<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1995 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU372923.6	1	GAATTCTGAGCAAATTATACATTTTTTTCTACATACTTAGAGACTCAAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43263	GAATTCTGAGCAAATTATACATTTTTTTCTACATACTTAGAGACTCAAAT	43312

CU372923.6	51	TTATCAGTAGACAGTATAATAGACATTTATAATTCATGCTATAATTGTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43313	TTATCAGTAGACAGTATAATAGACATTTATAATTCATGCTATAATTGTGA	43362

CU372923.6	101	AAATTAAGTTGGACATTTCAACTTCTCCAAGGCATTTAGAGTTACTTTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43363	AAATTAAGTTGGACATTTCAACTTCTCCAAGGCATTTAGAGTTACTTTGT	43412

CU372923.6	151	GCCATATCATCATAGACAACATTCTCATCACTTTCTTTACTGTATATAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43413	GCCATATCATCATAGACAACATTCTCATCACTTTCTTTACTGTATATAGG	43462

CU372923.6	201	CTAGTTGCTCTCCTCTAAAACATTCTAACCAATATTAGCTTTGTGATTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43463	CTAGTTGCTCTCCTCTAAAACATTCTAACCAATATTAGCTTTGTGATTGA	43512

CU372923.6	251	TTAACAGACAAGTTTTACACTAGTTTGCTACTACATAGCATATCCCACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43513	TTAACAGACAAGTTTTACACTAGTTTGCTACTACATAGCATATCCCACAT	43562

CU372923.6	301	GATAGACAAGAATCTGCTACTGAAGTGTGTTTCCAGTTCTCTTTATTACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43563	GATAGACAAGAATCTGCTACTGAAGTGTGTTTCCAGTTCTCTTTATTACT	43612

CU372923.6	351	TTTATTTTGAGACAGGGTCTTACGAAGTGCACAGTCTGACCCAGAGTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43613	TTTATTTTGAGACAGGGTCTTACGAAGTGCACAGTCTGACCCAGAGTTTG	43662

CU372923.6	401	CTATTCTTCTGCTTCAGCCTCCCAAGTATCTTAGTTTATAGACCTATAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43663	CTATTCTTCTGCTTCAGCCTCCCAAGTATCTTAGTTTATAGACCTATAAA	43712

CU372923.6	451	TAACATAATGCTCAACTCTGCAAGGAGTTTCTAAACTTCTCTGCTCATTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43713	TAACATAATGCTCAACTCTGCAAGGAGTTTCTAAACTTCTCTGCTCATTG	43762

CU372923.6	501	AGAAATTAGAATATTAAATAATTTCATCATGATAATATAAATATATTGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43763	AGAAATTAGAATATTAAATAATTTCATCATGATAATATAAATATATTGGT	43812

CU372923.6	551	ATTTACATTTAAACAGTAATCAATAAATGGTATCTACTTGCTACTTGTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43813	ATTTACATTTAAACAGTAATCAATAAATGGTATCTACTTGCTACTTGTTA	43862

CU372923.6	601	GTATTATGAATAGTAGCAATTTTAGTTTTGTGAAACTACTTTGGGTAATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43863	GTATTATGAATAGTAGCAATTTTAGTTTTGTGAAACTACTTTGGGTAATC	43912

CU372923.6	651	TGAAACCTTGACTTTTCTATTGAATTAATTTTTTAGGCAATAAATAAAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43913	TGAAACCTTGACTTTTCTATTGAATTAATTTTTTAGGCAATAAATAAAAG	43962

CU372923.6	701	TGTTCTAATAAAATATATCCACATTGCTTTCTTAATATATTCACCTTGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	43963	TGTTCTAATAAAATATATCCACATTGCTTTCTTAATATATTCACCTTGAT	44012

CU372923.6	751	CTCATTAAATGTAAAGATTTAGCTTGCTAGGTAGATATGGTTGTGGGCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44013	CTCATTAAATGTAAAGATTTAGCTTGCTAGGTAGATATGGTTGTGGGCTC	44062

CU372923.6	801	TTACTAAATAATTGTTTTGCTTTCCAGTTAAGCTAGGCAAATTGAGTTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44063	TTACTAAATAATTGTTTTGCTTTCCAGTTAAGCTAGGCAAATTGAGTTTA	44112

CU372923.6	851	GTCATGATATGAACCCTGATATATTGATTCTTTGGTGTCGGGATCCACAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44113	GTCATGATATGAACCCTGATATATTGATTCTTTGGTGTCGGGATCCACAA	44162

CU372923.6	901	GCCAGAGGGTAAATGAGAGCTGAGTTGATCAATTTACATGGTTTGTCTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44163	GCCAGAGGGTAAATGAGAGCTGAGTTGATCAATTTACATGGTTTGTCTTA	44212

CU372923.6	951	CTTTGGGGATTTAAACATTTTTGTTTAATAATTGCCCTTCGATGGTATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44213	CTTTGGGGATTTAAACATTTTTGTTTAATAATTGCCCTTCGATGGTATCA	44262

