<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CU326345.11	1	CAAATACAGGTGTACGTATCATATGTGTATTTATAATAATTGAATACATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146743	CAAATACAGGTGTACGTATCATATGTGTATTTATAATAATTGAATACATA	146792

CU326345.11	51	TGCACATACATGCATATATACGTAAAGCTAGAATTCAGATATTCTGACTC	100
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146793	TGCACATACATGCATATATATGTAAAGCTAGAATTCAGATATTCTGACTC	146842

CU326345.11	101	TTGCTTTAAGGATCATTGTACTTCTGGCTTTCTTTGCCTCTTATCTTCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146843	TTGCTTTAAGGATCATTGTACTTCTGGCTTTCTTTGCCTCTTATCTTCCA	146892

CU326345.11	151	GTTCTTTTAAAGAGGCAACAGCTTTACAAATTTGTACTTATCCACTAATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146893	GTTCTTTTAAAGAGGCAACAGCTTTACAAATTTGTACTTATCCACTAATG	146942

CU326345.11	201	CACAGTCAGTGGAGTTGTGAACTGATTCAATAATTCTGAAAAGCAGTTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146943	CACAGTCAGTGGAGTTGTGAACTGATTCAATAATTCTGAAAAGCAGTTTG	146992

CU326345.11	251	GAACTTTGCCTAAAGGGTTATCAAATTTAGCATATGCTTTGATTCAGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146993	GAACTTTGCCTAAAGGGTTATCAAATTTAGCATATGCTTTGATTCAGCAA	147042

CU326345.11	301	TACCACCACTGAGTCAAAGAGATCAGTTACAAAAGAGGGGAAAGGATCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147043	TACCACCACTGAGTCAAAGAGATCAGTTACAAAAGAGGGGAAAGGATCCA	147092

CU326345.11	351	TTTGCACAAAAATATTTATAGTAGCTCTTTTTGTGGTGGCTAAAAACTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147093	TTTGCACAAAAATATTTATAGTAGCTCTTTTTGTGGTGGCTAAAAACTGG	147142

CU326345.11	401	AAATGGAGGGAGTGTTCATCAAATGGGAAACGGCTGAATAAATTGTAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147143	AAATGGAGGGAGTGTTCATCAAATGGGAAACGGCTGAATAAATTGTAATG	147192

CU326345.11	451	AAATATTATTGTGCTATAAGAAATGATAGGCTGGATGATTTCAGGAAAAA	500
			||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU457771.1	147193	AAATACTATTGTGCTATAAGAAATGATAAGCTGGATGATTTCAGGAAAAA	147242

CU326345.11	501	AAAGAAACCTGGAAAGATTCATGAACTCAGGCAAAGTGAAGTGATGAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147243	AAAGAAACCTGGAAAGATTCATGAACTCAGGCAAAGTGAAGTGATGAGAA	147292

CU326345.11	551	AGAGAACAATATACGCAGTAAAAGCAACATTTTACAATGAATATTGCTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147293	AGAGAACAATATACGCAGTAAAAGCAACATTTTACAATGAATATTGCTGT	147342

CU326345.11	601	TCTCAGCAATTGTCTCAAGACAATTCCAAAGGACTCACGATAAAAATGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147343	TCTCAGCAATTGTCTCAAGACAATTCCAAAGGACTCACGATAAAAATGTT	147392

CU326345.11	651	ACCTGTCTTCAGAGAAAAAACTGATGGTGTCTGAATACAAACTGAAGCAT	700
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147393	ACCTGTCTTCAAAGAAAAAACTGATGGTGTCTGAATACAAACTGAAGCAT	147442

CU326345.11	701	ACCATTTTTCTTTTTCTTCCTTCTTTTCTTCTGTCCTTTCTTTTTTCATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147443	ACCATTTTTCTTTTTCTTCCTTCTTTTCTTCTGTCCTTTCTTTTTTCATC	147492

