<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU571307.4	1	TAGACTGTTGAGTATGAACATTCAGGTAGATGATATGAAATGTTGCATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93663	TAGACTGTTGAGTATGAACATTCAGGTAGATGATATGAAATGTTGCATGT	93712

CU571307.4	51	GTCAAGCTGCACTGTTAGAGAAAAGCAGTCACTTGTTTGTGGAATGTGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93713	GTCAAGCTGCACTGTTAGAGAAAAGCAGTCACTTGTTTGTGGAATGTGAG	93762

CU571307.4	101	TATGTTGTCAAAGTGAGAGATACATTAGTACAATTATCGAAAATTTTAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93763	TATGTTGTCAAAGTGAGAGATACATTAGTACAATTATCGAAAATTTTAGC	93812

CU571307.4	151	TACACTGGAGCTGATCAAATTAAAACACTGGAGGAGGCTTAAAAAAATAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93813	TACACTGGAGCTGATCAAATTAAAACACTGGAGGAGGCTTAAAAAAATAA	93862

CU571307.4	201	CTGATAGTTGTTGTTTTGGGAGCAATGGCATATCAAATACGGAAAGTAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93863	CTGATAGTTGTTGTTTTGGGAGCAATGGCATATCAAATACGGAAAGTAAG	93912

CU571307.4	251	GAATCGGAAACTGTAAGTTTTTTTGGTTTGGGTCGCCCATATGGATCGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93913	GAATCGGAAACTGTAAGTTTTTTTGGTTTGGGTCGCCCATATGGATCGAC	93962

CU571307.4	301	CCAACCCGATCCAACCCATTATTGTTCTTTCTTATTAAAAAAAGGGAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	93963	CCAACCCGATCCAACCCATTATTGTTCTTTCTTATTAAAAAAAGGGAAGA	94012

CU571307.4	351	AGATAAATATTAATTTTTAAGAGGGGTGGAAACAGTTACGTAGTAACTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94013	AGATAAATATTAATTTTTAAGAGGGGTGGAAACAGTTACGTAGTAACTGT	94062

CU571307.4	401	TTCAACGTTAATATTCTCACCTTTTTAAATTAAGTAATTTTTTTTCTTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94063	TTCAACGTTAATATTCTCACCTTTTTAAATTAAGTAATTTTTTTTCTTTT	94112

CU571307.4	451	CATTCACACAAAAAAGGAGAAATAGTAAGAACAACAAAAATTCTGAAGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94113	CATTCACACAAAAAAGGAGAAATAGTAAGAACAACAAAAATTCTGAAGAC	94162

CU571307.4	501	TTAGACTAAAGACAAAATAAAAAGTATTTCGTGGTTAAACACTATCTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94163	TTAGACTAAAGACAAAATAAAAAGTATTTCGTGGTTAAACACTATCTTTG	94212

CU571307.4	551	TTTCCTAATGTTTCAAAGAATGATTTGGAGAAAATCATTCATTTCGTGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94213	TTTCCTAATGTTTCAAAGAATGATTTGGAGAAAATCATTCATTTCGTGAT	94262

CU571307.4	601	TTTCATTCCGCTACAACAAATAAAAGGTACATAAATTTTGTACCAAACAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94263	TTTCATTCCGCTACAACAAATAAAAGGTACATAAATTTTGTACCAAACAT	94312

CU571307.4	651	TGATTAAATTTTTTCATTGGTATCACAGTCACAGTTAAATGCTCCATGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94313	TGATTAAATTTTTTCATTGGTATCACAGTCACAGTTAAATGCTCCATGAT	94362

CU571307.4	701	ATTGTAGTATTTGTTGAAATTAAAACTATGGTGAAGTTATATTCATATGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94363	ATTGTAGTATTTGTTGAAATTAAAACTATGGTGAAGTTATATTCATATGT	94412

CU571307.4	751	ATGAAAAAATTGAATTTGATTGTAAATTTAATAATATGCCTTCAATACTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94413	ATGAAAAAATTGAATTTGATTGTAAATTTAATAATATGCCTTCAATACTT	94462

CU571307.4	801	CAACTTGCTATTATGATAATGAAGTGTCTTTTATTCATTATTGGGAAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94463	CAACTTGCTATTATGATAATGAAGTGTCTTTTATTCATTATTGGGAAAAC	94512

CU571307.4	851	AATCAGTTTTTTTTTCTCTGTCGTGGATGAAGGAAAGGATGGAGAATAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94513	AATCAGTTTTTTTTTCTCTGTCGTGGATGAAGGAAAGGATGGAGAATAAT	94562

CU571307.4	901	ATTTTTTTCTTTGGCGTGAATGAAGCATTTTCGCTTATGTTTGTTTTCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94563	ATTTTTTTCTTTGGCGTGAATGAAGCATTTTCGCTTATGTTTGTTTTCTT	94612

CU571307.4	951	TTTGAAGTTTTTAATTTAAATATACAGTTGAAAAGGAGAAAGAGTTTGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94613	TTTGAAGTTTTTAATTTAAATATACAGTTGAAAAGGAGAAAGAGTTTGAG	94662

CU571307.4	1001	TTGGATAAGCGCTAGAAAAAATTCAAATTTTATTTCTATGTTAATAATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94663	TTGGATAAGCGCTAGAAAAAATTCAAATTTTATTTCTATGTTAATAATTT	94712

