<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407123.9	1	GAATTCTTCACAATAAATTTATAATTAATTACATTTAAGATATTTTATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	149956	GAATTCTTCACAATAAATTTATAATTAATTACATTTAAGATATTTTATGG	150005

CU407123.9	51	GAAGTTTGCGGTGATCTTGACTGTTGAAAGATGATTTTGTGCACTGTGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150006	GAAGTTTGCGGTGATCTTGACTGTTGAAAGATGATTTTGTGCACTGTGTT	150055

CU407123.9	101	TTCAAATTCAGATTTCTGTACCCAGATACCTGGTTGTAGCCCAGACTTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150056	TTCAAATTCAGATTTCTGTACCCAGATACCTGGTTGTAGCCCAGACTTTG	150105

CU407123.9	151	GTATTGTCACTATTAGAAGTATCAATAAGTATTTAAAAAATATTTTCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150106	GTATTGTCACTATTAGAAGTATCAATAAGTATTTAAAAAATATTTTCCTG	150155

CU407123.9	201	CATGTTCTTCATGGACAATAATCTTAGAACTGAACATGCAATAGCTTGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150156	CATGTTCTTCATGGACAATAATCTTAGAACTGAACATGCAATAGCTTGGC	150205

CU407123.9	251	CATAGAGGAAAAGGCTGCAATTTCAGGCCCAGAGTGAGTGTGTGTTAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150206	CATAGAGGAAAAGGCTGCAATTTCAGGCCCAGAGTGAGTGTGTGTTAGGG	150255

CU407123.9	301	GTGGGGGGAGCTCAAATGAGTGTATAGTAAAGAAGCAGGGAAGAGCTTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150256	GTGGGGGGAGCTCAAATGAGTGTATAGTAAAGAAGCAGGGAAGAGCTTGG	150305

CU407123.9	351	CTAAGATGGCAGGTAACAGGTCACATGGCTGAGAAGGGTTCTAGTCCAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150306	CTAAGATGGCAGGTAACAGGTCACATGGCTGAGAAGGGTTCTAGTCCAGC	150355

CU407123.9	401	ATTCCAGGATTAGAATAGCTCAGAATTGTTGTACCTAAAGTTGTTAATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150356	ATTCCAGGATTAGAATAGCTCAGAATTGTTGTACCTAAAGTTGTTAATAC	150405

CU407123.9	451	ATATAAAGGTCTTTATGTCATTATTCAGAGTAAGGGCAGAGCTATAAAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150406	ATATAAAGGTCTTTATGTCATTATTCAGAGTAAGGGCAGAGCTATAAAAC	150455

CU407123.9	501	TGGTTGTTTAAAATTTACAACTGATTTTTGTGATAATTTTAATTTAAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150456	TGGTTGTTTAAAATTTACAACTGATTTTTGTGATAATTTTAATTTAAATG	150505

CU407123.9	551	TGTGACTATTAAAACATTTAAGATCTTAGGCAAACCATGACGTCCTTTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150506	TGTGACTATTAAAACATTTAAGATCTTAGGCAAACCATGACGTCCTTTAA	150555

CU407123.9	601	AAGTAACACTATGGACACAATACATACTGTATATACAATGCTCTCCTATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150556	AAGTAACACTATGGACACAATACATACTGTATATACAATGCTCTCCTATG	150605

CU407123.9	651	GATGTCGATGCAGCAGACATCTAACGATTCAATGACGTCGCAAGTTCACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150606	GATGTCGATGCAGCAGACATCTAACGATTCAATGACGTCGCAAGTTCACA	150655

CU407123.9	701	GGGAAAAATAACCTTAAAGAAGTGCCTCATGTACACATTTAGTAATGTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150656	GGGAAAAATAACCTTAAAGAAGTGCCTCATGTACACATTTAGTAATGTGT	150705

CU407123.9	751	CAAAGGCAAACACTCCAATGGGTCCTGCCATTCATCACTAAGTTTTAATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150706	CAAAGGCAAACACTCCAATGGGTCCTGCCATTCATCACTAAGTTTTAATG	150755

CU407123.9	801	ACTCTGAGTGCATGGGTATTTTGTCTTTATGCATGTCTCTGTACCCCAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150756	ACTCTGAGTGCATGGGTATTTTGTCTTTATGCATGTCTCTGTACCCCAAG	150805

CU407123.9	851	CTTTCCAGAAAAGGGTTTGGGGTCCTAGTAGACTGGAGTCCTAGAGAGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150806	CTTTCCAGAAAAGGGTTTGGGGTCCTAGTAGACTGGAGTCCTAGAGAGTT	150855