CU326345.11	751	CTTCCTTTCATCTTTCCATCCTTCTTCCCTCCCTCTTTCCCTCCCTCTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147493	CTTCCTTTCATCTTTCCATCCTTCTTCCCTCCCTCTTTCCCTCCCTCTTT	147542

CU326345.11	801	CCCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147543	CCCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	147592

CU326345.11	851	CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147593	CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTC	147642

CU326345.11	901	TTCCTTCCTTCCTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147643	TTCCTTCCTTCCTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTT	147692

CU326345.11	951	CCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147693	CCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	147742

CU326345.11	1001	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147743	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTCC	147792

CU326345.11	1051	ACAAAGTGACTAATATAGATGTGCTTTAAATGATTCCATAAGTACAACCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147793	ACAAAGTGACTAATATAGATGTGCTTTAAATGATTCCATAAGTACAACCT	147842

CU326345.11	1101	ATATCAGACTGATTACCATTGCAGGAAAGGGGAAAAGGGAAGGAAGGATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147843	ATATCAGACTGATTACCATTGCAGGAAAGGGGAAAAGGGAAGGAAGGATA	147892

CU326345.11	1151	GAATTTGGAACTTAAAACTTAAAAAAAGAACCTTTAAAACCCCCCAAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147893	GAATTTGGAACTTAAAACTTAAAAAAAGAACCTTTAAAACCCCCCAAATT	147942

CU326345.11	1201	ATGTTTACTTGCTTAAAAGTGTTTGTAATCAAGGCTTAGTCACTCAAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147943	ATGTTTACTTGCTTAAAAGTGTTTGTAATCAAGGCTTAGTCACTCAAAGA	147992

CU326345.11	1251	TATTGGACAAAAAAAAAGATGTTGAGAGAAGACAAATTGGGATTCTGAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147993	TATTGGACAAAAAAAAAGATGTTGAGAGAAGACAAATTGGGATTCTGAAT	148042

CU326345.11	1301	TGGGATTCTATGAGCTGCACTTAAATGTTATGACTGGTTTCGAATAATCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148043	TGGGATTCTATGAGCTGCACTTAAATGTTATGACTGGTTTCGAATAATCT	148092

CU326345.11	1351	TATTCAAATTTTTTCTTAAATTGTTGATTTTGTTTTAAATTAATCAAGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148093	TATTCAAATTTTTTCTTAAATTGTTGATTTTGTTTTAAATTAATCAAGTT	148142

CU326345.11	1401	AAAAGATTTATTGAATCTCTAGCTGTAATTTTCTTCTGAATTAGTGCTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148143	AAAAGATTTATTGAATCTCTAGCTGTAATTTTCTTCTGAATTAGTGCTAA	148192

CU326345.11	1451	AATGTTTTCCAAGGGAAAGTATCTGCTTCTACCTATCCCACTCCTGCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CU457771.1	148193	AATGTTTTCCAAGGGAAAGTATCTGCTTCTATCTATCCCACTCCTGCTTT	148242

CU326345.11	1501	GTTGATGCCCCACCTTGGACTGATTGGTCTTTCTCTTTTTTGTTTGCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148243	GTTGATGCCCCACCTTGGACTGATTGGTCTTTCTCTTTTTTGTTTGCTGA	148292

CU326345.11	1551	CTTTCAGTCTCCTCCTTGCCCTTAAGAGTGGGTTTTCCAAGAGTCTCTCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148293	CTTTCAGTCTCCTCCTTGCCCTTAAGAGTGGGTTTTCCAAGAGTCTCTCC	148342

CU326345.11	1601	TTGGTCCTTTTGTCTTTTATTTAATTCTTAGTGATCTTACTTACTTGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148343	TTGGTCCTTTTGTCTTTTATTTAATTCTTAGTGATCTTACTTACTTGTAT	148392

CU326345.11	1651	GGCAGATGGAATTGAAGAGTGTGTTAGACAGAATGCTGCCTTTGGTGTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148393	GGCAGATGGAATTGAAGAGTGTGTTAGACAGAATGCTGCCTTTGGTGTCA	148442

