<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU368751.6	1	GAATTCTTTGTGGATACTTCACTATAGGAACTTAATTTGAATTAACAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30378	GAATTCTTTGTGGATACTTCACTATAGGAACTTAATTTGAATTAACAAAC	30427

CU368751.6	51	AAAGCTATTTGTACCAGAAGCATTATGTTGAAGAGAGTTGAGTTATTTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30428	AAAGCTATTTGTACCAGAAGCATTATGTTGAAGAGAGTTGAGTTATTTAA	30477

CU368751.6	101	AAATAAAAGATGTATGCCATATACCCAATCGAAACAGAAACTAAATCTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30478	AAATAAAAGATGTATGCCATATACCCAATCGAAACAGAAACTAAATCTTG	30527

CU368751.6	151	GGGCTAAAGAGGTGAGGTTAAGAGCACAGGGTGCTCATGCAGAGAACTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30528	GGGCTAAAGAGGTGAGGTTAAGAGCACAGGGTGCTCATGCAGAGAACTCA	30577

CU368751.6	201	GGTTTGTTTTCCTCACAAGCATCTGTAACTCCAGCTCTAGGGAGTCTGGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30578	GGTTTGTTTTCCTCACAAGCATCTGTAACTCCAGCTCTAGGGAGTCTGGT	30627

CU368751.6	251	GCCTTCTTACAGTCTTCAAGGACACCAGGCATGTACATGGTATACAGACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30628	GCCTTCTTACAGTCTTCAAGGACACCAGGCATGTACATGGTATACAGACA	30677

CU368751.6	301	TACAAAATGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30678	TACAAAATGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATA	30727

CU368751.6	351	TATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30728	TATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	30777

CU368751.6	401	TGTATGTATATGTATATATACACATATATAGAAACTGAATATATATACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30778	TGTATGTATATGTATATATACACATATATAGAAACTGAATATATATACAT	30827

CU368751.6	451	TATGTATGTATATATGTATATGTTATATATACATAATAAAAATATGAATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30828	TATGTATGTATATATGTATATGTTATATATACATAATAAAAATATGAATC	30877

CU368751.6	501	TATTAATCTTAAGTCTAGTTGTTAAAATTACATATAAAACAAAAATAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30878	TATTAATCTTAAGTCTAGTTGTTAAAATTACATATAAAACAAAAATAATA	30927

CU368751.6	551	AAAATTTTAAGAGTCTTAAAAGTAGAAAATGAATCTTGAATGTATGGGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30928	AAAATTTTAAGAGTCTTAAAAGTAGAAAATGAATCTTGAATGTATGGGCC	30977

CU368751.6	601	ACCTGTTTTAGCCAAATGGTATGTTACCTTCAAGTGGATAAATTTCAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	30978	ACCTGTTTTAGCCAAATGGTATGTTACCTTCAAGTGGATAAATTTCAGGA	31027

CU368751.6	651	TGGGGAACAGCTATCAAACCGCAGCAAACAAATTACACAGCTGAGAAAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31028	TGGGGAACAGCTATCAAACCGCAGCAAACAAATTACACAGCTGAGAAAAG	31077

CU368751.6	701	TGTGCACAGAATTGGCATTTCCAAATGAGCATTCTGAAAGTTTAGAAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31078	TGTGCACAGAATTGGCATTTCCAAATGAGCATTCTGAAAGTTTAGAAAAT	31127

CU368751.6	751	GCTTTAACATATGGACCAATTTAATTTAGACTTTAGAATTCTGAAAATGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31128	GCTTTAACATATGGACCAATTTAATTTAGACTTTAGAATTCTGAAAATGC	31177

CU368751.6	801	CAAAAGCTCATTCACAAGATTTACAAGTTATAAATGCTTATCACTTAGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31178	CAAAAGCTCATTCACAAGATTTACAAGTTATAAATGCTTATCACTTAGAA	31227

CU368751.6	851	GTTATTTTAAAAAAAATATTTATTTTGCGTTACACTTGAGAGACCAAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31228	GTTATTTTAAAAAAAATATTTATTTTGCGTTACACTTGAGAGACCAAATC	31277

CU368751.6	901	TGTTCTATCTTGGGACCAGCCTCCATCTTAAAGAAAGAGAGAGAGAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31278	TGTTCTATCTTGGGACCAGCCTCCATCTTAAAGAAAGAGAGAGAGAAAAA	31327

CU368751.6	951	AAAAGCCTAAAAAATAGACCCACAGCTGAACCCAAGCTACACCCAAGTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31328	AAAAGCCTAAAAAATAGACCCACAGCTGAACCCAAGCTACACCCAAGTAC	31377

CU368751.6	1001	CAGGAAGATCCCATGGCTTGTTCTTGGTCAGAGTTACTCCATGGCTACTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31378	CAGGAAGATCCCATGGCTTGTTCTTGGTCAGAGTTACTCCATGGCTACTT	31427

