<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463306.6	1	CTTCCCTATGAGAGGGTCCATCTTGTCATTTGCAATGGATATTAAATAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145462	CTTCCCTATGAGAGGGTCCATCTTGTCATTTGCAATGGATATTAAATAGC	145511

CU463306.6	51	ATATCCTAACCACACTGAAATTGTAAATCTGGGAAGCCAATCCAGCTTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145512	ATATCCTAACCACACTGAAATTGTAAATCTGGGAAGCCAATCCAGCTTGT	145561

CU463306.6	101	TTCCTAAGGGACCTCACTATCCTATCTTTTCTTTGGTGCACCTAACACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145562	TTCCTAAGGGACCTCACTATCCTATCTTTTCTTTGGTGCACCTAACACAG	145611

CU463306.6	151	AAATTTGGGCTCACCATGGGGAGGGCAGACAGCAGCAGGAACAGCAGCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145612	AAATTTGGGCTCACCATGGGGAGGGCAGACAGCAGCAGGAACAGCAGCAG	145661

CU463306.6	201	CAGAAGCACCATAGTGCTTTCAGAGCACGGGAAATTCACTTCCAAACTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145662	CAGAAGCACCATAGTGCTTTCAGAGCACGGGAAATTCACTTCCAAACTTT	145711

CU463306.6	251	GAGTGACCTAGATCTAGAAGCTGTGGGGCAAACATTGGCTGATACTGGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145712	GAGTGACCTAGATCTAGAAGCTGTGGGGCAAACATTGGCTGATACTGGAG	145761

CU463306.6	301	AGACATGCTCACCAAGCATGCTGTACTTGGAATCTCTGTTGACTACAATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145762	AGACATGCTCACCAAGCATGCTGTACTTGGAATCTCTGTTGACTACAATA	145811

CU463306.6	351	TCCCCTGTAGCACTGTTAGTGACATCAGCTGTCAGACCAACACTTTCTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145812	TCCCCTGTAGCACTGTTAGTGACATCAGCTGTCAGACCAACACTTTCTGC	145861

CU463306.6	401	CACTGGGTCATCTGAATAGGCCATCCACTCTGTGTAGGAGCTTTTGATGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145862	CACTGGGTCATCTGAATAGGCCATCCACTCTGTGTAGGAGCTTTTGATGA	145911

CU463306.6	451	GTATGGGGTAACTTTTGAAACTCTTGCTTCTTCTTTCCACACTCTCATCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145912	GTATGGGGTAACTTTTGAAACTCTTGCTTCTTCTTTCCACACTCTCATCC	145961

CU463306.6	501	TGAAAGTGACTCTTCCTAGCTTCTATATAGGTTGAAAAGGTAGGTTCATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	145962	TGAAAGTGACTCTTCCTAGCTTCTATATAGGTTGAAAAGGTAGGTTCATT	146011

CU463306.6	551	GGCTCTCCTCTTCAAGTGGGGGAGGGGGATAAGGGCACAAGAAAGGGCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146012	GGCTCTCCTCTTCAAGTGGGGGAGGGGGATAAGGGCACAAGAAAGGGCTG	146061

CU463306.6	601	CTCTTTTCCCAGGGTTTCTCCACCTGCTGATGGCTGTCCCCATAGCTCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146062	CTCTTTTCCCAGGGTTTCTCCACCTGCTGATGGCTGTCCCCATAGCTCAG	146111

CU463306.6	651	TTGATATTTTAAAATATTAAATGTTGCCATTACTTCATCTTTGAGTCGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146112	TTGATATTTTAAAATATTAAATGTTGCCATTACTTCATCTTTGAGTCGCC	146161

CU463306.6	701	TATTTGTTAAGGATGACACATTCTCTTCACAGATATAGCCAATGGTGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146162	TATTTGTTAAGGATGACACATTCTCTTCACAGATATAGCCAATGGTGCAC	146211

CU463306.6	751	ATTGTGTTCACAATCCTGGGAAGGATTTCTTTTGTGGCAACCAGTCCATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146212	ATTGTGTTCACAATCCTGGGAAGGATTTCTTTTGTGGCAACCAGTCCATG	146261

CU463306.6	801	GTCTTGAATGTGGCCCAGCCACAGTCATTCCACAAGCTGATATATTGTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146262	GTCTTGAATGTGGCCCAGCCACAGTCATTCCACAAGCTGATATATTGTCA	146311

CU463306.6	851	TCTTGTACCACGTAGGAACCCCAAGTAACCATGCAATGATGATGTTACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146312	TCTTGTACCACGTAGGAACCCCAAGTAACCATGCAATGATGATGTTACAG	146361

CU463306.6	901	GGAAATGACAAGTGGTAAGGAATGGGACACAGTGTAGTAGTGATGATCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146362	GGAAATGACAAGTGGTAAGGAATGGGACACAGTGTAGTAGTGATGATCCT	146411

CU463306.6	951	GTGCATACCCTCAATGGTGGCTTCTATATATGGAAAGTGCCCTGTGACTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146412	GTGCATACCCTCAATGGTGGCTTCTATATATGGAAAGTGCCCTGTGACTA	146461

CU463306.6	1001	GAACATAGAGGATGATGCCCAAGCTCCACATGACAACTGCCAGCCCATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146462	GAACATAGAGGATGATGCCCAAGCTCCACATGACAACTGCCAGCCCATCA	146511

CU463306.6	1051	TCGGGTTTCCTTGCCAAGATATCTGGGACTCTATAGAGTACGGAGCCACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146512	TCGGGTTTCCTTGCCAAGATATCTGGGACTCTATAGAGTACGGAGCCACA	146561

