<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU392848.5	1	GAATTCCATCCGCAACAAGAACACATGGCTTTACATGGATACAATCGGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106155	GAATTCCATCCGCAACAAGAACACATGGCTTTACATGGATACAATCGGAC	106204

CU392848.5	51	GATTATTTTCGCTCTGCTCTGTTTTGCATGGAGTATTATTATTTTTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106205	GATTATTTTCGCTCTGCTCTGTTTTGCATGGAGTATTATTATTTTTTTTT	106254

CU392848.5	101	AAATTGCATTTTTACCTTTCATGTGCCTGAAGGCTATCCAATACATTCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106255	AAATTGCATTTTTACCTTTCATGTGCCTGAAGGCTATCCAATACATTCTG	106304

CU392848.5	151	AAAGGCCTTGTTAAAAATCCAAGCTGCTCATTTCCCTATTCTGTTTATGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106305	AAAGGCCTTGTTAAAAATCCAAGCTGCTCATTTCCCTATTCTGTTTATGG	106354

CU392848.5	201	TTGAAAAGATTAAAACCTACCCATTGTTACTTACTACAGGTTCGATGAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106355	TTGAAAAGATTAAAACCTACCCATTGTTACTTACTACAGGTTCGATGAAA	106404

CU392848.5	251	TCAAGGAGTCTGATTGCAGGAAGGAAAGAGCATGTAAGAAACACATTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106405	TCAAGGAGTCTGATTGCAGGAAGGAAAGAGCATGTAAGAAACACATTTTT	106454

CU392848.5	301	TAAAGTGTTATTTTGTATAAATGGGAAGAAAGACGCAATTAAGTTATTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106455	TAAAGTGTTATTTTGTATAAATGGGAAGAAAGACGCAATTAAGTTATTGA	106504

CU392848.5	351	CACTTGGGACCTGGATGAGTATATCAGAGTATGCCATTCCAATAAATTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106505	CACTTGGGACCTGGATGAGTATATCAGAGTATGCCATTCCAATAAATTAT	106554

CU392848.5	401	TGAACTACAAGCTAGATTTAAGGCATTTGAGCGTTGGTTGAAGAAGTGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106555	TGAACTACAAGCTAGATTTAAGGCATTTGAGCGTTGGTTGAAGAAGTGGT	106604

CU392848.5	451	GTCAAAGTGCATCTCTTAGGATTGATGCACATTTGTTAGGATGGGCTTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106605	GTCAAAGTGCATCTCTTAGGATTGATGCACATTTGTTAGGATGGGCTTGT	106654

CU392848.5	501	GTCTGATTAGAATGTCAGTCGATTGGCTAGATTTATATCCACACAATCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106655	GTCTGATTAGAATGTCAGTCGATTGGCTAGATTTATATCCACACAATCAG	106704

CU392848.5	551	TTTCACACCCCCATTCCATCTGTTTGATACAGTATTATAGATATAAATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106705	TTTCACACCCCCATTCCATCTGTTTGATACAGTATTATAGATATAAATAT	106754

CU392848.5	601	ATATATATATTTCTCTGTGGCCATTTGTGATACTTCCTCATATACTTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106755	ATATATATATTTCTCTGTGGCCATTTGTGATACTTCCTCATATACTTGAA	106804

CU392848.5	651	TATGATACTTCTTTATTCACAGTATCTGTGTCTCCTGCACCCTTTGGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106805	TATGATACTTCTTTATTCACAGTATCTGTGTCTCCTGCACCCTTTGGTGT	106854

CU392848.5	701	TGCAATTTTAGGTATGTGAAAGTAGATGTTAGCAGGGTTCTCTCCCTATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106855	TGCAATTTTAGGTATGTGAAAGTAGATGTTAGCAGGGTTCTCTCCCTATT	106904

CU392848.5	751	TGAAAATAAATTTTAAAAAGACAAAGAGTTTTAGCATGAAGTTGCTTTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106905	TGAAAATAAATTTTAAAAAGACAAAGAGTTTTAGCATGAAGTTGCTTTCT	106954

CU392848.5	801	GTAACAACTCAAAGCTGTAACCCTGTCTTAGTGCCAGAATCAAGTCTTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	106955	GTAACAACTCAAAGCTGTAACCCTGTCTTAGTGCCAGAATCAAGTCTTTC	107004

CU392848.5	851	CTGTGATGCTAGAACATTTTACTTTTCTTTGCTTCCACCAACATGGAGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107005	CTGTGATGCTAGAACATTTTACTTTTCTTTGCTTCCACCAACATGGAGTT	107054

CU392848.5	901	TGTGGAGTGGGTCCAGTTATGCATAAAGGGGTTTACAGATGTTGGTTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107055	TGTGGAGTGGGTCCAGTTATGCATAAAGGGGTTTACAGATGTTGGTTCAA	107104

CU392848.5	951	GGATTATGGATTTATCTCATGTATAATCACTGAATAGTTCGGGTTTTATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107105	GGATTATGGATTTATCTCATGTATAATCACTGAATAGTTCGGGTTTTATC	107154

