<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU392839.9	1	GAATTCAAACCTGGGAACCCACTGGGCAGAAGTGGAGGACCAGTTCTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211499	GAATTCAAACCTGGGAACCCACTGGGCAGAAGTGGAGGACCAGTTCTTGC	211548

CU392839.9	51	AAGTCGTCATGCATGGATGGGGCATGTGTGCCCACCCCACCACGGATAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211549	AAGTCGTCATGCATGGATGGGGCATGTGTGCCCACCCCACCACGGATAAA	211598

CU392839.9	101	TAAATGAGTGATTAAAAATTAAAAATAAGCTGGGCGTGGTGGCGCACGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211599	TAAATGAGTGATTAAAAATTAAAAATAAGCTGGGCGTGGTGGCGCACGCC	211648

CU392839.9	151	TTTAATCCCAGCACTCGGGAGACAGAGGCAGAGGCAGGCGGATCTCTAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211649	TTTAATCCCAGCACTCGGGAGACAGAGGCAGAGGCAGGCGGATCTCTAAG	211698

CU392839.9	201	TTTGAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGGCAGCCAGGGCCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211699	TTTGAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGGCAGCCAGGGCCAC	211748

CU392839.9	251	ACAGAGAAACCCTGTCTCGTAAAAAACAAAAACAGAACAAAAAAAATTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211749	ACAGAGAAACCCTGTCTCGTAAAAAACAAAAACAGAACAAAAAAAATTAA	211798

CU392839.9	301	AAATAAAATCCCCAGAGGGATTTTTTTTCTGGTAGAAGGAAGCTTGCTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211799	AAATAAAATCCCCAGAGGGATTTTTTTTCTGGTAGAAGGAAGCTTGCTTC	211848

CU392839.9	351	TCCCTGGCACCTAAGTGTTATTTTTCTTCATAAGTTTCTTGCAAACTAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211849	TCCCTGGCACCTAAGTGTTATTTTTCTTCATAAGTTTCTTGCAAACTAGA	211898

CU392839.9	401	GAAGATGGGGTGTGGGGTATGGGGTTGTGGGCATGGACTCTATTTTATTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211899	GAAGATGGGGTGTGGGGTATGGGGTTGTGGGCATGGACTCTATTTTATTG	211948

CU392839.9	451	TTACCCAGAGAAAGGGCACAGAGGAGAATAAGTCTTGAGCTGTTCTAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211949	TTACCCAGAGAAAGGGCACAGAGGAGAATAAGTCTTGAGCTGTTCTAGAA	211998

CU392839.9	501	CCAAGTACTAAGACTTGACTCTCATGCCTCCAGCAACCCAGGGAGGGAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	211999	CCAAGTACTAAGACTTGACTCTCATGCCTCCAGCAACCCAGGGAGGGAGG	212048

CU392839.9	551	GGTCATAAATTGTTTTTGTGAGTCAAGGAAATAAACTTAGGTATGCTGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212049	GGTCATAAATTGTTTTTGTGAGTCAAGGAAATAAACTTAGGTATGCTGAA	212098

CU392839.9	601	ACATGTGTTCCAGGTCATACGGGGACTTGGGGCGTCTGGTTCTCTGATTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212099	ACATGTGTTCCAGGTCATACGGGGACTTGGGGCGTCTGGTTCTCTGATTG	212148

CU392839.9	651	TCCCACGTTTCCTTCTTTTTACTCAAATAGTATATTGCCTATAGCTTCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212149	TCCCACGTTTCCTTCTTTTTACTCAAATAGTATATTGCCTATAGCTTCTG	212198

CU392839.9	701	ATGGTGGCAGAAGGGTAAAGTCTTTTCACTCCACCCAGGAGGCCCACAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212199	ATGGTGGCAGAAGGGTAAAGTCTTTTCACTCCACCCAGGAGGCCCACAGG	212248

CU392839.9	751	GTGGGGTGGGGGGGAACTCATTATCTAATTGTTGAGTTACTTTCAAGATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212249	GTGGGGTGGGGGGGAACTCATTATCTAATTGTTGAGTTACTTTCAAGATA	212298

CU392839.9	801	TTTGTTAAGCATCTATTTTGTGTGAAACCTCGTGCTATGGGCAATATAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212299	TTTGTTAAGCATCTATTTTGTGTGAAACCTCGTGCTATGGGCAATATAAT	212348

CU392839.9	851	ATAAGCTTCTGTCTTTGAGGCTCTGATTATTTATATATGTATTTATTTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212349	ATAAGCTTCTGTCTTTGAGGCTCTGATTATTTATATATGTATTTATTTAG	212398

CU392839.9	901	TTAGTTAGTTAGAAAGAAGGACGTTGTTTGAGACTGTGAGAGGGGTACTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212399	TTAGTTAGTTAGAAAGAAGGACGTTGTTTGAGACTGTGAGAGGGGTACTT	212448

CU392839.9	951	TCTTGTGTGCCCGTTTATAATGGCACCAATTACACAATCAGAGCATGTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212449	TCTTGTGTGCCCGTTTATAATGGCACCAATTACACAATCAGAGCATGTGA	212498

