<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT954251.5	1	AAGCTTCAAACTCACTCTATAAATAGAGACCTGCACAACAAAGAAAGAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111156	AAGCTTCAAACTCACTCTATAAATAGAGACCTGCACAACAAAGAAAGAAC	111205

CT954251.5	51	ACGAAAAAAGAGAGGAAGAACACGGCAGAACCGCAACAACAACAACGGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111206	ACGAAAAAAGAGAGGAAGAACACGGCAGAACCGCAACAACAACAACGGCA	111255

CT954251.5	101	TCGCACAAACACCCACACACGGCATCGCAACACGGCAGAACCGCAACAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111256	TCGCACAAACACCCACACACGGCATCGCAACACGGCAGAACCGCAACAAC	111305

CT954251.5	151	AACAACGGCATCGCACAAACACCCACACACGGCATCGCAACACGGCACGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111306	AACAACGGCATCGCACAAACACCCACACACGGCATCGCAACACGGCACGG	111355

CT954251.5	201	TAACACAACAAACACACGCACAGGCGCGCAACACAAGCACGCACGCGCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111356	TAACACAACAAACACACGCACAGGCGCGCAACACAAGCACGCACGCGCAC	111405

CT954251.5	251	AACTCAACGTGAACACAGAACACGGCAACGCACACACAAAAGGAAATCGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111406	AACTCAACGTGAACACAGAACACGGCAACGCACACACAAAAGGAAATCGC	111455

CT954251.5	301	GAACCAACACCATAACAAAACCGGAACCACAAGAAACAAAAAGGTATAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111456	GAACCAACACCATAACAAAACCGGAACCACAAGAAACAAAAAGGTATAAA	111505

CT954251.5	351	TCTCTTTCTTTTTTAGATCTAGACGTTTAGGTAAAGGTTTTGAGAATTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111506	TCTCTTTCTTTTTTAGATCTAGACGTTTAGGTAAAGGTTTTGAGAATTTG	111555

CT954251.5	401	AAGGTTAGAAGTGAGCAGAGGGAGAGAAGTAGAAGAGAAAGAGCAAAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111556	AAGGTTAGAAGTGAGCAGAGGGAGAGAAGTAGAAGAGAAAGAGCAAAAAA	111605

CT954251.5	451	AAATTAAAAAAATAAAGCTGTTAGGGTTCCGGCGCGGTGGCGCCGCCGCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111606	AAATTAAAAAAATAAAGCTGTTAGGGTTCCGGCGCGGTGGCGCCGCCGCA	111655

CT954251.5	501	CTGGCCGGCCAACCACCGCCGGAACCCCCATCCCCTTCGCCGGAGAAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111656	CTGGCCGGCCAACCACCGCCGGAACCCCCATCCCCTTCGCCGGAGAAGAA	111705

CT954251.5	551	GAGAGCTAGAGAGAGAACAGAGAAGAAGAGAGAGACCGGTGAGGAAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111706	GAGAGCTAGAGAGAGAACAGAGAAGAAGAGAGAGACCGGTGAGGAAGAGA	111755

CT954251.5	601	GAGAAAGAAAAAGAAAAATGAAAGAAAAAGGGCCCAACAGCCCTTATATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111756	GAGAAAGAAAAAGAAAAATGAAAGAAAAAGGGCCCAACAGCCCTTATATA	111805

CT954251.5	651	TCCCCCAAACGGGTCAACCCATGACCCATGACCCGCGACCCGGTTCGTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111806	TCCCCCAAACGGGTCAACCCATGACCCATGACCCGCGACCCGGTTCGTTT	111855

CT954251.5	701	TCCTTAAGCCCAGTTCCTTTTTTTGCTTTCTGCACACCCCTGTTTACTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111856	TCCTTAAGCCCAGTTCCTTTTTTTGCTTTCTGCACACCCCTGTTTACTAC	111905

CT954251.5	751	TGCACCCCACCTTGTGTTTGGACCATTTTTTTATTTTTTTTTCTTATTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111906	TGCACCCCACCTTGTGTTTGGACCATTTTTTTATTTTTTTTTCTTATTCC	111955

CT954251.5	801	TTTTCGTATTTGTTTATTTATTTTTTAGCATTTTAATTTTTATTGCAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	111956	TTTTCGTATTTGTTTATTTATTTTTTAGCATTTTAATTTTTATTGCAGAT	112005

CT954251.5	851	CTTAGAATGTAAATAGGTTTTTTATGTAATAGTCATAGATTTTATATTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112006	CTTAGAATGTAAATAGGTTTTTTATGTAATAGTCATAGATTTTATATTTC	112055

CT954251.5	901	TAACTTAGGGTAGCCGCGTTTTTATTCTTTATGCTCCGTTAGTTTAGCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112056	TAACTTAGGGTAGCCGCGTTTTTATTCTTTATGCTCCGTTAGTTTAGCAA	112105

CT954251.5	951	TTATTCAAAAAACAACAAAAACATGCAAATAACCAAAAAAAATCACAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112106	TTATTCAAAAAACAACAAAAACATGCAAATAACCAAAAAAAATCACAAAA	112155

CT954251.5	1001	AGTATTTTTTATAATAAACCTTGATCCTAAATCAAGTGATCGTCCTTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112156	AGTATTTTTTATAATAAACCTTGATCCTAAATCAAGTGATCGTCCTTTTT	112205

CT954251.5	1051	ATTTTATTTTCTTAATCAAACTTCAATCAATCTAATCATCTTTGAGTCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112206	ATTTTATTTTCTTAATCAAACTTCAATCAATCTAATCATCTTTGAGTCCT	112255

