<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU694282.6	1	CTCTGTAAGAGCATTAAGCACTCTTGACCACTGAGCCATTTCCCCAGTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161635	CTCTGTAAGAGCATTAAGCACTCTTGACCACTGAGCCATTTCCCCAGTCT	161684

CU694282.6	51	CTTTCGCCTGTGATGCTAGAACTCAGACTCAGGACTTGTGCCTGCGTTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161685	CTTTCGCCTGTGATGCTAGAACTCAGACTCAGGACTTGTGCCTGCGTTCT	161734

CU694282.6	101	ACCGCTGAGCTGCACGGCCCCGTTCTATCCTCTTCTGCTGTAGAAAACCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161735	ACCGCTGAGCTGCACGGCCCCGTTCTATCCTCTTCTGCTGTAGAAAACCA	161784

CU694282.6	151	CACCCTGTCTGCAGCCCACCCTTCAGTATACCTCCATGTCTTCCTCCTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161785	CACCCTGTCTGCAGCCCACCCTTCAGTATACCTCCATGTCTTCCTCCTCA	161834

CU694282.6	201	TGGTCCATGACGCTTGGTCTCCTTGCATGGTCACAACTTCAAATCCCCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161835	TGGTCCATGACGCTTGGTCTCCTTGCATGGTCACAACTTCAAATCCCCCA	161884

CU694282.6	251	AGCTTCCCACGCAAAGCTTCCGTTGCCCAGGCTCACCGGCCGTCCCGTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161885	AGCTTCCCACGCAAAGCTTCCGTTGCCCAGGCTCACCGGCCGTCCCGTCC	161934

CU694282.6	301	GGTTCTCTATGGCTTTCTCTCGGTTCAGGGAAGGGTGTAAGGGTGGTAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161935	GGTTCTCTATGGCTTTCTCTCGGTTCAGGGAAGGGTGTAAGGGTGGTAGT	161984

CU694282.6	351	GGTATCCGTGTGGACTGAGGGTGAGTTTGGGGGCTCTGTGCCTGTGCTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	161985	GGTATCCGTGTGGACTGAGGGTGAGTTTGGGGGCTCTGTGCCTGTGCTCC	162034

CU694282.6	401	CTCCCTAGGCAGCGGTTTTAATGTCATGGTGAGCGACTGCTACAGCAAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162035	CTCCCTAGGCAGCGGTTTTAATGTCATGGTGAGCGACTGCTACAGCAAGG	162084

CU694282.6	451	AGCAGATGGTCCATTGTTCATATACCCGTGCTTCCCCGGTGTTTGGCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162085	AGCAGATGGTCCATTGTTCATATACCCGTGCTTCCCCGGTGTTTGGCTTT	162134

CU694282.6	501	TGGATATTCTATCAGTGTTGCTTCCTGGATTTCTGCAACAATCCGGACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162135	TGGATATTCTATCAGTGTTGCTTCCTGGATTTCTGCAACAATCCGGACAA	162184

CU694282.6	551	CAGAAAGAATAGCATGCACTAGAACAGCAGGAACCCGCCACGTCCTGCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162185	CAGAAAGAATAGCATGCACTAGAACAGCAGGAACCCGCCACGTCCTGCCA	162234

CU694282.6	601	GCTAACCTCCAGACTGGATTTCCATCTGAGTCCATCAGGACAACTCCAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162235	GCTAACCTCCAGACTGGATTTCCATCTGAGTCCATCAGGACAACTCCAAA	162284

CU694282.6	651	GCCCTCACTCACTACAGCCTACATCGTTGACCCCACGTTGGCCTCCCCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162285	GCCCTCACTCACTACAGCCTACATCGTTGACCCCACGTTGGCCTCCCCTC	162334

CU694282.6	701	TCCATCCATACCCACAATGCTCTCCTACCTCTATTTTGTTCAGCCCCCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162335	TCCATCCATACCCACAATGCTCTCCTACCTCTATTTTGTTCAGCCCCCTC	162384

CU694282.6	751	TTTGGTCCAAAGTTCCCCCCAAATAAAATAGTATGCAAAGTGTTTGTCGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162385	TTTGGTCCAAAGTTCCCCCCAAATAAAATAGTATGCAAAGTGTTTGTCGT	162434

CU694282.6	801	CTCCTCTGATGGAGGTGAAGCTAGCCTGTCATAGGGCTCCTCTACTGCCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162435	CTCCTCTGATGGAGGTGAAGCTAGCCTGTCATAGGGCTCCTCTACTGCCC	162484

CU694282.6	851	AGCCCTAGACATATAAAATTGAAGAGGGACTGGATGCCCTTCTATGGTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162485	AGCCCTAGACATATAAAATTGAAGAGGGACTGGATGCCCTTCTATGGTGA	162534

CU694282.6	901	AGGTTGGGTTGGTTAGATTAATAGGTATCCTGAGAGGTACTGTCAGACCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162535	AGGTTGGGTTGGTTAGATTAATAGGTATCCTGAGAGGTACTGTCAGACCA	162584

CU694282.6	951	GAGCTGCGTGGGGGAGAACTGAGAGGGCTCGGGGGCTATATTGGCAAGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162585	GAGCTGCGTGGGGGAGAACTGAGAGGGCTCGGGGGCTATATTGGCAAGAT	162634

CU694282.6	1001	ACAGAATATGAGCAATAAGGATATATAAGCAATATAAGCAATCCCAGGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162635	ACAGAATATGAGCAATAAGGATATATAAGCAATATAAGCAATCCCAGGGA	162684

CU694282.6	1051	GGAGGGATGCTCGAGGAGGACACTGGGGAGGGGACAGTAGGCTCAAGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162685	GGAGGGATGCTCGAGGAGGACACTGGGGAGGGGACAGTAGGCTCAAGAAA	162734

