<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468239.4	1	TAAAAGATAGTGATTGAACAGTCAGAGGGCCTGGAGCAGCTGAGTTGAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148169	TAAAAGATAGTGATTGAACAGTCAGAGGGCCTGGAGCAGCTGAGTTGAGG	148218

CU468239.4	51	AATTCTGTTCAGCTGAAAAATCTTGTGAAGAATTCATGTTCACCTTTATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148219	AATTCTGTTCAGCTGAAAAATCTTGTGAAGAATTCATGTTCACCTTTATC	148268

CU468239.4	101	CTGAAAAGAGTAAGTTGATGATTACAATCCCATCAGACACACAACTGATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148269	CTGAAAAGAGTAAGTTGATGATTACAATCCCATCAGACACACAACTGATC	148318

CU468239.4	151	AATTCACAATCTCGTAAAGCGGACAAGCTCTACGAGCACTCCAGCCTCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148319	AATTCACAATCTCGTAAAGCGGACAAGCTCTACGAGCACTCCAGCCTCCC	148368

CU468239.4	201	GGTCTAATGGGGCTTTAAGCACCGTGGGCTTCAGTAAAAAGAAGGTGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148369	GGTCTAATGGGGCTTTAAGCACCGTGGGCTTCAGTAAAAAGAAGGTGCAA	148418

CU468239.4	251	TGAAGGCGAAATATATATGTAATTCAAGAAAGTAACAGATTCATTCATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148419	TGAAGGCGAAATATATATGTAATTCAAGAAAGTAACAGATTCATTCATAA	148468

CU468239.4	301	TGTTTTCCTCAGCAACTAGTAGTACACTTAATTGTCAATTATATTTTGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148469	TGTTTTCCTCAGCAACTAGTAGTACACTTAATTGTCAATTATATTTTGTT	148518

CU468239.4	351	GTTTAGTACCACTCGCCTTCAAGATAGAACTCATGGTCAATGAGGTGTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148519	GTTTAGTACCACTCGCCTTCAAGATAGAACTCATGGTCAATGAGGTGTAC	148568

CU468239.4	401	GCCTTAGTGTTTTGCCTGCACCAAAGCGCACTCCTTCAGCTATTCTGAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148569	GCCTTAGTGTTTTGCCTGCACCAAAGCGCACTCCTTCAGCTATTCTGAGA	148618

CU468239.4	451	CCCAGGGCTTAAACGCGCTTAAATGAGCCTTTGACAAAACTAACCCTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148619	CCCAGGGCTTAAACGCGCTTAAATGAGCCTTTGACAAAACTAACCCTTTC	148668

CU468239.4	501	TAAGGACAGAGGCAAATATTGTCAAGTGCAAGTGTGCAACAACACCTTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148669	TAAGGACAGAGGCAAATATTGTCAAGTGCAAGTGTGCAACAACACCTTCA	148718

CU468239.4	551	CAATCCCCACAAAGGGGAGAAAACCTTACCACATGCTCAGTCGCTCTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148719	CAATCCCCACAAAGGGGAGAAAACCTTACCACATGCTCAGTCGCTCTCCT	148768

CU468239.4	601	TCCCTCCTATTTTCTTTAGGAGGGGCAGCAATAGATTAAGATTGATCTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148769	TCCCTCCTATTTTCTTTAGGAGGGGCAGCAATAGATTAAGATTGATCTTT	148818

CU468239.4	651	AATAGTATTGAAGTAGCATAGAACTAGTTCTTTAGCTAAAAGAGTATTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148819	AATAGTATTGAAGTAGCATAGAACTAGTTCTTTAGCTAAAAGAGTATTAC	148868

CU468239.4	701	ATGCCAATGCTAGAACAAATTAAGGAGCATAAATGGCACTGCTAGACAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148869	ATGCCAATGCTAGAACAAATTAAGGAGCATAAATGGCACTGCTAGACAGA	148918

CU468239.4	751	CAATACCTGTTATGAATGTTGACATATTCATCGGTTTCATCCAATATCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148919	CAATACCTGTTATGAATGTTGACATATTCATCGGTTTCATCCAATATCTC	148968

CU468239.4	801	CTCCTGCCATAGAAATGCAAAATGAGAAAGTAATACACAGAGAGGTTTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	148969	CTCCTGCCATAGAAATGCAAAATGAGAAAGTAATACACAGAGAGGTTTGG	149018

CU468239.4	851	ATAGATTCTCTAAGAATGATATGGAAGTGCATAAAGAGTAAAAATGTGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149019	ATAGATTCTCTAAGAATGATATGGAAGTGCATAAAGAGTAAAAATGTGTT	149068

CU468239.4	901	GTACATACTCCTGTCTCTGGGTTGGAGGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149069	GTACATACTCCTGTCTCTGGGTTGGAGGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGTC	149118

CU468239.4	951	TACAATAAAAACAATACCACAAAAAGGAGAAACAAATATTAATGAAAGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149119	TACAATAAAAACAATACCACAAAAAGGAGAAACAAATATTAATGAAAGTC	149168

CU468239.4	1001	GGAATCTTAAGCACCTGAAGAAGCTCCTCAATGACATCTTCCATAGTAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149169	GGAATCTTAAGCACCTGAAGAAGCTCCTCAATGACATCTTCCATAGTAAT	149218