CU392839.9	1001	TGATGTCATCAGAATCAGTGTATTCTCCTTCTCCCTCATGGCCTGTCCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212499	TGATGTCATCAGAATCAGTGTATTCTCCTTCTCCCTCATGGCCTGTCCTC	212548

CU392839.9	1051	AGCACTGAAAGTCTCATCTTTGGTTTCCCTGGACTTGGTGGTAGCTCAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212549	AGCACTGAAAGTCTCATCTTTGGTTTCCCTGGACTTGGTGGTAGCTCAGA	212598

CU392839.9	1101	TCTTTAATTTCAGCATTCAGGAGGCAGAAACAGGTGGACCTCTGAGTTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212599	TCTTTAATTTCAGCATTCAGGAGGCAGAAACAGGTGGACCTCTGAGTTCA	212648

CU392839.9	1151	AGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACATCTAGGGCTACATAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212649	AGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACATCTAGGGCTACATAG	212698

CU392839.9	1201	AGAAACCTTGTTTCAAAAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212699	AGAAACCTTGTTTCAAAAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAAC	212748

CU392839.9	1251	CCAACCCAACCCAACCCAACCCAATCCAAAACCAAGCCAAATAACAAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212749	CCAACCCAACCCAACCCAACCCAATCCAAAACCAAGCCAAATAACAAACA	212798

CU392839.9	1301	AAAGCAACCCCCCCCAAAAACAATAGTAACAACAACAACAACAACAACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212799	AAAGCAACCCCCCCCAAAAACAATAGTAACAACAACAACAACAACAACAA	212848

CU392839.9	1351	CAACAACAACAACAATCAAGGAGTCTTTAGTAATGCTAGGAACTTTGCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212849	CAACAACAACAACAATCAAGGAGTCTTTAGTAATGCTAGGAACTTTGCTT	212898

CU392839.9	1401	CATAACAGCCAGGGCCAAGTGATCCGGAGGAAGTGGCTTACACTATGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212899	CATAACAGCCAGGGCCAAGTGATCCGGAGGAAGTGGCTTACACTATGTGA	212948

CU392839.9	1451	CAATAAGAACATACCATATCTGTACCTCCATTTGGTTTTCATATGTACTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212949	CAATAAGAACATACCATATCTGTACCTCCATTTGGTTTTCATATGTACTG	212998

CU392839.9	1501	ATGAGGTGATTTGGCTGTAGCCTGATTGTTTCTGAGTTCCCCACCTTCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	212999	ATGAGGTGATTTGGCTGTAGCCTGATTGTTTCTGAGTTCCCCACCTTCAC	213048

CU392839.9	1551	GAGTGGAAACCTAACCTTCAGTATGATGGCATCAGGAGATGGCATCTTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213049	GAGTGGAAACCTAACCTTCAGTATGATGGCATCAGGAGATGGCATCTTTG	213098

CU392839.9	1601	GGAGGTGACTTGGTTATGAGGCTGAAGTGCTTGTGAATGGGATTAGTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213099	GGAGGTGACTTGGTTATGAGGCTGAAGTGCTTGTGAATGGGATTAGTGCA	213148

CU392839.9	1651	CTTATAAAACAGATTCTGGTCACTTACTGTCATCTGATGTCATGCCCCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213149	CTTATAAAACAGATTCTGGTCACTTACTGTCATCTGATGTCATGCCCCAA	213198

CU392839.9	1701	ACTGTGGCTTTCTGTGAACCAGGATGCTGTCCTCACTGAACGACTTGGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213199	ACTGTGGCTTTCTGTGAACCAGGATGCTGTCCTCACTGAACGACTTGGCT	213248

CU392839.9	1751	TGGCCTAGAGCTGCGAGAGATACATTTCTTGTGTGTAGAGGTCATACAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213249	TGGCCTAGAGCTGCGAGAGATACATTTCTTGTGTGTAGAGGTCATACAGT	213298

CU392839.9	1801	CCTGATGTCTTGTCTTAGCAGTTTAAGATGATTTACTTCCTAGCCTAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213299	CCTGATGTCTTGTCTTAGCAGTTTAAGATGATTTACTTCCTAGCCTAATC	213348

CU392839.9	1851	TACAGACAGGAAACCAGGAATGGGGAAGTTGTCAGTCCCCTCTACATCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213349	TACAGACAGGAAACCAGGAATGGGGAAGTTGTCAGTCCCCTCTACATCAG	213398

CU392839.9	1901	GGTCTTGGGGAAGCCCAATAGCAGGATAGACCCCAGGGAGAGCCTGATGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213399	GGTCTTGGGGAAGCCCAATAGCAGGATAGACCCCAGGGAGAGCCTGATGG	213448

CU392839.9	1951	ACTCCTGGGAATGAGGTTGGAGGTACCCTGACCAGTTCCTGGAAAGGAAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424437.12	213449	ACTCCTGGGAATGAGGTTGGAGGTACCCTGACCAGTTCCTGGAAAGGAAG	213498

Overview

Query
CU392839.9 - 219942 bps
Hit
CU424437.12 - 213498 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link