TCTGAGTCCCATTTTTAATAGGATTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTC	92120

CR974427.5	1001	TTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAGGATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92121	TTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAGGATA	92170

CR974427.5	1051	GGTAAGGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGACTTTTTGTCTTATTGACGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92171	GGTAAGGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGACTTTTTGTCTTATTGACGG	92220

CR974427.5	1101	TGTCTTTTGCCTTACAGAACCGTTGCAATTTTATAAGGTCCCATTTGTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92221	TGTCTTTTGCCTTACAGAACCGTTGCAATTTTATAAGGTCCCATTTGTCA	92270

CR974427.5	1151	ATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCGTTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92271	ATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCGTTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTC	92320

CR974427.5	1201	CCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTTTAAAAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92321	CCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTTTAAAAGTT	92370

CR974427.5	1251	TCACTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATCCACTTAGATTTGACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92371	TCACTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATCCACTTAGATTTGACT	92420

CR974427.5	1301	TTAGTACAAGGAGATAGGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTATATGATAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92421	TTAGTACAAGGAGATAGGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTATATGATAA	92470

CR974427.5	1351	TCGCCAGTTGTGCAAGCACCATTTATTGAACATGCTGTCTTTTTTCCACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92471	TCGCCAGTTGTGCAAGCACCATTTATTGAACATGCTGTCTTTTTTCCACT	92520

CR974427.5	1401	CGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92521	CGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGG	92570

CR974427.5	1451	TTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGGTCTTCTTGGCTGTCGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92571	TTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGGTCTTCTTGGCTGTCGCT	92620

CR974427.5	1501	ATACCAGTACCATGCAGTTTTTTATTACACTTGCTCTGTAATATAGCTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92621	ATACCAGTACCATGCAGTTTTTTATTACACTTGCTCTGTAATATAGCTTT	92670

CR974427.5	1551	AGGTCAGGCATGGTGATTCCACTAGAGGTTCTTTTATCCTTGAGAAGAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92671	AGGTCAGGCATGGTGATTCCACTAGAGGTTCTTTTATCCTTGAGAAGAGT	92720

CR974427.5	1601	TTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCTAAATGAATTTGAAGATTGCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92721	TTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCTAAATGAATTTGAAGATTGCCC	92770

CR974427.5	1651	TTTCTAATTCATTGAAGAATTGGGTTGGAATTTTAATGGGGATTGCATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92771	TTTCTAATTCATTGAAGAATTGGGTTGGAATTTTAATGGGGATTGCATTG	92820

CR974427.5	1701	AACTGTAGATTGCTTTTGGGAAGATAGTCATTTTTACTATATTGATCCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92821	AACTGTAGATTGCTTTTGGGAAGATAGTCATTTTTACTATATTGATCCAG	92870

CR974427.5	1751	CCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92871	CCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTAAT	92920

CR974427.5	1801	TTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCACAAGGAGGAAAATTATGTCCTAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92921	TTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCACAAGGAGGAAAATTATGTCCTAGC	92970

CR974427.5	1851	AAAAGCAAGAAAGTAATCTTTCAACAAACCTAAAAGAAGACAGCCACAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	92971	AAAAGCAAGAAAGTAATCTTTCAACAAACCTAAAAGAAGACAGCCACAAG	93020

CR974427.5	1901	AACAGAATGCCAACTCTAACAACAAAAATAACAGGAAGCAACAATTACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	93021	AACAGAATGCCAACTCTAACAACAAAAATAACAGGAAGCAACAATTACTT	93070

CR974427.5	1951	TTATTCAATATCTCTTAATATCAATGGACTCAATTCCCCCATGAAAAGAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463852.10	93071	TTATTCAATATCTCTTAATATCAATGGACTCAATTCCCCCATGAAAAGAC	93120

