<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463301.8	1	CGAACTGCAACTGTGTGGTTGAAATCTGCTGTCATGTGGCAGGGAACTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87065	CGAACTGCAACTGTGTGGTTGAAATCTGCTGTCATGTGGCAGGGAACTCT	87114

CU463301.8	51	CCCAGCTTGGGCTTGATATTTTGTTTTCTTTGTTTTACTTTGTTTTTCTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87115	CCCAGCTTGGGCTTGATATTTTGTTTTCTTTGTTTTACTTTGTTTTTCTA	87164

CU463301.8	101	AGACATGGTTTCTCTCTGTAACCCTGGCTGTCCTGGAGAACATAGATGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87165	AGACATGGTTTCTCTCTGTAACCCTGGCTGTCCTGGAGAACATAGATGGG	87214

CU463301.8	151	AGCTAATCAGTCTAACACATAGAAAAATGGATTAGGGGAAATTTACTCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87215	AGCTAATCAGTCTAACACATAGAAAAATGGATTAGGGGAAATTTACTCAG	87264

CU463301.8	201	TAATTTTGCTATGGATGTTTTAATAATGCATAGGACTCTGCCTCAATTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87265	TAATTTTGCTATGGATGTTTTAATAATGCATAGGACTCTGCCTCAATTAT	87314

CU463301.8	251	TGAGGTACTGTCAAGTCATATTAATAACTAATAGAGGTTATTAAAATCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87315	TGAGGTACTGTCAAGTCATATTAATAACTAATAGAGGTTATTAAAATCCA	87364

CU463301.8	301	TTTGTGGCATAGAACTCATGCCTTCAGGAAGTCATTCCCAGGGTGAATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87365	TTTGTGGCATAGAACTCATGCCTTCAGGAAGTCATTCCCAGGGTGAATAA	87414

CU463301.8	351	CACATTCAGGCATAGATTGGTCCTGTACATGGAAGCAGTAACGCAGCCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87415	CACATTCAGGCATAGATTGGTCCTGTACATGGAAGCAGTAACGCAGCCTA	87464

CU463301.8	401	GGGCTATGCCCAGAATCTATTTTTGGAGCTTCAGTGCCAGCATTGATATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87465	GGGCTATGCCCAGAATCTATTTTTGGAGCTTCAGTGCCAGCATTGATATT	87514

CU463301.8	451	AGAAAAAAAGAGAGGTCTTTGAGGAACCACTGGCTTGATAAAAATCACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87515	AGAAAAAAAGAGAGGTCTTTGAGGAACCACTGGCTTGATAAAAATCACAA	87564

CU463301.8	501	GCATTAGAACTAAAAAACCCATATGAACTAACCAGTACCCACCAGAGCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87565	GCATTAGAACTAAAAAACCCATATGAACTAACCAGTACCCACCAGAGCTC	87614

CU463301.8	551	ATGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87615	ATGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTG	87664

CU463301.8	601	GAAAGAGAGGCCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTTAGTACAGGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87665	GAAAGAGAGGCCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTTAGTACAGGTG	87714

CU463301.8	651	AACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGGTGGGTGGGTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87715	AACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGGTGGGTGGGTGG	87764

CU463301.8	701	GGGGAGGGTATGGGGGAGTACTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87765	GGGGAGGGTATGGGGGAGTACTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAAT	87814

CU463301.8	751	TAAAAAAAAGGAAAAAAAAGACCATATGTCACCTCTAATAGGAACAGCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87815	TAAAAAAAAGGAAAAAAAAGACCATATGTCACCTCTAATAGGAACAGCTC	87864

CU463301.8	801	TTCTTGGACCCACAAGGGACATTGTGACCCCAGGTGATAGTGATTTAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87865	TTCTTGGACCCACAAGGGACATTGTGACCCCAGGTGATAGTGATTTAATA	87914

CU463301.8	851	CTTCCTTCAACGAAATAAGAGTCTCAAAATTCAGATCCCAACATATTCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87915	CTTCCTTCAACGAAATAAGAGTCTCAAAATTCAGATCCCAACATATTCAA	87964

CU463301.8	901	ATACAGAGTGACTAGATAGTCCAAATAAACAAATTGACCTTGGAGACACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	87965	ATACAGAGTGACTAGATAGTCCAAATAAACAAATTGACCTTGGAGACACA	88014

CU463301.8	951	CAAATTCTCAGTATGTATAAAAATTTTGAGAGTAAAATGATTTGTAGAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88015	CAAATTCTCAGTATGTATAAAAATTTTGAGAGTAAAATGATTTGTAGAAT	88064

CU463301.8	1001	TGCAGACATATTGGTCCCTGATGTGGGACTCAAAAGGCAGTTGTGACTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88065	TGCAGACATATTGGTCCCTGATGTGGGACTCAAAAGGCAGTTGTGACTCA	88114

CU463301.8	1051	GGCTAGGAGTTCATGGATCAGGGAAAGCAACTTTTCCCCAGACACTGTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88115	GGCTAGGAGTTCATGGATCAGGGAAAGCAACTTTTCCCCAGACACTGTTT	88164

CU463301.8	1101	CCAGTATTCCAGGCCCAAGGTTAGAGGTTAGGTTAGAGTGAGGGGCAGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88165	CCAGTATTCCAGGCCCAAGGTTAGAGGTTAGGTTAGAGTGAGGGGCAGGT	88214

