<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062424.8	115948	TTGTTTTGAGATTGGGTCAATGCCAAAAGAGAAATATCATACTACCACAA	115997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1	TTGTTTTGAGATTGGGTCAATGCCAAAAGAGAAATATCATACTACCACAA	50

CU062424.8	115998	TTAAGCAGCCAAGTAGAAGACAAAAGACGAAATATTTAGTGAAGAAGAAT	116047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	51	TTAAGCAGCCAAGTAGAAGACAAAAGACGAAATATTTAGTGAAGAAGAAT	100

CU062424.8	116048	GACAAATACAAGTTCCAAAAAATGTTTCTTTTGAAATTATACAAAAGTTA	116097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	101	GACAAATACAAGTTCCAAAAAATGTTTCTTTTGAAATTATACAAAAGTTA	150

CU062424.8	116098	CAAAAATATGTTAATTTTTTTTAAATTGTTAGTACAATAATTAATATTCA	116147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	151	CAAAAATATGTTAATTTTTTTTAAATTGTTAGTACAATAATTAATATTCA	200

CU062424.8	116148	ATATCTAGATTATGTAATCTTCTTCTCTTTCTAATATTTGTATTGTACAT	116197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	201	ATATCTAGATTATGTAATCTTCTTCTCTTTCTAATATTTGTATTGTACAT	250

CU062424.8	116198	TTATTTATTTGAATAAATGTACAACTATTCGCCTTGATTTTCTTTTAAAA	116247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	251	TTATTTATTTGAATAAATGTACAACTATTCGCCTTGATTTTCTTTTAAAA	300

CU062424.8	116248	TAGTCTCTTATATTTAATTAAAGTCATTTTAGAAATTTAATTTTAACTAT	116297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	301	TAGTCTCTTATATTTAATTAAAGTCATTTTAGAAATTTAATTTTAACTAT	350

CU062424.8	116298	TTTAATATTAGTTTAAACTGTAATATAAAATTGAATTAAGGTTTAAACTT	116347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	351	TTTAATATTAGTTTAAACTGTAATATAAAATTGAATTAAGGTTTAAACTT	400

CU062424.8	116348	TAAATTCAATATAAACTTTAAACTTTGAAGTCAATTTTAAACTTTGATTT	116397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	401	TAAATTCAATATAAACTTTAAACTTTGAAGTCAATTTTAAACTTTGATTT	450

CU062424.8	116398	CAATATAAACTTTAAAGTTTAAAGTTCAAAGTTTAACATTAATTCAATTG	116447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	451	CAATATAAACTTTAAAGTTTAAAGTTCAAAGTTTAACATTAATTCAATTG	500

CU062424.8	116448	GAACTTCAAAATTTACTTTAAAGTTTTTAAAGTTTTAAATTGAAGTGTTT	116497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	501	GAACTTCAAAATTTACTTTAAAGTTTTTAAAGTTTTAAATTGAAGTGTTT	550

CU062424.8	116498	TAACAATATAATATTATAAATTAATAATATAATATTATATAATATCTAAA	116547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	551	TAACAATATAATATTATAAATTAATAATATAATATTATATAATATCTAAA	600

CU062424.8	116548	GTTAATAAAAAATAAAAAAAATCATCGATACAAAATGATCCGGTAAGAAT	116597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	601	GTTAATAAAAAATAAAAAAAATCATCGATACAAAATGATCCGGTAAGAAT	650

CU062424.8	116598	CAACTTCGGTTCGGTCCAAACAGCTTCCTATCCGGTAGCTAAGGGACCGA	116647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	651	CAACTTCGGTTCGGTCCAAACAGCTTCCTATCCGGTAGCTAAGGGACCGA	700

CU062424.8	116648	GCGAAACCTTTGAAAATTTCTGGTAAAACCGATTCCGATAAATATATCGA	116697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	701	GCGAAACCTTTGAAAATTTCTGGTAAAACCGATTCCGATAAATATATCGA	750

CU062424.8	116698	ATAATGAGGATCGATTCTGGTAAAATCAATCTTCTTGATCCGCTCCTTTC	116747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	751	ATAATGAGGATCGATTCTGGTAAAATCAATCTTCTTGATCCGCTCCTTTC	800

CU062424.8	116748	CAGTTACTAGCCTTACTTGGAATCAATTTCATGCCTTGTTTCTAGAGAAC	116797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	801	CAGTTACTAGCCTTACTTGGAATCAATTTCATGCCTTGTTTCTAGAGAAC	850

CU062424.8	116798	TATGTACCTAGGACCTTGAGAGATCACAAGAAGGATGAGTTTATGACCTT	116847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	851	TATGTACCTAGGACCTTGAGAGATCACAAGAAGGATGAGTTTATGACCTT	900

CU062424.8	116848	AGAGCAAGGTGGTATGTCTGTAGCTGCTTATGATGTCAAGTTTCATGCCT	116897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	901	AGAGCAAGGTGGTATGTCTGTAGCTGCTTATGATGTCAAGTTTCATGCCT	950

CU062424.8	116898	TGTCCCGATATGCTACCTAGTTGGTCACTACTGAAGAGGGAAGGATCCAA	116947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	951	TGTCCCGATATGCTACCTAGTTGGTCACTACTGAAGAGGGAAGGATCCAA	1000

CU062424.8	116948	CTATTTATTAGAGGTTTGAATTATGAGTTGTAAGTACTGTCTGTCCACAT	116997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1001	CTATTTATTAGAGGTTTGAATTATGAGTTGTAAGTACTGTCTGTCCACAT	1050

CU062424.8	116998	GACTTCTCCCAAGAAGAATTTTAATGAAGTAACAAATTATGTCAAGAAAG	117047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1051	GACTTCTCCCAAGAAGAATTTTAATGAAGTAACAAATTATGTCAAGAAAG	1100

