<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463326.4	1	GATCTAAACAGTCCTACATCCCCTAAAGAAATAGAAGCAGTCATTAATAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	53832	GATCTAAACAGTCCTACATCCCCTAAAGAAATAGAAGCAGTCATTAATAG	53881

CU463326.4	51	TCTCCCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAGGACCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	53882	TCTCCCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAGGACCAG	53931

CU463326.4	101	ATGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACTTTCAAAGATCTAATTCCAGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	53932	ATGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACTTTCAAAGATCTAATTCCAGTT	53981

CU463326.4	151	CTTCACAAACTATTCCACAAAATAGAAGCAGAATGTACTCTACCCAATTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	53982	CTTCACAAACTATTCCACAAAATAGAAGCAGAATGTACTCTACCCAATTC	54031

CU463326.4	201	ATTTTATGAAGCCACAATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAGACCCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54032	ATTTTATGAAGCCACAATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAGACCCAA	54081

CU463326.4	251	CAAATATAGAGAACTTCAGACCAATTTCCCTTATGAATATCGACGCTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54082	CAAATATAGAGAACTTCAGACCAATTTCCCTTATGAATATCGACGCTAAA	54131

CU463326.4	301	ATACTCAATAAAATTCTCACTAACCGAATCCAAGAACACACCAAAACAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54132	ATACTCAATAAAATTCTCACTAACCGAATCCAAGAACACACCAAAACAAT	54181

CU463326.4	351	CATCCATCATGACCAAGTAGGTTTTATTCCTGGGATGCAGGGATGATTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54182	CATCCATCATGACCAAGTAGGTTTTATTCCTGGGATGCAGGGATGATTTA	54231

CU463326.4	401	ATATACATAAATCCATCTACGTAATCCATTATATAAACAAACTCAAAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54232	ATATACATAAATCCATCTACGTAATCCATTATATAAACAAACTCAAAGAC	54281

CU463326.4	451	AAAAACCACAATAAACTAACAAGATGATCAATCTCATTAGATGCAGAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54282	AAAAACCACAATAAACTAACAAGATGATCAATCTCATTAGATGCAGAGAA	54331

CU463326.4	501	AGCATTTGACAAAATCCAACACCCATTCATGATAAAAGTCTTAGAAAGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54332	AGCATTTGACAAAATCCAACACCCATTCATGATAAAAGTCTTAGAAAGAT	54381

CU463326.4	551	CAAGAAATCAAGGCCCATACCTAAACATGATAAAAGCAATCTACAGCAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54382	CAAGAAATCAAGGCCCATACCTAAACATGATAAAAGCAATCTACAGCAAA	54431

CU463326.4	601	CCAGTAGCCACCATCAAAGTAAATGGTGAGAAGCTGGAAGCAATCCCACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54432	CCAGTAGCCACCATCAAAGTAAATGGTGAGAAGCTGGAAGCAATCCCACT	54481

CU463326.4	651	AAAATCAGGGACTAGACAAGGCCCACCTATTAAACATAAAACTTGAAGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54482	AAAATCAGGGACTAGACAAGGCCCACCTATTAAACATAAAACTTGAAGTT	54531

CU463326.4	701	CTAGCCAGAGCAATTTGACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATACAAATTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54532	CTAGCCAGAGCAATTTGACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATACAAATTAG	54581

CU463326.4	751	AAAGGAAGAAGTCAAAATATCACTTTTTGCAGATGATATGATTGTATATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54582	AAAGGAAGAAGTCAAAATATCACTTTTTGCAGATGATATGATTGTATATA	54631

CU463326.4	801	TAAGTGACCCTAAAAATTACACCAGAGAACTCCTAAACCTGATATACAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54632	TAAGTGACCCTAAAAATTACACCAGAGAACTCCTAAACCTGATATACAGC	54681

CU463326.4	851	TTCGGTGAAGTAGCTGGATTTAAAATTAACTCCAACAGTCAATGGTCTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54682	TTCGGTGAAGTAGCTGGATTTAAAATTAACTCCAACAGTCAATGGTCTTT	54731

CU463326.4	901	CTCTACACAAAGGATAAAAAGGCTGAGAAAGAAATTAGGGAAACAAGACC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54732	CTCTACACAAAGGATAAAAAGGCTGAGAAAGAAATTAGGGAAACAAGACC	54781

CU463326.4	951	CTTCACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGCGAAACTCTAACTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54782	CTTCACAATAGTCACAAATAATATAAAATACCTTGGCGAAACTCTAACTA	54831

CU463326.4	1001	AGGAAGTGAACGATCTGTATAATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54832	AGGAAGTGAACGATCTGTATAATAAGAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAA	54881

CU463326.4	1051	ATTAAAAAAGATCTCAGATGATGGAAAGATCTCCCATGCTCATGGATTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54882	ATTAAAAAAGATCTCAGATGATGGAAAGATCTCCCATGCTCATGGATTGG	54931