CU463301.8	1151	TCTAGTTCCAGGGAGTTACTCCTTCCAGTGCCCAAGTCATCATGTCTATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88215	TCTAGTTCCAGGGAGTTACTCCTTCCAGTGCCCAAGTCATCATGTCTATA	88264

CU463301.8	1201	CCTCCTATTGGCAATTTCTAGAGATATTAATCATCTAATGTGGGTGAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88265	CCTCCTATTGGCAATTTCTAGAGATATTAATCATCTAATGTGGGTGAAGG	88314

CU463301.8	1251	TTATAAAGTGAAGAGATAACTGTCCTCACTAAGACTGTACCCCTAAAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88315	TTATAAAGTGAAGAGATAACTGTCCTCACTAAGACTGTACCCCTAAAGAA	88364

CU463301.8	1301	AACTGAGGACCCCTGTACTCTTAACCATTCTGATCTTAGCTCTACAACCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88365	AACTGAGGACCCCTGTACTCTTAACCATTCTGATCTTAGCTCTACAACCA	88414

CU463301.8	1351	TATTGTGAGTCCAGAGTTCAGGAGGGAATGAGCTTCTCTATAGAGAAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88415	TATTGTGAGTCCAGAGTTCAGGAGGGAATGAGCTTCTCTATAGAGAAGCC	88464

CU463301.8	1401	AGGGTGCAGACCAGCAGGGATGCATCATTCAGGATACTGCATTTCTGCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88465	AGGGTGCAGACCAGCAGGGATGCATCATTCAGGATACTGCATTTCTGCTT	88514

CU463301.8	1451	TGACTCAACTGGACTCTCCCAGTTGTCCCACTTGAGAGCTGGGATCTGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88515	TGACTCAACTGGACTCTCCCAGTTGTCCCACTTGAGAGCTGGGATCTGAA	88564

CU463301.8	1501	GTATCACCAAGTCTAACTAGAATTTGGTGAGGGTTATTACATAAAAATAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88565	GTATCACCAAGTCTAACTAGAATTTGGTGAGGGTTATTACATAAAAATAG	88614

CU463301.8	1551	GAAATGGTACCACATAAAAACTCTCAGAGTACTACAAACAGACTCAATCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88615	GAAATGGTACCACATAAAAACTCTCAGAGTACTACAAACAGACTCAATCT	88664

CU463301.8	1601	GAAAACCAATCTTGGGGAGTGTTCATGCCGGGGAAGCAAGCAGTAGGTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88665	GAAAACCAATCTTGGGGAGTGTTCATGCCGGGGAAGCAAGCAGTAGGTAA	88714

CU463301.8	1651	ATATTATAGAGAGTATGGGTAAAGAACAGGTCAGGATACTGTGGACCAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88715	ATATTATAGAGAGTATGGGTAAAGAACAGGTCAGGATACTGTGGACCAAA	88764

CU463301.8	1701	GAATTTAGCATGGCCTCAAGTGAAGGTGAGCTCTGTGCTTTGAGCTAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88765	GAATTTAGCATGGCCTCAAGTGAAGGTGAGCTCTGTGCTTTGAGCTAATA	88814

CU463301.8	1751	TTTGTAGGACAAGTCCCAAATGCTCCTCTACACATAAATCCTACTTCTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88815	TTTGTAGGACAAGTCCCAAATGCTCCTCTACACATAAATCCTACTTCTAA	88864

CU463301.8	1801	GTCTTTGGCAAAAACATGAAATCTGACACATTGGGACCCACAGCCCTTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88865	GTCTTTGGCAAAAACATGAAATCTGACACATTGGGACCCACAGCCCTTGG	88914

CU463301.8	1851	ACTCAGCAGGGAGGGAAAAACTCAGGCACACATATCTTTCTAATCCTGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88915	ACTCAGCAGGGAGGGAAAAACTCAGGCACACATATCTTTCTAATCCTGCC	88964

CU463301.8	1901	TGACCATTGCCTCCTGTTTCCCACCCTAACATGCAACAGCTATAGAGCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	88965	TGACCATTGCCTCCTGTTTCCCACCCTAACATGCAACAGCTATAGAGCCA	89014

CU463301.8	1951	TGGAAGCTTCCCCAGGCCACAGACTCAAACTATGGAATCAAGGTAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463839.5	89015	TGGAAGCTTCCCCAGGCCACAGACTCAAACTATGGAATCAAGGTAAGATC	89064

Overview

Query
CU463301.8 - 55831 bps
Hit
CU463839.5 - 89064 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001979200012000187065890641
295.4744555416155252094014869102821
389.622631426751565558311486991061
483.18646155046575481241546070171
585.08925187248551504221703489171
696.524982887209682385417397102821
790.48139320701887120940-113818158661
890.39138720702178523854-113818158661
989.845558895494355831-114993158681
1086.02148327602109323852-141572443231
1186.59280452101561620825-141691468741
1284.5190542725156055831-142740469581
1384.7571615024892150422-142926444211
1486.824919475109552041156270572021
1591.13366654061553820943156738621111
1688.84222837775205455830157179609411
1784.2386618724855150422158870607531
1892.15208628822097823859159248621131
1991.09106515341911620649184544860681
2090.96105915342203023563184544860681
Short-link