<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU466305.7	1	GATCATCTATCTTTCGAGATGTATTAAAGCTGTACTGCAGAAGGATCCGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110013	GATCATCTATCTTTCGAGATGTATTAAAGCTGTACTGCAGAAGGATCCGA	110062

CU466305.7	51	GTGGCCTGCGTGCGTTTTGCTGGCGAGACGGTAGCGTGGGTCACAAAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110063	GTGGCCTGCGTGCGTTTTGCTGGCGAGACGGTAGCGTGGGTCACAAAGCA	110112

CU466305.7	101	AAGACAGAGTTCTCTACATATGTTCATCTTTGTGCAAATATTGAACCCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110113	AAGACAGAGTTCTCTACATATGTTCATCTTTGTGCAAATATTGAACCCTC	110162

CU466305.7	151	ATACAATCAGTTTGGCTATGGTTGCTGCCTTGCAGGGAACTACAGCACTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110163	ATACAATCAGTTTGGCTATGGTTGCTGCCTTGCAGGGAACTACAGCACTA	110212

CU466305.7	201	AGGTTATGAGGAATGTTTTAAGTATAAATATTCTGAAGAAAAACTGTCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110213	AGGTTATGAGGAATGTTTTAAGTATAAATATTCTGAAGAAAAACTGTCTA	110262

CU466305.7	251	AAAATTAGATGCATGGACAGACGGTCAAATTGTTTCCCTAGAATCTGTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110263	AAAATTAGATGCATGGACAGACGGTCAAATTGTTTCCCTAGAATCTGTCC	110312

CU466305.7	301	ACACTGCAGAAGGGATAATCTTTAAGCCAGTACTCTGGCAGTATGCTCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110313	ACACTGCAGAAGGGATAATCTTTAAGCCAGTACTCTGGCAGTATGCTCAG	110362

CU466305.7	351	ATTATATTTGAGTTAATGCAAAGCTCAGAGCAGCCTCAGTGAGGTTTGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110363	ATTATATTTGAGTTAATGCAAAGCTCAGAGCAGCCTCAGTGAGGTTTGTG	110412

CU466305.7	401	TGGCATTTCTTTAGTTTTGCAAATCCTGGTAGGCGAGTTTTGGGACCTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110413	TGGCATTTCTTTAGTTTTGCAAATCCTGGTAGGCGAGTTTTGGGACCTCA	110462

CU466305.7	451	TCCCTCCTTGCCTCCCAGGAATTATTTTTAAGCCACACACACACACACAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110463	TCCCTCCTTGCCTCCCAGGAATTATTTTTAAGCCACACACACACACACAC	110512

CU466305.7	501	ACACACACACACACACACACACACACTATTACTGATCTACCCAGGTACTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110513	ACACACACACACACACACACACACACTATTACTGATCTACCCAGGTACTG	110562

CU466305.7	551	TTCAAAATAAAGTTTAAACTTAAGATATATAAAGTGTCAATGAGGCTGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110563	TTCAAAATAAAGTTTAAACTTAAGATATATAAAGTGTCAATGAGGCTGTG	110612

CU466305.7	601	GAACTTCTAAAGGCATTACAATCTGGCCTGCCTACTCCATATAGAGTAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110613	GAACTTCTAAAGGCATTACAATCTGGCCTGCCTACTCCATATAGAGTAGA	110662

CU466305.7	651	GGAAGCTTCTGTATTCAATTGTTATCAATTGTAATCAGTGGTAATTAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110663	GGAAGCTTCTGTATTCAATTGTTATCAATTGTAATCAGTGGTAATTAAAC	110712

CU466305.7	701	ATTAGTTGCATATTTTAGTTATTGTTACTCAATGTGCCCACAGTAATTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110713	ATTAGTTGCATATTTTAGTTATTGTTACTCAATGTGCCCACAGTAATTCT	110762

CU466305.7	751	TTGGTAAAAGAGAATATTAATGGGGCATTAATGTGGCTTATCTCCAAGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110763	TTGGTAAAAGAGAATATTAATGGGGCATTAATGTGGCTTATCTCCAAGTA	110812

CU466305.7	801	AAGTTTTAACATCCTATTATGAAGGTGTTGTGGTGTTAATCAAGAATTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110813	AAGTTTTAACATCCTATTATGAAGGTGTTGTGGTGTTAATCAAGAATTGT	110862

CU466305.7	851	AAGATAAAATTATGGAGATATTTTTTAAAAAGTCTTAAAAATCTGATGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110863	AAGATAAAATTATGGAGATATTTTTTAAAAAGTCTTAAAAATCTGATGAA	110912

CU466305.7	901	ATGTCTATTTCTTGTCTCAAATAGCAATTAAATTGGTTATTACAAAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110913	ATGTCTATTTCTTGTCTCAAATAGCAATTAAATTGGTTATTACAAAATAA	110962

CU466305.7	951	TGATATTTGTCTATTATTTAGGAAACTTTTTAGGTAAAATTGATAATCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	110963	TGATATTTGTCTATTATTTAGGAAACTTTTTAGGTAAAATTGATAATCAT	111012

CU466305.7	1001	TATACAAAAGATAAGTTGTTAAAATTGCTTCTATGCATGCTTTTGTATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111013	TATACAAAAGATAAGTTGTTAAAATTGCTTCTATGCATGCTTTTGTATTT	111062

CU466305.7	1051	CCTGTAATTTTACGCATGCATCCCATAAAGAATACATCTACTGTATTTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111063	CCTGTAATTTTACGCATGCATCCCATAAAGAATACATCTACTGTATTTAT	111112