CU326345.11	1701	GGAAGATGTTTTGTTTTTTTTTTTTTT-AATTTATCATTTCTTGGTTCTA	1749
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148443	GGAAGATGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAATTTATCATTTCTTGGTTCTA	148492

CU326345.11	1750	AGTCCAATAACCTACCCAGTAGCCTGTCATGTAGATATAGGAGTAGGATG	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148493	AGTCCAATAACCTACCCAGTAGCCTGTCATGTAGATATAGGAGTAGGATG	148542

CU326345.11	1800	TTTTACAACTGGGTCTCTAAAAGCAAGTACATTTAACATACTTTTAAATT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148543	TTTTACAACTGGGTCTCTAAAAGCAAGTACATTTAACATACTTTTAAATT	148592

CU326345.11	1850	TATTAACTGCATTATTTATTAACATTTTCTCCATTACTTAAGTCTAGATA	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148593	TATTAACTGCATTATTTATTAACATTTTCTCCATTACTTAAGTCTAGATA	148642

CU326345.11	1900	ATAAAAAACCTCAATACACCAAACCCTAATCTGTGGCATTTGCTGATATC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148643	ATAAAAAACCTCAATACACCAAACCCTAATCTGTGGCATTTGCTGATATC	148692

CU326345.11	1950	TAAAGTATAAATTCTTATGCTAAATATTTAACAATGATTTCTTGTAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148693	TAAAGTATAAATTCTTATGCTAAATATTTAACAATGATTTCTTGTAAGCT	148742

CU326345.11	2000	T	2000
			|
CU457771.1	148743	T	148743

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CU326345.11	51	TGCACATACATGCATATATACGTAAAGCTAGAATTCAGATATTCTGACTC	100
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	146793	TGCACATACATGCATATATATGTAAAGCTAGAATTCAGATATTCTGACTC	146842

skip 350 bps 100% identity alignment

CU326345.11	451	AAATATTATTGTGCTATAAGAAATGATAGGCTGGATGATTTCAGGAAAAA	500
			||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU457771.1	147193	AAATACTATTGTGCTATAAGAAATGATAAGCTGGATGATTTCAGGAAAAA	147242

skip 150 bps 100% identity alignment

CU326345.11	651	ACCTGTCTTCAGAGAAAAAACTGATGGTGTCTGAATACAAACTGAAGCAT	700
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457771.1	147393	ACCTGTCTTCAAAGAAAAAACTGATGGTGTCTGAATACAAACTGAAGCAT	147442

skip 750 bps 100% identity alignment

CU326345.11	1451	AATGTTTTCCAAGGGAAAGTATCTGCTTCTACCTATCCCACTCCTGCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CU457771.1	148193	AATGTTTTCCAAGGGAAAGTATCTGCTTCTATCTATCCCACTCCTGCTTT	148242

skip 200 bps 100% identity alignment

CU326345.11	1701	GGAAGATGTTTTGTTTTTTTTTTTTTT-AATTTATCATTTCTTGGTTCTA	1749
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU457771.1	148443	GGAAGATGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAATTTATCATTTCTTGGTTCTA	148492

skip 251 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU326345.11 - 74787 bps
Hit
CU457771.1 - 148743 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7188620001200011467431487431
278.1515959060476636-1357941591
384.8619541948095227-1497853931
484.59158330997610305115503158331
5841095242968509278115864182881
686.2156410871606917155-116871179581
782.19671463677436919125265254101
883.85219482997610457-135408358841
983.43901843673636919140456406421
1078.9126090077298628143759446591
1183.753257641639217155-143899446671
1278.86591812913729317168440686141
1382.172957831637317155171020717931
1477.54652331914419376173187734221
1581.631393792487625254-177899782681
1688.318330099761027511027261030241
1784.661443361715817493-11147041150291
1884.2546410447726876911154091164491
1987.755049381621817155-11155521164891
2086.111011773674336919-11455001456791
Short-link