<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463312.6	1	AAGAGCCATCCTCATGGGCATCTCAAGCAGGGATGAGGAGGGGAGCAGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137281	AAGAGCCATCCTCATGGGCATCTCAAGCAGGGATGAGGAGGGGAGCAGCA	137330

CU463312.6	51	TTTGGGATGTAAATAAATAAAATAATTAATTCATAAAAGAACCATCTTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137331	TTTGGGATGTAAATAAATAAAATAATTAATTCATAAAAGAACCATCTTCA	137380

CU463312.6	101	AGCATGGGACCACAGCACCTCAGATCCCAGGCTCATGCTAATCTACCATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137381	AGCATGGGACCACAGCACCTCAGATCCCAGGCTCATGCTAATCTACCATA	137430

CU463312.6	151	TCTGTGTATCTACCAATATAGACTCCCTTCATCCAAATAGAGTGAAAGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137431	TCTGTGTATCTACCAATATAGACTCCCTTCATCCAAATAGAGTGAAAGAC	137480

CU463312.6	201	ATGCCTGGAACCTTCTCAAAAGGAAAGTTCCCTAAGTAAACAATATCTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137481	ATGCCTGGAACCTTCTCAAAAGGAAAGTTCCCTAAGTAAACAATATCTGT	137530

CU463312.6	251	CCAAAGGTGAAACCTGCAGCCTTTGCCACACAGGGTAGGTAGATAACTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137531	CCAAAGGTGAAACCTGCAGCCTTTGCCACACAGGGTAGGTAGATAACTTC	137580

CU463312.6	301	ATCCTGCTCACCAAGTAGGTATTTGCAACATATTTAAGAACCCTATGATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137581	ATCCTGCTCACCAAGTAGGTATTTGCAACATATTTAAGAACCCTATGATA	137630

CU463312.6	351	TTTCTACTATAATATAAAGTGTCCCTTTTTTAACCCTTCTGCAGCCCACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137631	TTTCTACTATAATATAAAGTGTCCCTTTTTTAACCCTTCTGCAGCCCACT	137680

CU463312.6	401	ACAGCAATGATAAACACTAAGCTCTCAGGAGAACATTTCCAGTTTGAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137681	ACAGCAATGATAAACACTAAGCTCTCAGGAGAACATTTCCAGTTTGAATC	137730

CU463312.6	451	CATGACCATAACCTTAACAAGTCAAATGCTTACAGATTCCTCTAGAAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137731	CATGACCATAACCTTAACAAGTCAAATGCTTACAGATTCCTCTAGAAAAA	137780

CU463312.6	501	TTTGAAGTAATATTAGTAAATGAGATTTGATAATGTTTACTTACAAGTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137781	TTTGAAGTAATATTAGTAAATGAGATTTGATAATGTTTACTTACAAGTAT	137830

CU463312.6	551	GAACAAGGAAAGACTTCTGAATGTAACAACATTCTCCTTTTTAAAAGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137831	GAACAAGGAAAGACTTCTGAATGTAACAACATTCTCCTTTTTAAAAGTAA	137880

CU463312.6	601	ATGAAATGGGGCTGGAGAGATAGCTCAACAGTTAAGAGCACCAACTGCTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137881	ATGAAATGGGGCTGGAGAGATAGCTCAACAGTTAAGAGCACCAACTGCTA	137930

CU463312.6	651	TTCTAGAAGTCCTGGGTTCAATTCCACATCATGGCTCACCATCATCTGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137931	TTCTAGAAGTCCTGGGTTCAATTCCACATCATGGCTCACCATCATCTGTA	137980

CU463312.6	701	ATGGGACCCAATACCCTCTTTTTCTGGTGTGTCTGAAGACAACTAGAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	137981	ATGGGACCCAATACCCTCTTTTTCTGGTGTGTCTGAAGACAACTAGAGTG	138030

CU463312.6	751	TACACATCTACATTAAATAAGTAATAAATAATTAAAAAAACCTTAAAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138031	TACACATCTACATTAAATAAGTAATAAATAATTAAAAAAACCTTAAAAAT	138080

CU463312.6	801	GTAAAATCCACAACATCCACCCTGTGAACAAGTCTCACCCAAGAGCATGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138081	GTAAAATCCACAACATCCACCCTGTGAACAAGTCTCACCCAAGAGCATGG	138130

CU463312.6	851	ATACAGCATTCTACAGATTCAATGATGTTTCACATTGCAGACTGTAGGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138131	ATACAGCATTCTACAGATTCAATGATGTTTCACATTGCAGACTGTAGGTA	138180

CU463312.6	901	GCACCTGTGTCAGCCTAGTGACATATTAGAGGTCAAAATCTACATTTAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138181	GCACCTGTGTCAGCCTAGTGACATATTAGAGGTCAAAATCTACATTTAAC	138230

CU463312.6	951	TAGGGTAGTGACCAATGCTTTTTAAAAAATTAATTAATTAATTAATTAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138231	TAGGGTAGTGACCAATGCTTTTTAAAAAATTAATTAATTAATTAATTAAT	138280

