<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424489.10	1	GGCTCCAAGGTACCAGGTCTGACAAAACTATATCAAGAGACACCATCTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173634	GGCTCCAAGGTACCAGGTCTGACAAAACTATATCAAGAGACACCATCTCA	173683

CU424489.10	51	AATCCAAACACATTAGCTGGGCGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173684	AATCCAAACACATTAGCTGGGCGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCA	173733

CU424489.10	101	CTCCGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173734	CTCCGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCT	173783

CU424489.10	151	ACAAAGTGAGTTACAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173784	ACAAAGTGAGTTACAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCG	173833

CU424489.10	201	AAAACCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAACAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173834	AAAACCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAACAAC	173883

CU424489.10	251	AACAACAAAAACAAATACATCAAACAAAACAAAAATTAAGTCTGATTTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173884	AACAACAAAAACAAATACATCAAACAAAACAAAAATTAAGTCTGATTTGA	173933

CU424489.10	301	AAACCATACAAATTCAAACATCTACTTTGTCCTATCACTTCTAAATTTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173934	AAACCATACAAATTCAAACATCTACTTTGTCCTATCACTTCTAAATTTCA	173983

CU424489.10	351	AGCATGCTTCAAATTCCTCTGCTTCTTTCTTCTCACAAGGACAGTGCTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	173984	AGCATGCTTCAAATTCCTCTGCTTCTTTCTTCTCACAAGGACAGTGCTAG	174033

CU424489.10	401	AAACCTTTTTATATGACCCCATACTCACCCTAAGGTCCAAAGTCTGTAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174034	AAACCTTTTTATATGACCCCATACTCACCCTAAGGTCCAAAGTCTGTAGA	174083

CU424489.10	451	TATTTCCAGGCCATCTGTGATCAGCCTGTGCTGATGACAGATCCACCGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174084	TATTTCCAGGCCATCTGTGATCAGCCTGTGCTGATGACAGATCCACCGGA	174133

CU424489.10	501	ATTTATAACCCTGGAGACAATGCATTTTCTTTTCTTTCAATCCTGTGTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174134	ATTTATAACCCTGGAGACAATGCATTTTCTTTTCTTTCAATCCTGTGTGT	174183

CU424489.10	551	TTTTTCCTCACCTTCCCTACTCCAAGCCTTCTCTTTTATGTAACTCAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174184	TTTTTCCTCACCTTCCCTACTCCAAGCCTTCTCTTTTATGTAACTCAAAC	174233

CU424489.10	601	CCTGCTCACTGGCCAGATTGCAAATTCTGTGACTTATTTTTTGCACATCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174234	CCTGCTCACTGGCCAGATTGCAAATTCTGTGACTTATTTTTTGCACATCT	174283

CU424489.10	651	TCTTGTCTGTTATGTTTGTAACCTTGGAGTTGAATAATCTCCTATTATCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174284	TCTTGTCTGTTATGTTTGTAACCTTGGAGTTGAATAATCTCCTATTATCA	174333

CU424489.10	701	GATATGTCTTCTCCACAAGTCTAGGATCTCCATGGTAGTTCATCTTCCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174334	GATATGTCTTCTCCACAAGTCTAGGATCTCCATGGTAGTTCATCTTCCTC	174383

CU424489.10	751	CTCACTAGATTCCCAAACTAGATTCCAGAAACCTTGCTGACTTACAAGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174384	CTCACTAGATTCCCAAACTAGATTCCAGAAACCTTGCTGACTTACAAGAC	174433

CU424489.10	801	TTACTGACTTTCCCAATATCTTCTTTCTTCTCCTCAAAGGAACCTTCAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174434	TTACTGACTTTCCCAATATCTTCTTTCTTCTCCTCAAAGGAACCTTCAAC	174483

CU424489.10	851	ATCTCAGCCAAAGTTCTACTTCTCAAAATCCCACCCACCTTTCATTCTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174484	ATCTCAGCCAAAGTTCTACTTCTCAAAATCCCACCCACCTTTCATTCTAG	174533

CU424489.10	901	CCAAGCCCTGCATGTGCCCTTGCCTTCTAATTAGACATTTCTTCTTGTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174534	CCAAGCCCTGCATGTGCCCTTGCCTTCTAATTAGACATTTCTTCTTGTCA	174583

CU424489.10	951	TGATCCACTGAGATCCTTATTAATGTGTTGATAGTATCCTAAATCATCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174584	TGATCCACTGAGATCCTTATTAATGTGTTGATAGTATCCTAAATCATCAT	174633

CU424489.10	1001	TAGGGTAAGTCCTAGAAAGTGGAAACTCTTAGAAAAGAGTTGTGTCGTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174634	TAGGGTAAGTCCTAGAAAGTGGAAACTCTTAGAAAAGAGTTGTGTCGTAA	174683

CU424489.10	1051	TAACTCCATACATTTAAAAATCTGTTTACTATAATCACCTTCATCTTGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174684	TAACTCCATACATTTAAAAATCTGTTTACTATAATCACCTTCATCTTGCC	174733

