<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990624.4	1	AAGCTTTGACAAAGGAAATCGATTGAACTACTCACATATTATCATATAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81526	AAGCTTTGACAAAGGAAATCGATTGAACTACTCACATATTATCATATAAG	81575

CT990624.4	51	CATTCTATGCAATCTAGGTAAGGATGATGTTGTTGCTGATTCCTTAAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81576	CATTCTATGCAATCTAGGTAAGGATGATGTTGTTGCTGATTCCTTAAGCA	81625

CT990624.4	101	GGTTGTCCATGAGGAGTACTTCTCTTGTCAGGGAAGGTAGCAACAATTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81626	GGTTGTCCATGAGGAGTACTTCTCTTGTCAGGGAAGGTAGCAACAATTGG	81675

CT990624.4	151	CCTAGGAAGTTCACAGACGTGCACATATAGGTGTCTATTTGTTATATCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81676	CCTAGGAAGTTCACAGACGTGCACATATAGGTGTCTATTTGTTATATCCT	81725

CT990624.4	201	AGTAAAAATGAGTGGTCATGATGCAAGGTTTAATTTTTCAGTATATTTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81726	AGTAAAAATGAGTGGTCATGATGCAAGGTTTAATTTTTCAGTATATTTTG	81775

CT990624.4	251	AAGTGAAGGAAAAGTAGGACAAGGAACCCATTTTACTTAAGTTGAAGGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81776	AAGTGAAGGAAAAGTAGGACAAGGAACCCATTTTACTTAAGTTGAAGGTA	81825

CT990624.4	301	AGTAGGCATAAGCCGAATGTGATGGTCTTTTCACAAAGGTAGTGGTGTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81826	AGTAGGCATAAGCCGAATGTGATGGTCTTTTCACAAAGGTAGTGGTGTGC	81875

CT990624.4	351	TAAGGTATCAAGGTAATTTGTGGTATCTAAGTGTAGATTAAATCCAACAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81876	TAAGGTATCAAGGTAATTTGTGGTATCTAAGTGTAGATTAAATCCAACAG	81925

CT990624.4	401	AGAATCATAGAATAATCCTTTAGTTTTCGATATTCGGTTCATCCATATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81926	AGAATCATAGAATAATCCTTTAGTTTTCGATATTCGGTTCATCCATATCA	81975

CT990624.4	451	CAAAAAGATGTACCATGACTTGAGGGAAATCTATCAGTGGAGTGGCATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	81976	CAAAAAGATGTACCATGACTTGAGGGAAATCTATCAGTGGAGTGGCATGA	82025

CT990624.4	501	AGTGGTGCATTGCCTAGTTTGTTCCTAATTGCTGAAATTTCAAGAAAGAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82026	AGTGGTGCATTGCCTAGTTTGTTCCTAATTGCTGAAATTTCAAGAAAGAC	82075

CT990624.4	551	AAGGATGAAAAAAATCAAAGGCTATGTGGGGTAGCTCAAAATATACACCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82076	AAGGATGAAAAAAATCAAAGGCTATGTGGGGTAGCTCAAAATATACACCT	82125

CT990624.4	601	TCCAGAATAGAAGTCGGAGATTATTAATACAAACATCTTCAAGAATAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82126	TCCAGAATAGAAGTCGGAGATTATTAATACAAACATCTTCAAGAATAGAA	82175

CT990624.4	651	AGGTGGGAAATAATTAATAAGAATTTCAATACTGGTCAAGTAGAACGCAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82176	AGGTGGGAAATAATTAATAAGAATTTCAATACTGGTCAAGTAGAACGCAA	82225

CT990624.4	701	AATGCACACCTTAAAGGAAATGTTGAGAGTGTGTATTTTTAAATTCAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82226	AATGCACACCTTAAAGGAAATGTTGAGAGTGTGTATTTTTAAATTCAAAT	82275

CT990624.4	751	ATAATTGGGATGACCACTCACCTCTTACTGAGTTTACATACATTATTAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82276	ATAATTGGGATGACCACTCACCTCTTACTGAGTTTACATACATTATTAGT	82325

CT990624.4	801	TACCATTCCAACATTTAGATGGCTTTGTATGAGCGGAGGTGTAGATTTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82326	TACCATTCCAACATTTAGATGGCTTTGTATGAGCGGAGGTGTAGATTTTA	82375

CT990624.4	851	TATTAGGTGGTTTAAGGTTGGTGAAACAACGTTGACAGGACAATATAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82376	TATTAGGTGGTTTAAGGTTGGTGAAACAACGTTGACAGGACAATATAAGG	82425

CT990624.4	901	TTCATTAAGTTATAGTGTAACAACCCTAACAATGAATAAGATAAGAAATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82426	TTCATTAAGTTATAGTGTAACAACCCTAACAATGAATAAGATAAGAAATG	82475

CT990624.4	951	CTTAATGTGTCAAGAAAGCCTAGATTAGACCAGGGTTTACACAGATTTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82476	CTTAATGTGTCAAGAAAGCCTAGATTAGACCAGGGTTTACACAGATTTAT	82525

CT990624.4	1001	GCGCGTAGAACCAGACCTTAGAACCCTTACTAAAGCCAAGTCAACTTACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82526	GCGCGTAGAACCAGACCTTAGAACCCTTACTAAAGCCAAGTCAACTTACT	82575

CT990624.4	1051	TGGGGAGTTAGTTGAGCTTGGAAAGGTTTGGTCCAACCATATAGGGCTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82576	TGGGGAGTTAGTTGAGCTTGGAAAGGTTTGGTCCAACCATATAGGGCTCT	82625