CU372923.6	1001	GGCTAGTTTTAAAATTAAGGTATAAGGCTAGAAAGCACCCCTGATGATCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44263	GGCTAGTTTTAAAATTAAGGTATAAGGCTAGAAAGCACCCCTGATGATCT	44312

CU372923.6	1051	TCTTCACTATATCTGGTGAGTAGAATAGAAACAATACTGTTTAGAAAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44313	TCTTCACTATATCTGGTGAGTAGAATAGAAACAATACTGTTTAGAAAAAA	44362

CU372923.6	1101	TCAGTTTCTAATATTGTGTCACATTTTATAATGCTAAGGTAAAAGCTAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44363	TCAGTTTCTAATATTGTGTCACATTTTATAATGCTAAGGTAAAAGCTAAT	44412

CU372923.6	1151	TTGAGTTTCATTAATTCAGAATGTGATTATAAACAGTTCCATGTGGAGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44413	TTGAGTTTCATTAATTCAGAATGTGATTATAAACAGTTCCATGTGGAGAT	44462

CU372923.6	1201	TACTTATAGAAAAACTTATGATTTTCATCTAATGAGATGCACAGTTTAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44463	TACTTATAGAAAAACTTATGATTTTCATCTAATGAGATGCACAGTTTAAT	44512

CU372923.6	1251	TTATAGTAGCATTTTGAAATATGCTTCTTTTCATTATGTGTATGTTAGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44513	TTATAGTAGCATTTTGAAATATGCTTCTTTTCATTATGTGTATGTTAGTG	44562

CU372923.6	1301	TTCATAGAGTGAAGAAAAGCTGAGGTGGCACTGGTGCCCACTTTAATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44563	TTCATAGAGTGAAGAAAAGCTGAGGTGGCACTGGTGCCCACTTTAATATA	44612

CU372923.6	1351	TGACTTTGCCACAACAGGCTCAGGAAACATTTTCTCAGTGAACTGAGCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44613	TGACTTTGCCACAACAGGCTCAGGAAACATTTTCTCAGTGAACTGAGCAT	44662

CU372923.6	1401	CTAGTTTTGGTCTTCCATCTCTTCAAAAGGAGTCACAGCTTTCACACCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44663	CTAGTTTTGGTCTTCCATCTCTTCAAAAGGAGTCACAGCTTTCACACCTG	44712

CU372923.6	1451	TCAATTGCAATATTGACAGGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44713	TCAATTGCAATATTGACAGGTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTT	44762

CU372923.6	1501	TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC-----TCTTTTCTTTTCTTTTTT	1545
			|||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||
CU442761.5	44763	TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTT	44812

CU372923.6	1546	CTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTC	1595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44813	CTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTC	44862

CU372923.6	1596	TTCTCTTTTCTTTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTT	1645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44863	TTCTCTTTTCTTTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTT	44912

CU372923.6	1646	TTTATTTCCCTTCTGGGATTTCACAATCCCAGAGAAGCACTTCTTCATTA	1695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44913	TTTATTTCCCTTCTGGGATTTCACAATCCCAGAGAAGCACTTCTTCATTA	44962

CU372923.6	1696	TATTATTTAGGGGGGGAAATCAAGCTATTTTAAATAAAGAAGATTGAGCT	1745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	44963	TATTATTTAGGGGGGGAAATCAAGCTATTTTAAATAAAGAAGATTGAGCT	45012

CU372923.6	1746	GAAATCACCCTCAATTAACTAGGGGAAAAACCTTAAATCTCCAAAGAATG	1795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	45013	GAAATCACCCTCAATTAACTAGGGGAAAAACCTTAAATCTCCAAAGAATG	45062

CU372923.6	1796	ATTCATTACATGAGAAAAACACATATTTTTCAGTATTTGGGAAGAGAGCC	1845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	45063	ATTCATTACATGAGAAAAACACATATTTTTCAGTATTTGGGAAGAGAGCC	45112

CU372923.6	1846	AGGTGTACATAAGGAGAAAATTGGAATTATGTAGACTCAAACCACGGACA	1895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	45113	AGGTGTACATAAGGAGAAAATTGGAATTATGTAGACTCAAACCACGGACA	45162

CU372923.6	1896	AACACAACATGCTAATGGCAAGAATACATTGCCAAAATGGATTAAAGACA	1945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	45163	AACACAACATGCTAATGGCAAGAATACATTGCCAAAATGGATTAAAGACA	45212

CU372923.6	1946	TTGACATAAGATGTGAAAATTTGCAACTGGTAAAGACATGAAGAGAAAAT	1995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442761.5	45213	TTGACATAAGATGTGAAAATTTGCAACTGGTAAAGACATGAAGAGAAAAT	45262

Compact alignment

skip 1500 bps 100% identity alignment

CU372923.6	1501	TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC-----TCTTTTCTTTTCTTTTTT	1545
			|||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||
CU442761.5	44763	TCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTT	44812

skip 450 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU372923.6 - 146447 bps
Hit
CU442761.5 - 45262 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1995 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link