CT954251.5	1101	TTTTCTTTAAAAAACACAAACAAGCTTATTTTGCCACTTGGCTTTTATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112256	TTTTCTTTAAAAAACACAAACAAGCTTATTTTGCCACTTGGCTTTTATTT	112305

CT954251.5	1151	TTAAAACCTTTTTCAAAACTAATAAAAAACACACAACCAATCAAACGTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112306	TTAAAACCTTTTTCAAAACTAATAAAAAACACACAACCAATCAAACGTCA	112355

CT954251.5	1201	ATTTCTACCCCGAACTACGAGGTTTTGATCCTTCACGGGTACGTAGGCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112356	ATTTCTACCCCGAACTACGAGGTTTTGATCCTTCACGGGTACGTAGGCAG	112405

CT954251.5	1251	AGGACCATGTCCTTTCAAACAATAAAAAATGTAGATAAATTAGGTCTCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112406	AGGACCATGTCCTTTCAAACAATAAAAAATGTAGATAAATTAGGTCTCAC	112455

CT954251.5	1301	TTTATTTTCTTTTTCATCACATTACTTCTTTCTTTTCAAAAGCAAGCAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112456	TTTATTTTCTTTTTCATCACATTACTTCTTTCTTTTCAAAAGCAAGCAAG	112505

CT954251.5	1351	TTATAGCACATTAAATTAAATAAAATCAAGAGGTTCCTGTAGAGTACTAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112506	TTATAGCACATTAAATTAAATAAAATCAAGAGGTTCCTGTAGAGTACTAC	112555

CT954251.5	1401	GGACATAAAGGGTGCTAACACCTTCCTTTTATGTAACTAACCCCCGAACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112556	GGACATAAAGGGTGCTAACACCTTCCTTTTATGTAACTAACCCCCGAACC	112605

CT954251.5	1451	CTAAATCTTTTCAAATAGGGGTAGTTTGAACTTTTTTTCCCCTTTTCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112606	CTAAATCTTTTCAAATAGGGGTAGTTTGAACTTTTTTTCCCCTTTTCTTA	112655

CT954251.5	1501	ATAAAATTAAATGTTCAGTCGTGAAATAATTAGTGAGTCAAAAGCTAATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112656	ATAAAATTAAATGTTCAGTCGTGAAATAATTAGTGAGTCAAAAGCTAATC	112705

CT954251.5	1551	AAATAGCCTTGATCTCCAAAAAATGACGCGACAGAAATGGCGACTTCACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112706	AAATAGCCTTGATCTCCAAAAAATGACGCGACAGAAATGGCGACTTCACT	112755

CT954251.5	1601	GGGGACCCCCCCTAAGAGGGTTGAGCCTAACTTGGCTTTATTTAATTCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112756	GGGGACCCCCCCTAAGAGGGTTGAGCCTAACTTGGCTTTATTTAATTCTT	112805

CT954251.5	1651	TGTGCTATAACTTGCTTAAAACAAAAACAAAAAATAAAGATGGAAATAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112806	TGTGCTATAACTTGCTTAAAACAAAAACAAAAAATAAAGATGGAAATAAT	112855

CT954251.5	1701	TGTATATATCTTTTATCTTCTCTCTTTCTTCCTTTCTTTTTAAATATGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112856	TGTATATATCTTTTATCTTCTCTCTTTCTTCCTTTCTTTTTAAATATGAG	112905

CT954251.5	1751	TAGTGGGATAAAGCCCTACACCCGGGCTTGAGAGAAACATAAGATAGGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112906	TAGTGGGATAAAGCCCTACACCCGGGCTTGAGAGAAACATAAGATAGGAA	112955

CT954251.5	1801	GGTGGTATAACCAAAGTGCCTTTCCGAGAGTCAAGTCTCGTGTTTAGGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	112956	GGTGGTATAACCAAAGTGCCTTTCCGAGAGTCAAGTCTCGTGTTTAGGTT	113005

CT954251.5	1851	CATGTGGTACAACCCCACTCAATGGAGGAATCTTGAAAGTAATCTATGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	113006	CATGTGGTACAACCCCACTCAATGGAGGAATCTTGAAAGTAATCTATGTT	113055

CT954251.5	1901	GGCATGAATAGTCGTGTTGGCGTTATATTTTCAAGTGACCGTCGAAGTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	113056	GGCATGAATAGTCGTGTTGGCGTTATATTTTCAAGTGACCGTCGAAGTTG	113105

CT954251.5	1951	AGGACCTTTAGTTACCCTTAACCCATCTTAGCCTTTCTAGGACGTAGTGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424435.4	113106	AGGACCTTTAGTTACCCTTAACCCATCTTAGCCTTTCTAGGACGTAGTGC	113155

Overview

Query
CT954251.5 - 94341 bps
Hit
CU424435.4 - 113155 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195320001200011111561131551
288.812403873424234628-184925853081
390.856519534184342795185289862281
490.47851283406634193-185478856031
581.672456183144332060-185607862281
683.1340833189831980-186015860971
789.451582423116531406-186233864691
893.611872404284043079186241864751
990.838883108031167-186500865861
1085.041183243076031083-186907872271
1188.051121832935029532-11106531108361
1288.761091692160221770-11106681108361
1399.9519992071136401571011106681127381
1495.1232412134921389-11110481110881
1595.1232412909729137-11110481110881
16100576912919711112241112921
171005769142561432411112241112921
1810057696913711112841113521
191005769141961426411112841113521
2085.3154912061977020975-11115141127381
2185.5777716352708928723-11115141131551
Short-link