<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU914530.2	1	TTCCACCAATTTTCATCATTTTATGACTTCTAAAATGTACTTAAATAGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120628	TTCCACCAATTTTCATCATTTTATGACTTCTAAAATGTACTTAAATAGGC	120677

CU914530.2	51	AAAAGCACACTATTACCTCATTGAACTAGTCTACAGACGTCATGGACGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120678	AAAAGCACACTATTACCTCATTGAACTAGTCTACAGACGTCATGGACGTT	120727

CU914530.2	101	CTTGGACGTTTTTGTATATAGACTTCCTAGATGACTTATAACAATAAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120728	CTTGGACGTTTTTGTATATAGACTTCCTAGATGACTTATAACAATAAAAA	120777

CU914530.2	151	TAGACCTTAAAACAGTGCATAAACCTAATTACAGCTATGTTAGTCTCTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120778	TAGACCTTAAAACAGTGCATAAACCTAATTACAGCTATGTTAGTCTCTAG	120827

CU914530.2	201	AACACGTCTTGGATTTTTGAAGTGTTACAGAACTCAAGTTTTGAAATCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120828	AACACGTCTTGGATTTTTGAAGTGTTACAGAACTCAAGTTTTGAAATCAA	120877

CU914530.2	251	TTTAGAGGAATCTTTTGGGGAAAGAGATCCCAAAGGTGAAAGGAATCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120878	TTTAGAGGAATCTTTTGGGGAAAGAGATCCCAAAGGTGAAAGGAATCCCA	120927

CU914530.2	301	TACCTTTCTAATAGATTAAGTTTTAGGGATAAAAATTGATATTTAGCAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120928	TACCTTTCTAATAGATTAAGTTTTAGGGATAAAAATTGATATTTAGCAGC	120977

CU914530.2	351	CTTCGAATCCGTTTTTGCTTGGTCTTCAATGGGGTTTCTTTGGAGAGAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	120978	CTTCGAATCCGTTTTTGCTTGGTCTTCAATGGGGTTTCTTTGGAGAGAGA	121027

CU914530.2	401	AAGAACAAAGAAGGAAGAGCAATTTGGGTTTGGGAAATTATGAGAGTCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121028	AAGAACAAAGAAGGAAGAGCAATTTGGGTTTGGGAAATTATGAGAGTCAG	121077

CU914530.2	451	GTTAGTTTAATTAGGTTAGGGTATTTACATAGGTCATTAAATTATTTAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121078	GTTAGTTTAATTAGGTTAGGGTATTTACATAGGTCATTAAATTATTTAAT	121127

CU914530.2	501	TATACATCCCTTAACCCCTAACTATTAACTAACCACCTTATTAATCAACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121128	TATACATCCCTTAACCCCTAACTATTAACTAACCACCTTATTAATCAACT	121177

CU914530.2	551	TGACTAACCGAAAAATGTGCAGCCAAATAGTCTTGATAATCGATTCCCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121178	TGACTAACCGAAAAATGTGCAGCCAAATAGTCTTGATAATCGATTCCCTC	121227

CU914530.2	601	ACCCATGCCCCGTTTGTCAATTGACAGGCATTGTTCACATTGTCCTGTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121228	ACCCATGCCCCGTTTGTCAATTGACAGGCATTGTTCACATTGTCCTGTGC	121277

CU914530.2	651	AGTTGTCGTTCTGGTAAGAAAGTGGTCCAAAAGGACCATCAGCCTAAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121278	AGTTGTCGTTCTGGTAAGAAAGTGGTCCAAAAGGACCATCAGCCTAAATG	121327

CU914530.2	701	TCTATGTTTTTTTGGACGGAGGCATCGACGCCCCATCGATCTAATGACGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121328	TCTATGTTTTTTTGGACGGAGGCATCGACGCCCCATCGATCTAATGACGC	121377

CU914530.2	751	CTCTTCGCCTGCACACATAGGTAGACATTGCCTCTTAGGAAGGTTTAGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121378	CTCTTCGCCTGCACACATAGGTAGACATTGCCTCTTAGGAAGGTTTAGCC	121427

CU914530.2	801	ACATTTGCAAGGGTTCTCCTCAAGGGATCTTGGTTGGTCCTTAGGGATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121428	ACATTTGCAAGGGTTCTCCTCAAGGGATCTTGGTTGGTCCTTAGGGATTC	121477

CU914530.2	851	GTACCTGGAATTTTCCACTATAAACTAACTCTAATATGTGTTAGACACCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121478	GTACCTGGAATTTTCCACTATAAACTAACTCTAATATGTGTTAGACACCT	121527

CU914530.2	901	TGCCACAAAATTTCATCATTTTCTGACTCTTAAAACTTAGTCAAACAGTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121528	TGCCACAAAATTTCATCATTTTCTGACTCTTAAAACTTAGTCAAACAGTC	121577

CU914530.2	951	TAAGACGCGCTAGCACCTCTTGAACTAGTTTCAGGATGTCATGGACGTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121578	TAAGACGCGCTAGCACCTCTTGAACTAGTTTCAGGATGTCATGGACGTTC	121627

CU914530.2	1001	CTTGACATTTTGATTTTAAAACATCCTAAATGACTCAAATACATTATAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121628	CTTGACATTTTGATTTTAAAACATCCTAAATGACTCAAATACATTATAAT	121677

