<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407331.10	1	GAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109397	GAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC	109446

CU407331.10	51	TACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAACCAAACAAAACAATCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109447	TACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAACCAAACAAAACAATCT	109496

CU407331.10	101	ATTTGAGTTGTTGACTTTGACTTTAGTGAGAAAGTGCCATATGGTGCTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109497	ATTTGAGTTGTTGACTTTGACTTTAGTGAGAAAGTGCCATATGGTGCTGG	109546

CU407331.10	151	GGAGATGCCCCGTCCAGAACTGTCCGGGTGTGCCAGGTGATGCACGCTTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109547	GGAGATGCCCCGTCCAGAACTGTCCGGGTGTGCCAGGTGATGCACGCTTG	109596

CU407331.10	201	TGAGTCCAGCACTAGGGAGGCAAAGGCAGGTGGAACTCTGTGAGTTTGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109597	TGAGTCCAGCACTAGGGAGGCAAAGGCAGGTGGAACTCTGTGAGTTTGAG	109646

CU407331.10	251	GCCAGCCTGCTCTACAGAACAAGGTTAAGACAGCCAGGGCTACACAGGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109647	GCCAGCCTGCTCTACAGAACAAGGTTAAGACAGCCAGGGCTACACAGGAA	109696

CU407331.10	301	AAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109697	AAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG	109746

CU407331.10	351	AAAGAAAGAAAGAAAAAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATGCTGGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109747	AAAGAAAGAAAGAAAAAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATGCTGGTA	109796

CU407331.10	401	TGGTAGCTTGTATTTTGGATCCTAGCACTTGGGGGCCAAGAAGAGGATCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109797	TGGTAGCTTGTATTTTGGATCCTAGCACTTGGGGGCCAAGAAGAGGATCC	109846

CU407331.10	451	CTGAGGCTCGTTAGACAGCCAGTCTTGCCTAACTGATAAGCTCTAGGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109847	CTGAGGCTCGTTAGACAGCCAGTCTTGCCTAACTGATAAGCTCTAGGGCC	109896

CU407331.10	501	AAGAAGAGCTTGTGTCTCATAAGAGGCTGACAGCATTCCTGAGGATAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109897	AAGAAGAGCTTGTGTCTCATAAGAGGCTGACAGCATTCCTGAGGATAATG	109946

CU407331.10	551	TTACAGTTTATCCTCTGGCCTCTACACACCCCTATGTGTATACATACACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109947	TTACAGTTTATCCTCTGGCCTCTACACACCCCTATGTGTATACATACACA	109996

CU407331.10	601	TGTACCCTCCTCAATATGTGCACCTACACATGTGTAGGTGCACACACGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	109997	TGTACCCTCCTCAATATGTGCACCTACACATGTGTAGGTGCACACACGAA	110046

CU407331.10	651	CACACATTAAAAACTGGCTGGATGTAGTGGCTCACAATTTTAATCCCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110047	CACACATTAAAAACTGGCTGGATGTAGTGGCTCACAATTTTAATCCCAGG	110096

CU407331.10	701	AATCAGGCAGCAGAGGCAGAAAGATCTCCGAGTCTGAGGACAGCCTAGTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110097	AATCAGGCAGCAGAGGCAGAAAGATCTCCGAGTCTGAGGACAGCCTAGTC	110146

CU407331.10	751	TACATCATGGGTTTCAGGCTAGCCAGGGCTACATAGTGAGACACTGTCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110147	TACATCATGGGTTTCAGGCTAGCCAGGGCTACATAGTGAGACACTGTCTC	110196

CU407331.10	801	AAAACAAAACAAAACAAGACAACAAACAACAAAACAAAAACAAAAGCCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110197	AAAACAAAACAAAACAAGACAACAAACAACAAAACAAAAACAAAAGCCAA	110246

CU407331.10	851	GGAATGTAGGAGGTAGTTTCCAATCATTTTTTAAATGACCCTAGTTCCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110247	GGAATGTAGGAGGTAGTTTCCAATCATTTTTTAAATGACCCTAGTTCCTT	110296

CU407331.10	901	CTACTACTTTCCATTTCACTTATATTTTTGGTTGTGAGCCTGGCCTTTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110297	CTACTACTTTCCATTTCACTTATATTTTTGGTTGTGAGCCTGGCCTTTAA	110346

CU407331.10	951	CGGCTGAGCCATCTCTCCAGCTACTTTCCACTTCTCATTCCTGAGAAGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110347	CGGCTGAGCCATCTCTCCAGCTACTTTCCACTTCTCATTCCTGAGAAGTA	110396

CU407331.10	1001	GCATTCTCAGCAGCGATAGGCAGCTGCGGTCAAGCCTGACCAGCCAAGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110397	GCATTCTCAGCAGCGATAGGCAGCTGCGGTCAAGCCTGACCAGCCAAGTC	110446