CU424489.10	1101	AAAATAGGTATTTCTGGAATCTATAGTTGGTAAACTACACTTTTTCATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174734	AAAATAGGTATTTCTGGAATCTATAGTTGGTAAACTACACTTTTTCATAA	174783

CU424489.10	1151	GCAGAATACCAGCCAAAAAAATACAGGCTTTAACAAGTGCTGGTATGTAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174784	GCAGAATACCAGCCAAAAAAATACAGGCTTTAACAAGTGCTGGTATGTAG	174833

CU424489.10	1201	TACTGTGCAGTGAGGTACTCTTGCATTCAGATCCCTTATTCAGATCCCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174834	TACTGTGCAGTGAGGTACTCTTGCATTCAGATCCCTTATTCAGATCCCTG	174883

CU424489.10	1251	TGTAAGACTGGAATAGTGTGGTCAACCATATTAAAATGTTGAGAGAGGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174884	TGTAAGACTGGAATAGTGTGGTCAACCATATTAAAATGTTGAGAGAGGGC	174933

CU424489.10	1301	ATACAGATAATAATCACATCATGTGTGTATGTGTACATAGATAGATAGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174934	ATACAGATAATAATCACATCATGTGTGTATGTGTACATAGATAGATAGAT	174983

CU424489.10	1351	AGATAGATAGATTATTATACTTCATTTGTATTTTACCACCCCTTCTTCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	174984	AGATAGATAGATTATTATACTTCATTTGTATTTTACCACCCCTTCTTCAG	175033

CU424489.10	1401	AAAATAGGTGATGCAAAGATTGTTGTTATTTATGCTGTTTGTAAGCTGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175034	AAAATAGGTGATGCAAAGATTGTTGTTATTTATGCTGTTTGTAAGCTGAA	175083

CU424489.10	1451	TAGTAAAGTTCCAACATTTCTTTGAACAAAGTCAGACCTGTGTTAGGGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175084	TAGTAAAGTTCCAACATTTCTTTGAACAAAGTCAGACCTGTGTTAGGGGC	175133

CU424489.10	1501	TTTGAAGCACTGAAACTTTGCTAGTTGCTCTCCTCCTTTCTACCCACTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175134	TTTGAAGCACTGAAACTTTGCTAGTTGCTCTCCTCCTTTCTACCCACTCC	175183

CU424489.10	1551	ACCCCTTAATTAAAGAAAAAATGACAGATGGAAAGCACCAAGAGGAAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175184	ACCCCTTAATTAAAGAAAAAATGACAGATGGAAAGCACCAAGAGGAAAGA	175233

CU424489.10	1601	TGGGGTTATATGTGGTCCAAGGTCATTAGCAAGGCCTGGAAATTGCATTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175234	TGGGGTTATATGTGGTCCAAGGTCATTAGCAAGGCCTGGAAATTGCATTC	175283

CU424489.10	1651	ATGCTAAATTACACCACCTGAGGCCATTTGAGTGTCAGTAGATGGGTGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175284	ATGCTAAATTACACCACCTGAGGCCATTTGAGTGTCAGTAGATGGGTGTG	175333

CU424489.10	1701	AACAGCGTGTTAAGAGTTCAGCTGTCCCCAGGAGGCTTATCTGCAGAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175334	AACAGCGTGTTAAGAGTTCAGCTGTCCCCAGGAGGCTTATCTGCAGAGTG	175383

CU424489.10	1751	GATTCTGCTGAGCCTCCTCTGGCTTTCCATACTCCAGGTGACCAGCTGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175384	GATTCTGCTGAGCCTCCTCTGGCTTTCCATACTCCAGGTGACCAGCTGCT	175433

CU424489.10	1801	CTCCATCCTCCCAGTGGGCTTAACAGGCTCTGTCTTCACTGTAGCCTGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175434	CTCCATCCTCCCAGTGGGCTTAACAGGCTCTGTCTTCACTGTAGCCTGTT	175483

CU424489.10	1851	TCCAGCCATCTTCTGCTAGAATGTGTTCCAGGTAGCTTTCCCTCCTGCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175484	TCCAGCCATCTTCTGCTAGAATGTGTTCCAGGTAGCTTTCCCTCCTGCTA	175533

CU424489.10	1901	CAATCAGTCATTCCCAATACTCCACCTTATCCACTGCCTCAAAGAAAGCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175534	CAATCAGTCATTCCCAATACTCCACCTTATCCACTGCCTCAAAGAAAGCG	175583

CU424489.10	1951	AAATGACTAAGGAAATTTTTCCTGTTCTTTGTCTCTTGTCTCATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU442724.6	175584	AAATGACTAAGGAAATTTTTCCTGTTCTTTGTCTCTTGTCTCATGAATTC	175633

Overview

Query
CU424489.10 - 108154 bps
Hit
CU442724.6 - 175633 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link