<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU222540.11	159400	GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA	159351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113890	GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA	113939

C  CU222540.11	159350	CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA	159301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113940	CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA	113989

C  CU222540.11	159300	TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA	159251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113990	TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA	114039

C  CU222540.11	159250	TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA	159201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114040	TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA	114089

C  CU222540.11	159200	TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT	159151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114090	TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT	114139

C  CU222540.11	159150	TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA	159101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114140	TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA	114189

C  CU222540.11	159100	CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA	159051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114190	CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA	114239

C  CU222540.11	159050	CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA	159001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114240	CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA	114289

C  CU222540.11	159000	ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT	158951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114290	ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT	114339

C  CU222540.11	158950	GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC	158901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114340	GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC	114389

C  CU222540.11	158900	CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA	158851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114390	CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA	114439

C  CU222540.11	158850	TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG	158801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114440	TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG	114489

C  CU222540.11	158800	CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA	158751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114490	CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA	114539

C  CU222540.11	158750	ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT	158701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114540	ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT	114589

C  CU222540.11	158700	CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC	158651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114590	CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC	114639

C  CU222540.11	158650	ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT	158601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114640	ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT	114689

C  CU222540.11	158600	GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT	158551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114690	GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT	114739

C  CU222540.11	158550	ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT	158501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114740	ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT	114789

C  CU222540.11	158500	GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG	158451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114790	GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG	114839

C  CU222540.11	158450	GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC	158401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114840	GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC	114889

C  CU222540.11	158400	TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA	158351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114890	TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA	114939

C  CU222540.11	158350	ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA	158301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114940	ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA	114989

C  CU222540.11	158300	ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC	158251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114990	ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC	115039

C  CU222540.11	158250	AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG	158201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115040	AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG	115089

C  CU222540.11	158200	TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG	158151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115090	TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG	115139

C  CU222540.11	158150	CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA	158101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115140	CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA	115189

C  CU222540.11	158100	AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA	158051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115190	AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA	115239

C  CU222540.11	158050	TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC	158001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115240	TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC	115289

C  CU222540.11	158000	ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA	157951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115290	ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA	115339

C  CU222540.11	157950	CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT	157901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115340	CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT	115389

C  CU222540.11	157900	GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA	157851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115390	GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA	115439

C  CU222540.11	157850	CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG	157801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115440	CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG	115489

C  CU222540.11	157800	AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT	157751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115490	AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT	115539

C  CU222540.11	157750	AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC	157701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115540	AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC	115589

C  CU222540.11	157700	TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA	157651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115590	TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA	115639

C  CU222540.11	157650	TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT	157601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115640	TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT	115689

C  CU222540.11	157600	GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA	157551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115690	GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA	115739

C  CU222540.11	157550	TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA	157501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115740	TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA	115789

C  CU222540.11	157500	TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT	157451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115790	TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT	115839

C  CU222540.11	157450	TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC	157401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115840	TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC	115889

Overview

Query
CU222540.11 - 159400 bps
Hit
CU459144.4 - 115889 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018902000157401159400-11138901158891
287.6316022744111535114278-1709898291
386.36135825102560628115-1742299201
486.19432081901745025639-19816179961
587.618893259108237111495-19816130561
688.663027518498723103906-118000232091
787.81353241437616174-120760232091
888.53118720616123863298-124869269341
986.5178532855682060104-128836321081
1085.37152430065553058535-136663396561
1189.47141022715126853538-141968442361
1286.8342062004505151250-144331505541
1388.02234739664107845043-151058550241
1489.53185930213511938139-164593676121
1582.87126028548608288935171602744681
1686.27109520671178713853-175177772451
1787.4155481016593781103945-186091961871
1887.8434646161146174-188833950561
1987.66260446697410478772-11055111101731
2086.29215840256879772821-11105101145211
Short-link