<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU462875.11	1	GAATTCAAATAAGCCCAAGGGAGCATGGTCAAATTTTTCTAAGAAGGGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	160980	GAATTCAAATAAGCCCAAGGGAGCATGGTCAAATTTTTCTAAGAAGGGAA	161029

CU462875.11	51	AGAAAATAGATATTTGAGGTGGAGGGAGGGGACTGGTTGGGAAAGGAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161030	AGAAAATAGATATTTGAGGTGGAGGGAGGGGACTGGTTGGGAAAGGAGAT	161079

CU462875.11	101	GGGCAGGGAAGCAGGATGGGATCTATATCAGATGTAGAGAAAGCAGTGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161080	GGGCAGGGAAGCAGGATGGGATCTATATCAGATGTAGAGAAAGCAGTGGA	161129

CU462875.11	151	GAGAGAATGAAAATCAGCAGTAAGTAGGGGGCAATCAGGAAGATGTAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161130	GAGAGAATGAAAATCAGCAGTAAGTAGGGGGCAATCAGGAAGATGTAGCA	161179

CU462875.11	201	GACACTTAGGATCAGGGAGGCTTCTGTGGGCCTATTGAGGTAAATCTAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161180	GACACTTAGGATCAGGGAGGCTTCTGTGGGCCTATTGAGGTAAATCTAGC	161229

CU462875.11	251	TGAGACTCCTAGAGATGGGCGATATGGATGCTGAAGTGGCCAATTCATGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161230	TGAGACTCCTAGAGATGGGCGATATGGATGCTGAAGTGGCCAATTCATGT	161279

CU462875.11	301	AGACAAGTTGGACTTCCAGTAAGGAGACAAGGACAGCAAACTACCCAGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161280	AGACAAGTTGGACTTCCAGTAAGGAGACAAGGACAGCAAACTACCCAGCA	161329

CU462875.11	351	AACCTTCGACCCAAATTGAGTCCTATCTACAAGATATGCAGGGATGGAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161330	AACCTTCGACCCAAATTGAGTCCTATCTACAAGATATGCAGGGATGGAAA	161379

CU462875.11	401	AAATGCCCACCCAAACAATGAGTGTTCCAAATTGAGACCCATCCAGTGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161380	AAATGCCCACCCAAACAATGAGTGTTCCAAATTGAGACCCATCCAGTGGC	161429

CU462875.11	451	CAAGAACTAAAGTACGGTTTGTTGAATATGATTTGCATAGGGAGTGGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161430	CAAGAACTAAAGTACGGTTTGTTGAATATGATTTGCATAGGGAGTGGCAA	161479

CU462875.11	501	TATTATAGTTGCTTTGTTGTTGTAGCTGTGGCCTTGTTGGAGTATGTGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161480	TATTATAGTTGCTTTGTTGTTGTAGCTGTGGCCTTGTTGGAGTATGTGTG	161529

CU462875.11	551	GCTTTGTTTTAGGAACTGTGTCACTGTAAGAGTGGGCTTTGAAAGCTTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161530	GCTTTGTTTTAGGAACTGTGTCACTGTAAGAGTGGGCTTTGAAAGCTTCC	161579

CU462875.11	601	TCCTAGCCTCCTGGAGGTCAGTCTTTTAGCTGCCTTCTAAACAAGACATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161580	TCCTAGCCTCCTGGAGGTCAGTCTTTTAGCTGCCTTCTAAACAAGACATA	161629

CU462875.11	651	GAAGTTTCAGCTCCACCAGTTTTCTGTCTAATTGAATGTTGTCATGCTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161630	GAAGTTTCAGCTCCACCAGTTTTCTGTCTAATTGAATGTTGTCATGCTTC	161679

CU462875.11	701	CCACAATAATGATAATAGACTGATGCTCTGAACCTGTAAGCAAGCCTCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161680	CCACAATAATGATAATAGACTGATGCTCTGAACCTGTAAGCAAGCCTCAC	161729

CU462875.11	751	TTACATGTTGTCAATTACAAGAGTTGTTGTGGTCAGGGAATGTTTCTGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161730	TTACATGTTGTCAATTACAAGAGTTGTTGTGGTCAGGGAATGTTTCTGCA	161779

CU462875.11	801	GCATTGAAACCCTATGACAGTAATTAGCACGAGGAGTTGGGTATTGCAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161780	GCATTGAAACCCTATGACAGTAATTAGCACGAGGAGTTGGGTATTGCAGT	161829

CU462875.11	851	GATAGGCCTGACTAAGCTTTAGACTGGAGGAATGTGGATCTGAAACTTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161830	GATAGGCCTGACTAAGCTTTAGACTGGAGGAATGTGGATCTGAAACTTAG	161879

CU462875.11	901	GTAAAGCAGTGGAATGTTTCAATTGGGGCTCGATGGGCCATAGTAGTAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161880	GTAAAGCAGTGGAATGTTTCAATTGGGGCTCGATGGGCCATAGTAGTAGA	161929

CU462875.11	951	AGCATGGAAGATAACATTCCTGAGTCACTTTTCAAGTATGAAGACATAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161930	AGCATGGAAGATAACATTCCTGAGTCACTTTTCAAGTATGAAGACATAGC	161979

