<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU466548.15	1	TATGAGATGATGGGTGTGCATCATTATGAACAGATAGCTACTTATTTTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172362	TATGAGATGATGGGTGTGCATCATTATGAACAGATAGCTACTTATTTTAA	172411

CU466548.15	51	ACATAAAGCAAGTTATTGGCCGCGGAGGGAGTTATATTCCCAGCCATTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172412	ACATAAAGCAAGTTATTGGCCGCGGAGGGAGTTATATTCCCAGCCATTAA	172461

CU466548.15	101	ACTATTTTCTTTTGGGCTGGTGAGATGGCTCCAAGGGTTTTTGCCTTTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172462	ACTATTTTCTTTTGGGCTGGTGAGATGGCTCCAAGGGTTTTTGCCTTTGC	172511

CU466548.15	151	CAACAAGCTTAGCAACCAGAGCTCAATCCTCAGAATCCACGTGGCGGGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172512	CAACAAGCTTAGCAACCAGAGCTCAATCCTCAGAATCCACGTGGCGGGAA	172561

CU466548.15	201	GAAAGAACTGGCTCCCCAAACTGTCCTCTGACCTCCACATATGATGCGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172562	GAAAGAACTGGCTCCCCAAACTGTCCTCTGACCTCCACATATGATGCGCT	172611

CU466548.15	251	GGCTAGTTTTCAATGTTAACTTTACACAGAAAGACACCGAGGGAAGAGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172612	GGCTAGTTTTCAATGTTAACTTTACACAGAAAGACACCGAGGGAAGAGCA	172661

CU466548.15	301	AATCTTAATCCAGAAAATGCCTCCGTAGGATCAGCCTGTGGCAAGTCTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172662	AATCTTAATCCAGAAAATGCCTCCGTAGGATCAGCCTGTGGCAAGTCTGC	172711

CU466548.15	351	AGGGAATTTTCTTGGTTGGTGATGCAGGAGGGTTCGGCTCACTGTGGATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172712	AGGGAATTTTCTTGGTTGGTGATGCAGGAGGGTTCGGCTCACTGTGGATG	172761

CU466548.15	401	GTGGCACCCCTGGGCACATCGTCCTGAATGGTATAAGAAAGCACAGAGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172762	GTGGCACCCCTGGGCACATCGTCCTGAATGGTATAAGAAAGCACAGAGTG	172811

CU466548.15	451	CTTACTCAAGCCCCTGAGCAGCACTCCTCCATGGTCTCTGCATCAGCTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172812	CTTACTCAAGCCCCTGAGCAGCACTCCTCCATGGTCTCTGCATCAGCTCC	172861

CU466548.15	501	TGCCTCCAGGATCCTGCCTTACCTGCGCTCCTGCCTTGACTCCCTTCAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172862	TGCCTCCAGGATCCTGCCTTACCTGCGCTCCTGCCTTGACTCCCTTCAGT	172911

CU466548.15	551	GACAGACTGTGATGTGGCGGTGGAAGATGGAGTTAAGCTTTTCCTCGAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172912	GACAGACTGTGATGTGGCGGTGGAAGATGGAGTTAAGCTTTTCCTCGAGT	172961

CU466548.15	601	TGCTTCACGTCATGGTGTTTCATCACGGCAATAGAAACCCTCACTAAGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	172962	TGCTTCACGTCATGGTGTTTCATCACGGCAATAGAAACCCTCACTAAGGC	173011

CU466548.15	651	AGGTGAGGTGCATGCACCTTTAATCCCAGCCCTCGAGAGGCACAGGCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173012	AGGTGAGGTGCATGCACCTTTAATCCCAGCCCTCGAGAGGCACAGGCAGG	173061

CU466548.15	701	CGGACCTCTATGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTGGCACCCCTGGGCACATCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173062	CGGACCTCTATGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTGGCACCCCTGGGCACATCT	173111

CU466548.15	751	ATGTATAGTGAGTTCCAGGACAGCCGGGGCTACAAAGTGAGATTCCATCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173112	ATGTATAGTGAGTTCCAGGACAGCCGGGGCTACAAAGTGAGATTCCATCT	173161

CU466548.15	801	TGGAAAACAAACAAACAAAAACCAAGAGTCCTAATAAAGTGTCTAAGTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173162	TGGAAAACAAACAAACAAAAACCAAGAGTCCTAATAAAGTGTCTAAGTTC	173211

CU466548.15	851	GGGTTAATATTGCTTTGATGAAACACCATGACCAAAGCAACTTGGGGAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173212	GGGTTAATATTGCTTTGATGAAACACCATGACCAAAGCAACTTGGGGAGG	173261

CU466548.15	901	AAATAGTTTATTGGGCTTACACTTTCATATCATGGATCACCAGTAAACAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173262	AAATAGTTTATTGGGCTTACACTTTCATATCATGGATCACCAGTAAACAC	173311