CU463312.6	1001	TAAATTTATTTATATGAGTAAATTGTAGCTATCTTTAGACACACCAGAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138281	TAAATTTATTTATATGAGTAAATTGTAGCTATCTTTAGACACACCAGAAG	138330

CU463312.6	1051	AGGGCATCTGATCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGATTGCTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138331	AGGGCATCTGATCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGATTGCTGG	138380

CU463312.6	1101	GAATTGAACTCAGGACATATGGAAGAGCAGTCAGTGCCCTTAATCGCTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138381	GAATTGAACTCAGGACATATGGAAGAGCAGTCAGTGCCCTTAATCGCTAG	138430

CU463312.6	1151	TCATCTCTCCAGTCTGTGACCAATGCTTTTAATCTCAGCACTCAGAATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138431	TCATCTCTCCAGTCTGTGACCAATGCTTTTAATCTCAGCACTCAGAATGA	138480

CU463312.6	1201	AGAGGCATGTGGAGTCCTGGTGAGACTCAAAAAGAACAAGATGATCTGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138481	AGAGGCATGTGGAGTCCTGGTGAGACTCAAAAAGAACAAGATGATCTGAA	138530

CU463312.6	1251	GGTGTTTATAGACACATTCCCCCTGTAGCTGGAGAGATGGTTATACTGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138531	GGTGTTTATAGACACATTCCCCCTGTAGCTGGAGAGATGGTTATACTGTA	138580

CU463312.6	1301	CAGAGGATCAGACTCAGAGTCTGAAGTCTAGGAGCTCACAACCATCTGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138581	CAGAGGATCAGACTCAGAGTCTGAAGTCTAGGAGCTCACAACCATCTGTG	138630

CU463312.6	1351	CATTCTCCTCCAGAGTTTCTCGTCTGGCCTCCACTGACAACTCTAATTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138631	CATTCTCCTCCAGAGTTTCTCGTCTGGCCTCCACTGACAACTCTAATTCC	138680

CU463312.6	1401	CAATATCCACACATACACAGACACACAATCAAACACATGAATAAAAAAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138681	CAATATCCACACATACACAGACACACAATCAAACACATGAATAAAAAAGT	138730

CU463312.6	1451	GAGTCTAACAATATTCTACTTGTACATTTCTGTGAAGTTTCATTTTCAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138731	GAGTCTAACAATATTCTACTTGTACATTTCTGTGAAGTTTCATTTTCAAA	138780

CU463312.6	1501	CTACACATAAAATTAAAAGGTTAAAAAGAATCAGTATAGAAGGGATCTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138781	CTACACATAAAATTAAAAGGTTAAAAAGAATCAGTATAGAAGGGATCTCT	138830

CU463312.6	1551	AGTGGGAAAGATGAAGACAAGGACAGCAGAAATATCAACATCTATTATTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138831	AGTGGGAAAGATGAAGACAAGGACAGCAGAAATATCAACATCTATTATTG	138880

CU463312.6	1601	TCACCATATCATTAGATTTTGGAAAATAGTTGTTACCTTTTGTAAACATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138881	TCACCATATCATTAGATTTTGGAAAATAGTTGTTACCTTTTGTAAACATA	138930

CU463312.6	1651	ATTATTCATGTGTTTATTAGATGGAATGTCTCAGAATTTTCAATTCCCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138931	ATTATTCATGTGTTTATTAGATGGAATGTCTCAGAATTTTCAATTCCCAA	138980

CU463312.6	1701	CTTTGTGAATGTTGATTGCTATAAGCCAGACAAATATTTGTAAACAATTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	138981	CTTTGTGAATGTTGATTGCTATAAGCCAGACAAATATTTGTAAACAATTT	139030

CU463312.6	1751	GTAAGATTCTGTAGATATCCAGATAACTCAATGTTTGAAGCTTCCTGACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	139031	GTAAGATTCTGTAGATATCCAGATAACTCAATGTTTGAAGCTTCCTGACT	139080

CU463312.6	1801	CAGTGACTTCTGACCTAGACTCAGAGGATATTGTGGCCAGAATGAGGGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	139081	CAGTGACTTCTGACCTAGACTCAGAGGATATTGTGGCCAGAATGAGGGGG	139130

CU463312.6	1851	ACAATATCAGGGTAAATAACTTTTTCTCTAGGATTCCAGGCTCCAGAGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	139131	ACAATATCAGGGTAAATAACTTTTTCTCTAGGATTCCAGGCTCCAGAGCT	139180

CU463312.6	1901	GGATCTGAGCTGTAGAGGCAGGGCCCTAGAGAGTTCTCTTCTAGGCATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	139181	GGATCTGAGCTGTAGAGGCAGGGCCCTAGAGAGTTCTCTTCTAGGCATTC	139230

CU463312.6	1951	ATTTTTCCATGACCCAACCAAATATCCTCTATCACTACCTTTGGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463328.8	139231	ATTTTTCCATGACCCAACCAAATATCCTCTATCACTACCTTTGGGAATTC	139280

Overview

Query
CU463312.6 - 102778 bps
Hit
CU463328.8 - 139280 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link