Overview

Query
CR974427.5 - 180395 bps
Hit
CU463852.10 - 93120 bps
Total alignments
257
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001949200012000191121931201
279.61117374267640-1361039721
382.0311829973817679-1361039041
484.871322752504725321-1361038801
582.031182993308333381-1361039041
681.32110293167845168137-1361038981
781.0110929985848861461361039041
882.031182991352661355641361039041
978.929635288039883901361939691
1086.962885226138861909-1684673971
1186.2228052832423329501685473971
1285.022665251671761677001685473941
1386.57346892627926941686069261
1482.6142911051231052131698770781
1588.271963078864988955-1709173971
1685.671663121052081055191709173971
1785.8951731775511777231709172661
1892.132303058627986583-1709373971
1994.752543058938189685-1709373971
2091.8227305135698136002-1709373971
2192.79236305694372471709373971
2293.120526192848931081709373531
2391.761261701188281189971709372621
2495.6117820532071719373971
2590.9111015545903460571775379061
2692.471121461135421136871775478991
2781.91340835168248169082-1839992331
2895.261712118042780637-1840286121
2997.07163018428498086821-18404102451
3097.55165518396708854618407102451
3192.015157008921889917-1840891081
3291.082844041185941189971840888111
3389.984536766123461909-1841190991
3496.1315761836134398136233-18411102451
3584.84913182510498010680418411102431
3678.688526224363246241841286691
3791.9135548492625931081842189021
3893.371872401210621213011842186611
3989.382994503915239601-1842288731
4093.791209154232427339681842299651
4191.37099891671801681681842294091
4290.48112166157848158013-1842685931
4391.69108615072150818741102451
4486.274738644316244025-1897398461
4587.5969311768716988344-19062102451
4692.6122429960934612321909893951
4787.056251110250472615619104102451
4897.216947898379584583-19458102451
4982.0698123276193864264-110585129031
5082.723881103771103851-111005110851
5186.228281486102258103743-111100125861
5282.11664166011360528-113375137931
5380.755801552115638117189-116071176181
5482.511373386980970146-121361217031
5582.14097113257113353-121755218491
5679.351655296816968697-122830233471
5780.13213638107494108131-126976276041
5885.366912436259563837-127767289971
5984.157021418102424103841-127769291681
6088.252123556155261906-129314296791
6193.372793679262292988129318296791
6292.96180243121059121301129318295581
6388.881141928042780618-129321295091
6491.922583628644386804-129321296791
6592.472663608954589904-129321296791
6689.97238362135862136223-129321296791
6791.9225936267227083129321296791
6881.9141360177331177690129321296791
6991.622563593924339601-129322296791
7091.342493563242732782129322296791
7193.57277361118608118968129322296791
7287.71212360167180167539129322296791
7381.79140357104992105348129323296791
7497.674043143129637296791
7583.1234773884638922-129689297651
7676.051607783782738604-130010307731
7779.661203554834648700-130667310201
7876.891024904521345702-133291337791
7979.231976144459645209-133851344761
8088.7338714901749087-134877349471
8185.78333617144880145496134880354911
8276.43361423249232633134966351051
8375.38311368659586730-134972351051
8475.733144105064105207134972351151
8577.111234758921889692-135154356161
8679.558162170944171105135154353141
8778.722619204342444343-135155360611
8881.39222566104080104645135155357131
8977.482168162465325468135193360051
9090.942493538564585997-135709360611
9188.382163478783388179-135709360611
9290.08242353135063135415-135709360611
9388.96229354491844135709360611
9490.3724335275307881135709360611
9590.372453533323233584135709360611
9687.54209350105796106145135709360611
9790.45123178167988168165135709358861
9891.06891238446084582-135939360611
9997.62190208144495144702-136062362711
10083.633477838705787839-136383371761
10183.3342812106139106950136383372081
10286.241292684316243429-136384366521
10385.013858178391655136384372101
10480.55110318171206171523136882372101
10597.641949216267048865137206393661
10692.09297405118593118997137209376131
10795.121652068042780632-137210374141
10892.135167008921889917-137211379101
10984.9910822139104980107118137213393631
11097.17191221548466086813-137214393661
11196.3318612155134079136233-137214393661
11278.99822622436324624137215374711
11382.073678615053051390-137225380881
11492.8639566184261897-137225372801
11592.293594829262793108137225377041
11695.4200238121064121301137225374631
11790.99700988167181168168137225382111
11889.462964443915439597-137228376731
11993.77120815383243133968137228387661
12091.494446126123461845-137291379011
12191.661309182411824137542393631
12286.64838644316244025-137775386471
12391.98270337668457988344-137864416021
12492.952282996093461232137900381971
12586.5878414252504726471137906393661
12697.5698711088347684583-138260393661
12794.261632098042780635-139362395701
12895.5248725927670812634139365452931
12990.714886998921989917-139366400651
13088.684276766123461909-139369400571
