<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C CU222540.11 159400 GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA 159351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 113890 GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA 113939 C CU222540.11 159350 CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA 159301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 113940 CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA 113989 C CU222540.11 159300 TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA 159251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 113990 TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA 114039 C CU222540.11 159250 TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA 159201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114040 TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA 114089 C CU222540.11 159200 TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT 159151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114090 TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT 114139 C CU222540.11 159150 TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA 159101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114140 TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA 114189 C CU222540.11 159100 CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA 159051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114190 CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA 114239 C CU222540.11 159050 CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA 159001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114240 CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA 114289 C CU222540.11 159000 ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT 158951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114290 ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT 114339 C CU222540.11 158950 GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC 158901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114340 GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC 114389 C CU222540.11 158900 CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA 158851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114390 CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA 114439 C CU222540.11 158850 TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG 158801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114440 TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG 114489 C CU222540.11 158800 CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA 158751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114490 CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA 114539 C CU222540.11 158750 ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT 158701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114540 ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT 114589 C CU222540.11 158700 CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC 158651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114590 CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC 114639 C CU222540.11 158650 ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT 158601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114640 ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT 114689 C CU222540.11 158600 GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT 158551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114690 GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT 114739 C CU222540.11 158550 ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT 158501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114740 ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT 114789 C CU222540.11 158500 GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG 158451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114790 GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG 114839 C CU222540.11 158450 GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC 158401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114840 GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC 114889 C CU222540.11 158400 TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA 158351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114890 TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA 114939 C CU222540.11 158350 ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA 158301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114940 ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA 114989 C CU222540.11 158300 ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC 158251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 114990 ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC 115039 C CU222540.11 158250 AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG 158201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115040 AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG 115089 C CU222540.11 158200 TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG 158151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115090 TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG 115139 C CU222540.11 158150 CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA 158101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115140 CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA 115189 C CU222540.11 158100 AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA 158051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115190 AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA 115239 C CU222540.11 158050 TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC 158001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115240 TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC 115289 C CU222540.11 158000 ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA 157951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115290 ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA 115339 C CU222540.11 157950 CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT 157901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115340 CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT 115389 C CU222540.11 157900 GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA 157851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115390 GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA 115439 C CU222540.11 157850 CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG 157801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115440 CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG 115489 C CU222540.11 157800 AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT 157751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115490 AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT 115539 C CU222540.11 157750 AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC 157701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115540 AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC 115589 C CU222540.11 157700 TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA 157651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115590 TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA 115639 C CU222540.11 157650 TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT 157601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115640 TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT 115689 C CU222540.11 157600 GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA 157551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115690 GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA 115739 C CU222540.11 157550 TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA 157501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115740 TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA 115789 C CU222540.11 157500 TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT 157451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115790 TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT 115839 C CU222540.11 157450 TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC 157401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU459144.4 115840 TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC 115889
Overview
- Query
- CU222540.11 - 159400 bps
- Hit
- CU459144.4 - 115889 bps
- Total alignments
- 20
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
# | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 100 | 1890 | 2000 | 157401 | 159400 | -1 | 113890 | 115889 | 1 |
2 | 87.63 | 1602 | 2744 | 111535 | 114278 | -1 | 7098 | 9829 | 1 |
3 | 86.36 | 1358 | 2510 | 25606 | 28115 | -1 | 7422 | 9920 | 1 |
4 | 86.19 | 4320 | 8190 | 17450 | 25639 | -1 | 9816 | 17996 | 1 |
5 | 87.6 | 1889 | 3259 | 108237 | 111495 | -1 | 9816 | 13056 | 1 |
6 | 88.66 | 3027 | 5184 | 98723 | 103906 | -1 | 18000 | 23209 | 1 |
7 | 87.8 | 1353 | 2414 | 3761 | 6174 | -1 | 20760 | 23209 | 1 |
8 | 88.53 | 1187 | 2061 | 61238 | 63298 | -1 | 24869 | 26934 | 1 |
9 | 86.5 | 1785 | 3285 | 56820 | 60104 | -1 | 28836 | 32108 | 1 |
10 | 85.37 | 1524 | 3006 | 55530 | 58535 | -1 | 36663 | 39656 | 1 |
11 | 89.47 | 1410 | 2271 | 51268 | 53538 | -1 | 41968 | 44236 | 1 |
12 | 86.8 | 3420 | 6200 | 45051 | 51250 | -1 | 44331 | 50554 | 1 |
13 | 88.02 | 2347 | 3966 | 41078 | 45043 | -1 | 51058 | 55024 | 1 |
14 | 89.53 | 1859 | 3021 | 35119 | 38139 | -1 | 64593 | 67612 | 1 |
15 | 82.87 | 1260 | 2854 | 86082 | 88935 | 1 | 71602 | 74468 | 1 |
16 | 86.27 | 1095 | 2067 | 11787 | 13853 | -1 | 75177 | 77245 | 1 |
17 | 87.41 | 5548 | 10165 | 93781 | 103945 | -1 | 86091 | 96187 | 1 |
18 | 87.84 | 3464 | 6161 | 14 | 6174 | -1 | 88833 | 95056 | 1 |
19 | 87.66 | 2604 | 4669 | 74104 | 78772 | -1 | 105511 | 110173 | 1 |
20 | 86.29 | 2158 | 4025 | 68797 | 72821 | -1 | 110510 | 114521 | 1 |