<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463842.6	1	CACAAGTCCTGATCTTGTCACAGACCAATGAGTTCTTCAGTTCATGGTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47304	CACAAGTCCTGATCTTGTCACAGACCAATGAGTTCTTCAGTTCATGGTGG	47353

CU463842.6	51	ATTACTATGAACATAGATTCGATGGTGAGTCATCTCAAGCCTGAGGTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47354	ATTACTATGAACATAGATTCGATGGTGAGTCATCTCAAGCCTGAGGTTGA	47403

CU463842.6	101	TTCCTCAATGCCCTCTTGGCTGGCTCAATAACTCCACTCTAGTTTCCCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47404	TTCCTCAATGCCCTCTTGGCTGGCTCAATAACTCCACTCTAGTTTCCCAA	47453

CU463842.6	151	ATCAGAGATTCAGCCATAGTTGAAGGGACCTCTGGGAAGTTTTGACCAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47454	ATCAGAGATTCAGCCATAGTTGAAGGGACCTCTGGGAAGTTTTGACCAGA	47503

CU463842.6	201	GAGAACCACACACTGTGACCTATTTAGGAGTTTAGTTGGGGACAAAATCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47504	GAGAACCACACACTGTGACCTATTTAGGAGTTTAGTTGGGGACAAAATCC	47553

CU463842.6	251	CAGTAGAGGGAGAAGCCTCACAGTGATGAGAGACTGAATGGGAGTGGAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47554	CAGTAGAGGGAGAAGCCTCACAGTGATGAGAGACTGAATGGGAGTGGAGC	47603

CU463842.6	301	AGAATATCATACCCTGCAGGGAATGTATGGCTGCAATGTGGCCAATGATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47604	AGAATATCATACCCTGCAGGGAATGTATGGCTGCAATGTGGCCAATGATG	47653

CU463842.6	351	GGAGCTTCCTTCTTGGTCACTATTGGTTCACTTACTGTGGTTATGATTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47654	GGAGCTTCCTTCTTGGTCACTATTGGTTCACTTACTGTGGTTATGATTAC	47703

CU463842.6	401	ATCATCCTGAATGAGACCCTGAGCTCTTTGGAATGCACAGGACAGGGTAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47704	ATCATCCTGAATGAGACCCTGAGCTCTTTGGAATGCACAGGACAGGGTAG	47753

CU463842.6	451	CTCAAATGCTGAGGAGTTCCTGGGGGGCTGAAGGCATGACAGAAAGTTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47754	CTCAAATGCTGAGGAGTTCCTGGGGGGCTGAAGGCATGACAGAAAGTTGG	47803

CU463842.6	501	AAGACTTACCTGCAAGGGGTGTGCGTGGAAAGACTTCTTAGATGCCTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47804	AAGACTTACCTGCAAGGGGTGTGCGTGGAAAGACTTCTTAGATGCCTGGA	47853

CU463842.6	551	CATTGGAAAAGAGACCTTGCTGCGCTCTGGTAAGAGAGGCCCTTGCCAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47854	CATTGGAAAAGAGACCTTGCTGCGCTCTGGTAAGAGAGGCCCTTGCCAAC	47903

CU463842.6	601	CCCTTCTGCTCTCTGAGATTGGAGCTCCTGCCTCCCTGATGCCTCCACCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47904	CCCTTCTGCTCTCTGAGATTGGAGCTCCTGCCTCCCTGATGCCTCCACCT	47953

CU463842.6	651	CAGCAGGGAGCAGCTGGAATGCTTACACTGTCTTGCATCAAAGGGGAAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	47954	CAGCAGGGAGCAGCTGGAATGCTTACACTGTCTTGCATCAAAGGGGAAAG	48003

CU463842.6	701	AGAGCTCCTTGGTTTCCTGACTCAACATGAGAGAGGGACTCTCCAGAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48004	AGAGCTCCTTGGTTTCCTGACTCAACATGAGAGAGGGACTCTCCAGAGGA	48053

CU463842.6	751	TTCAGCCTTCTCCCAGGACAGTTCAGTGTGTCCATTAACAGCAGTTCACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48054	TTCAGCCTTCTCCCAGGACAGTTCAGTGTGTCCATTAACAGCAGTTCACT	48103

CU463842.6	801	TCCATCTCAGGCCTGATCACTGTCCATGCACGATGACATTGAATGTCTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48104	TCCATCTCAGGCCTGATCACTGTCCATGCACGATGACATTGAATGTCTGA	48153

CU463842.6	851	CTCGAGGGTTGCTGAGTCCCTAGACCCCTCCCCAGTCAGAACCAGAAGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48154	CTCGAGGGTTGCTGAGTCCCTAGACCCCTCCCCAGTCAGAACCAGAAGTA	48203

CU463842.6	901	TATATGTTTAGAAGGAGACCCAAAGTCTCCTGCTCTGTGTTGGCACATGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48204	TATATGTTTAGAAGGAGACCCAAAGTCTCCTGCTCTGTGTTGGCACATGG	48253

CU463842.6	951	TTATTTTAAAATATTCCAAGGAATAGATCATCCAGATCCTGAGTGTAGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48254	TTATTTTAAAATATTCCAAGGAATAGATCATCCAGATCCTGAGTGTAGGC	48303