CU463326.4	1101	CAGGATCATTATAGTAAAAATGGCTATCTTGCCAAAAGCAATCTACAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54932	CAGGATCATTATAGTAAAAATGGCTATCTTGCCAAAAGCAATCTACAGAT	54981

CU463326.4	1151	TCAATGCAATCCCCATCAAAATCACAACTCAATTCTTCAACGAATTAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	54982	TCAATGCAATCCCCATCAAAATCACAACTCAATTCTTCAACGAATTAGAA	55031

CU463326.4	1201	AGGGCAATCTTCAAATTCATCTGGAATAACAAAAATCCTAGGATAGCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55032	AGGGCAATCTTCAAATTCATCTGGAATAACAAAAATCCTAGGATAGCAAA	55081

CU463326.4	1251	AACTCTTCTCAACAATAAAATAACCTCTGGTGGAATCATCATGCCTGACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55082	AACTCTTCTCAACAATAAAATAACCTCTGGTGGAATCATCATGCCTGACC	55131

CU463326.4	1301	TAAACCTGTACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGTGTGGTACTGGTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55132	TAAACCTGTACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGTGTGGTACTGGTAT	55181

CU463326.4	1351	AGTGACAGACAAGTAGACCAATTAAATAGAACTGAAGACCCAGAAATGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55182	AGTGACAGACAAGTAGACCAATTAAATAGAACTGAAGACCCAGAAATGAA	55231

CU463326.4	1401	CCCACACACCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAACCATCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55232	CCCACACACCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAACCATCC	55281

CU463326.4	1451	AGTGGAAAAAAGACAGTATTTTCAACAAATGGTGGTGGCACAACTGGAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55282	AGTGGAAAAAAGACAGTATTTTCAACAAATGGTGGTGGCACAACTGGAGG	55331

CU463326.4	1501	TTATCATGTAGAAGAATGCGAAGTGATCCATTCCTATCTCCTTGTACTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55332	TTATCATGTAGAAGAATGCGAAGTGATCCATTCCTATCTCCTTGTACTAA	55381

CU463326.4	1551	GGTCAAATCTAAGTGGATCAGGGAACTCCACATAAAACAGTGAAACTAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55382	GGTCAAATCTAAGTGGATCAGGGAACTCCACATAAAACAGTGAAACTAAT	55431

CU463326.4	1601	AGAGGAGAAAGTGGGGAAAAGCCTCGAAGATGTGGGCACAGGGGAAAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55432	AGAGGAGAAAGTGGGGAAAAGCCTCGAAGATGTGGGCACAGGGGAAAAAT	55481

CU463326.4	1651	TCTTGAATAGAACAGCAATGGCTTGTGCTTTAAGATCGAGAATTGACAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55482	TCTTGAATAGAACAGCAATGGCTTGTGCTTTAAGATCGAGAATTGACAAA	55531

CU463326.4	1701	TGGGACCTCATGAAACTCCAAAGCTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55532	TGGGACCTCATGAAACTCCAAAGCTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAA	55581

CU463326.4	1751	TAAGACAAAAAGACCACCAACAGACTGGGAAATGATCTTTACCTATCCTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55582	TAAGACAAAAAGACCACCAACAGACTGGGAAATGATCTTTACCTATCCTA	55631

CU463326.4	1801	AATCAGATAGGGGACTAATATCCAATATATATAAAGAACTCAAGGAGGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55632	AATCAGATAGGGGACTAATATCCAATATATATAAAGAACTCAAGGAGGTG	55681

CU463326.4	1851	GACTCCAGAAAATCAAATAAAGGCATTAAAAAATGGGGCTCAGACCTAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55682	GACTCCAGAAAATCAAATAAAGGCATTAAAAAATGGGGCTCAGACCTAAA	55731

CU463326.4	1901	CAAGTAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55732	CAAGTAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAA	55781

CU463326.4	1951	AAATGTTCAGCATCCGTAATCATCAGGGAAATGAAAATCAAAACAACCCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463301.8	55782	AAATGTTCAGCATCCGTAATCATCAGGGAAATGAAAATCAAAACAACCCT	55831

Overview

Query
CU463326.4 - 153407 bps
Hit
CU463301.8 - 55831 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001900200012000153832558311
291.1116752443822524117836202861
393.1198012763512536400-119649209241
481.6421103734484484119655207031
589.724667004647847177120243209421
689.494046075391654522120325209331
791.13152622272982524120969232001
892.7996812763512536400-122563238381
981.31411103734484484122569236171
1089.074557044647847181123157238601
1189.494046075391654522123239238471
1292.4299397100110100506127685280791
1390.18262395100110100504129232296181
1482.16180943012388328183137476416951
1583.21140029636446967431138758417001
1687.5891415532847030022141925434851
1782.832636063060831213143489440881
1882.42107625337119673728144030465771
1981.3477519653130133265144246462221
2081.26071731801810148694504221
2199.1934337025202889149189495581
Short-link