<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR933817.15	218726	GAATTCAATCTCAATTGTCACTGCCCTTGTCATCACAAAATGGAGTCCTG	218677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101345	GAATTCAATCTCAATTGTCACTGCCCTTGTCATCACAAAATGGAGTCCTG	101394

C  CR933817.15	218676	TGCTAGGACAGTGGTAGGTACCAGCCACAGGCAATTGAACTCTGAAAGAG	218627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101395	TGCTAGGACAGTGGTAGGTACCAGCCACAGGCAATTGAACTCTGAAAGAG	101444

C  CR933817.15	218626	GGAGAAGCATAAACCAGTTAAAACCAGTACTATTCACCTGTTGTGTGCAG	218577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101445	GGAGAAGCATAAACCAGTTAAAACCAGTACTATTCACCTGTTGTGTGCAG	101494

C  CR933817.15	218576	ACCCAGTGCAGAGCTCAGGATACAGCAGACTTCAGGTAGCAAGCTCTGAG	218527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101495	ACCCAGTGCAGAGCTCAGGATACAGCAGACTTCAGGTAGCAAGCTCTGAG	101544

C  CR933817.15	218526	TTTTGTTCCTCTGCTGTCTATGTAGATCCATACTTAGTCATTTATCCTCT	218477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101545	TTTTGTTCCTCTGCTGTCTATGTAGATCCATACTTAGTCATTTATCCTCT	101594

C  CR933817.15	218476	TAATCTGTTTCCACATCTGTACATAGGGTTAATGACAACACCATCTTAGA	218427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101595	TAATCTGTTTCCACATCTGTACATAGGGTTAATGACAACACCATCTTAGA	101644

C  CR933817.15	218426	GAACTGTGAGTAATGAGTGATCTAATGCAAACCTTTATGTAACACATAGT	218377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101645	GAACTGTGAGTAATGAGTGATCTAATGCAAACCTTTATGTAACACATAGT	101694

C  CR933817.15	218376	TATGCGAGCAGTAAGCTCTTCCTGTGATGATGATGATGATGATGATTGAT	218327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101695	TATGCGAGCAGTAAGCTCTTCCTGTGATGATGATGATGATGATGATTGAT	101744

C  CR933817.15	218326	GATGATGTATTGAAGGTGGTGGTGGTGATTGATGGTGATGATGAAACAGG	218277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101745	GATGATGTATTGAAGGTGGTGGTGGTGATTGATGGTGATGATGAAACAGG	101794

C  CR933817.15	218276	GGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACATG	218227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101795	GGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACATG	101844

C  CR933817.15	218226	AACATGTGAGTGTTATGTTTGGGGAATAAACCTAAGACTTATGCACAGTA	218177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101845	AACATGTGAGTGTTATGTTTGGGGAATAAACCTAAGACTTATGCACAGTA	101894

C  CR933817.15	218176	GACAAGGGCTCAAACAACCACGTACATTTTCAGTTTTTAGTGTTTATATT	218127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101895	GACAAGGGCTCAAACAACCACGTACATTTTCAGTTTTTAGTGTTTATATT	101944

C  CR933817.15	218126	CTTAAAGTGTATATATATTTTCTAATAATGAGAGTCTATCTGATGATAAT	218077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101945	CTTAAAGTGTATATATATTTTCTAATAATGAGAGTCTATCTGATGATAAT	101994

C  CR933817.15	218076	AGTGGTAAATCCTTGGCCCCCAAACAATGCTTTATCAAGGTCTTCAGTTA	218027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	101995	AGTGGTAAATCCTTGGCCCCCAAACAATGCTTTATCAAGGTCTTCAGTTA	102044

C  CR933817.15	218026	TTTTCTCAACAGTTTCTGTTTGGCGACTGTTGGGTAGACAAGTGCCAGTT	217977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102045	TTTTCTCAACAGTTTCTGTTTGGCGACTGTTGGGTAGACAAGTGCCAGTT	102094

C  CR933817.15	217976	TCTGTGGGAGGAAATGAAAAGTGACAGTTTCTTTAGCTGAGACAGTGACT	217927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102095	TCTGTGGGAGGAAATGAAAAGTGACAGTTTCTTTAGCTGAGACAGTGACT	102144

C  CR933817.15	217926	GTGACGGTATTGAAGGAGGGTAACAGGTTGTGGAAGATACCATGGTTGTA	217877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102145	GTGACGGTATTGAAGGAGGGTAACAGGTTGTGGAAGATACCATGGTTGTA	102194

C  CR933817.15	217876	TATTTACTCAGTCATTATTTGTGAGACCATACTTCTTGGAGGACAGGACT	217827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102195	TATTTACTCAGTCATTATTTGTGAGACCATACTTCTTGGAGGACAGGACT	102244

C  CR933817.15	217826	GCTGTATACATCATTATGTTCTCAGCTTCAGGGGGTTCTTGGCACACAAT	217777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102245	GCTGTATACATCATTATGTTCTCAGCTTCAGGGGGTTCTTGGCACACAAT	102294

C  CR933817.15	217776	GGTTGTGAAGCAGGAGTGAAGAAAGTACAGAAATAAGGTGAATCTAAGGA	217727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102295	GGTTGTGAAGCAGGAGTGAAGAAAGTACAGAAATAAGGTGAATCTAAGGA	102344

