<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463332.3	1	GATCAATGTCTTCTGGATTCAAGTTTCTCATACTCTTTGACTTCAATGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79397	GATCAATGTCTTCTGGATTCAAGTTTCTCATACTCTTTGACTTCAATGCA	79446

CU463332.3	51	TAAAAGGTCTGACTTGAATCTGATGTTCTAAGATGGAGTCAGGATAATGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79447	TAAAAGGTCTGACTTGAATCTGATGTTCTAAGATGGAGTCAGGATAATGG	79496

CU463332.3	101	TCAAAGAAGATCTCATTTTTAGCCATGTCAAAGGTTGGTAAAACCTCCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79497	TCAAAGAAGATCTCATTTTTAGCCATGTCAAAGGTTGGTAAAACCTCCTG	79546

CU463332.3	151	TGGGTAGGAGATGAGCTGTCTATACAATTTTTTGCCAAATTATTTTATGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79547	TGGGTAGGAGATGAGCTGTCTATACAATTTTTTGCCAAATTATTTTATGT	79596

CU463332.3	201	GTTCACAGTTCACATTTAAAAATGGCTCCTCCACAATATTAATCTCTCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79597	GTTCACAGTTCACATTTAAAAATGGCTCCTCCACAATATTAATCTCTCCA	79646

CU463332.3	251	AGTTGTTGCAGGTACAAAGGTTGAGTAATATCTATGCCAACATTATCTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79647	AGTTGTTGCAGGTACAAAGGTTGAGTAATATCTATGCCAACATTATCTTC	79696

CU463332.3	301	TTCTTTGGCCAGAGGATCAGTAAAACACTGAAGGAATCTCTGAAAATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79697	TTCTTTGGCCAGAGGATCAGTAAAACACTGAAGGAATCTCTGAAAATTTT	79746

CU463332.3	351	CTTTGCATGTTTCCACATTCACATCTGTTCCCAAAATCACAAGTTTTTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79747	CTTTGCATGTTTCCACATTCACATCTGTTCCCAAAATCACAAGTTTTTAG	79796

CU463332.3	401	CCCAGATACTGTTAACTTGCTACTGTGTCTTCTGCTGCTGCTCCATCAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79797	CCCAGATACTGTTAACTTGCTACTGTGTCTTCTGCTGCTGCTCCATCAGA	79846

CU463332.3	451	CTGCAAATTGACCTGCAAACACTTTCGTGCTGAGCCCAAATCTGGCCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79847	CTGCAAATTGACCTGCAAACACTTTCGTGCTGAGCCCAAATCTGGCCTTT	79896

CU463332.3	501	GCCTTACAGGTATGCATCTCACCCCACTTCTTGGGGTTCCTTCCACTAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79897	GCCTTACAGGTATGCATCTCACCCCACTTCTTGGGGTTCCTTCCACTAGA	79946

CU463332.3	551	GAGCTGAGAGTGCAATATGTCAGTGGTGAACTAACATCAAAGTCCAAAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79947	GAGCTGAGAGTGCAATATGTCAGTGGTGAACTAACATCAAAGTCCAAAGG	79996

CU463332.3	601	AATAGCTGAAGAATGAATCTGAGGAAGGCTGGAAAACAAGGCATTCTGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	79997	AATAGCTGAAGAATGAATCTGAGGAAGGCTGGAAAACAAGGCATTCTGTG	80046

CU463332.3	651	CAGTTGGGTTCTGCAGGTCCTCTCCTGGTGAGGTGGGCATTGGCGGCATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80047	CAGTTGGGTTCTGCAGGTCCTCTCCTGGTGAGGTGGGCATTGGCGGCATC	80096

CU463332.3	701	TCTCCCGTGGAAGAATCTTCGCCTCTATGTCTCCATTTGGGAGATGATCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80097	TCTCCCGTGGAAGAATCTTCGCCTCTATGTCTCCATTTGGGAGATGATCT	80146

CU463332.3	751	GCTTCCCTCAATTTGAAGGGACTGGGTTGGGGTGACTCGTGTGCATTGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80147	GCTTCCCTCAATTTGAAGGGACTGGGTTGGGGTGACTCGTGTGCATTGGC	80196

CU463332.3	801	TGCAGCAGCTTGAGGTGGATGTCAGGAAAACAGGGTGCATTCACCAAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80197	TGCAGCAGCTTGAGGTGGATGTCAGGAAAACAGGGTGCATTCACCAAGAT	80246

CU463332.3	851	CAAGTGTGAGTCAGCCCAGGAATGCAGGGATATGTATATATATATATATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80247	CAAGTGTGAGTCAGCCCAGGAATGCAGGGATATGTATATATATATATATA	80296

CU463332.3	901	TAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGAAAAAGAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80297	TAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGAAAAAGAAA	80346

CU463332.3	951	ATAAAGAAAAAGCATCAATGTAATCCACTACATAAACAAACTCAAAGGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80347	ATAAAGAAAAAGCATCAATGTAATCCACTACATAAACAAACTCAAAGGGA	80396

CU463332.3	1001	AAAAAAAAAAAAACAATACGATCATTTCTTTAGATGCTCAAAAAGCATCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80397	AAAAAAAAAAAAACAATACGATCATTTCTTTAGATGCTCAAAAAGCATCT	80446