CU463842.6	1001	TTCTGTGTGGACTCTGCTCCCTCCCTCATCCATGTCTACCACCCTTTCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48304	TTCTGTGTGGACTCTGCTCCCTCCCTCATCCATGTCTACCACCCTTTCCA	48353

CU463842.6	1051	GGGATGGTCCCATGGGCACTGCTCAGGCCCCAGGAGCAGTGCAAAATACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48354	GGGATGGTCCCATGGGCACTGCTCAGGCCCCAGGAGCAGTGCAAAATACC	48403

CU463842.6	1101	TGAATTTTCCAATTGTTCCCCTCAGATGCCCCCCGAACACATGTGACCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48404	TGAATTTTCCAATTGTTCCCCTCAGATGCCCCCCGAACACATGTGACCCA	48453

CU463842.6	1151	CCATGTAAGACCTGAAGGGAATGTCACCCTGAGGTGCTGGGCCTTGGGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48454	CCATGTAAGACCTGAAGGGAATGTCACCCTGAGGTGCTGGGCCTTGGGCT	48503

CU463842.6	1201	TCTACCTAGCTGACATCACCATGACTTGGAAGAGGGATGGGATCATCCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48504	TCTACCTAGCTGACATCACCATGACTTGGAAGAGGGATGGGATCATCCAC	48553

CU463842.6	1251	ACCCAGGACATGGAGCTGCCAGACCCCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48554	ACCCAGGACATGGAGCTGCCAGACCCCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTT	48603

CU463842.6	1301	CCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTTCCTTCTGGAGAAGAGCTGAGATACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48604	CCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTTCCTTCTGGAGAAGAGCTGAGATACA	48653

CU463842.6	1351	CATGTCATGTGCACCATGAAGCCTTTCACTCTGAAATGGGGTAAGGTGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48654	CATGTCATGTGCACCATGAAGCCTTTCACTCTGAAATGGGGTAAGGTGTG	48703

CU463842.6	1401	GGTATGAGCACACACTTGGCTCTTGGAAAAATTGTGAGCTCTTTGAAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48704	GGTATGAGCACACACTTGGCTCTTGGAAAAATTGTGAGCTCTTTGAAAAA	48753

CU463842.6	1451	TCAGAGCAGAATTAGGACTGAGAGCTAGGTTCAGACTCCTCATTCTTCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48754	TCAGAGCAGAATTAGGACTGAGAGCTAGGTTCAGACTCCTCATTCTTCCT	48803

CU463842.6	1501	TTCTCTCCCCAAAGCCTCCGCAAACCATTCCCATCATAGCAATTCTCATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48804	TTCTCTCCCCAAAGCCTCCGCAAACCATTCCCATCATAGCAATTCTCATC	48853

CU463842.6	1551	GGCCTGGTTCTTGGAACTTGGGTGGTGGGAACTGTGGTGATTTTGCTGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48854	GGCCTGGTTCTTGGAACTTGGGTGGTGGGAACTGTGGTGATTTTGCTGGT	48903

CU463842.6	1601	GCGGAAGAAATAAAGGTAAGAAAGGGGTAGGGTCTGAATCCTTGTCTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48904	GCGGAAGAAATAAAGGTAAGAAAGGGGTAGGGTCTGAATCCTTGTCTCTC	48953

CU463842.6	1651	TACAGATCTGCAGAACAAGCTATAAATGTACCCTGCCTCATTAGGGGAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	48954	TACAGATCTGCAGAACAAGCTATAAATGTACCCTGCCTCATTAGGGGAAA	49003

CU463842.6	1701	GATTTATCCATTCAGGCACTGGGACTTGTGTGCTGGCATTAACTCTATCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49004	GATTTATCCATTCAGGCACTGGGACTTGTGTGCTGGCATTAACTCTATCA	49053

CU463842.6	1751	TAAAGCATAAAGGAAATATAGAAAGATCTACTGTTCTTGTAAGACCCCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49054	TAAAGCATAAAGGAAATATAGAAAGATCTACTGTTCTTGTAAGACCCCCT	49103

CU463842.6	1801	TTCGGGGACCCCCACTCTAGTCTCAGGATTGTGAGAGCACCCAAAGAAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49104	TTCGGGGACCCCCACTCTAGTCTCAGGATTGTGAGAGCACCCAAAGAAAC	49153

CU463842.6	1851	ACGAGGACCCACTCGCTCTAATTACATAAGGACGTTTAATTACGGAGCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49154	ACGAGGACCCACTCGCTCTAATTACATAAGGACGTTTAATTACGGAGCTC	49203

CU463842.6	1901	CGGACCGACATGCATCCCACACAGGAGATAACGGATGTTGGCCACGAGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49204	CGGACCGACATGCATCCCACACAGGAGATAACGGATGTTGGCCACGAGGC	49253

CU463842.6	1951	TCGAAAGCCTGGGGCTTTTATGGGGTAAGGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463329.5	49254	TCGAAAGCCTGGGGCTTTTATGGGGTAAGGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC	49303

Overview

Query
CU463842.6 - 164840 bps
Hit
CU463329.5 - 49303 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link