CU466548.15	951	AAGATGGGAGCTCACACAGATCAGGAACCTGGAGGCAGAAGCTGCTACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173312	AAGATGGGAGCTCACACAGATCAGGAACCTGGAGGCAGAAGCTGCTACAG	173361

CU466548.15	1001	AGGCCATGGAAGGGTGCTGCTTAATGGCTTGCCCCTTTTCATTGTAGGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173362	AGGCCATGGAAGGGTGCTGCTTAATGGCTTGCCCCTTTTCATTGTAGGTC	173411

CU466548.15	1051	TGCATTAAGAGTGACCACTGACGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173412	TGCATTAAGAGTGACCACTGACGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAG	173461

CU466548.15	1101	AGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173462	AGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACA	173511

CU466548.15	1151	TGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGGCGCCCTCCTCTGGTGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173512	TGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGGCGCCCTCCTCTGGTGTG	173561

CU466548.15	1201	TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATGTAATAAATAAATAAATAATTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173562	TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATGTAATAAATAAATAAATAATTA	173611

CU466548.15	1251	ATTAAAAAAAAAAGAGTGACCACTGACAAGCACATGACAGAATCAATACG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173612	ATTAAAAAAAAAAGAGTGACCACTGACAAGCACATGACAGAATCAATACG	173661

CU466548.15	1301	AGGCTGCCTTAAAATCTCCTCTGCCAATGGCATTAATCCAAAACTCTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173662	AGGCTGCCTTAAAATCTCCTCTGCCAATGGCATTAATCCAAAACTCTCAG	173711

CU466548.15	1351	ACATGCAGGCTGTGTACATATATGGATACACACACAAATGTAACTTTACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173712	ACATGCAGGCTGTGTACATATATGGATACACACACAAATGTAACTTTACA	173761

CU466548.15	1401	AAAGGGGAAGGGATTCGGTGTGGTAGTGATGCATGCCTTTACTCCTAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173762	AAAGGGGAAGGGATTCGGTGTGGTAGTGATGCATGCCTTTACTCCTAGCA	173811

CU466548.15	1451	CTTTAAGATTTATTTCTACATATATAAGTACTCCATCTGCTTGTATATCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173812	CTTTAAGATTTATTTCTACATATATAAGTACTCCATCTGCTTGTATATCT	173861

CU466548.15	1501	GCATGCCAGAAGAGGGGATCAGATCGTAAGCCACCATGTGGTTGCTGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173862	GCATGCCAGAAGAGGGGATCAGATCGTAAGCCACCATGTGGTTGCTGAGA	173911

CU466548.15	1551	ATTGTATGTAGGACATCTCGAAAAGCAGCCAGAGCCCTTTACCACCAATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173912	ATTGTATGTAGGACATCTCGAAAAGCAGCCAGAGCCCTTTACCACCAATC	173961

CU466548.15	1601	CTAGCACTTTGAACAAGGTTTCTCTATATAGCCCTGAGTGGCCTGGAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	173962	CTAGCACTTTGAACAAGGTTTCTCTATATAGCCCTGAGTGGCCTGGAACT	174011

CU466548.15	1651	CACTACATACGTAGACTAGGGTGGCCTGGAACTCAAGAGGCCAATCTGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174012	CACTACATACGTAGACTAGGGTGGCCTGGAACTCAAGAGGCCAATCTGTC	174061

CU466548.15	1701	AACACACCCATCTCTCTCTGTCTCTCAAGTGCTGGGATTAAAAGCATGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174062	AACACACCCATCTCTCTCTGTCTCTCAAGTGCTGGGATTAAAAGCATGTG	174111

CU466548.15	1751	GCACTACATCGGGCAGATTACTTCTTTCAAAAACTTAAAAAAAAAAAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174112	GCACTACATCGGGCAGATTACTTCTTTCAAAAACTTAAAAAAAAAAAAAA	174161

CU466548.15	1801	AAGATTCTTGGGTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174162	AAGATTCTTGGGTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCT	174211

CU466548.15	1851	CTTCCAGAGATCCTAAGTTCAAGTCCCAGCAGCAACCACATGGTGGCTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174212	CTTCCAGAGATCCTAAGTTCAAGTCCCAGCAGCAACCACATGGTGGCTCA	174261

CU466548.15	1901	CAACCATCTGTAATGAGATCAGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174262	CAACCATCTGTAATGAGATCAGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAACA	174311

CU466548.15	1951	GCTACAGTGTATTCATATACATAAAATAAAAAAAAATTTAAATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463845.12	174312	GCTACAGTGTATTCATATACATAAAATAAAAAAAAATTTAAATAGAATTC	174361

Overview

Query
CU466548.15 - 128350 bps
Hit
CU463845.12 - 174361 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link