CU694282.6	1101	ACCAAGGAACTCTCTGACTTCCAAGTTTAGTGTCCCTTCCTAAACCTGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162735	ACCAAGGAACTCTCTGACTTCCAAGTTTAGTGTCCCTTCCTAAACCTGGC	162784

CU694282.6	1151	TCCCAGTTTGACCAATTAAATCTGACCAGGGTCCATCTGGGGAGGGAGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162785	TCCCAGTTTGACCAATTAAATCTGACCAGGGTCCATCTGGGGAGGGAGTG	162834

CU694282.6	1201	TGGATTTTACTGTAGACCCCTTACTGGCCTCCAACTCCAGATTGTCCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162835	TGGATTTTACTGTAGACCCCTTACTGGCCTCCAACTCCAGATTGTCCCTC	162884

CU694282.6	1251	CTCAATTTCCCGAGTGTTAACATTACAGCCTGTACCACACAAGCTGCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162885	CTCAATTTCCCGAGTGTTAACATTACAGCCTGTACCACACAAGCTGCTGT	162934

CU694282.6	1301	GAGCAGCGTCTACCTGAGTTAGGAGTGCTCAGGAAGGGCATGAGGGCACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162935	GAGCAGCGTCTACCTGAGTTAGGAGTGCTCAGGAAGGGCATGAGGGCACA	162984

CU694282.6	1351	CTGGGTGCTGGCCAAGGCGTCTGCTGACTGAATAGCTTCCTCTGGTGTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	162985	CTGGGTGCTGGCCAAGGCGTCTGCTGACTGAATAGCTTCCTCTGGTGTGT	163034

CU694282.6	1401	TTGTGACAAGCTTGTGCTCTGCTGGGAACGTTTACAAAACAGGCTGCTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163035	TTGTGACAAGCTTGTGCTCTGCTGGGAACGTTTACAAAACAGGCTGCTGT	163084

CU694282.6	1451	TCCTGGAGGCTCGTGCACCTGATCTATTCAGAAGGCTGAGGCAGGATGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163085	TCCTGGAGGCTCGTGCACCTGATCTATTCAGAAGGCTGAGGCAGGATGGC	163134

CU694282.6	1501	CTGGAGATCAAGGCCAGCTTGCATCAGCGTGAGACCAAATCGCAAAAGGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163135	CTGGAGATCAAGGCCAGCTTGCATCAGCGTGAGACCAAATCGCAAAAGGC	163184

CU694282.6	1551	CAAAACAAGCCCCAAAGCTCTATGTATGTATGTGTCCCTAAGCACACATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163185	CAAAACAAGCCCCAAAGCTCTATGTATGTATGTGTCCCTAAGCACACATA	163234

CU694282.6	1601	CCTGCGCATGCATGATCTGGACATCCGTGACCTCCAGCGCAGGTGACCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163235	CCTGCGCATGCATGATCTGGACATCCGTGACCTCCAGCGCAGGTGACCAC	163284

CU694282.6	1651	TTCAAACTACAGGGCTGACTTACTCAGGCATTGGAGCAAAGGGGAGTGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163285	TTCAAACTACAGGGCTGACTTACTCAGGCATTGGAGCAAAGGGGAGTGGA	163334

CU694282.6	1701	CCTCTTGCTGCAGAGTGACTCTAGCACTGGGCTGAGAGGGGGTGAGCTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163335	CCTCTTGCTGCAGAGTGACTCTAGCACTGGGCTGAGAGGGGGTGAGCTTG	163384

CU694282.6	1751	ATCACACTCACCTGGAAGTGCTGGTGACCCCTGGATGACATTAGTGTCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163385	ATCACACTCACCTGGAAGTGCTGGTGACCCCTGGATGACATTAGTGTCCT	163434

CU694282.6	1801	CTGTTGAATAATAGAGTAATGCAAAGCATCCATGAGTGCTTTCTCCGTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163435	CTGTTGAATAATAGAGTAATGCAAAGCATCCATGAGTGCTTTCTCCGTGC	163484

CU694282.6	1851	TTGAAAATTTTCAATTTATTATTTGAGATGAATTTGTAATTGACTGTCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163485	TTGAAAATTTTCAATTTATTATTTGAGATGAATTTGTAATTGACTGTCCT	163534

CU694282.6	1901	GGAATTCACTATATAGACCAGGCTAGCCTCAAACTCAAGAGATCCACTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163535	GGAATTCACTATATAGACCAGGCTAGCCTCAAACTCAAGAGATCCACTTG	163584

CU694282.6	1951	TTTTGTTTCCCAAGCACAGGGATCAAAGGCGTACACCACCATGCCTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457784.5	163585	TTTTGTTTCCCAAGCACAGGGATCAAAGGCGTACACCACCATGCCTGATC	163634

Overview

Query
CU694282.6 - 68344 bps
Hit
CU457784.5 - 163634 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200011616351636341
296.371691935801858210126733269251
395.4315117554335607126734269081
496.941751963958339778126734269291
592.511421914039940589126735269211
696.4915317154375607140219403891
796.571571753958739761140219403931
896.571571755802358197140219403931
992.591431913958439774143094432821
1092.111411925802058211143094432831
1197.191852133958339795-156407566201
1296.141762075801758223-156416566221
1391.514420054335632-156421566201
1494.8914917654325607184546847211
1593.481672163958239797184546847601
1695.311631925801958210184547847381
1794.321451804039940578184548847231
1895.341732103958139790-185670858841
1993.871612075801958225-185671858821
2094.711541873958539771-11364491366371
2194.181511875802158207-11364491366371
2293.7214117754355611-11364631366371
2386.221663042195622259-11579001582111
Short-link