<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU457784.5	1	GATCCTTCTGACTCCACCTCCAAGTGCTAGGTTGCAGGTACACCTAACCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8107	GATCCTTCTGACTCCACCTCCAAGTGCTAGGTTGCAGGTACACCTAACCC	8156

CU457784.5	51	ATGAGAGCTTATGGCTTGCTAAGCAGGCACCAGGAGTCTCTGGCCAAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8157	ATGAGAGCTTATGGCTTGCTAAGCAGGCACCAGGAGTCTCTGGCCAAGTT	8206

CU457784.5	101	CATTCACCAGGCAAGCACACCTGGAGTCTACTGGTGGGGTCTCCAGAAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8207	CATTCACCAGGCAAGCACACCTGGAGTCTACTGGTGGGGTCTCCAGAAGG	8256

CU457784.5	151	CTGGGGTGCTTGATGCTGTCCTTTACCCTCTGCAGTGGGAGCTTAGGGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8257	CTGGGGTGCTTGATGCTGTCCTTTACCCTCTGCAGTGGGAGCTTAGGGGA	8306

CU457784.5	201	GGGGAGGCCGACTTGTTCCTAGCAGGTAGATCTGACCGATTCAGATGCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8307	GGGGAGGCCGACTTGTTCCTAGCAGGTAGATCTGACCGATTCAGATGCTA	8356

CU457784.5	251	ATCTGCTAAAACTATGGTCAGCCTTACAGGTCTGTATAGAATTTTCATCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8357	ATCTGCTAAAACTATGGTCAGCCTTACAGGTCTGTATAGAATTTTCATCT	8406

CU457784.5	301	GTACTTCCAGAACAGATGCTGTTAAGGGACCAGGAACCAGACACATGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8407	GTACTTCCAGAACAGATGCTGTTAAGGGACCAGGAACCAGACACATGAAA	8456

CU457784.5	351	TGACTAGCTCCTTCCTGGGCATTTGATGTAGGCAGTCAGGTGGTGACACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8457	TGACTAGCTCCTTCCTGGGCATTTGATGTAGGCAGTCAGGTGGTGACACC	8506

CU457784.5	401	TGTGTGGTAAGGTTAAAACCTTATTCCCATATATCTTCTCACACCTCCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8507	TGTGTGGTAAGGTTAAAACCTTATTCCCATATATCTTCTCACACCTCCCC	8556

CU457784.5	451	ACAAAGTGACACAGAAAAAGTCTATTTAAGTACTTTTAAAAGTATTTTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8557	ACAAAGTGACACAGAAAAAGTCTATTTAAGTACTTTTAAAAGTATTTTAT	8606

CU457784.5	501	TGAGATCGTTCAGGAAACTATGCATTTCCAAGCCATTATATAGTCTGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8607	TGAGATCGTTCAGGAAACTATGCATTTCCAAGCCATTATATAGTCTGGGC	8656

CU457784.5	551	AAGATAAGTTCTTATTTCATTTGTCTAATACTCATGTTCAAGGGAGGCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8657	AAGATAAGTTCTTATTTCATTTGTCTAATACTCATGTTCAAGGGAGGCCC	8706

CU457784.5	601	TGGTTCAGTCTGGGCGCAGGGCTCGCAGATTACACCTTACAGCCTCTCAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8707	TGGTTCAGTCTGGGCGCAGGGCTCGCAGATTACACCTTACAGCCTCTCAT	8756

CU457784.5	651	GTTCAGATAACTGGCAACAAAGCAATAAAAAGCCGTCCAACTTGTCAGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8757	GTTCAGATAACTGGCAACAAAGCAATAAAAAGCCGTCCAACTTGTCAGTG	8806

CU457784.5	701	CGTAGCAGCAAAGCCCTGAAAATTCAGAAGAACATTTTCAGCAGGGGAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8807	CGTAGCAGCAAAGCCCTGAAAATTCAGAAGAACATTTTCAGCAGGGGAAC	8856

CU457784.5	751	AGCAAACACAAAGCTGATTTATGTGTTTCTAAAACCAGGATATTCCAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8857	AGCAAACACAAAGCTGATTTATGTGTTTCTAAAACCAGGATATTCCAACA	8906

CU457784.5	801	AGGTCAGCTTTACAATCTGCACAGCGGGTTCATTGTGCTAACTTTACAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8907	AGGTCAGCTTTACAATCTGCACAGCGGGTTCATTGTGCTAACTTTACAGG	8956

CU457784.5	851	CCCTAGTGACATCATACAAAGCCTTCAACAACCCCTCCACCCCGCCTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	8957	CCCTAGTGACATCATACAAAGCCTTCAACAACCCCTCCACCCCGCCTTTA	9006

CU457784.5	901	CTGCTTTATTACCCTGAAAAGTGAGCTAACCACCCACCTTCATGTGGGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9007	CTGCTTTATTACCCTGAAAAGTGAGCTAACCACCCACCTTCATGTGGGCA	9056

CU457784.5	951	GGACAAAGGGCTGGCTCTCATTAGATGATTAGCTCATTCAGGTCACATCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9057	GGACAAAGGGCTGGCTCTCATTAGATGATTAGCTCATTCAGGTCACATCT	9106

CU457784.5	1001	AGGTCACTTCCACCTTTGTCTGGATTCCAAGGTTAGCCCTCATCTAGGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9107	AGGTCACTTCCACCTTTGTCTGGATTCCAAGGTTAGCCCTCATCTAGGTG	9156

CU457784.5	1051	AGGGGATGGGGCCCCTGTGAAGTCCTCAGAGCTCACCCTGGAGAGTTAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9157	AGGGGATGGGGCCCCTGTGAAGTCCTCAGAGCTCACCCTGGAGAGTTAAG	9206

