<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU576541.3	1	AAAGATTCCACCTTTAAATATAATTAGGGTTTAAGACATTGTTTAAGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129150	AAAGATTCCACCTTTAAATATAATTAGGGTTTAAGACATTGTTTAAGATT	129199

CU576541.3	51	CTCCTTGGTGGGTCCCAATTTAGGAGTGCGGCGGCTCCGGACTTCTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129200	CTCCTTGGTGGGTCCCAATTTAGGAGTGCGGCGGCTCCGGACTTCTTTTT	129249

CU576541.3	101	AACAAAATGATATTGCAAGTATTGTACTCTTTTTGTTTCGTAAAAGTGTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129250	AACAAAATGATATTGCAAGTATTGTACTCTTTTTGTTTCGTAAAAGTGTA	129299

CU576541.3	151	CCGTGTTTTGATTTGGAACGAAGTTTAAAAAAAGAAAGATGATTTTTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129300	CCGTGTTTTGATTTGGAACGAAGTTTAAAAAAAGAAAGATGATTTTTTTA	129349

CU576541.3	201	ATTTGGTGATTTTAAATTAAAGTTATGTTAAATATATTAAAATATCTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129350	ATTTGGTGATTTTAAATTAAAGTTATGTTAAATATATTAAAATATCTTTT	129399

CU576541.3	251	GATTTTATGGTCTTAAATATGTCAGGTGTAAAATTAAAATTAAAGTTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129400	GATTTTATGGTCTTAAATATGTCAGGTGTAAAATTAAAATTAAAGTTAAA	129449

CU576541.3	301	GTTTTGCTGAAAAAGCAAATGAGTCATTCTTTTTAAACGAAGAGAGTATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129450	GTTTTGCTGAAAAAGCAAATGAGTCATTCTTTTTAAACGAAGAGAGTATA	129499

CU576541.3	351	AGTTATTTCGGAATATATTGTTTTGGAAAAGTTATTTCACTATTAGGGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129500	AGTTATTTCGGAATATATTGTTTTGGAAAAGTTATTTCACTATTAGGGGT	129549

CU576541.3	401	GTTTGGCATGAAGAATATTATTTTCTCCGTCCACTTTTAGTTGTCATAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129550	GTTTGGCATGAAGAATATTATTTTCTCCGTCCACTTTTAGTTGTCATAGT	129599

CU576541.3	451	TATTTCTAAAATTATTATTTTTCTTAATATATTTTTGTTAGCATGAAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129600	TATTTCTAAAATTATTATTTTTCTTAATATATTTTTGTTAGCATGAAATT	129649

CU576541.3	501	ATATTTTTGCCCTTGGTCATCCTCCCACTTCACTCTTCTATATAATAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129650	ATATTTTTGCCCTTGGTCATCCTCCCACTTCACTCTTCTATATAATAGAA	129699

CU576541.3	551	ATATATATTAGGACGGAATAAATAATGCAAAGACCATCTAATACTTCCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129700	ATATATATTAGGACGGAATAAATAATGCAAAGACCATCTAATACTTCCAA	129749

CU576541.3	601	AGTCCAACCAAACATGAGATAAAATAATTATACACTTTATTTTAAGATTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129750	AGTCCAACCAAACATGAGATAAAATAATTATACACTTTATTTTAAGATTA	129799

CU576541.3	651	TTATATTTTATACCTCACACCAAACAATTCATAATACTAAATACTCTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129800	TTATATTTTATACCTCACACCAAACAATTCATAATACTAAATACTCTGTT	129849

CU576541.3	701	TCAATTTGTCTGTATGATTTTGGCTTATTCCAAGTTTAAGAAACTTAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129850	TCAATTTGTCTGTATGATTTTGGCTTATTCCAAGTTTAAGAAACTTAATA	129899

CU576541.3	751	TTTTCTCTACTTCATATCAACTAACTGAATTATTGAGATTTTTTTTATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129900	TTTTCTCTACTTCATATCAACTAACTGAATTATTGAGATTTTTTTTATAA	129949

CU576541.3	801	TTGAAAATAAGTGAGTTATTAAAAAGTCATCCGAAGAGTTGCGACTATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	129950	TTGAAAATAAGTGAGTTATTAAAAAGTCATCCGAAGAGTTGCGACTATTT	129999

CU576541.3	851	TCATATATATATTTTTATTTAAAGAAGTTTTAAATTAATTTTTACTTTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130000	TCATATATATATTTTTATTTAAAGAAGTTTTAAATTAATTTTTACTTTAT	130049

CU576541.3	901	CCATTTCAAAAAGAATTATCTATTTTCTTATTCGAAAAGAATGACTCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130050	CCATTTCAAAAAGAATTATCTATTTTCTTATTCGAAAAGAATGACTCTTT	130099

CU576541.3	951	TTTTTTTGGAGGAAGGACACAAGCTGCAAGAGCATTTTGATATATTTGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130100	TTTTTTTGGAGGAAGGACACAAGCTGCAAGAGCATTTTGATATATTTGAC	130149