CU062424.8	117048	TGGAGGGGGTGAAGCTAGATGGTCAAGCCAAGGCATTGGCTAAAAGGATC	117097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1101	TGGAGGGGGTGAAGCTAGATGGTCAAGCCAAGGCATTGGCTAAAAGGATC	1150

CU062424.8	117098	GAGAATTTCGATAATCTTTAAGGATTATATGCTAGAGAATTCGGGAAAAC	117147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1151	GAGAATTTCGATAATCTTTAAGGATTATATGCTAGAGAATTCGGGAAAAC	1200

CU062424.8	117148	AATGCCCACAGCCAAGACAATTCAGTCCGACATGCCCGCCTCTAGAGGTA	117197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1201	AATGCCCACAGCCAAGACAATTCAGTCCGACATGCCCGCCTCTAGAGGTA	1250

CU062424.8	117198	TCTATTCGGGGACTCCATCTAATAATTTTCAGGATAATTAGAGTATTGTG	117247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1251	TCTATTCGGGGACTCCATCTAATAATTTTCAGGATAATTAGAGTATTGTG	1300

CU062424.8	117248	CATATGACAGGTAGCAGACCATCTGATGACCGTGCTTGTTATAATTGAGG	117297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1301	CATATGACAGGTAGCAGACCATCTGATGACCGTGCTTGTTATAATTGAGG	1350

CU062424.8	117298	GGAGCTTGGACACATGAGGAGAGATTGTCCGTACCAATGTGTGTTTGAGT	117347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1351	GGAGCTTGGACACATGAGGAGAGATTGTCCGTACCAATGTGTGTTTGAGT	1400

CU062424.8	117348	CCGGGCAACAACCTTCTCAAGCAATGGTACCCGCGAAAAATGGTAATATG	117397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1401	CCGGGCAACAACCTTCTCAAGCAATGGTACCCGCGAAAAATGGTAATATG	1450

CU062424.8	117398	ATAGAGGACGTCCACAAGGTGGTCTAGGAGGTAACCAGTAAGGTTGTGAA	117447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1451	ATAGAGGACGTCCACAAGGTGGTCTAGGAGGTAACCAGTAAGGTTGTGAA	1500

CU062424.8	117448	GGTAGAGGAATTGGTAACAGAGGTAGAGGTAATGCGCAACCAGGCAGGGA	117497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1501	GGTAGAGGAATTGGTAACAGAGGTAGAGGTAATGCGCAACCAGGCAGGGA	1550

CU062424.8	117498	GGTGTCTCGTGTTGATGATAGAGCTTTGTGTAATGCTTTTTCGACAAAAA	117547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1551	GGTGTCTCGTGTTGATGATAGAGCTTTGTGTAATGCTTTTTCGACAAAAA	1600

CU062424.8	117548	TAAGGCAGAGGCATCTGATGCGGTGATTACATATGTTATTCTTGTTTGTG	117597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1601	TAAGGCAGAGGCATCTGATGCGGTGATTACATATGTTATTCTTGTTTGTG	1650

CU062424.8	117598	ACCACATTGCTAATGTGTTATTTGTTCCAAGATCCACTTATTCTTATGTG	117647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1651	ACCACATTGCTAATGTGTTATTTGTTCCAAGATCCACTTATTCTTATGTG	1700

CU062424.8	117648	TCTTTGAGATTTGCCTCTGAATTTGAGATGTTGTATGATGTCCTTGATGC	117697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1701	TCTTTGAGATTTGCCTCTGAATTTGAGATGTTGTATGATGTCCTTGATGC	1750

CU062424.8	117698	CCCTATATGTGTTTCCACCCCTCTTAGATATTCAGTTATAATCACTCATG	117747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1751	CCCTATATGTGTTTCCACCCCTCTTAGATATTCAGTTATAATCACTCATG	1800

CU062424.8	117748	TCAATCCACGTGCTTGCTTATTTTGTTTATGGGATTATAGACTGGCTTAT	117797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1801	TCAATCCACGTGCTTGCTTATTTTGTTTATGGGATTATAGACTGGCTTAT	1850

CU062424.8	117798	TTGGTAATTTTGTATATTATTGACTTCGACATAATCTTAGGCATGACTTG	117847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1851	TTGGTAATTTTGTATATTATTGACTTCGACATAATCTTAGGCATGACTTG	1900

CU062424.8	117848	GTTATACCCCTATTATGTTGTGCTTAATTATAATACTAAGTCTGTGACTA	117897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1901	GTTATACCCCTATTATGTTGTGCTTAATTATAATACTAAGTCTGTGACTA	1950

CU062424.8	117898	TAGAAATTCTGGGAAGGAAAATATTATAGTGGGAAGAGGTGTACAAGCTT	117947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407318.19	1951	TAGAAATTCTGGGAAGGAAAATATTATAGTGGGAAGAGGTGTACAAGCTT	2000

Overview

Query
CU062424.8 - 117947 bps
Hit
CU407318.19 - 138981 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191320001159481179471120001
288.775498890872401614712144109981
384.06833187714271161471214439881
487.7544227420507995821813635109991
589.5774121779389154-125013262511
689.1473911801496816147-125014262191
790.66679100472408243-126222272061
890.886649671427115237-126254272061
985.45485100772408246147180481891
1090.449527299794115239147951552961
1183.9153211801496816147147983491631
1289.65419163155079957113148790551151
1388.9123963846724011085177608814741
1484.2254011861496216147178345795421
1589.81154722895079953087179170814751
1684.22553120479509153182041832571
1784.1949310761507316148182171832581
1886.94848735734558217182388832571
1986.471785311991251224311339241370421
2087.0222453813511255493711339241377281
Short-link