CU457784.5	1101	ATGGGCACAATGAGAAACAGGAGAGCAGGGTATGTTCCTCACCAGAGCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9207	ATGGGCACAATGAGAAACAGGAGAGCAGGGTATGTTCCTCACCAGAGCCA	9256

CU457784.5	1151	GTGTTGGCACACTGGGCTCAATCTCAAGAGGTTCCCCAAATGAGTCAGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9257	GTGTTGGCACACTGGGCTCAATCTCAAGAGGTTCCCCAAATGAGTCAGAT	9306

CU457784.5	1201	TTATAGCTGACATCAAGGACAGCGTCAGAGACTCTAGTCTGTGAAATCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9307	TTATAGCTGACATCAAGGACAGCGTCAGAGACTCTAGTCTGTGAAATCAT	9356

CU457784.5	1251	CACTCTCAATTGAGGGAGACCAGAACCTAGGGTACCACCCAGGGAATGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9357	CACTCTCAATTGAGGGAGACCAGAACCTAGGGTACCACCCAGGGAATGTC	9406

CU457784.5	1301	AATCCGATAGACACAGGATGCGGTAGCCAGTGTGTGTAGTTAGGCTTCGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9407	AATCCGATAGACACAGGATGCGGTAGCCAGTGTGTGTAGTTAGGCTTCGG	9456

CU457784.5	1351	ACTGTTGCAGAGCTATATAAAGCCAAAACTCCTGGGGACTGAAATTTAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9457	ACTGTTGCAGAGCTATATAAAGCCAAAACTCCTGGGGACTGAAATTTAAC	9506

CU457784.5	1401	TGCTAAAACCTTTAACGAAAAAAGGTGGCATGGGCCGGAGAGATGGCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9507	TGCTAAAACCTTTAACGAAAAAAGGTGGCATGGGCCGGAGAGATGGCTCA	9556

CU457784.5	1451	TAACCATGTGTAATGGGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9557	TAACCATGTGTAATGGGATCTGACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA	9606

CU457784.5	1501	GCAATAGTGTACTCACAAACATCTAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9607	GCAATAGTGTACTCACAAACATCTAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGG	9656

CU457784.5	1551	TGGTTGGAGCCAGGACTAAGGCCATCCTGAATTGAGAGCCCGTCTAAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9657	TGGTTGGAGCCAGGACTAAGGCCATCCTGAATTGAGAGCCCGTCTAAATA	9706

CU457784.5	1601	CCCAAAAGCATAGTCTAAAACAGTGGCTCTCAACCTGTGTCACCAAGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9707	CCCAAAAGCATAGTCTAAAACAGTGGCTCTCAACCTGTGTCACCAAGGAA	9756

CU457784.5	1651	CCCTTACATAGGGGTCCCAGACAGGACAGCCTGTGTTATCACAATAGCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9757	CCCTTACATAGGGGTCCCAGACAGGACAGCCTGTGTTATCACAATAGCAA	9806

CU457784.5	1701	ACTTTAGTTATGAAGATACAAGGAAAATAAAACCGATGGTTAGGAACATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9807	ACTTTAGTTATGAAGATACAAGGAAAATAAAACCGATGGTTAGGAACATC	9856

CU457784.5	1751	ACAGCCCGAGGAACTGCATTAAAGGCCCTCAGGAAGGCTGAGACCCACTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9857	ACAGCCCGAGGAACTGCATTAAAGGCCCTCAGGAAGGCTGAGACCCACTG	9906

CU457784.5	1801	CCGTGGACTAGCATACAGAACTTAAAGGCACAAGAAATAATCAAGGCAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9907	CCGTGGACTAGCATACAGAACTTAAAGGCACAAGAAATAATCAAGGCAGC	9956

CU457784.5	1851	TCCTGGATCCACCATAGATTTAGAGTTAGGGAGATTAGTTAAGATCTAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	9957	TCCTGGATCCACCATAGATTTAGAGTTAGGGAGATTAGTTAAGATCTAAA	10006

CU457784.5	1901	AACAAAAAGATGGCTGGGTGGTAGCTTGCTTGGAGACTGGCTAATGCAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	10007	AACAAAAAGATGGCTGGGTGGTAGCTTGCTTGGAGACTGGCTAATGCAGG	10056

CU457784.5	1951	CAGGATATTAAGAACAAAACAAGGGCCAGTCGGTGGTGCTGTATGCATTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457802.6	10057	CAGGATATTAAGAACAAAACAAGGGCCAGTCGGTGGTGCTGTATGCATTT	10106

Overview

Query
CU457784.5 - 163634 bps
Hit
CU457802.6 - 10106 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199220001200018107101061
287.65101163267332689515697301
388.75106160430944325315717301
49011216013781313797215717301
593.18104132155548155679189610271
688.17101171106900107070-1244026081
791.43103140155548155687-1475748961
891.18120170112442112611-1476049291
992.26117155146098146252-1476149151
1089.5113184404542281476149411
1192.0910513937199373371476148991
1289.751031584425244409-1476349181
1388.21031765967759852-1476349401
1492.811081393879138929-1476949071
1592.491251731069091070811476949411
1691.571121649906299225-1477249371
1792.1914019143092432821750176921
1891.671391921378121380031750276931
1992.471401864541845603-1750376881
2093.431551995642156619-1750377001
2190.911392048567885881-1750377001
2295.9416919826735269321750376991
2395.2916119284548847391750376931
2496.24162189136449136637-1750476891
2595.9815217540219403931750676791
2689.31021621039431041041771878761
Short-link