CU571307.4	1051	TTTAAAAATAAATGGCAGAGAGACAATCATACTCTTTTTTATTAAGGATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94713	TTTAAAAATAAATGGCAGAGAGACAATCATACTCTTTTTTATTAAGGATT	94762

CU571307.4	1101	AAAAAAAGGAAAAAAATGGCCCCACACTTTTTATTCAAATTAACGTGTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94763	AAAAAAAGGAAAAAAATGGCCCCACACTTTTTATTCAAATTAACGTGTTT	94812

CU571307.4	1151	TTTTTCTTTCCTTTCTTTTGACTTTTTGTCTTTTTCTATTAAGATTAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94813	TTTTTCTTTCCTTTCTTTTGACTTTTTGTCTTTTTCTATTAAGATTAAAA	94862

CU571307.4	1201	AAAAAAGATGGTCCCACTATACAAATAAATAGAAAAAGAAAAAGAGAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94863	AAAAAAGATGGTCCCACTATACAAATAAATAGAAAAAGAAAAAGAGAGTT	94912

CU571307.4	1251	TCTTTTGTCCTTTTCTGTTAAGGATTAAAAAGAAAAAGAAAAATAAGATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94913	TCTTTTGTCCTTTTCTGTTAAGGATTAAAAAGAAAAAGAAAAATAAGATG	94962

CU571307.4	1301	GTCCAATTAGTGTATAACACAATACTAAAACAATAAATCATTCTATAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	94963	GTCCAATTAGTGTATAACACAATACTAAAACAATAAATCATTCTATAACA	95012

CU571307.4	1351	TATGAACAACAAACAAAAAATGTATCCAAATAATTAAAAACAGTCAAATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95013	TATGAACAACAAACAAAAAATGTATCCAAATAATTAAAAACAGTCAAATA	95062

CU571307.4	1401	AAGGTCAATATACAAAACTTAAATTCCAAAAAAAAATAGTTTCCCTAGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95063	AAGGTCAATATACAAAACTTAAATTCCAAAAAAAAATAGTTTCCCTAGTG	95112

CU571307.4	1451	GAGTTGTCAGATCTGTCAAATCTCTTCTTGACCTTTATCCCAGTATGTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95113	GAGTTGTCAGATCTGTCAAATCTCTTCTTGACCTTTATCCCAGTATGTTT	95162

CU571307.4	1501	GGGGGTACAGGGGGGATGAAAAAAATAAGTAGAAGAATTTATTTTGGAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95163	GGGGGTACAGGGGGGATGAAAAAAATAAGTAGAAGAATTTATTTTGGAGT	95212

CU571307.4	1551	CGCCTTTCGAAATTGAATTTTTTTTGTTCCAAGTTACCTTATAAACTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95213	CGCCTTTCGAAATTGAATTTTTTTTGTTCCAAGTTACCTTATAAACTCCT	95262

CU571307.4	1601	AATTAAAAGAAGTTGACTATTTATTGTTTTTAGAATTGTAGCCGTACACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95263	AATTAAAAGAAGTTGACTATTTATTGTTTTTAGAATTGTAGCCGTACACA	95312

CU571307.4	1651	ATAATATTTTATAAAAAAATTAGACGCATCAACAATCATAACTGAACATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95313	ATAATATTTTATAAAAAAATTAGACGCATCAACAATCATAACTGAACATA	95362

CU571307.4	1701	TAGTGGAATTTGATAAATTTTATTTTAACAAATGGACGGCTTCTCATGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95363	TAGTGGAATTTGATAAATTTTATTTTAACAAATGGACGGCTTCTCATGCA	95412

CU571307.4	1751	CGCACAACACAATTCAAAGGAGGTGGTAAGCAGCTGGAGTGATCATGATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95413	CGCACAACACAATTCAAAGGAGGTGGTAAGCAGCTGGAGTGATCATGATT	95462

CU571307.4	1801	TCATATTTCCTCTTGTTTATTTCTATTATTGGGGGGCTTTCAGGATTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95463	TCATATTTCCTCTTGTTTATTTCTATTATTGGGGGGCTTTCAGGATTCAT	95512

CU571307.4	1851	CATCTAAGGCATTATATTATATGAAGTTCCTTGCCGCTCTTTAAAATGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95513	CATCTAAGGCATTATATTATATGAAGTTCCTTGCCGCTCTTTAAAATGTC	95562

CU571307.4	1901	AACTGGATTAATGGACAAAGGTGATAGAAGTTTTTTCAGTTTGATATTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95563	AACTGGATTAATGGACAAAGGTGATAGAAGTTTTTTCAGTTTGATATTGG	95612

CU571307.4	1951	AAGTAGTTAGATTTAGTTTGTTTGTATTTTGTATTCTGTTTGTAGAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457807.2	95613	AAGTAGTTAGATTTAGTTTGTTTGTATTTTGTATTCTGTTTGTAGAGATC	95662

Overview

Query
CU571307.4 - 70787 bps
Hit
CU457807.2 - 95662 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001863200012000193663956621
280.033219152549926413120302212071
382.1934489568627756180501813981
486.172635071412014626180716812281
Short-link