CU392848.5	1001	CCTCTAATTATCCATGGCACCAATCTCTTACTATTCGTTACTCTTTCTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107155	CCTCTAATTATCCATGGCACCAATCTCTTACTATTCGTTACTCTTTCTTC	107204

CU392848.5	1051	TATTTCCTTTTTCCATTTGCTAAAGTTGAAAGTAGGAAAAAATAATTTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107205	TATTTCCTTTTTCCATTTGCTAAAGTTGAAAGTAGGAAAAAATAATTTTG	107254

CU392848.5	1101	AATAGCTTTTCTTGTTCTCCAAACAGTATCTGTTCATTAAATTCTGTGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107255	AATAGCTTTTCTTGTTCTCCAAACAGTATCTGTTCATTAAATTCTGTGAT	107304

CU392848.5	1151	AGAATATATTTGGCTTCCTTCCCCCAAAGACCTCTTGATCAAAGATGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107305	AGAATATATTTGGCTTCCTTCCCCCAAAGACCTCTTGATCAAAGATGAAA	107354

CU392848.5	1201	AATACAACATATAAAGAAGCTATATATGTAATACTTTTGAGACACAGATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107355	AATACAACATATAAAGAAGCTATATATGTAATACTTTTGAGACACAGATA	107404

CU392848.5	1251	TCTAAATCCATCTCTCCAGGATTCTTCATGAACATGGAACATGGTATTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107405	TCTAAATCCATCTCTCCAGGATTCTTCATGAACATGGAACATGGTATTAC	107454

CU392848.5	1301	TTATTCATGAGTAAATGCTATTTTTTTCTTGCTTTATATACAATCTAGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107455	TTATTCATGAGTAAATGCTATTTTTTTCTTGCTTTATATACAATCTAGAC	107504

CU392848.5	1351	ATCGCAACTTAATTACTATCATTTATAAATCATACTTAATGAATAAGTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107505	ATCGCAACTTAATTACTATCATTTATAAATCATACTTAATGAATAAGTAA	107554

CU392848.5	1401	TAGTCGATGGCCCAAAATAAGGCAGAGCATTATCAAACCGAGTGGACTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107555	TAGTCGATGGCCCAAAATAAGGCAGAGCATTATCAAACCGAGTGGACTTT	107604

CU392848.5	1451	TTTTCTTAATATTTAATTTGTTCTTTTGCTTGCTCGGGATTGGTGGGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107605	TTTTCTTAATATTTAATTTGTTCTTTTGCTTGCTCGGGATTGGTGGGTGG	107654

CU392848.5	1501	AATATGCAGAGATAAATGTGAAAAGCTGTCTGGGTGTTTTATGTCTCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107655	AATATGCAGAGATAAATGTGAAAAGCTGTCTGGGTGTTTTATGTCTCTGA	107704

CU392848.5	1551	AATAAACCAAGCCCTGTATACAAAGGAGAAGGTGAACATGAACAGGACAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107705	AATAAACCAAGCCCTGTATACAAAGGAGAAGGTGAACATGAACAGGACAG	107754

CU392848.5	1601	GAAGATGTAGGAGTGTCTAAGACAGAAGGCAAGAGGATGCAAAAGTGGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107755	GAAGATGTAGGAGTGTCTAAGACAGAAGGCAAGAGGATGCAAAAGTGGAG	107804

CU392848.5	1651	AGAAACAGGTGGCAGTTTAGTGACCCATTGAGTATTATGACCAATGTGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107805	AGAAACAGGTGGCAGTTTAGTGACCCATTGAGTATTATGACCAATGTGAC	107854

CU392848.5	1701	AGTCACATAGAAAGCTTAGCATCAAACAGAGACAGTCTTATTGGCTAGTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107855	AGTCACATAGAAAGCTTAGCATCAAACAGAGACAGTCTTATTGGCTAGTA	107904

CU392848.5	1751	GGCACACACACACTACAGTCGTCTTTGTAAATTGGTTATTTTTTATATAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107905	GGCACACACACACTACAGTCGTCTTTGTAAATTGGTTATTTTTTATATAA	107954

CU392848.5	1801	CTTTAAAACTACTGAATAGTGGTTGTTTTCACTCTGGACAACCCATTCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	107955	CTTTAAAACTACTGAATAGTGGTTGTTTTCACTCTGGACAACCCATTCCT	108004

CU392848.5	1851	TACCTTCTCTTGAAATGCACAGAAAATGGAAGAAGGAATGACTGTGTGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	108005	TACCTTCTCTTGAAATGCACAGAAAATGGAAGAAGGAATGACTGTGTGTG	108054

CU392848.5	1901	GAGAAGTACAGTCTTTTCTTACATGTTTTGATAGACAAGGATCAAAGTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	108055	GAGAAGTACAGTCTTTTCTTACATGTTTTGATAGACAAGGATCAAAGTTG	108104

CU392848.5	1951	TCTAGGAAAAAAAGGTACCAGATGACCCATGTGGTTTTAAACTATGCAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424489.10	108105	TCTAGGAAAAAAAGGTACCAGATGACCCATGTGGTTTTAAACTATGCAGA	108154

Overview

Query
CU392848.5 - 160585 bps
Hit
CU424489.10 - 108154 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link