<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU368746.3	159327	GAATTCACAACTTGATATCCAAAGGTTTATAAATATTTGCAAATACCCAG	159278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56526	GAATTCACAACTTGATATCCAAAGGTTTATAAATATTTGCAAATACCCAG	56575

C  CU368746.3	159277	GAAACAAAAACTCAGGTCTGCAGTGTGACCAAACCTTAATACTTTTGTAA	159228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56576	GAAACAAAAACTCAGGTCTGCAGTGTGACCAAACCTTAATACTTTTGTAA	56625

C  CU368746.3	159227	TAAATAAATCATTATTTTACGTTATTTGATGTTTTAGAAATAATGTTTCA	159178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56626	TAAATAAATCATTATTTTACGTTATTTGATGTTTTAGAAATAATGTTTCA	56675

C  CU368746.3	159177	CTGAATTGTCAAGGCTGGTCTCAAACTTTTTAGCTCAAGTAATTCCCCTG	159128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56676	CTGAATTGTCAAGGCTGGTCTCAAACTTTTTAGCTCAAGTAATTCCCCTG	56725

C  CU368746.3	159127	GCTCAAACTCACAAGTTTGAGGTTACAGGTGAGGGGCCAAATCTACTCAA	159078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56726	GCTCAAACTCACAAGTTTGAGGTTACAGGTGAGGGGCCAAATCTACTCAA	56775

C  CU368746.3	159077	TCTTGAAACTGGCCTCCATCTTGAAAGAGAGAAAGACAGAAAGAAAGAAC	159028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56776	TCTTGAAACTGGCCTCCATCTTGAAAGAGAGAAAGACAGAAAGAAAGAAC	56825

C  CU368746.3	159027	GAATGAATGAACGAACGAACAAAAGAAAGAAAGGCAAACAGGGAGGGAGC	158978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56826	GAATGAATGAACGAACGAACAAAAGAAAGAAAGGCAAACAGGGAGGGAGC	56875

C  CU368746.3	158977	GAGGGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	158928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56876	GAGGGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	56925

C  CU368746.3	158927	GAGAGAGAGAGAGAAGAAAGCCTGAAATTTTTACCCAAAGCTGAACCCAA	158878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56926	GAGAGAGAGAGAGAAGAAAGCCTGAAATTTTTACCCAAAGCTGAACCCAA	56975

C  CU368746.3	158877	GCTGCACCCAAGTACCAGGAAGGACCCCACGGCTTTTGCTTGGCCGGAGT	158828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	56976	GCTGCACCCAAGTACCAGGAAGGACCCCACGGCTTTTGCTTGGCCGGAGT	57025

C  CU368746.3	158827	GACTCCTTAGCTACTTCCTAGCAAGTTAATCAAAGATTAGTCTGCTTGTT	158778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57026	GACTCCTTAGCTACTTCCTAGCAAGTTAATCAAAGATTAGTCTGCTTGTT	57075

C  CU368746.3	158777	TCAGGTGTACTTTCAGACTGCGTGGTCGTTGTACAGTCTTGCTGCAGAGC	158728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57076	TCAGGTGTACTTTCAGACTGCGTGGTCGTTGTACAGTCTTGCTGCAGAGC	57125

C  CU368746.3	158727	ACCCACCTGTGGGCTTACAATGGACATTCAATAGGATGCTTGTCAGGTTG	158678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57126	ACCCACCTGTGGGCTTACAATGGACATTCAATAGGATGCTTGTCAGGTTG	57175

C  CU368746.3	158677	GACACCCCTCACTTACTCCCATTTTCCTATAAAACCTTGCCCTGCTACTT	158628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57176	GACACCCCTCACTTACTCCCATTTTCCTATAAAACCTTGCCCTGCTACTT	57225

C  CU368746.3	158627	CACCAAAACCATCCTGTCGCTCGGCTGTAAGACCAAATTCCAGTGTGTAA	158578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57226	CACCAAAACCATCCTGTCGCTCGGCTGTAAGACCAAATTCCAGTGTGTAA	57275

C  CU368746.3	158577	TACAGAGAGCCTAATGGGATTACATCAGAGTTGGCTCCTTGGTGGTCTTT	158528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57276	TACAGAGAGCCTAATGGGATTACATCAGAGTTGGCTCCTTGGTGGTCTTT	57325

C  CU368746.3	158527	TGGCGTGCACGAAAGGTTTCTAGCACAACACAGGTATATACCACCATACC	158478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57326	TGGCGTGCACGAAAGGTTTCTAGCACAACACAGGTATATACCACCATACC	57375

C  CU368746.3	158477	AGTCATCTAATTAAGTAGGGAAAGCATTGAGCATTTCAAAATATAAAAAT	158428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57376	AGTCATCTAATTAAGTAGGGAAAGCATTGAGCATTTCAAAATATAAAAAT	57425

C  CU368746.3	158427	TTTAAATTTCTATCTACCTATAACCTGTTTTGTAAAAAATCGATGATAAA	158378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57426	TTTAAATTTCTATCTACCTATAACCTGTTTTGTAAAAAATCGATGATAAA	57475

C  CU368746.3	158377	CATATCACTTAGAAAATACACAGTAATCTGTAAAAGCAAATTGTACAATA	158328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57476	CATATCACTTAGAAAATACACAGTAATCTGTAAAAGCAAATTGTACAATA	57525

C  CU368746.3	158327	GTTAATTTTTAAATTAACCACTACAAGAACACTAAAACTACCAATACTAA	158278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57526	GTTAATTTTTAAATTAACCACTACAAGAACACTAAAACTACCAATACTAA	57575

