Full alignment

C  CU468017.6	2000	GATCAACGGTGAGCTAAATATCGATCTTAGTTACTTATGTCTGCATTATG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1	GATCAACGGTGAGCTAAATATCGATCTTAGTTACTTATGTCTGCATTATG	50

C  CU468017.6	1950	ATATGATGTATGCCAACTGGCATCAGTACATTGAATGTACGAGTATGCGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	51	ATATGATGTATGCCAACTGGCATCAGTACATTGAATGTACGAGTATGCGA	100

C  CU468017.6	1900	GTTGGAATTCTAAACAACAACTGAAGCTTGAAAAGGAGTAATAAGGAACA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	101	GTTGGAATTCTAAACAACAACTGAAGCTTGAAAAGGAGTAATAAGGAACA	150

C  CU468017.6	1850	ATTACCTTGGATCTACTCAACTCATGAATAACTAACTCATTTTAGTATAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	151	ATTACCTTGGATCTACTCAACTCATGAATAACTAACTCATTTTAGTATAA	200

C  CU468017.6	1800	AGCAATTTTAAAAAAGTGCAACATAACAAAAAATTATTTGAAAACAAGTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	201	AGCAATTTTAAAAAAGTGCAACATAACAAAAAATTATTTGAAAACAAGTT	250

C  CU468017.6	1750	ATAAACTATAGATGTATACAAGGATACAATTAACTCTGAGATGTATGTAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	251	ATAAACTATAGATGTATACAAGGATACAATTAACTCTGAGATGTATGTAA	300

C  CU468017.6	1700	AAATACAAATAACTTATGCATATAAACAAATCCATTTAACTTCTGTGGGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	301	AAATACAAATAACTTATGCATATAAACAAATCCATTTAACTTCTGTGGGA	350

C  CU468017.6	1650	GTTTCTCTAATCGACAACCGTCACTTAAGAGTTATAGTGATGATACATCG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	351	GTTTCTCTAATCGACAACCGTCACTTAAGAGTTATAGTGATGATACATCG	400

C  CU468017.6	1600	ATCTACCTCATGTTGTCAGCACATCCTATACCTAACCAAAGGTATAAGAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	401	ATCTACCTCATGTTGTCAGCACATCCTATACCTAACCAAAGGTATAAGAC	450

C  CU468017.6	1550	CTAAACTGCCTAAAGGATCCACTAGTCTACAGTGAAAAGGGTTCATCTAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	451	CTAAACTGCCTAAAGGATCCACTAGTCTACAGTGAAAAGGGTTCATCTAA	500

C  CU468017.6	1500	AAAGTATGGCCTTTTTCTACCTTTGGTGTCTACATGGTTTTACGGAGATG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	501	AAAGTATGGCCTTTTTCTACCTTTGGTGTCTACATGGTTTTACGGAGATG	550

C  CU468017.6	1450	TGAGTTCACTCATGCTTGTCCCCAATTCGCTGCTTAAAACTACTCCCAGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	551	TGAGTTCACTCATGCTTGTCCCCAATTCGCTGCTTAAAACTACTCCCAGA	600

C  CU468017.6	1400	ATATACTGACCCTTATGTTTTTAAAACAAACTTCTTCTATGGTTTGAGAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	601	ATATACTGACCCTTATGTTTTTAAAACAAACTTCTTCTATGGTTTGAGAT	650

C  CU468017.6	1350	TAGTGCTCAAAACTCAGCTCAAAGGCTAATTTAGAAATCTTAGCTTCCCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	651	TAGTGCTCAAAACTCAGCTCAAAGGCTAATTTAGAAATCTTAGCTTCCCT	700

C  CU468017.6	1300	ACTTGCTCTATTTATAAATTTATTACTCCTTTCTTATAACTAGGTCGAAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	701	ACTTGCTCTATTTATAAATTTATTACTCCTTTCTTATAACTAGGTCGAAG	750

C  CU468017.6	1250	GCTCTCTGGAAATCAAAGTTTCCGTACTTGTTAAATATGAAAACATTTTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	751	GCTCTCTGGAAATCAAAGTTTCCGTACTTGTTAAATATGAAAACATTTTA	800

C  CU468017.6	1200	AATCTCTTTGGGGATACTTGATTCCCATATACTTTTGAAGATTGGAGCTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	801	AATCTCTTTGGGGATACTTGATTCCCATATACTTTTGAAGATTGGAGCTT	850

C  CU468017.6	1150	CAAATTTATTCTTTACTGTTTACTCCTTACTCTTTAGTTAGCTTGAATTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	851	CAAATTTATTCTTTACTGTTTACTCCTTACTCTTTAGTTAGCTTGAATTT	900

C  CU468017.6	1100	GAGTCTTGAAAAAAAAGTTTAAACGTTGTTAAACGACATAGAGAACTCTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	901	GAGTCTTGAAAAAAAAGTTTAAACGTTGTTAAACGACATAGAGAACTCTT	950

C  CU468017.6	1050	AAAATATTATTTTGACTTGCTTCTTGAATTCTAGACTCGACTCTTAACTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	951	AAAATATTATTTTGACTTGCTTCTTGAATTCTAGACTCGACTCTTAACTT	1000