CU463332.3	1051	CACAAAATTCAACATCCTTTCATGTTAAATGTCTTGAAAAGATCAGGAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80447	CACAAAATTCAACATCCTTTCATGTTAAATGTCTTGAAAAGATCAGGAAT	80496

CU463332.3	1101	TCAAGGCCCGTATCTAAACATAGTAAAAGCAATATACAACAAACCAGTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80497	TCAAGGCCCGTATCTAAACATAGTAAAAGCAATATACAACAAACCAGTAG	80546

CU463332.3	1151	CCAACATCAAACTAAATGGAGAAAACCTTAAAGCAATCCACTAAAATCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80547	CCAACATCAAACTAAATGGAGAAAACCTTAAAGCAATCCACTAAAATCAG	80596

CU463332.3	1201	GGACTAGACAAGGCTGCCCACTCTCTCCCTACCTATTCAATATAGTACTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80597	GGACTAGACAAGGCTGCCCACTCTCTCCCTACCTATTCAATATAGTACTT	80646

CU463332.3	1251	GAAGTCCAAGCCAGAGCAATTAGACAGCAAAAGGAGATCAAAGGGATACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80647	GAAGTCCAAGCCAGAGCAATTAGACAGCAAAAGGAGATCAAAGGGATACA	80696

CU463332.3	1301	AATTGGAAAGGAAGAAATCAAAATATAACCTATTTGCAGATGATATGATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80697	AATTGGAAAGGAAGAAATCAAAATATAACCTATTTGCAGATGATATGATA	80746

CU463332.3	1351	CTATATATAAGTGACTCCAAAAATTCCACCAGAGAACTCTTGAACCTGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80747	CTATATATAAGTGACTCCAAAAATTCCACCAGAGAACTCTTGAACCTGAT	80796

CU463332.3	1401	GAAAAAAAAGTTTAGTGAAGTAGATGGGTATAAAATTAACTCAAACAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80797	GAAAAAAAAGTTTAGTGAAGTAGATGGGTATAAAATTAACTCAAACAAAT	80846

CU463332.3	1451	CAGTATCTTTTCTCTACACAAAGGAAAAACAGGCTGAGAAAGAAATTAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80847	CAGTATCTTTTCTCTACACAAAGGAAAAACAGGCTGAGAAAGAAATTAGA	80896

CU463332.3	1501	GAAACAACACCCTTCACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80897	GAAACAACACCCTTCACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGTTGT	80946

CU463332.3	1551	AACTCTACTAAGCAAGTGAAAGACCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80947	AACTCTACTAAGCAAGTGAAAGACCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCT	80996

CU463332.3	1601	GAAGAAAGAAATCAAAGAAGATCTCAGAACATGGAAAGATTTCCTATGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	80997	GAAGAAAGAAATCAAAGAAGATCTCAGAACATGGAAAGATTTCCTATGCT	81046

CU463332.3	1651	CATGGATTGGCAGGATTAATATAGTAAAAATGGCTATCTTGCTAAAAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81047	CATGGATTGGCAGGATTAATATAGTAAAAATGGCTATCTTGCTAAAAACA	81096

CU463332.3	1701	ATCTACAGATTCAATGCAATTTCCATCAAAATTCCAACTGAATTATTAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81097	ATCTACAGATTCAATGCAATTTCCATCAAAATTCCAACTGAATTATTAAC	81146

CU463332.3	1751	AGAGTTATAAAGAGCAATTGGCAAATGCATCTAGAATAACAAAAAACCTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81147	AGAGTTATAAAGAGCAATTGGCAAATGCATCTAGAATAACAAAAAACCTA	81196

CU463332.3	1801	GGATAGCAAAAACTATTCTCAACAATAAAAGAACTTCTGGTGGAATCACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81197	GGATAGCAAAAACTATTCTCAACAATAAAAGAACTTCTGGTGGAATCACC	81246

CU463332.3	1851	CTCCCTGACCCCAAGCTGTACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81247	CTCCCTGACCCCAAGCTGTACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATG	81296

CU463332.3	1901	TTACTAGTACAGCGAAAGACAGGTAGATCAATGGAATAGAATTGCAGCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81297	TTACTAGTACAGCGAAAGACAGGTAGATCAATGGAATAGAATTGCAGCCA	81346

CU463332.3	1951	CACACCTATGGCCACTTAATCTTTGACAAAGGAGCTAAAACCATCCAGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463304.3	81347	CACACCTATGGCCACTTAATCTTTGACAAAGGAGCTAAAACCATCCAGTG	81396

Overview

Query
CU463332.3 - 194055 bps
Hit
CU463304.3 - 81396 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001943200012000179397813961
290.5877311052225223356-118101192041
388.56751083126198127280-118101192041
491.3179811051687617980118101192041
591.479511007127572374118101192041
688.7570211049645097553-118102192031
786.9150128841259315476121125240251
887.6988915985179753394-122417240251
984.365413589644897805-124024253601
1084.4466613771662418000124024253791
1183.9260712987107672373124078253581
1295.57446754201258118000149562549831
1389.8268441224928153402-150847549621
1486.43112520909563045152201543001
1590.33140920759645098524-152871549601
1690.812611826126185128010-153129549751
1791.76102814212223423654-153564549821
1890.9592013117107572385153658549721
1989.237871229122451123679-175471767051
2087.3368812127582177032175479767171
2187.3466611545545556608175565767251
Short-link