End overlap alignment - Wellcome Trust Sanger Institute

<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

Full alignment

C  CU222540.11	159400	GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA	159351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113890	GATCCAATAAGCCTTGGCAGGAGTATAGAGGCACGATTGTGGCGTGATCA	113939

C  CU222540.11	159350	CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA	159301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113940	CTAAAACTGATACACAACATAGGGGACTTATAAACCTATGCGGGCACGTA	113989

C  CU222540.11	159300	TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA	159251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	113990	TATCTAGGACATCGAGGGTACGTTTAACCTTGTACAAATATTGACCCACA	114039

C  CU222540.11	159250	TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA	159201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114040	TGTTTATATTTTGTTAAAAAAACCCCACATTTACATATACATGAATCAAA	114089

C  CU222540.11	159200	TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT	159151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114090	TTTATACTAACATCATTAACTTTTTTTAATTCAAACATTTGTCTTATTAT	114139

C  CU222540.11	159150	TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA	159101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114140	TTAATAAAAACAAAGAGATAATAAATTGTTTAAGACCCAAAAGTGGCTCA	114189

C  CU222540.11	159100	CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA	159051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114190	CAATAAACAAATAACAAAAAAATATAAAAAAATAAAGAAGTAGTAAGTAA	114239

C  CU222540.11	159050	CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA	159001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114240	CCAATACGGAAAATGTTTCCCAAATTTTGTCTATCTGATATTCATCAAAA	114289

C  CU222540.11	159000	ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT	158951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114290	ATCATACTAGATGAGGCTCATCTTTCCAATGGAATGTCAGCCTAATATCT	114339

C  CU222540.11	158950	GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC	158901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114340	GCCTTCACTAACATCGGCTTTAATAAACCTGCTAAAATCATTAATGGACC	114389

C  CU222540.11	158900	CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA	158851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114390	CAGTTTCGGAGTGTAATCATTTATACGTCAAAAGGCTCTCATTGGCGCCA	114439

C  CU222540.11	158850	TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG	158801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114440	TTATTCAGCACCCTAGAGCTGTTCTTCAACTTGATGAGTGAACATTTTGG	114489

C  CU222540.11	158800	CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA	158751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114490	CTTTGATCAAGCTGTAAATGGATGTTAACACATAGATATCAATCATACCA	114539

C  CU222540.11	158750	ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT	158701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114540	ATATCAGAACATTATTCACCATAAATCATCAATCTTACATTGGATGATAT	114589

C  CU222540.11	158700	CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC	158651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114590	CCATCAAAGCTAATACCATCATGTATGATTTAAAATCTAGAGTGGTAACC	114639

C  CU222540.11	158650	ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT	158601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114640	ATTCTAATATTAATATAATATCAGAATTAAAAATACACAATACTTTTGAT	114689

C  CU222540.11	158600	GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT	158551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114690	GGTGACTTTATTTCATTCTTTTTGCACTATATTATCACTGTCTCGATATT	114739

C  CU222540.11	158550	ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT	158501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114740	ATTCCCTTGTAATTGGTCCTATAATAGACCTACTTATCAATTTGTAATAT	114789

C  CU222540.11	158500	GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG	158451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114790	GTTCATCTATGGTAAATCCCCTATTTTGCTTTTTTTTATCCTCAAATGAG	114839

C  CU222540.11	158450	GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC	158401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114840	GGATTTGATTCTTTTCGAATTGAATGATGGCTCATGCTGGTTATTGTAAC	114889

C  CU222540.11	158400	TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA	158351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114890	TTCTGTATATGTAAATATATCTATATATCTATACCTATAAGATAGATAAA	114939

C  CU222540.11	158350	ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA	158301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114940	ATTATTAGTTTGATAAAACAACTACTTTATTCCCTTCTTTGAATGTATGA	114989

C  CU222540.11	158300	ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC	158251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	114990	ACCACCTCAACATCCCTATTGTGCATTGAAAACATTATGTTCCTCACATC	115039

C  CU222540.11	158250	AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG	158201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115040	AATAGAAACAATAAAAGGAACCTCCCAAACCCAATCCAGGATATCCTTCG	115089

C  CU222540.11	158200	TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG	158151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115090	TAATCAATCAATCAGTTTCTATTGTTAATGTTAGACAACCCTTTTGAACG	115139