CU466305.7	1101	AAACAGCCCTTCTATGGGAGAGAAGTATATGTGATTGGATCAAATGTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111113	AAACAGCCCTTCTATGGGAGAGAAGTATATGTGATTGGATCAAATGTTTA	111162

CU466305.7	1151	TTCTTTTGAGTTTCCTCCTGCCTTGGCACAAATAATTGAATTGTGTGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111163	TTCTTTTGAGTTTCCTCCTGCCTTGGCACAAATAATTGAATTGTGTGCTG	111212

CU466305.7	1201	TAGCCAATGTTTTGAAATCTTGAACAATCAAGCAGGTGGAGACATTCATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111213	TAGCCAATGTTTTGAAATCTTGAACAATCAAGCAGGTGGAGACATTCATA	111262

CU466305.7	1251	AAGAATATTATAAAATAGCAGTAGATTTGAAAGATTGTTTCTTTACTATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111263	AAGAATATTATAAAATAGCAGTAGATTTGAAAGATTGTTTCTTTACTATT	111312

CU466305.7	1301	AGTTTGCATCCTCAGAATTGTGAAAGATTTACTTTCAGTGTTCTTTCTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111313	AGTTTGCATCCTCAGAATTGTGAAAGATTTACTTTCAGTGTTCTTTCTAT	111362

CU466305.7	1351	TAATTTTAAAGAGCCAATGAGAAGGAATCAATGGATAGTTCTTTCTTAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111363	TAATTTTAAAGAGCCAATGAGAAGGAATCAATGGATAGTTCTTTCTTAAG	111412

CU466305.7	1401	GCATGGCTAACAGTCCTACATTATGTCAAAAAATTTTAGCACAAGCCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111413	GCATGGCTAACAGTCCTACATTATGTCAAAAAATTTTAGCACAAGCCATT	111462

CU466305.7	1451	CAGCCTAATAGACAGCAATAGCCAATAATATACATTATATATTGCATGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111463	CAGCCTAATAGACAGCAATAGCCAATAATATACATTATATATTGCATGAA	111512

CU466305.7	1501	TGATATCTTATTAGCAAGGAAAGATCCTCAGGACTTGCTTCTATGTTATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111513	TGATATCTTATTAGCAAGGAAAGATCCTCAGGACTTGCTTCTATGTTATA	111562

CU466305.7	1551	GAAATTTACAACAGGCAGTATCTGATAAAGGATTACAAATAGCTCTAGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111563	GAAATTTACAACAGGCAGTATCTGATAAAGGATTACAAATAGCTCTAGAA	111612

CU466305.7	1601	AAAGTGCAAACTCAAGATCCTTATAATTATTTAGGTTTTAGGCTTACAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111613	AAAGTGCAAACTCAAGATCCTTATAATTATTTAGGTTTTAGGCTTACAGA	111662

CU466305.7	1651	TCAAGCTGGTTTTCCTAAGAATATAATTATTTGTAGGGACAATTTTAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111663	TCAAGCTGGTTTTCCTAAGAATATAATTATTTGTAGGGACAATTTTAAAA	111712

CU466305.7	1701	CTTTAAATGATTTTCAAAAGCTGTTAGCTGATATTACTTTGCTTTGTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111713	CTTTAAATGATTTTCAAAAGCTGTTAGCTGATATTACTTTGCTTTGTTTT	111762

CU466305.7	1751	CATTTAAAGCTTACTACAGGATAATTAAAACCCTTATTTGATATTCTTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111763	CATTTAAAGCTTACTACAGGATAATTAAAACCCTTATTTGATATTCTTAG	111812

CU466305.7	1801	GGGGAGTGCTGATTCTACCTCAAGTTTTAACTTCAGAAGGATTGTTGGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111813	GGGGAGTGCTGATTCTACCTCAAGTTTTAACTTCAGAAGGATTGTTGGCC	111862

CU466305.7	1851	TTACAACAAGTAGAAAGAACTCCTGAAAAACAATTTGTTACTTATATAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111863	TTACAACAAGTAGAAAGAACTCCTGAAAAACAATTTGTTACTTATATAGA	111912

CU466305.7	1901	TTATTCTTTGCCTTTACATTTGCTGATTTTTAATACAACTCATATACCTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111913	TTATTCTTTGCCTTTACATTTGCTGATTTTTAATACAACTCATATACCTA	111962

CU466305.7	1951	CAGGACCTTTTGTGGTCAATTACCTCAGTCTGTGGAACTTGTCACACAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463836.8	111963	CAGGACCTTTTGTGGTCAATTACCTCAGTCTGTGGAACTTGTCACACAGA	112012

Overview

Query
CU466305.7 - 161158 bps
Hit
CU463836.8 - 112012 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192220001200011100131120121
289.41329652455181857062131123363341
391.654278611899462105579-131124372201
487.79218137444649650239131276350001
586.08146929101405816967-133565364951
685.7414122900152263155162-133601364831
787.65123222401840420643-134725369511
888.95242739074633550241162201661021
989.89297645635181756379162201667611
1092.6633424553101027105579-162203667631
1187.9211772074153091155164-164702667631
1289.98143022911835120641180085823281
1391.9338625426100154105579180518859541
1486.56152129101405816967180559834901
1586.4514872902152263155164180571834561
1690.48348852565180757062-180721859671
1788.86243539104633250241-182053859591
1882.16132732974633549631-192569958681
1982.93135932065189955104-192569957831
2083.9812452676102884105559193163958461
Short-link