CU407331.10	1051	CATCCTCTGGACTCATGAGGCTGAAGGAGAGAAGTGAGTGACCTGCTCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110447	CATCCTCTGGACTCATGAGGCTGAAGGAGAGAAGTGAGTGACCTGCTCTG	110496

CU407331.10	1101	AGTTTATCTTTTCACCTCCCTCATGGTCATCACAGCCCTGACCTCTGCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110497	AGTTTATCTTTTCACCTCCCTCATGGTCATCACAGCCCTGACCTCTGCAA	110546

CU407331.10	1151	AAGTAAATGGAAGAAAAAAAAAAACTTTAAAGTCAAAGTAGCAGGGCTAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110547	AAGTAAATGGAAGAAAAAAAAAAACTTTAAAGTCAAAGTAGCAGGGCTAC	110596

CU407331.10	1201	AGAGGTGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110597	AGAGGTGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTG	110646

CU407331.10	1251	AGTTCAAGTCCCAGCAACCATGTGGCTGTTCACAGCTCTTACTCCAGTCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110647	AGTTCAAGTCCCAGCAACCATGTGGCTGTTCACAGCTCTTACTCCAGTCC	110696

CU407331.10	1301	CAGGTCTGACACCCTCATTCAGACCGACATGCAAGCAAAACACCAACGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110697	CAGGTCTGACACCCTCATTCAGACCGACATGCAAGCAAAACACCAACGCA	110746

CU407331.10	1351	CAGAAAATATAAAAATTTACTTTAGTCTCTAATAAAGAGTAAAATTACTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110747	CAGAAAATATAAAAATTTACTTTAGTCTCTAATAAAGAGTAAAATTACTT	110796

CU407331.10	1401	GTATACCAAAAAATTGCCTTTAAATAAATTTATTACTCACTATTAGTAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110797	GTATACCAAAAAATTGCCTTTAAATAAATTTATTACTCACTATTAGTAAA	110846

CU407331.10	1451	TGTGTTTGATTTCTAATCCTATCTTCTATTTCTATATACTTGGGTCCTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110847	TGTGTTTGATTTCTAATCCTATCTTCTATTTCTATATACTTGGGTCCTGT	110896

CU407331.10	1501	TGAGACCTGCGGTTTCATGGGATCAGCCCCCCCCCCCATGTACCCACTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110897	TGAGACCTGCGGTTTCATGGGATCAGCCCCCCCCCCCATGTACCCACTCT	110946

CU407331.10	1551	ATGCTTCAGGTACCTAAACAGTAGTATTTATGGTTAGTGCTTAGGAGCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110947	ATGCTTCAGGTACCTAAACAGTAGTATTTATGGTTAGTGCTTAGGAGCCA	110996

CU407331.10	1601	TTCAGGTGTTTGGTTAATGAGGGTTTGGGGCCCTTCAGCCTTTTTCTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	110997	TTCAGGTGTTTGGTTAATGAGGGTTTGGGGCCCTTCAGCCTTTTTCTGTT	111046

CU407331.10	1651	CCCAATTCCTTCATCATATGGGAGTCTTGTTGTGGGAGTCAGGGCAACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111047	CCCAATTCCTTCATCATATGGGAGTCTTGTTGTGGGAGTCAGGGCAACTT	111096

CU407331.10	1701	GGGGTTAAGGCAGGTAATCTCTCTCAACTCAAAGAAAGCTATGTAACCAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111097	GGGGTTAAGGCAGGTAATCTCTCTCAACTCAAAGAAAGCTATGTAACCAA	111146

CU407331.10	1751	CACACCGCCTTAGAAGAAAATCGTACATTCCCACCCTGGAATGCAAGGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111147	CACACCGCCTTAGAAGAAAATCGTACATTCCCACCCTGGAATGCAAGGAA	111196

CU407331.10	1801	GAGGTCCCTCTTTGTGCTTGAAGCTTCTTCCAAACACGTCCCTGGGCCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111197	GAGGTCCCTCTTTGTGCTTGAAGCTTCTTCCAAACACGTCCCTGGGCCAC	111246

CU407331.10	1851	CACTGCTTGGATACGCTCTCCCACCTTGTGCCGTGCTGTTGTCTAGACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111247	CACTGCTTGGATACGCTCTCCCACCTTGTGCCGTGCTGTTGTCTAGACTT	111296

CU407331.10	1901	CACAAAGCAGCCAGGATTTCTGTCTTGTTTTGAGCCGGGGTCTTACTGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111297	CACAAAGCAGCCAGGATTTCTGTCTTGTTTTGAGCCGGGGTCTTACTGTA	111346

CU407331.10	1951	GCCCAGGCTGGCTTGGAGTTTACTATGTAGCCAAGGTCAGACTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407332.8	111347	GCCCAGGCTGGCTTGGAGTTTACTATGTAGCCAAGGTCAGACTTGAATTC	111396

Overview

Query
CU407331.10 - 127399 bps
Hit
CU407332.8 - 111396 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link