CU468239.4	1051	AACACCAACAACTTCTTGATTGGAAGGGATCTCTGGTATTGGAGTGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149219	AACACCAACAACTTCTTGATTGGAAGGGATCTCTGGTATTGGAGTGTTTT	149268

CU468239.4	1101	CCAAATCCAAAATACAAAATGAGCAACCTTTGTGTCTCTTCTTGAAAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149269	CCAAATCCAAAATACAAAATGAGCAACCTTTGTGTCTCTTCTTGAAAGCA	149318

CU468239.4	1151	GGAGTAGGGGGAGGAGATTTCTTTGGGACTTGGTCATCATCAGCCTTATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149319	GGAGTAGGGGGAGGAGATTTCTTTGGGACTTGGTCATCATCAGCCTTATG	149368

CU468239.4	1201	TAATGCAGTCTTAATGTCATGCGAGTTAGATTTTGGTGTTGTGCTATCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149369	TAATGCAGTCTTAATGTCATGCGAGTTAGATTTTGGTGTTGTGCTATCAG	149418

CU468239.4	1251	CATCTGCAATTATCAGTTCATACAACAATTAAAAGTTGGCCAAATCGTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149419	CATCTGCAATTATCAGTTCATACAACAATTAAAAGTTGGCCAAATCGTAA	149468

CU468239.4	1301	TTTCACAAATTTAATAGAAAACTGTAATGTTTAATCTCTGAAGATCTGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149469	TTTCACAAATTTAATAGAAAACTGTAATGTTTAATCTCTGAAGATCTGTT	149518

CU468239.4	1351	TGCTTCATTTCTGAAATAGAGGTAATTACAAGGTATTGAGGACTTGGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149519	TGCTTCATTTCTGAAATAGAGGTAATTACAAGGTATTGAGGACTTGGAGA	149568

CU468239.4	1401	GAGTTGATCAGAAGCCCATTTAGCACAAAATGAATGAGAAATTAAACTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149569	GAGTTGATCAGAAGCCCATTTAGCACAAAATGAATGAGAAATTAAACTGG	149618

CU468239.4	1451	ATATGCAGACAAAGACGTTTAAGGCTCGCAATAATGTTTTAACAGAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149619	ATATGCAGACAAAGACGTTTAAGGCTCGCAATAATGTTTTAACAGAAAAA	149668

CU468239.4	1501	CTAGGATAAGTAGCCACGTGGTAGAGCCAAGACTAGTTCAAGGTTTCAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149669	CTAGGATAAGTAGCCACGTGGTAGAGCCAAGACTAGTTCAAGGTTTCAGA	149718

CU468239.4	1551	CCTTTATCATTCACTGGCATATCTTTCGTCTCGTTCAGATCTTTATATAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149719	CCTTTATCATTCACTGGCATATCTTTCGTCTCGTTCAGATCTTTATATAC	149768

CU468239.4	1601	AACAGCGATGTGGCTATGGCCCTTCTGAAACTCATTCAAAATGTCATACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149769	AACAGCGATGTGGCTATGGCCCTTCTGAAACTCATTCAAAATGTCATACA	149818

CU468239.4	1651	GAGGCATGTTTTCAGAAACCCTGAAAAAATACCAATGCTGTACAATTAGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149819	GAGGCATGTTTTCAGAAACCCTGAAAAAATACCAATGCTGTACAATTAGC	149868

CU468239.4	1701	TTAGAATAAGAGCGTTGTATGCTAACTATTATCTTAATTCAGCTGTAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149869	TTAGAATAAGAGCGTTGTATGCTAACTATTATCTTAATTCAGCTGTAAAT	149918

CU468239.4	1751	TTTTTCCTCTACGAATGTGTCACTCATATTACAGTTTGTACAATCAAAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149919	TTTTTCCTCTACGAATGTGTCACTCATATTACAGTTTGTACAATCAAAAC	149968

CU468239.4	1801	TGCAGATCTATGAAAAGATCGTGGATATCTAGGAAGTACTTCATAATAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	149969	TGCAGATCTATGAAAAGATCGTGGATATCTAGGAAGTACTTCATAATAAT	150018

CU468239.4	1851	CAGAATTCAGAACCTTAGAATTAGTTATTTGGAAGCTACAGGAAGTTATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	150019	CAGAATTCAGAACCTTAGAATTAGTTATTTGGAAGCTACAGGAAGTTATC	150068

CU468239.4	1901	TTGTGTAGAGAAAGCACAGAAGGATAATTGGATCAGTCAGAAGGCTATAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	150069	TTGTGTAGAGAAAGCACAGAAGGATAATTGGATCAGTCAGAAGGCTATAA	150118

CU468239.4	1951	TAGAAGTCTGATAGCCTTCGAGATGATAAACAAATATTGAAATGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459062.7	150119	TAGAAGTCTGATAGCCTTCGAGATGATAAACAAATATTGAAATGAAGCTT	150168

Overview

Query
CU468239.4 - 126980 bps
Hit
CU459062.7 - 150168 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195420001200011481691501681
291.115389272732736111214491215381
Short-link