<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463300.5	1	GATCTTCTAATTATTATAAAGCCTAAATATTAAAATAATTAATGTCTTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163246	GATCTTCTAATTATTATAAAGCCTAAATATTAAAATAATTAATGTCTTAA	163295

CU463300.5	51	ATGACATGGTAAGATATTGAAAGTATATATTTTTAATTTCACAAGTACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163296	ATGACATGGTAAGATATTGAAAGTATATATTTTTAATTTCACAAGTACAT	163345

CU463300.5	101	AGAAAACATGTTGGTTTTCAGAAGTTCTTGGTGCTTAATTGAGATACTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163346	AGAAAACATGTTGGTTTTCAGAAGTTCTTGGTGCTTAATTGAGATACTGA	163395

CU463300.5	151	TGATTTTCCTGATGCCTAACTACAGTTTAAAAATGTTTTTGAAGTTTGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163396	TGATTTTCCTGATGCCTAACTACAGTTTAAAAATGTTTTTGAAGTTTGTT	163445

CU463300.5	201	GAATTGGTCACTGGAAACTGTGCTAACTCCTTATTCATTAACATTCATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163446	GAATTGGTCACTGGAAACTGTGCTAACTCCTTATTCATTAACATTCATTA	163495

CU463300.5	251	CCTCGTAAATTAGACATTTCAAATGACATTCCACCTTTGGTTATATACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163496	CCTCGTAAATTAGACATTTCAAATGACATTCCACCTTTGGTTATATACAT	163545

CU463300.5	301	GCTCTCTATTAGTTTCCTTACCTTTGCCTTCTCCCTCCTGTATAACTAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163546	GCTCTCTATTAGTTTCCTTACCTTTGCCTTCTCCCTCCTGTATAACTAGT	163595

CU463300.5	351	TCTTCTCTTTTTACTGTCATATACTCTTTTACTATATTGTCCATATTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163596	TCTTCTCTTTTTACTGTCATATACTCTTTTACTATATTGTCCATATTTTA	163645

CU463300.5	401	AAAATTATACAGTGTTTGTATCTTTAAAACCAACTTATTTCACTCAACAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163646	AAAATTATACAGTGTTTGTATCTTTAAAACCAACTTATTTCACTCAACAC	163695

CU463300.5	451	AAATATGTCTATATCCATGCATTTCCTATGATGATATAATGTTCTTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163696	AAATATGTCTATATCCATGCATTTCCTATGATGATATAATGTTCTTTTTT	163745

CU463300.5	501	TTTGATACTAGGGAAAATTTTTGTATAAATTTTCTATTCTCTATTGGTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163746	TTTGATACTAGGGAAAATTTTTGTATAAATTTTCTATTCTCTATTGGTGT	163795

CU463300.5	551	ATATTTTTGCCTTTGAGGCAGTGTTATTCAGTTTTTGCCATTATAAATTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163796	ATATTTTTGCCTTTGAGGCAGTGTTATTCAGTTTTTGCCATTATAAATTA	163845

CU463300.5	601	TTCTGGTAGTTTAAAGCAGGTATTGTGACATCTCTATTGTTGCTCCTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163846	TTCTGGTAGTTTAAAGCAGGTATTGTGACATCTCTATTGTTGCTCCTTTT	163895

CU463300.5	651	GCTTAGGAATGCTTTCGCTATTCAAATTATCTAATTTTCCACATGAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163896	GCTTAGGAATGCTTTCGCTATTCAAATTATCTAATTTTCCACATGAATTT	163945

CU463300.5	701	GGAGACTGCTATTTCTATTCCTATGAAGAATGTCATTGGAACTTAATGGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163946	GGAGACTGCTATTTCTATTCCTATGAAGAATGTCATTGGAACTTAATGGG	163995

CU463300.5	751	TATTGTATTGATTTTGTATATTGCTTTTGGCAATGCACCACTTTAATACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	163996	TATTGTATTGATTTTGTATATTGCTTTTGGCAATGCACCACTTTAATACC	164045

CU463300.5	801	ATAAATACAGCTGATCTGACAAACATGAAAATTCTTTCTACCTTTTACTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164046	ATAAATACAGCTGATCTGACAAACATGAAAATTCTTTCTACCTTTTACTA	164095

CU463300.5	851	TATCCTGAAGTTTCTTTCTTCACTTCTTGAAGTTTCTATTATAAAGGTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164096	TATCCTGAAGTTTCTTTCTTCACTTCTTGAAGTTTCTATTATAAAGGTAT	164145

CU463300.5	901	TTAATTTCTTTGATTTCTGTGTCATATTATATTGATTGGTTTATATGTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164146	TTAATTTCTTTGATTTCTGTGTCATATTATATTGATTGGTTTATATGTTG	164195

CU463300.5	951	AACCATCTTAATTTTTCTACAATGAATCCTACTTGAACATGCTGTTTTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164196	AACCATCTTAATTTTTCTACAATGAATCCTACTTGAACATGCTGTTTTAT	164245

CU463300.5	1001	TTTCTCTTTGGTTTGTTCTGAGCCTGCTTGACTATTAGGGTATTGCTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164246	TTTCTCTTTGGTTTGTTCTGAGCCTGCTTGACTATTAGGGTATTGCTAGA	164295

CU463300.5	1051	TTCACATAATACATGTTTGACTCTTCCTTCATTTCTCGTTAGTTAAATAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164296	TTCACATAATACATGTTTGACTCTTCCTTCATTTCTCGTTAGTTAAATAC	164345