C  CU368746.3	158277	CCACTAACCTATATATGTAATCAGTTAGAAAAATGTTATAATCTCATTTT	158228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57576	CCACTAACCTATATATGTAATCAGTTAGAAAAATGTTATAATCTCATTTT	57625

C  CU368746.3	158227	AATAATATATTTGCACACTCATATGGACTTTAAGTGATTAATTAGTAAGG	158178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57626	AATAATATATTTGCACACTCATATGGACTTTAAGTGATTAATTAGTAAGG	57675

C  CU368746.3	158177	TACTGACAGAACCTAGAATAAAAGAGCAGAAAGAAGAGCAAAGGATTGTG	158128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57676	TACTGACAGAACCTAGAATAAAAGAGCAGAAAGAAGAGCAAAGGATTGTG	57725

C  CU368746.3	158127	GGAGATTACTGAGGAAGTTCTGGAAGCACAGAAAGCAACAACCTGGGGGA	158078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57726	GGAGATTACTGAGGAAGTTCTGGAAGCACAGAAAGCAACAACCTGGGGGA	57775

C  CU368746.3	158077	AGAGGTTGAGTTTTGGGGGGAAAAATGAAACCTTGGCAAAGAGAAGAAAA	158028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57776	AGAGGTTGAGTTTTGGGGGGAAAAATGAAACCTTGGCAAAGAGAAGAAAA	57825

C  CU368746.3	158027	TGCTGAGACTTGAAGGGCATTGCATGGACTCTACTGGGCTAAGTACTTGA	157978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57826	TGCTGAGACTTGAAGGGCATTGCATGGACTCTACTGGGCTAAGTACTTGA	57875

C  CU368746.3	157977	AACTCTCTTTCTCTAGAGACTGCATTTACCCAGACTTGTTCAATAAAAAT	157928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57876	AACTCTCTTTCTCTAGAGACTGCATTTACCCAGACTTGTTCAATAAAAAT	57925

C  CU368746.3	157927	GAATGAACTTACCTGTGTAGCAACTTCTCAGCACTACTAAGGATTGATAT	157878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57926	GAATGAACTTACCTGTGTAGCAACTTCTCAGCACTACTAAGGATTGATAT	57975

C  CU368746.3	157877	TAAAAAGAAATTATGGAGCAGAGAACTACCTCGTCTGATCTCAGTGGGAA	157828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	57976	TAAAAAGAAATTATGGAGCAGAGAACTACCTCGTCTGATCTCAGTGGGAA	58025

C  CU368746.3	157827	ATGAGGCCCCTAATCCTGTAGAAACTTGATGCACCAGGGAAGGGAGACAC	157778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58026	ATGAGGCCCCTAATCCTGTAGAAACTTGATGCACCAGGGAAGGGAGACAC	58075

C  CU368746.3	157777	TGGCAGGGGTGAGGTAGTGGTGGGTCATTGCAGGAGCACCCTCTCAGAAG	157728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58076	TGGCAGGGGTGAGGTAGTGGTGGGTCATTGCAGGAGCACCCTCTCAGAAG	58125

C  CU368746.3	157727	TAAAGGGGAGAGGAGAGGGACTGGAGAACTCTGGGGGGACCAGGAAACAG	157678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58126	TAAAGGGGAGAGGAGAGGGACTGGAGAACTCTGGGGGGACCAGGAAACAG	58175

C  CU368746.3	157677	GGCTGCATTTTGAATGTAAGTAAGTAAAGTAATTTAATAATAATAAAACA	157628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58176	GGCTGCATTTTGAATGTAAGTAAGTAAAGTAATTTAATAATAATAAAACA	58225

C  CU368746.3	157627	GAAATTAGGTTGGCTAAAGTAAATACTTTGGTTATTATTTTTTTTCAAAG	157578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58226	GAAATTAGGTTGGCTAAAGTAAATACTTTGGTTATTATTTTTTTTCAAAG	58275

C  CU368746.3	157577	CCTGAAATACAACATAAATAATTGATGGCAGCAAGTAGTGTGCTTTACTT	157528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58276	CCTGAAATACAACATAAATAATTGATGGCAGCAAGTAGTGTGCTTTACTT	58325

C  CU368746.3	157527	ACTTTATAAACGGTTCCAAAAGCTCCCGAGCCAAGGACCTTTACCCTCTT	157478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58326	ACTTTATAAACGGTTCCAAAAGCTCCCGAGCCAAGGACCTTTACCCTCTT	58375

C  CU368746.3	157477	TAGTTCGGTTTCCTTCAAAATGCGAAGTTGAGCTTGATTGGGTGCCGTGC	157428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58376	TAGTTCGGTTTCCTTCAAAATGCGAAGTTGAGCTTGATTGGGTGCCGTGC	58425

C  CU368746.3	157427	CACTGGGAGTTAAGGGCTCTACCAGCTGCAAAGCAAAAGCAGCAAGTTGT	157378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58426	CACTGGGAGTTAAGGGCTCTACCAGCTGCAAAGCAAAAGCAGCAAGTTGT	58475

C  CU368746.3	157377	GTATCTTTCATCCATACCCAGTTCTGCTTCTTGCCCTCTGGTTCTTTTTT	157328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459207.8	58476	GTATCTTTCATCCATACCCAGTTCTGCTTCTTGCCCTCTGGTTCTTTTTT	58525

Overview

Query
CU368746.3 - 159327 bps
Hit
CU459207.8 - 58525 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000157328159327-156526585251
Short-link