C  CU222540.11	158150	CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA	158101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115140	CAGTCATCCAGACCTTGTTCAACTGCCCTTATTTCTGATGCAATTGCTGA	115189

C  CU222540.11	158100	AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA	158051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115190	AACTTCTCCTATTTTCTTTACTTTGGCATATACCAAATCACCTTCATTAA	115239

C  CU222540.11	158050	TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC	158001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115240	TCCTGATACAAAATAAATGCACTTAGACCATGATTTTCTTTGTTACATCC	115289

C  CU222540.11	158000	ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA	157951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115290	ATCAGTATTACATTTGAGACACCCCAAAGAATGTATTTTGTAAGTCACCA	115339

C  CU222540.11	157950	CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT	157901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115340	CCTTGAAGCAGTTTAAATGAGCACATACTTCCAAATGTTTAATATTTAGT	115389

C  CU222540.11	157900	GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA	157851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115390	GGCCAAGAAGTAAGTATTTCATTCAACCATAGATGTCTAACTTAGGCGAA	115439

C  CU222540.11	157850	CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG	157801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115440	CAACAAAATCATTCTATTCGAACCTACGACCAAAGTATGTTTAGACATAG	115489

C  CU222540.11	157800	AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT	157751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115490	AACAACCATTTCAAAAAACATTTCTTCTCTTACAAATGAAACAAGTAATT	115539

C  CU222540.11	157750	AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC	157701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115540	AAAGTAGTGACAACTTTAAACAAAGCTTATCTCTTTGAGAAACAATCATC	115589

C  CU222540.11	157700	TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA	157651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115590	TTTCAACTATGAATCAATGACTTGCCTTAGTTGCATTAAGGGTCCTAAAA	115639

C  CU222540.11	157650	TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT	157601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115640	TTTCCCTTGATAGGCCTAAAATCATGTAATTCATAACCACTAGCTAAAAT	115689

C  CU222540.11	157600	GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA	157551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115690	GTCATGAAGTATGAATCATTGGATTAGGGGAACCCTCATAATCTTGTCGA	115739

C  CU222540.11	157550	TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA	157501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115740	TCCCAATGTTTAACCATCATGATTATCTTTCTCATTCATAGGAATCAAAA	115789

C  CU222540.11	157500	TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT	157451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115790	TACAAAATCTGTTATCTCATGATCCATTTTTCCACAACTAAAACATGAAT	115839

C  CU222540.11	157450	TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC	157401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU459144.4	115840	TTGTATCGGCTAGACACTCACTTCTATTACTTTTTCCACAACTTTGAAAC	115889

Overview

Query: CU222540.11 - 159400 bps
Hit: CU459144.4 - 115889 bps
Total alignments: 20
Best alignment: alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#	%ID	score	HSP	start	end	strand	hstart	hend	hstrand
1	100	1890	2000	157401	159400	-1	113890	115889	1
2	87.63	1602	2744	111535	114278	-1	7098	9829	1
3	86.36	1358	2510	25606	28115	-1	7422	9920	1
4	86.19	4320	8190	17450	25639	-1	9816	17996	1
5	87.6	1889	3259	108237	111495	-1	9816	13056	1
6	88.66	3027	5184	98723	103906	-1	18000	23209	1
7	87.8	1353	2414	3761	6174	-1	20760	23209	1
8	88.53	1187	2061	61238	63298	-1	24869	26934	1
9	86.5	1785	3285	56820	60104	-1	28836	32108	1
10	85.37	1524	3006	55530	58535	-1	36663	39656	1
11	89.47	1410	2271	51268	53538	-1	41968	44236	1
12	86.8	3420	6200	45051	51250	-1	44331	50554	1
13	88.02	2347	3966	41078	45043	-1	51058	55024	1
14	89.53	1859	3021	35119	38139	-1	64593	67612	1
15	82.87	1260	2854	86082	88935	1	71602	74468	1
16	86.27	1095	2067	11787	13853	-1	75177	77245	1
17	87.41	5548	10165	93781	103945	-1	86091	96187	1
18	87.84	3464	6161	14	6174	-1	88833	95056	1
19	87.66	2604	4669	74104	78772	-1	105511	110173	1
20	86.29	2158	4025	68797	72821	-1	110510	114521	1