CU463306.6	1101	GGTCTCCTACAACATCTGCCCTTCTGTGGTTTTAATTGCCATGCCAAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146562	GGTCTCCTACAACATCTGCCCTTCTGTGGTTTTAATTGCCATGCCAAAGT	146611

CU463306.6	1151	CACAAAGCTTTGCATTTCCTGCCGCATTGACCAGAATGTTTTCTAATTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146612	CACAAAGCTTTGCATTTCCTGCCGCATTGACCAGAATGTTTTCTAATTTA	146661

CU463306.6	1201	ATATTGCGATGTGCAATGTGTCCTTAGTGGAGGAAGTGAACTGCTGACAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146662	ATATTGCGATGTGCAATGTGTCCTTAGTGGAGGAAGTGAACTGCTGACAC	146711

CU463306.6	1251	GACCTGCTGGAAAACAGGTCTAGTCTCCTCCTCTTTCAGACAGCCCAGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146712	GACCTGCTGGAAAACAGGTCTAGTCTCCTCCTCTTTCAGACAGCCCAGTG	146761

CU463306.6	1301	CCCTGAGGTACTTCTCAAGGTCCTCTCCTGCCACGTGCTCCATGAACACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146762	CCCTGAGGTACTTCTCAAGGTCCTCTCCTGCCACGTGCTCCATGAACACA	146811

CU463306.6	1351	TAAGTTGTTGTCAATGTGTCAATCATGTGAAGAAATTGAACAATGTTCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146812	TAAGTTGTTGTCAATGTGTCAATCATGTGAAGAAATTGAACAATGTTCCT	146861

CU463306.6	1401	GTGTTCTAAAGATTGAAGGAGTTCTACCTTCGAAGTGATGTCAGCCATGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146862	GTGTTCTAAAGATTGAAGGAGTTCTACCTTCGAAGTGATGTCAGCCATGC	146911

CU463306.6	1451	TGTTGATGTTTTTCTCAAGGACCTTGACAGCCACCCTTATAAGTATGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146912	TGTTGATGTTTTTCTCAAGGACCTTGACAGCCACCCTTATAAGTATGGGA	146961

CU463306.6	1501	AGGTGGCAGGCAAGCTTTTCCTCCCCCAAATGAACCACAACCCAGAGATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	146962	AGGTGGCAGGCAAGCTTTTCCTCCCCCAAATGAACCACAACCCAGAGATG	147011

CU463306.6	1551	ACAAAATCCTGAAATCCTTTTCAAGGATGTTCTCTTCCGTGTGGCTGGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147012	ACAAAATCCTGAAATCCTTTTCAAGGATGTTCTCTTCCGTGTGGCTGGCC	147061

CU463306.6	1601	ATGATGTTATGCTCAAGTTCAACCACCTACTCTCATATAGAACCAGGAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147062	ATGATGTTATGCTCAAGTTCAACCACCTACTCTCATATAGAACCAGGAAT	147111

CU463306.6	1651	ATATGAGGCTAGAAATAAAAATTAATACAATTTTAGAATGAATTCTCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147112	ATATGAGGCTAGAAATAAAAATTAATACAATTTTAGAATGAATTCTCTAT	147161

CU463306.6	1701	CATGAATTCTGAGATCTTCAAAACAACCCAATGATACTCCTCAAGGATAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147162	CATGAATTCTGAGATCTTCAAAACAACCCAATGATACTCCTCAAGGATAT	147211

CU463306.6	1751	AGAAATACCAGAAGATCCCAACCACAAACAAGTAGAGGAGGGATTCTATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147212	AGAAATACCAGAAGATCCCAACCACAAACAAGTAGAGGAGGGATTCTATT	147261

CU463306.6	1801	AAAGGTCAGAGATTATTTCAGTGAAGGTGGCATGCAAAAGGAAATACTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147262	AAAGGTCAGAGATTATTTCAGTGAAGGTGGCATGCAAAAGGAAATACTGA	147311

CU463306.6	1851	GAGTACAGCAATAATTAGCTGGTTATTTTCAAGACCACCATGCAAACTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147312	GAGTACAGCAATAATTAGCTGGTTATTTTCAAGACCACCATGCAAACTGT	147361

CU463306.6	1901	TCACATAACTGATCAAGTGAGACCTGATACCATTTATAGAAGAGAAAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147362	TCACATAACTGATCAAGTGAGACCTGATACCATTTATAGAAGAGAAAACA	147411

CU463306.6	1951	ACAAACTGATGTACTAAACATACTCTACTATGACTACAATCCAGATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463300.5	147412	ACAAACTGATGTACTAAACATACTCTACTATGACTACAATCCAGATGATC	147461

Overview

Query
CU463306.6 - 179416 bps
Hit
CU463300.5 - 147461 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011454621474611
290.31115218094093342741-144376461811
389.0697916242981131434144563461811
494.78496061613745843618-152961591331
590.02333450862981334898154029591211
698.15304733432077324115-155792591341
791.4321413025170650173674156087591201
889.6290913883351434901-175139765251
990.3293813862078622171175142765251
1089.690913863747038855175142765251
1186.5414602733127231129963180808835031
1285.3691018644364945512181722836051
1389.83162826004558648185183614862211
1489.1810351698130201131898183618853281
1587.9821443618135926139543190405940131
1686.796617745279554568192004937771
1787.11170212514349214561611048381070061
1885.341249246014719314965211078721103481
1986.1710351918668886880511084041103481
2087.551216211217445717656811133731155161
2185.811972273865228879411139501162021
2289.37962153117788617941611170451185681
Short-link