C  CR933817.15	217726	CGGGAGAACCCAAGTGAAATGAGGGGAAGGATGCTCTGTATACTAGGAAT	217677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102345	CGGGAGAACCCAAGTGAAATGAGGGGAAGGATGCTCTGTATACTAGGAAT	102394

C  CR933817.15	217676	AAACTAATCAGCAGAAAAACCACATTTCAGATGATGAACGAAGTTGAGCA	217627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102395	AAACTAATCAGCAGAAAAACCACATTTCAGATGATGAACGAAGTTGAGCA	102444

C  CR933817.15	217626	CAGGCTCTTTAGATGAAATAAAGGACTCAGGTCAGCACGGTTGAACTGGT	217577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102445	CAGGCTCTTTAGATGAAATAAAGGACTCAGGTCAGCACGGTTGAACTGGT	102494

C  CR933817.15	217576	AATGGCGTGCTGGTTGTGGAAGACTAGGTCCTACCTTAATCATGGGGATG	217527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102495	AATGGCGTGCTGGTTGTGGAAGACTAGGTCCTACCTTAATCATGGGGATG	102544

C  CR933817.15	217526	TATAGTGAAATTACTGTGGATGAAATCATATGATATCTTGGCCATATAAT	217477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102545	TATAGTGAAATTACTGTGGATGAAATCATATGATATCTTGGCCATATAAT	102594

C  CR933817.15	217476	ACAGTGAAAGATATACTGTTATAATACTGTGACAGTGTTGACAAAGAATA	217427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102595	ACAGTGAAAGATATACTGTTATAATACTGTGACAGTGTTGACAAAGAATA	102644

C  CR933817.15	217426	AACATAGTTGAAACAAATTGGAAGTGATTGATGGATCTGAGTAACTGGAC	217377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102645	AACATAGTTGAAACAAATTGGAAGTGATTGATGGATCTGAGTAACTGGAC	102694

C  CR933817.15	217376	AGGGAAGTACTTGTGGTCTCCTGTTTTATAAATTTTTGGAAGAAGATCCC	217327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102695	AGGGAAGTACTTGTGGTCTCCTGTTTTATAAATTTTTGGAAGAAGATCCC	102744

C  CR933817.15	217326	TATTTTTATTACCTCAAATTCTTATTTTAGTCTTGGCCTAGTCTCTTGCA	217277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102745	TATTTTTATTACCTCAAATTCTTATTTTAGTCTTGGCCTAGTCTCTTGCA	102794

C  CR933817.15	217276	TTGGCAAAGGAAGGAGACGTTACAGTCGAGACTTGGGGTTGGTATCTGTG	217227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102795	TTGGCAAAGGAAGGAGACGTTACAGTCGAGACTTGGGGTTGGTATCTGTG	102844

C  CR933817.15	217226	GGGATCTCTTATGGAAAGTGGACTGGGAAAAACCAGGCTCTGCCACACAA	217177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102845	GGGATCTCTTATGGAAAGTGGACTGGGAAAAACCAGGCTCTGCCACACAA	102894

C  CR933817.15	217176	AGCTCACTCACCGATATAGGTTTCTATCTTTGTCAACCACCTCAGTAGCC	217127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102895	AGCTCACTCACCGATATAGGTTTCTATCTTTGTCAACCACCTCAGTAGCC	102944

C  CR933817.15	217126	ACAGGTCCTGTAGGGCCCCAGAAGATAACATAAGTCCCCAAAGGTTCCAT	217077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102945	ACAGGTCCTGTAGGGCCCCAGAAGATAACATAAGTCCCCAAAGGTTCCAT	102994

C  CR933817.15	217076	TTGTCTGTCTCCTGGAGAGACAGGAGAGCATGGATGAAAAGTCTTTAATG	217027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	102995	TTGTCTGTCTCCTGGAGAGACAGGAGAGCATGGATGAAAAGTCTTTAATG	103044

C  CR933817.15	217026	ATACAAATTATGAGCACCACTCCTGTAGAACAAGCCAGGCAGTGGTCACT	216977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103045	ATACAAATTATGAGCACCACTCCTGTAGAACAAGCCAGGCAGTGGTCACT	103094

C  CR933817.15	216976	CTGTGTTGTCCAGCCTTGTCTTCCCTGACTTCCCCAGTAATGTACCATGG	216927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103095	CTGTGTTGTCCAGCCTTGTCTTCCCTGACTTCCCCAGTAATGTACCATGG	103144

C  CR933817.15	216926	CTGAACCCTTTTCTAGATTGACCACTTAGGCCTTATCAGGAAGTGAATCT	216877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103145	CTGAACCCTTTTCTAGATTGACCACTTAGGCCTTATCAGGAAGTGAATCT	103194

C  CR933817.15	216876	TCAGTCTGTATCACTGGTCCTCGGACAACCTGCATATATACGTGTGTGTG	216827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103195	TCAGTCTGTATCACTGGTCCTCGGACAACCTGCATATATACGTGTGTGTG	103244

C  CR933817.15	216826	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCCATTTTGTTTTATTTTCTT	216777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103245	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCCATTTTGTTTTATTTTCTT	103294

C  CR933817.15	216776	TACATTGTGCTTTTTTGAGCAGCCATACCACCATAATATCTGCTCCCAAG	216727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU424436.8	103295	TACATTGTGCTTTTTTGAGCAGCCATACCACCATAATATCTGCTCCCAAG	103344

Overview

Query
CR933817.15 - 218726 bps
Hit
CU424436.8 - 103344 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000216727218726-11013451033441
Short-link