C  CU468017.6	1000	CTTTGACTTTGATACTAACTTTCCTTGAATTGGATTATGGATTCAAGGTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1001	CTTTGACTTTGATACTAACTTTCCTTGAATTGGATTATGGATTCAAGGTT	1050

C  CU468017.6	950	CATGATCTCATGTTTAGGGATGATTCCATGATGTTTAGATGTACCTTAGA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1051	CATGATCTCATGTTTAGGGATGATTCCATGATGTTTAGATGTACCTTAGA	1100

C  CU468017.6	900	GTGTTGGAATCAACTAGGAAACATGGGTACATCTCTTAGGAACTAGAACG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1101	GTGTTGGAATCAACTAGGAAACATGGGTACATCTCTTAGGAACTAGAACG	1150

C  CU468017.6	850	AAAAGATGGGGAATGAATACGGTGAACTGGCGTCCTTATCTCTCTTACAG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1151	AAAAGATGGGGAATGAATACGGTGAACTGGCGTCCTTATCTCTCTTACAG	1200

C  CU468017.6	800	GCATCGGGTTCCAGGACCCAAACTTCATAGTACAATTTGGCCCGCTCTAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1201	GCATCGGGTTCCAGGACCCAAACTTCATAGTACAATTTGGCCCGCTCTAG	1250

C  CU468017.6	750	CTCGCGTGATGCCCCAAGGCCCCTACGGACAGACACTTTCATGTGGGGCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1251	CTCGCGTGATGCCCCAAGGCCCCTACGGACAGACACTTTCATGTGGGGCT	1300

C  CU468017.6	700	ATGGGAGGCGCGGCAACCCAGGTTTCTGCGAACAGGCATTTAGACTTTTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1301	ATGGGAGGCGCGGCAACCCAGGTTTCTGCGAACAGGCATTTAGACTTTTC	1350

C  CU468017.6	650	TTCTTTGTTTTTCATCTCTAAACCTTTAAACTTCCATGGTTCTTTCTCCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1351	TTCTTTGTTTTTCATCTCTAAACCTTTAAACTTCCATGGTTCTTTCTCCA	1400

C  CU468017.6	600	AACACTTAGGATCACTAATACCCAAAATATTAGACTCGAAAAACAACAGC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1401	AACACTTAGGATCACTAATACCCAAAATATTAGACTCGAAAAACAACAGC	1450

C  CU468017.6	550	AAACACAAATCAAATCAACTCTAGGCTTGTAACAACTCAACCAACAAGAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1451	AAACACAAATCAAATCAACTCTAGGCTTGTAACAACTCAACCAACAAGAA	1500

C  CU468017.6	500	CTCATCAATATTCTTCAAGAACTTCACTTTTCGTCCTTCAATCTACTCAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1501	CTCATCAATATTCTTCAAGAACTTCACTTTTCGTCCTTCAATCTACTCAA	1550

C  CU468017.6	450	AATCACTTAGTTAAACATGTTGGTGTGTGGGTGGACTAACCCAACATGAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1551	AATCACTTAGTTAAACATGTTGGTGTGTGGGTGGACTAACCCAACATGAA	1600

C  CU468017.6	400	AAGATCTTACATACCGTGATAGGGTTAACCCCCCACGAATTCCATTCGCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1601	AAGATCTTACATACCGTGATAGGGTTAACCCCCCACGAATTCCATTCGCA	1650

C  CU468017.6	350	AAACCTTAGCGTTCTTGGTGAGTCCTTGATCTTTCTCCCTTTTCCTTATT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1651	AAACCTTAGCGTTCTTGGTGAGTCCTTGATCTTTCTCCCTTTTCCTTATT	1700

C  CU468017.6	300	CTCATCTCTTTTCTCCAATCCCTAAGCTTAAAATAAATTCTCTAATCTGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1701	CTCATCTCTTTTCTCCAATCCCTAAGCTTAAAATAAATTCTCTAATCTGA	1750

C  CU468017.6	250	AATAGAACTTATTTTTACACCAAATAAATCCCTAAAACTAAATAAGAAAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1751	AATAGAACTTATTTTTACACCAAATAAATCCCTAAAACTAAATAAGAAAT	1800

C  CU468017.6	200	AAATGGGTAAAAGACTAGTTTCCCCTTACTTAAAACGGGAACCAGACTTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1801	AAATGGGTAAAAGACTAGTTTCCCCTTACTTAAAACGGGAACCAGACTTT	1850

C  CU468017.6	150	CCTCACTTTCAGCAGCCCAACATCCGATAAGCATATCTTCCACATACAAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1851	CCTCACTTTCAGCAGCCCAACATCCGATAAGCATATCTTCCACATACAAT	1900

C  CU468017.6	100	ATCAAAAATATGCAAACTTGACATCATTGGAAAGATCTCTCCAAGAGATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1901	ATCAAAAATATGCAAACTTGACATCATTGGAAAGATCTCTCCAAGAGATT	1950

C  CU468017.6	50	CCCAACCATATCAAGAACTACCCCTAACTCATCCTGATCTAGAAGTTATG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU457804.4	1951	CCCAACCATATCAAGAACTACCCCTAACTCATCCTGATCTAGAAGTTATG	2000