13197.7748895495130739136233-139369448601
13284.9811812353104980107332139369417321
13378.68852622436324624139370396271
13490.883404849262593108139379398601
13592.54181240121062121301139379396191
13688.52874503915239601-139380398311
13793.06117515423242733968139380409211
13890.08672989167180168168139380403661
13991.491298182411824139698415181
14086.124688644316244025-139931408021
14186.4882215018684488344-140020415211
14291.592122996093461232140056403521
14387.26257846322506129692140075447651
14496.73337339558062984583-140415443691
14585.9315353011171206174216141032440321
14687.64077207850179220-141506422231
14789.541537245618414296-141507439531
14884.413868247710477927-142221430351
14988.0298317647516976932-143025447771
15083.374501049145555146603143026440891
15192.38355512174291174802144035445461
15288.025118917953680426-144354452461
15397.47817905129911130815-144742456491
15481.944109301942220351-147855487841
15581.833848863983440719-147886487711
15681.873918995184552743-147886487841
15775.55492253705737281-151750519741
15886.62821467438474529-159487596281
15988.1981130113557113686159500596261
16085.782554673915039616-159865603351
16188.033425653241232976159865604321
16286.352794979261293108159865603621
16389.63585486136261909-159866604321
16489.153615508625386802-159880604321
16587.71337550135672136221-159880604321
16683.15257555168502169056-159880604311
16789.737055067247273159880604321
16881.88231553104992105544159880604311
16986.37216386118612118997159883602711
17091.053865428935589896-159886604321
17194.851952331233160200604321
17293.91921159523495348-160287604011
17392.424466164107164172-160612606771
17482.434219223983440755-161817627381
17582.854389331942220354-161819627511
17682.764178995184552743-161853627511
17791.46119164113530113693167002671651
17889.26991497438674534-167010671581
17991.5368506129400129905168872693771
18085.06223436130311130746168993694271
18187.8791116501091212561-169021706521
18286.7363912907510576394169379706521
18387.3167812682849629763-169384706521
18482.264311188146093147280-169441706521
18592.488431212130822132033169443706521
18690.712634218000680426169445698641
18792.56357511174292174802-169672701821
18893.125748008063381432169853706521
18991.1725538418452228170268706521
19091.9333745967237181-170649711071
19189.763044619262693086-170649711071
19289.4301461167177167637-170649711101
19391.582873946145461847170649710401
19490.843224598634586803170649711071
19592.493374508944789896170649711001
19690.19313459135764136222170649711071
19788.132744543242432877-170656711101
19888.572854533915239604170656711101
19990.23266400118598118997-170717711151
20092.97182239121063121301-170866711071
20190.151261918042780617170915711071
20294.7443576184261898171051711071
20388.85880147125173987-177576790371
20498.01130214638171983181-177576790371
20597.4712781463132322133784-177576790371
20696.112171464916010623177576790371
20786.16349650171986172635177576782251
20885.972614412676728207177577790371
20983.24548130644555760177581789281
21085.54088247710477927-177981787941
21189.021472427669176932-178784790291
21289.142513853921739601179029794151
21396.4634439567117105-179033794271
21490.072553783242732804-179033794151
21590.372623869262593010-179033794161
21691.12270383118608118990-179033794151
21790.6265382167180167561-179033794151
21889.092423806153061909179033794261
21995.423303938642186813179033794251
22091.92873938952389915179033794271
22193.35304391135843136233179036794261
22292.95184240121062121301-179176794161
22394.711662088042780634179225794321
22490.48112166157848158013179244794111
22583.08521439262692768-180113802421
22686.4366151118597118747-180114802531
22783.024579741938120354-184667856381
22882.994539665181152776-184668856311
22981.944119433978040722-184698856381
23084.32455128457985090-190205907201
23181.591584308685087279-190205906331
23285.8930758384369018190205907921
23385.22905802604526624190205907921
23485.21285579106696107274190205907921
23584.33275581171267171847190205907911
23691.05148021138466386775-190832929441
23784.062905748857489147-190832914021
23892.064896548922289875-190832914861
23984.56388782168248169029-190832916151
24091.571514211267518862190832929441
24180.37842242440124624190832910501
24288.322834489265493101190832912761
24385.2410802101105019107119190832929451
24487.77220361118636118996190832911911
24591.2114862107134082136188-190838929441
24690.92105315083246133968190838923461
24790.06652956167214168169190838917931
24892.174606126123461845-190869914811
24986.164688644316244025-191354922271
25086.2782315418685088390-191390929411
25186.1975814192505026468191489929441
25292.72152886094361230191489917761
25392.5781111058347984583-191841929441
25488.14991777599076166192944931201
25588.079717763736549-192945931201
25688.57961758103081204192946931201
25791.67102156131650131805192965931201
Short-link