CU463300.5	1101	TTTGAACAACATTGATAGTGGTTTGTCTCTTAAGATCTGTAGGAATTTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164346	TTTGAACAACATTGATAGTGGTTTGTCTCTTAAGATCTGTAGGAATTTAT	164395

CU463300.5	1151	CAATAAATCAATTTAGTTTTGATCTTTGTTATGCTGGCAGATTTCCTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164396	CAATAAATCAATTTAGTTTTGATCTTTGTTATGCTGGCAGATTTCCTGTT	164445

CU463300.5	1201	TTACTCTCACGTTCCTTGACCACTTTAGTTTTTCATTTTGAACATTGTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164446	TTACTCTCACGTTCCTTGACCACTTTAGTTTTTCATTTTGAACATTGTAC	164495

CU463300.5	1251	AGATATACTTATTCATAGATGTGCTTTGGATTTCTCGTAGAATTTTCAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164496	AGATATACTTATTCATAGATGTGCTTTGGATTTCTCGTAGAATTTTCAAA	164545

CU463300.5	1301	TTTATAGGATATTACATTTCTGCCTATGTTTTATTACTCTTTTTCTTCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164546	TTTATAGGATATTACATTTCTGCCTATGTTTTATTACTCTTTTTCTTCTA	164595

CU463300.5	1351	ATAATTTTGATATTTCTAGTTCTTCTTTTCTTAGACCCTTTATGTACCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164596	ATAATTTTGATATTTCTAGTTCTTCTTTTCTTAGACCCTTTATGTACCTT	164645

CU463300.5	1401	AATATGTAATTTATTGAGAGCACATTTCTATTTGTTTAAATGCAGACCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164646	AATATGTAATTTATTGAGAGCACATTTCTATTTGTTTAAATGCAGACCAA	164695

CU463300.5	1451	CAACAGCTATAATCTCATAACAGCTTTCATTCTGTTCCTTTGGCTAATGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164696	CAACAGCTATAATCTCATAACAGCTTTCATTCTGTTCCTTTGGCTAATGT	164745

CU463300.5	1501	TATATTGTATTTGTACTTTCATGTAATTTTAAGGAAAAATTAATTTACTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164746	TATATTGTATTTGTACTTTCATGTAATTTTAAGGAAAAATTAATTTACTT	164795

CU463300.5	1551	CCAAAATTCACCAATAACACTCATCATTTAAAGATACATTGTTTAGTTAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164796	CCAAAATTCACCAATAACACTCATCATTTAAAGATACATTGTTTAGTTAC	164845

CU463300.5	1601	CATGTTTAATATAATTTCTGCAGATTCTATATCTGTTGATCTATATTATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164846	CATGTTTAATATAATTTCTGCAGATTCTATATCTGTTGATCTATATTATA	164895

CU463300.5	1651	GTCCATTATAATTTTATAAGATACAAGAGATTAATTCATTTTTAAATTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164896	GTCCATTATAATTTTATAAGATACAAGAGATTAATTCATTTTTAAATTTA	164945

CU463300.5	1701	TGCTGCTGGATAGTGGAGGTGCATGTCTTAGTCCTGGTACTCATGGGGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164946	TGCTGCTGGATAGTGGAGGTGCATGTCTTAGTCCTGGTACTCATGGGGCA	164995

CU463300.5	1751	GAAGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAATGCCAGCCAGATCTAAAAAGAAAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	164996	GAAGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAATGCCAGCCAGATCTAAAAAGAAAGT	165045

CU463300.5	1801	TCCAGAACATCCAGGTTTACATGGAGAAACCCAGTTTTAGAGGGATAAGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	165046	TCCAGAACATCCAGGTTTACATGGAGAAACCCAGTTTTAGAGGGATAAGG	165095

CU463300.5	1851	GGAAGCAAAAAAATAAACAAGCAAACAACAACAAAAAAAATCATGAACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	165096	GGAAGCAAAAAAATAAACAAGCAAACAACAACAAAAAAAATCATGAACTT	165145

CU463300.5	1901	TTTTTCTATTTGATTTAATTACTATGCATCTTTATTGGGTTGTTTGCTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	165146	TTTTTCTATTTGATTTAATTACTATGCATCTTTATTGGGTTGTTTGCTGG	165195

CU463300.5	1951	TTAGTTTGCAGTTTCTTTGTTTTTTTTGTTTGGCTGAATAGTCATCTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463840.5	165196	TTAGTTTGCAGTTTCTTTGTTTTTTTTGTTTGGCTGAATAGTCATCTATT	165245

Overview

Query
CU463300.5 - 147461 bps
Hit
CU463840.5 - 165245 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100185020001200011632461652451
291.14316246095452659134-116910215501
389.69110718064437646181-120423222661
493.1496512975316754463-121643229391
588.37144024485451956966153798562411
695.68512661785296159138156443626121
790.87118718064437646181157322591291
890.494513847514276525-161210625951
990.08144821625696059121162612647701
1090.36123418405728359122-170014718371
1191.3598313927513476525171868732541
1291.45409558705325359122-171875777341
1389.31109518064437646181-175341771461
1488.87211635735372157293-178036815851
1587.2495417974437646172-179687814661
1696.79167319025723259133-188325902261
1790.4794813847514276525188337897221
1888.76110218362933476811057901076291
1992.55269937335455258284-11190971228411
2089.41284745095462659134-11228611273941
Short-link