<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463299.6	1	ATATTATAAGAAAAAATAGAGGTTATGATAGGGATTAATAATTCAAGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177417	ATATTATAAGAAAAAATAGAGGTTATGATAGGGATTAATAATTCAAGAAG	177466

CU463299.6	51	GGTTTGGTGCAGGAAGATAAAGGAAAGGTATGGTAGAGGTAGTCAAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177467	GGTTTGGTGCAGGAAGATAAAGGAAAGGTATGGTAGAGGTAGTCAAAATA	177516

CU463299.6	101	AGGAATGACAAGTAAGCCTATAAGAATGTAGTATTTATATAATTTAAGTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177517	AGGAATGACAAGTAAGCCTATAAGAATGTAGTATTTATATAATTTAAGTA	177566

CU463299.6	151	AACATATTTTTCAAGAACATTTAAATTGAGAAAGATTGTTTTCATAGTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177567	AACATATTTTTCAAGAACATTTAAATTGAGAAAGATTGTTTTCATAGTCT	177616

CU463299.6	201	ACACACTGAGTATTTCTTCTTGTCCTAAAACACTTTCTGGATCTTCTCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177617	ACACACTGAGTATTTCTTCTTGTCCTAAAACACTTTCTGGATCTTCTCCA	177666

CU463299.6	251	CCTCATATTACCCAAATCCAAACTCCTTTCTGATAATGCTCATTAGAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177667	CCTCATATTACCCAAATCCAAACTCCTTTCTGATAATGCTCATTAGAATA	177716

CU463299.6	301	TAAGTAGTAATCTAAATAGAAAATGAAAGAAGTATTATAAAATAAGATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177717	TAAGTAGTAATCTAAATAGAAAATGAAAGAAGTATTATAAAATAAGATAA	177766

CU463299.6	351	ATAAAATAAAACAAGCCAGAATAAGATACAATAAGCAAATGCATGTAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177767	ATAAAATAAAACAAGCCAGAATAAGATACAATAAGCAAATGCATGTAAAA	177816

CU463299.6	401	CAGGAAGAGGAAATGTGGAGCAGTTGGGGGGCTGATTGGAAGAGAGGGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177817	CAGGAAGAGGAAATGTGGAGCAGTTGGGGGGCTGATTGGAAGAGAGGGGA	177866

CU463299.6	451	ATGAGATATGAAGTGTAAAAAATAAATTAATTTAAAAAAGTAAATAAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177867	ATGAGATATGAAGTGTAAAAAATAAATTAATTTAAAAAAGTAAATAAATA	177916

CU463299.6	501	AAAAGAAGCTGATACAGACACAGAGATACTTCCATGCCTAAGGAAATCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177917	AAAAGAAGCTGATACAGACACAGAGATACTTCCATGCCTAAGGAAATCCT	177966

CU463299.6	551	ATACATAAACAAAATGGGCAAAAAACAAGGAAGTTTTGTAAATGCCTGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	177967	ATACATAAACAAAATGGGCAAAAAACAAGGAAGTTTTGTAAATGCCTGGA	178016

CU463299.6	601	GAAAGTGTTATGAGATAAAATAAACCTCCCAAAAACCTCAATAAACTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178017	GAAAGTGTTATGAGATAAAATAAACCTCCCAAAAACCTCAATAAACTGAA	178066

CU463299.6	651	ATCATTTGTGCTATTCATCTGCTGCTGGGCATGAAACCTTATCTCAAGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178067	ATCATTTGTGCTATTCATCTGCTGCTGGGCATGAAACCTTATCTCAAGTA	178116

CU463299.6	701	GAGTTAGTATAGCCTGTGAGACTCTGGGGGAAATCTTCATATTGGATTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178117	GAGTTAGTATAGCCTGTGAGACTCTGGGGGAAATCTTCATATTGGATTGG	178166

CU463299.6	751	TTATAAATTGGAGACACATCTAATTTTGGAATTGCTAAATGTGTTCACTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178167	TTATAAATTGGAGACACATCTAATTTTGGAATTGCTAAATGTGTTCACTT	178216

CU463299.6	801	CCTTTCTCAACCCTGGGAAGCAAGTGGGCTGAGACCTGCACATCCCATAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178217	CCTTTCTCAACCCTGGGAAGCAAGTGGGCTGAGACCTGCACATCCCATAT	178266

CU463299.6	851	GCATGCTGCTATAGTCTTTCTAAGTTCATATAAGTGTCAGTCCTTTAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178267	GCATGCTGCTATAGTCTTTCTAAGTTCATATAAGTGTCAGTCCTTTAGAG	178316

CU463299.6	901	TCAAGACATTGTTGAGTCTGTTTTTGCAACCATATTTTTTTCTTACTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178317	TCAAGACATTGTTGAGTCTGTTTTTGCAACCATATTTTTTTCTTACTAAA	178366

CU463299.6	951	TTTCACCCTCCTCAGCCTGAGGCCTGAAGTGAGAGATTTGGTAGAGATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178367	TTTCACCCTCCTCAGCCTGAGGCCTGAAGTGAGAGATTTGGTAGAGATAT	178416

CU463299.6	1001	CCCATTTTGAACTGAATGTACCTAGATTCTTACTCTCTGCACTGGGTCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178417	CCCATTTTGAACTGAATGTACCTAGATTCTTACTCTCTGCACTGGGTCCA	178466

CU463299.6	1051	GGTTTGGGCCTCTGTCTTTGTTCCTATCTCCTAAAAAGAAATCTTCACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178467	GGTTTGGGCCTCTGTCTTTGTTCCTATCTCCTAAAAAGAAATCTTCACTG	178516