CU914530.2	1051	TGAATTATAAATAGTTCAACAATTCTTATACCCTCATGTTAGGCTCTAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121678	TGAATTATAAATAGTTCAACAATTCTTATACCCTCATGTTAGGCTCTAGA	121727

CU914530.2	1101	TTAGTTTTAAGACTTCCGGAGTATTACCCTGATATATTGGTCCTTATAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121728	TTAGTTTTAAGACTTCCGGAGTATTACCCTGATATATTGGTCCTTATAGT	121777

CU914530.2	1151	ATATCCAAAAGAGTTGTAAATGTAGCTGATGAGTTTGCAGTGGTTCATCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121778	ATATCCAAAAGAGTTGTAAATGTAGCTGATGAGTTTGCAGTGGTTCATCC	121827

CU914530.2	1201	TGTATTCCATATCACAATGTTGAAGAAGTGCATGGGTGATAGTTCATTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121828	TGTATTCCATATCACAATGTTGAAGAAGTGCATGGGTGATAGTTCATTGA	121877

CU914530.2	1251	TCCTACCAACTAAGAATGTTCGAATTAAAGATATCTTATCCTACAAAGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121878	TCCTACCAACTAAGAATGTTCGAATTAAAGATATCTTATCCTACAAAGAT	121927

CU914530.2	1301	ATTTCGGTTCATATTTTAGATCGCCAAGTTCATAGGCTGAGAACAAAGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121928	ATTTCGGTTCATATTTTAGATCGCCAAGTTCATAGGCTGAGAACAAAGGA	121977

CU914530.2	1351	GGTTGAGTCATTAAAGGTCCTTTGGAGGAGCTAATTTGTTGGCGAAGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	121978	GGTTGAGTCATTAAAGGTCCTTTGGAGGAGCTAATTTGTTGGCGAAGAAA	122027

CU914530.2	1401	ATTTGGATGGTGAAGAGGATATAAAGAAGAGCTATCAACATCTATTTGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122028	ATTTGGATGGTGAAGAGGATATAAAGAAGAGCTATCAACATCTATTTGAT	122077

CU914530.2	1451	TTCGGAAATAATGTAGATGAAGGTAGTAATTCTGTTCTTACTACTTTATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122078	TTCGGAAATAATGTAGATGAAGGTAGTAATTCTGTTCTTACTACTTTATA	122127

CU914530.2	1501	AACTATGTGTAAGCATGTTGTTACTTGCTTTTGATTGTTGAGTTTTACAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122128	AACTATGTGTAAGCATGTTGTTACTTGCTTTTGATTGTTGAGTTTTACAC	122177

CU914530.2	1551	TTGAAGTTACTATTCTTATCTTAGTGAAGAAATTTCATTCGAGTAAGAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122178	TTGAAGTTACTATTCTTATCTTAGTGAAGAAATTTCATTCGAGTAAGAAT	122227

CU914530.2	1601	GTTTCCAAGGGGGGAGATATTATAACAATGCACAAATTTGAATTAGCTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122228	GTTTCCAAGGGGGGAGATATTATAACAATGCACAAATTTGAATTAGCTAA	122277

CU914530.2	1651	GAATAAGCTAAGAAACTAAATATATTCATTCTAGAAAGAAAAGGAGAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122278	GAATAAGCTAAGAAACTAAATATATTCATTCTAGAAAGAAAAGGAGAAAT	122327

CU914530.2	1701	GTGGAAATTTTCTATGTTTAAGAAGTGACTTTTGGTCATTTTTAAATGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122328	GTGGAAATTTTCTATGTTTAAGAAGTGACTTTTGGTCATTTTTAAATGTC	122377

CU914530.2	1751	CATAAATTTTAGCTTAGAATGAGTTAGAGGTAGTTCTTGATATCATTGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122378	CATAAATTTTAGCTTAGAATGAGTTAGAGGTAGTTCTTGATATCATTGTA	122427

CU914530.2	1801	AATCCCTTAGACATATCTTTCAAAAACAGCCGAGTTTGTGCATTTTTATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122428	AATCCCTTAGACATATCTTTCAAAAACAGCCGAGTTTGTGCATTTTTATT	122477

CU914530.2	1851	AGCGTATGAAGGATATATGCCTAATAGAAGTTGGGATGTCATATTGAGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122478	AGCGTATGAAGGATATATGCCTAATAGAAGTTGGGATGTCATATTGAGGA	122527

CU914530.2	1901	ATGTCTCTATTCGTATTTAAGGAAGGACAAACTAGTCTTTTCACCCATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122528	ATGTCTCTATTCGTATTTAAGGAAGGACAAACTAGTCTTTTCACCCATTT	122577

CU914530.2	1951	ATTTCCTAGTTCGTTTTAAGGGTTTATTTAGTTGGGATAAAAATAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462974.3	122578	ATTTCCTAGTTCGTTTTAAGGGTTTATTTAGTTGGGATAAAAATAAGCTT	122627

Overview

Query
CU914530.2 - 98431 bps
Hit
CU462974.3 - 122627 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192920001200011206281226271
286.25448031423221199293993721
382.9821147565987072-1999801004551
481.315840038084207-11028361032361
576.461185376009654511041541046801
686.6741757008708211051391052131
779.896641981118831386311092771112351
879.022698866009689411126171134931
Short-link