CU368751.6	1051	CCTAACAACAGTTAAAGATTCGTCTGATTGTTTCAGATGCATTGATTGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31428	CCTAACAACAGTTAAAGATTCGTCTGATTGTTTCAGATGCATTGATTGTA	31477

CU368751.6	1101	TACAGTCTCTCTTTGTTTGGAGCACCAACCTGTCAGCTCACACTGGACAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31478	TACAGTCTCTCTTTGTTTGGAGCACCAACCTGTCAGCTCACACTGGACAT	31527

CU368751.6	1151	TCAGTTAGATGCTTGCCAGGCTGGCCACCCCTCACTTACACCCATTCCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31528	TCAGTTAGATGCTTGCCAGGCTGGCCACCCCTCACTTACACCCATTCCCT	31577

CU368751.6	1201	ATAAAACCTAGTCCTGTTGAGGGTTCTAGGCTGCTCTGCCTTCCCATCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31578	ATAAAACCTAGTCCTGTTGAGGGTTCTAGGCTGCTCTGCCTTCCCATCCT	31627

CU368751.6	1251	TCTGGGTCAGGGTTAGGATGGAGGAGAGCCCAAGCCGGAGCTCCTTGGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31628	TCTGGGTCAGGGTTAGGATGGAGGAGAGCCCAAGCCGGAGCTCCTTGGAG	31677

CU368751.6	1301	GTCCCTTGGGGTTCAGTGCAGCACACTGAAGCTGCAAATATAAAAAACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31678	GTCCCTTGGGGTTCAGTGCAGCACACTGAAGCTGCAAATATAAAAAACAA	31727

CU368751.6	1351	AACAAAAACAAAAACAAAAAAGTATAGTTCCACAGAACAACTTCTTACCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31728	AACAAAAACAAAAACAAAAAAGTATAGTTCCACAGAACAACTTCTTACCT	31777

CU368751.6	1401	TAGAAAATTTAACTTGGGACACTTTGGTGAATAATGTTCTTTGTGACCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31778	TAGAAAATTTAACTTGGGACACTTTGGTGAATAATGTTCTTTGTGACCAT	31827

CU368751.6	1451	CCTTTTAAACCACATACAAACAGGACAATACTCTATGTATTTAAGAACAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31828	CCTTTTAAACCACATACAAACAGGACAATACTCTATGTATTTAAGAACAA	31877

CU368751.6	1501	TACAAATAAATTTTGTTTAATTATACTATTTTAAGAATAATGTTTTATTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31878	TACAAATAAATTTTGTTTAATTATACTATTTTAAGAATAATGTTTTATTA	31927

CU368751.6	1551	TGAAAAGTGCACAGTCTTTAGACTATTTCTCCTTCCAGTCATGTAAATTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31928	TGAAAAGTGCACAGTCTTTAGACTATTTCTCCTTCCAGTCATGTAAATTT	31977

CU368751.6	1601	AGAAGCAAATTCTTGATTATTATAAAGATTCCATTGCATTCCTAATAATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	31978	AGAAGCAAATTCTTGATTATTATAAAGATTCCATTGCATTCCTAATAATG	32027

CU368751.6	1651	TGGAATTCAGAATAAATTAATCATGATTAATTTACATTCATTATTTCATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32028	TGGAATTCAGAATAAATTAATCATGATTAATTTACATTCATTATTTCATT	32077

CU368751.6	1701	GCTTATTTAATCAATACATTCAATCTAATAGATTGCCTTTAGAAGGGCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32078	GCTTATTTAATCAATACATTCAATCTAATAGATTGCCTTTAGAAGGGCTA	32127

CU368751.6	1751	AATATTTTTAATTAAAAATAAAAACGTTTGGAGGGCTCCTGGTTGTGTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32128	AATATTTTTAATTAAAAATAAAAACGTTTGGAGGGCTCCTGGTTGTGTAT	32177

CU368751.6	1801	TCAGTAACTTTATTACTGCATGCCCAAAGCCCTGGATTTAAAAGCAAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32178	TCAGTAACTTTATTACTGCATGCCCAAAGCCCTGGATTTAAAAGCAAACA	32227

CU368751.6	1851	AGAAAATTTTTTTTCTTTGAACAAAATGGTTAAAAACAGGTGTTTCTCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32228	AGAAAATTTTTTTTCTTTGAACAAAATGGTTAAAAACAGGTGTTTCTCTT	32277

CU368751.6	1901	ATGTAAAAATATTTGGAGTTATGGCACAGGATATTTAAAGAGAGACTACG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32278	ATGTAAAAATATTTGGAGTTATGGCACAGGATATTTAAAGAGAGACTACG	32327

CU368751.6	1951	TGGTTGGGATAACAAATTCTTATAACTAAATCCAAAACCACCTCCTATAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424488.5	32328	TGGTTGGGATAACAAATTCTTATAACTAAATCCAAAACCACCTCCTATAG	32377

Overview

Query
CU368751.6 - 144261 bps
Hit
CU424488.5 - 32377 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link