CU463299.6	1101	AGGAGTAAAGACCAAGTCACTATTCTATTATTATAGACACAAATCTATGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178517	AGGAGTAAAGACCAAGTCACTATTCTATTATTATAGACACAAATCTATGA	178566

CU463299.6	1151	TATAGCTACTAAACTATGATAAGAAGGCTCTAAATTCTCATCAACTGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178567	TATAGCTACTAAACTATGATAAGAAGGCTCTAAATTCTCATCAACTGAAA	178616

CU463299.6	1201	TGCTCCATGTTTATTGAATATGTAGGGGTTGGCCTCAGCAATACTGCATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178617	TGCTCCATGTTTATTGAATATGTAGGGGTTGGCCTCAGCAATACTGCATT	178666

CU463299.6	1251	ACCATCACTTTTGGGAGAGAATGTAGTACCTTTGTAAATATCATATATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178667	ACCATCACTTTTGGGAGAGAATGTAGTACCTTTGTAAATATCATATATTT	178716

CU463299.6	1301	CTGGGAATTTTTGTGCCATCCATTTGGGAACGAACTCTATTAGATGTACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178717	CTGGGAATTTTTGTGCCATCCATTTGGGAACGAACTCTATTAGATGTACC	178766

CU463299.6	1351	CCACAGCTAGCACTAGAGATTTTATTTAATGTTGAGAAATGTTTACTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178767	CCACAGCTAGCACTAGAGATTTTATTTAATGTTGAGAAATGTTTACTTGT	178816

CU463299.6	1401	ATCTCCCATGATATATAAGGATTCCGATTTGATTTCCTTCATATCTATGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178817	ATCTCCCATGATATATAAGGATTCCGATTTGATTTCCTTCATATCTATGA	178866

CU463299.6	1451	ATATTTACATAGCTTTTCCTACAGAAGGCTTCCCCATTGTCCTTTACAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178867	ATATTTACATAGCTTTTCCTACAGAAGGCTTCCCCATTGTCCTTTACAGG	178916

CU463299.6	1501	TTTGTAAATGTCTCCTCATATTTTCACTCTTAACCCCCTGATTCATTCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178917	TTTGTAAATGTCTCCTCATATTTTCACTCTTAACCCCCTGATTCATTCCA	178966

CU463299.6	1551	TTCAACTTTGGCCATCCTGATTATTTTTTCTCAGCCCCATAACACACCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	178967	TTCAACTTTGGCCATCCTGATTATTTTTTCTCAGCCCCATAACACACCCT	179016

CU463299.6	1601	TTTCTATTCTTTTTAATCTAATTATTTTCCCTTCCTAGGGAGGTCCATTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179017	TTTCTATTCTTTTTAATCTAATTATTTTCCCTTCCTAGGGAGGTCCATTC	179066

CU463299.6	1651	AACCACTGTATTCCCTTGCTCTTTATTTACACTCTCTGGTCATAGTGATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179067	AACCACTGTATTCCCTTGCTCTTTATTTACACTCTCTGGTCATAGTGATT	179116

CU463299.6	1701	TTGTATTATTGAAAACTTAATATCCTTCGTCAACATATAAGCAAATATAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179117	TTGTATTATTGAAAACTTAATATCCTTCGTCAACATATAAGCAAATATAT	179166

CU463299.6	1751	ACTATGTTTGTAAGGATATTTTGCAGGGGTGAACTTAGTTGATCCAGGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179167	ACTATGTTTGTAAGGATATTTTGCAGGGGTGAACTTAGTTGATCCAGGAT	179216

CU463299.6	1801	GATTTTTTTTTAAGCTCCATGCAGGGAAAAACCATGTTAAACAAACAAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179217	GATTTTTTTTTAAGCTCCATGCAGGGAAAAACCATGTTAAACAAACAAAC	179266

CU463299.6	1851	AAACACAAAAAACAAACAAAACAACAAAAGGCAAAATACAAACAAAGAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179267	AAACACAAAAAACAAACAAAACAACAAAAGGCAAAATACAAACAAAGAAA	179316

CU463299.6	1901	AATAAAACAACACAAAAACCAAAACACATATCATATATTTTGTTTGCAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179317	AATAAAACAACACAAAAACCAAAACACATATCATATATTTTGTTTGCAAT	179366

CU463299.6	1951	TCCATATAGCATTTAAGTTAGTCAGGACAGAAACCAAAAATGGAAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463306.6	179367	TCCATATAGCATTTAAGTTAGTCAGGACAGAAACCAAAAATGGAAGGATC	179416

Overview

Query
CU463299.6 - 66904 bps
Hit
CU463306.6 - 179416 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192020001200011774171794161
282.0317444411393954380519510138781
384.07169837512276326513110169138781
482.86154536292884832476115865195281
588.8611721855989811752120749226141
696.98293133442208525428120772241151
792.01241333273939642722120786241141
890.51340050952209927193-129811348981
989.49322250913939544485-129811348991
1086.5910221820993311752-133075349011
1195.84449154122208727498137458428591
1291.03418661013939645496137470435591
1389.1511411762999111752137537392971
1482.2106325572208124637172810753481
1584.72090460017474220731994991040491
1686.6613082391286913108111040771064961
1784.611132498357813827811177601202451
1891.6215330352210025134-11706501736741
1990.71205730333939742429-11706511736741
2087.9110601764998911752-11718571736101
Short-link