CU576541.3	1001	GTAAATTTAGTTTAGGACTGCAAAATTAAAAAATCTTTTTATTTTCTTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130150	GTAAATTTAGTTTAGGACTGCAAAATTAAAAAATCTTTTTATTTTCTTGA	130199

CU576541.3	1051	ACTAATCCAAATCAAGCTAGGTCATTTATTTTTTAAATGGATGGTGTATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130200	ACTAATCCAAATCAAGCTAGGTCATTTATTTTTTAAATGGATGGTGTATT	130249

CU576541.3	1101	TTTTTTTTTTTAAAAAAAAAGTAGTTTGGAATCAAAAGGGTGTAGTGAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130250	TTTTTTTTTTTAAAAAAAAAGTAGTTTGGAATCAAAAGGGTGTAGTGAAA	130299

CU576541.3	1151	AGTAACATTCAATTTATTTTCATAAATATTTTTCTTAAGGGGTGTGTCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130300	AGTAACATTCAATTTATTTTCATAAATATTTTTCTTAAGGGGTGTGTCAA	130349

CU576541.3	1201	TAATGCACTTAATATCGACCTCAAGGAGCAAAACTTTTATATTCGTGATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130350	TAATGCACTTAATATCGACCTCAAGGAGCAAAACTTTTATATTCGTGATC	130399

CU576541.3	1251	TTAAACTAAAATTATGTTTCATATATCAAAATGTTATTTAATTTGATTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130400	TTAAACTAAAATTATGTTTCATATATCAAAATGTTATTTAATTTGATTTA	130449

CU576541.3	1301	ATGGTCAAATGAGTCCCCAACCTATTATCCGGTTTTCAAATACACACTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130450	ATGGTCAAATGAGTCCCCAACCTATTATCCGGTTTTCAAATACACACTTT	130499

CU576541.3	1351	TACATCACGGAAATCTTATTACCCTCTTAAACTATTTAAAATTGAAATTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130500	TACATCACGGAAATCTTATTACCCTCTTAAACTATTTAAAATTGAAATTA	130549

CU576541.3	1401	TTACCTCTCTAAACGTTTATGTGGCAAAGTGAATGTATTTCACTCTCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130550	TTACCTCTCTAAACGTTTATGTGGCAAAGTGAATGTATTTCACTCTCTCA	130599

CU576541.3	1451	ATGAGAGTGAAGATCAAAAATAAATGTTAAAACTTTATTTTTAATATTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130600	ATGAGAGTGAAGATCAAAAATAAATGTTAAAACTTTATTTTTAATATTCT	130649

CU576541.3	1501	TTTCATTTTATTTTTTTTCTTTATTTGTTTTTGTTTCGTCTCTTTTCTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130650	TTTCATTTTATTTTTTTTCTTTATTTGTTTTTGTTTCGTCTCTTTTCTTC	130699

CU576541.3	1551	TTCTTAGTTCTTATAACTTAGTAGAGCATCATTCATGATAGTTATCAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130700	TTCTTAGTTCTTATAACTTAGTAGAGCATCATTCATGATAGTTATCAATT	130749

CU576541.3	1601	TCACATCACCATCGAAAACACCATCATTACAATATTTATTAACATACCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130750	TCACATCACCATCGAAAACACCATCATTACAATATTTATTAACATACCAT	130799

CU576541.3	1651	AATTCTTAGATAGAAATCTCTTTTCTACTCTCCACACAATAAAAAAATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130800	AATTCTTAGATAGAAATCTCTTTTCTACTCTCCACACAATAAAAAAATTA	130849

CU576541.3	1701	TTAAGTAAATTACTTTGCACCCATTTTTAAAATTAACTATTAGCAATTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130850	TTAAGTAAATTACTTTGCACCCATTTTTAAAATTAACTATTAGCAATTAA	130899

CU576541.3	1751	AACACTATTGAAATATCATTTTGAAGCTATTGTAATAAATTTTTTCAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130900	AACACTATTGAAATATCATTTTGAAGCTATTGTAATAAATTTTTTCAGTT	130949

CU576541.3	1801	AACAAAATTCATTCAAACAACTTAAATAATGTTGGGAATCTCTTAAAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	130950	AACAAAATTCATTCAAACAACTTAAATAATGTTGGGAATCTCTTAAAAAT	130999

CU576541.3	1851	TAAAATTCTCAAAATATCCTCATCGAAAAAAAAACTTGGCCGATATTTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	131000	TAAAATTCTCAAAATATCCTCATCGAAAAAAAAACTTGGCCGATATTTTT	131049

CU576541.3	1901	TTAGGTCATTCCTGTTATTAAACCCCTGCCCTTGGAAAATAACACGAAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	131050	TTAGGTCATTCCTGTTATTAAACCCCTGCCCTTGGAAAATAACACGAAGG	131099

CU576541.3	1951	GTTGTCATTCCTCTAATTATCACCATAATTTTTTTTTGCTTCTCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457751.8	131100	GTTGTCATTCCTCTAATTATCACCATAATTTTTTTTTGCTTCTCAAGCTT	131149

Overview

Query
CU576541.3 - 9135 bps
Hit
CU457751.8 - 131149 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100181520001200011291501311491
Short-link