CT990624.4	1101	CGAATACGAAGATTTACTCGAAGGAGTCTTTACCGGACTTAAAAAGAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82626	CGAATACGAAGATTTACTCGAAGGAGTCTTTACCGGACTTAAAAAGAAGA	82675

CT990624.4	1151	AATCTTAGGTTTGAAGGGTCTAGGGAAAAAATGGTATCCTTGCTAAGGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82676	AATCTTAGGTTTGAAGGGTCTAGGGAAAAAATGGTATCCTTGCTAAGGGT	82725

CT990624.4	1201	TATATCATACCCTAGATATGTAATTAATTAATTAATTAATAAAGTGGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82726	TATATCATACCCTAGATATGTAATTAATTAATTAATTAATAAAGTGGAGG	82775

CT990624.4	1251	GGCATTTTGGGGAGATAGGGACGAAATTGAGCCGTTGATATGAAGTCTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82776	GGCATTTTGGGGAGATAGGGACGAAATTGAGCCGTTGATATGAAGTCTTG	82825

CT990624.4	1301	CTCCACCCAGGTTCGAACCTAGGTAGGAGCAATGATTTAATGTGATTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82826	CTCCACCCAGGTTCGAACCTAGGTAGGAGCAATGATTTAATGTGATTTTT	82875

CT990624.4	1351	TTAATTTGTGAATTAATTTAATAAATTTATAATTAATGGCTGATTTAAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82876	TTAATTTGTGAATTAATTTAATAAATTTATAATTAATGGCTGATTTAAGA	82925

CT990624.4	1401	AAAAGGACACAAATCAGATTTTTGTTATTATTATTTATTTACTGATTGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82926	AAAAGGACACAAATCAGATTTTTGTTATTATTATTTATTTACTGATTGAT	82975

CT990624.4	1451	GTTTTTTGAAAATGACTAAGTCTTGCCAATTATCCTAGTTTTAAGAGACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	82976	GTTTTTTGAAAATGACTAAGTCTTGCCAATTATCCTAGTTTTAAGAGACA	83025

CT990624.4	1501	CTATCTCACACAAACTCCCCCTCTCTCTGTCACGCCTAAATATCTTTATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83026	CTATCTCACACAAACTCCCCCTCTCTCTGTCACGCCTAAATATCTTTATC	83075

CT990624.4	1551	TCTCTCATTCATTCTGTTTTTCCTAGCTGCAAAAACAAAAGATAAAAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83076	TCTCTCATTCATTCTGTTTTTCCTAGCTGCAAAAACAAAAGATAAAAATA	83125

CT990624.4	1601	TTATAAAGCAATCAAATGTTTTATACACTCAAAGAACTTACCAAAAAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83126	TTATAAAGCAATCAAATGTTTTATACACTCAAAGAACTTACCAAAAAAAA	83175

CT990624.4	1651	TATACAAGCAAGCAAGCTAACTTAAGAAACAAAAACTTTATATCATCTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83176	TATACAAGCAAGCAAGCTAACTTAAGAAACAAAAACTTTATATCATCTTC	83225

CT990624.4	1701	TCGAGGGGATTGTGTTAAAGGTTTAGGGGAGGATTTGGGCAGAACTTTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83226	TCGAGGGGATTGTGTTAAAGGTTTAGGGGAGGATTTGGGCAGAACTTTGA	83275

CT990624.4	1751	AGTTGTGTAAATCTACAACAACGTATGGGTTTTCTCTCTTTGATTCCTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83276	AGTTGTGTAAATCTACAACAACGTATGGGTTTTCTCTCTTTGATTCCTTT	83325

CT990624.4	1801	CCCAATAGAAACTTCTTTCTGCAAAATTCAAACATATGAAACTAGGGTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83326	CCCAATAGAAACTTCTTTCTGCAAAATTCAAACATATGAAACTAGGGTTG	83375

CT990624.4	1851	TCCCCTTGAATGTTGAAATCCTTGTCCCTAGTCTCCTTCCGATTTCAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83376	TCCCCTTGAATGTTGAAATCCTTGTCCCTAGTCTCCTTCCGATTTCAATC	83425

CT990624.4	1901	CAAATTAGGTTAGAAATCATGTTGTTGGTATGGTTGCTGGTAGGTAAGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83426	CAAATTAGGTTAGAAATCATGTTGTTGGTATGGTTGCTGGTAGGTAAGTG	83475

CT990624.4	1951	TGAAATATAATATTATTTGTGATTTTGTGTTTGGAAATAGCAAGCATGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457449.8	83476	TGAAATATAATATTATTTGTGATTTTGTGTTTGGAAATAGCAAGCATGTT	83525

Overview

Query
CT990624.4 - 125040 bps
Hit
CU457449.8 - 83525 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001924200012000181526835251
28984041389585622245611138141
385.051626336761557649231495383211
487.7614512616317103432518601112221
586.93150028152888931703113810166021
685.09130128811692719807116410192881
789.29364961313170837838116705228361
886.52102620316648268512120803228271
988.812548417715765752138901430311
1090.871358208862268313143029451101
1183.18111327485573858485144885476361
1290.1927204222850912730145417496051
1389.5266744061460019005149800542211
1483.94101123316259264922149800520971
1587.1593118143171033523152399542261
1686.6997718271924921075154351561831
1787.07153628152888931703157460602571
1886.52142728761692719802160065629351
1989.47366761293171037838160364664521
208789817086680568512164759664431
Short-link