CU407123.9	901	GTGAGCAGCCATGTGGATACTAGGAATCCAACACAGTTTTCCTGGAAGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150856	GTGAGCAGCCATGTGGATACTAGGAATCCAACACAGTTTTCCTGGAAGAC	150905

CU407123.9	951	TAGACAGTGCTTTTACCTGCTGAGCTCTCTCTCTAGCCCATACCTTTTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150906	TAGACAGTGCTTTTACCTGCTGAGCTCTCTCTCTAGCCCATACCTTTTGC	150955

CU407123.9	1001	CATTAAGCTCAGCATAGAGAAGGCAGATGCAAAGGGATCTTGGTGTTCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	150956	CATTAAGCTCAGCATAGAGAAGGCAGATGCAAAGGGATCTTGGTGTTCCA	151005

CU407123.9	1051	GACCACCTTGATCTACATAACAAGTCCTAGACCAGGACAGGTTATATAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151006	GACCACCTTGATCTACATAACAAGTCCTAGACCAGGACAGGTTATATAAC	151055

CU407123.9	1101	TATACCTCATCTCCAAAAAATATTCCATGGTATTAATAAAAACATATAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151056	TATACCTCATCTCCAAAAAATATTCCATGGTATTAATAAAAACATATAAT	151105

CU407123.9	1151	TATCTTATAAAATATTTAAAAATTATTTCAAGAAGAACAAAGACCAAAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151106	TATCTTATAAAATATTTAAAAATTATTTCAAGAAGAACAAAGACCAAAGT	151155

CU407123.9	1201	GTGGACACTTTGCCTATTCTTAGAATTGGGAACAAAATACCCATGGAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151156	GTGGACACTTTGCCTATTCTTAGAATTGGGAACAAAATACCCATGGAAGG	151205

CU407123.9	1251	AGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGTTGAGAAGAAAGGATGGACCATCTAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151206	AGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGTTGAGAAGAAAGGATGGACCATCTAGA	151255

CU407123.9	1301	GACTGCCATACCTGGGGATCCATCCCATCATCAGCCTCCAAACGCTGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151256	GACTGCCATACCTGGGGATCCATCCCATCATCAGCCTCCAAACGCTGACA	151305

CU407123.9	1351	TCATTGCATATACCAGCAAGATTTTGATGAAAGAACCCTGATATAGCTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151306	TCATTGCATATACCAGCAAGATTTTGATGAAAGAACCCTGATATAGCTGT	151355

CU407123.9	1401	CTCTTGTGAGGCTATGCCGGGGCCTGGCAAACATAGAAGTGGATGCTCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151356	CTCTTGTGAGGCTATGCCGGGGCCTGGCAAACATAGAAGTGGATGCTCAC	151405

CU407123.9	1451	AGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151406	AGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAA	151455

CU407123.9	1501	GTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151456	GTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATA	151505

CU407123.9	1551	TGAACTAACCAGTACCCCCGGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151506	TGAACTAACCAGTACCCCCGGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCA	151555

CU407123.9	1601	GAAGATGGCCTAGTCGGCCATTATTGGAAAGAAAGGCCCCTTGGTCTTGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151556	GAAGATGGCCTAGTCGGCCATTATTGGAAAGAAAGGCCCCTTGGTCTTGC	151605

CU407123.9	1651	AAACTTTATCTGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151606	AAACTTTATCTGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAG	151655

CU407123.9	1701	TGGGTGGGTAGGGGAGTGGCGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151656	TGGGTGGGTAGGGGAGTGGCGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGC	151705

CU407123.9	1751	ATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAATTAAAATATTAAAATAACTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151706	ATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAATTAAAATATTAAAATAACTT	151755

CU407123.9	1801	TTTATTAAAATTATTTAATACTAATAAATTCATTCTCCTGTGGCTGCTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151756	TTTATTAAAATTATTTAATACTAATAAATTCATTCTCCTGTGGCTGCTGA	151805

CU407123.9	1851	GATGACTCAGCAATGAAAAGCACTTGCTAATTTTGCAAAGGACCAGAACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151806	GATGACTCAGCAATGAAAAGCACTTGCTAATTTTGCAAAGGACCAGAACT	151855

CU407123.9	1901	TTATTTCTAGCATAGACTTGTCAGTCACAACCTTCTTTAATTACACTTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151856	TTATTTCTAGCATAGACTTGTCAGTCACAACCTTCTTTAATTACACTTCA	151905

CU407123.9	1951	AGTATTTATGGTGACTCTTTGTCCTATACAGGCAACTGTATATTCTGTTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463040.8	151906	AGTATTTATGGTGACTCTTTGTCCTATACAGGCAACTGTATATTCTGTTA	151955

Overview

Query
CU407123.9 - 227764 bps
Hit
CU463040.8 - 151955 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link