CU462875.11	1001	TCAAGAGGTTTCAGAGAAGAAGACTTAAAATTTGGCATAGAGATGTTTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	161980	TCAAGAGGTTTCAGAGAAGAAGACTTAAAATTTGGCATAGAGATGTTTGT	162029

CU462875.11	1051	TGTGATATTTTGAAGAGTGTGGCTCTTTTGCTATTGTCTGAAGAGTTTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162030	TGTGATATTTTGAAGAGTGTGGCTCTTTTGCTATTGTCTGAAGAGTTTAT	162079

CU462875.11	1101	CTGAGGCTAAGGTGAAGAAACTTAGATTATTGCTTTGAGAAAGGAAATCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162080	CTGAGGCTAAGGTGAAGAAACTTAGATTATTGCTTTGAGAAAGGAAATCC	162129

CU462875.11	1151	GTTTGGTGGGGCTTGTTCTTTGTTTTTTGGGGTTTTTTTTGGGAGGGGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162130	GTTTGGTGGGGCTTGTTCTTTGTTTTTTGGGGTTTTTTTTGGGAGGGGCA	162179

CU462875.11	1201	GGTCAAGACTGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGAAACTCACTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162180	GGTCAAGACTGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGAAACTCACTC	162229

CU462875.11	1251	TATAGACCAAGCTGGCCTTGTACTCAGAAATCTGTCTGCCTCTGCTTCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162230	TATAGACCAAGCTGGCCTTGTACTCAGAAATCTGTCTGCCTCTGCTTCTG	162279

CU462875.11	1301	CCTCCAAGTGCTGGGATCAAAGGTGTGTGCCACCACTGTCCAGCAAGAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162280	CCTCCAAGTGCTGGGATCAAAGGTGTGTGCCACCACTGTCCAGCAAGAAA	162329

CU462875.11	1351	GGAAGTCTTAAAACAGCCTTGTACAGAGTCAGTCATGTGGTTACTATTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162330	GGAAGTCTTAAAACAGCCTTGTACAGAGTCAGTCATGTGGTTACTATTGT	162379

CU462875.11	1401	TCACTTTTATGAAGATAATTTTAATGAAAGGTAGCAAGTATAGAAAAGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162380	TCACTTTTATGAAGATAATTTTAATGAAAGGTAGCAAGTATAGAAAAGAA	162429

CU462875.11	1451	AAATACAAAATATACAGTTCAAATAGAAAAGAGCCACTAGGAAGCAGAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162430	AAATACAAAATATACAGTTCAAATAGAAAAGAGCCACTAGGAAGCAGAAT	162479

CU462875.11	1501	GAAGCTAAATCCTGTTTTCTAGATAATTAGGGGAGTGGTGATCTTGGGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162480	GAAGCTAAATCCTGTTTTCTAGATAATTAGGGGAGTGGTGATCTTGGGAT	162529

CU462875.11	1551	AAGATCCCACACAGCTAAATATATGGTTTTTCAGTTAAAGAAGGGATAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162530	AAGATCCCACACAGCTAAATATATGGTTTTTCAGTTAAAGAAGGGATAGT	162579

CU462875.11	1601	TGTATCTAAGCCTTTTTATGGCCTGGTTATTGTTTTCATTTGAACTTTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162580	TGTATCTAAGCCTTTTTATGGCCTGGTTATTGTTTTCATTTGAACTTTTA	162629

CU462875.11	1651	ATCTAGAATGAATTGTAATCTAGAAATTGAGAGTTTACCTGGGATCCAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162630	ATCTAGAATGAATTGTAATCTAGAAATTGAGAGTTTACCTGGGATCCAGA	162679

CU462875.11	1701	TCTTGAGGCAGGATGACACAGGTTTTTGATTCACATCTTGAGGAATATTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162680	TCTTGAGGCAGGATGACACAGGTTTTTGATTCACATCTTGAGGAATATTG	162729

CU462875.11	1751	GTCATGAAACTCTTAGGACCAGGCATGGTGTTATATACTTTTAATCCTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162730	GTCATGAAACTCTTAGGACCAGGCATGGTGTTATATACTTTTAATCCTAG	162779

CU462875.11	1801	GAGACACAGAGAAGAAGATCTTCAAGTTCTTGGCCAGCCTGGGACAACAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162780	GAGACACAGAGAAGAAGATCTTCAAGTTCTTGGCCAGCCTGGGACAACAT	162829

CU462875.11	1851	TTCTTCCATTTAAAGAAAAACTTAGGTGCAGGTGTGGTAGTTCATGCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162830	TTCTTCCATTTAAAGAAAAACTTAGGTGCAGGTGTGGTAGTTCATGCCTT	162879

CU462875.11	1901	TAATCCCAGAATCAGGAGACAGAGACAAGCAGATATCTAAGTTCAAGTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162880	TAATCCCAGAATCAGGAGACAGAGACAAGCAGATATCTAAGTTCAAGTTT	162929

CU462875.11	1951	CATCTACAGAGCAAGGTCCAACACAGCCAAGCTTAGGCAGTGAATTTAGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU462863.24	162930	CATCTACAGAGCAAGGTCCAACACAGCCAAGCTTAGGCAGTGAATTTAGC	162979

Overview

Query
CU462875.11 - 225545 bps
Hit
CU462863.24 - 162979 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link