<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407310.14	1	TGCCACCTGACCTTCAGAGAGCCCCTGGGCTCTTTCCCTTTCCCTTGGAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	180961	TGCCACCTGACCTTCAGAGAGCCCCTGGGCTCTTTCCCTTTCCCTTGGAG	181010

CU407310.14	51	CCTCCTCTTGCTTATGCTGATATTGCCACTCCTGAGTAAAGTTTTCAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181011	CCTCCTCTTGCTTATGCTGATATTGCCACTCCTGAGTAAAGTTTTCAGAG	181060

CU407310.14	101	CTTGATCAGTATGATTGACTTGTTCTCATTCTTCGTGTCTCTTGTCTATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181061	CTTGATCAGTATGATTGACTTGTTCTCATTCTTCGTGTCTCTTGTCTATC	181110

CU407310.14	151	TCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181111	TCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCTCTCCCTCTCCCTCT	181160

CU407310.14	201	CCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181161	CCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCC	181210

CU407310.14	251	CTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCTCCTCCCCTCCTGCCCTGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181211	CTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCTCCTCCCCTCCTGCCCTGGG	181260

CU407310.14	301	TCTCCGCTTATTGTCCCTGCAGGTCTGGGGAAGGAAACCACAAAAAATTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181261	TCTCCGCTTATTGTCCCTGCAGGTCTGGGGAAGGAAACCACAAAAAATTC	181310

CU407310.14	351	CTAAGACTTTCCACTGCCCTTGATATCTAGCTCTTTCCAGAAATGTCCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181311	CTAAGACTTTCCACTGCCCTTGATATCTAGCTCTTTCCAGAAATGTCCAT	181360

CU407310.14	401	GTCCCCCAACCCCATTCCAATTGTCTCTCTGAGTACTGTCCTCCTTCAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181361	GTCCCCCAACCCCATTCCAATTGTCTCTCTGAGTACTGTCCTCCTTCAAA	181410

CU407310.14	451	CTCTCCCAACTGATCCCTCATATTCTGGTCCCCATCTCACTCCTGTACAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181411	CTCTCCCAACTGATCCCTCATATTCTGGTCCCCATCTCACTCCTGTACAG	181460

CU407310.14	501	TCCCCTCATCTGTACCCTGTCCACATACACCCATATTGTCTATTCCATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181461	TCCCCTCATCTGTACCCTGTCCACATACACCCATATTGTCTATTCCATTT	181510

CU407310.14	551	CTCATTCTCCTGGATGTGCCTTGTCCCTGAGGGTTAATTCAACCAATTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181511	CTCATTCTCCTGGATGTGCCTTGTCCCTGAGGGTTAATTCAACCAATTCC	181560

CU407310.14	601	CCAACACACACTCCTCCTCTCCCCCTGCACTTCCCAAAGCGCTTCCTTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181561	CCAACACACACTCCTCCTCTCCCCCTGCACTTCCCAAAGCGCTTCCTTCT	181610

CU407310.14	651	CTCCAGCCCTCACTCCCCTACACCTTTCCATGCCTCCACCCCACACCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181611	CTCCAGCCCTCACTCCCCTACACCTTTCCATGCCTCCACCCCACACCTCA	181660

CU407310.14	701	ACCTCACCCTCCATTCTTCCTTCATTCTGCAGTTCCCTCCCTACAGCTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181661	ACCTCACCCTCCATTCTTCCTTCATTCTGCAGTTCCCTCCCTACAGCTAC	181710

CU407310.14	751	CCACAATGCAGCAGGGAAGCAGGGAAACCTTGATCAGCCTGAGATCTGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181711	CCACAATGCAGCAGGGAAGCAGGGAAACCTTGATCAGCCTGAGATCTGAA	181760

CU407310.14	801	TTAGGAGGCAGTGATGTCCACATGTGGTGATGTTGGGGCCAGATGTTGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181761	TTAGGAGGCAGTGATGTCCACATGTGGTGATGTTGGGGCCAGATGTTGGC	181810

CU407310.14	851	CTTACCTTTCTCCTTACAACCATGAAACCAACTTTCCCACAACACCATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181811	CTTACCTTTCTCCTTACAACCATGAAACCAACTTTCCCACAACACCATTT	181860

CU407310.14	901	TTTTACTTTAAAAATGGTCACTAGAATTATGAAATAAAATAATTATTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181861	TTTTACTTTAAAAATGGTCACTAGAATTATGAAATAAAATAATTATTTTG	181910

CU407310.14	951	TAACAGCCAGTTGAATTTCTCTATACCACTACAATTACACTTTCATGTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181911	TAACAGCCAGTTGAATTTCTCTATACCACTACAATTACACTTTCATGTCC	181960

CU407310.14	1001	ACTTATATTTTATCAAAACAGCTCAGTTTTGTCTTGTTGGACCCAAGGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	181961	ACTTATATTTTATCAAAACAGCTCAGTTTTGTCTTGTTGGACCCAAGGCA	182010

CU407310.14	1051	GGCAGCTGTGATAGTTTGTATTTGCTTGGCCCAGGGAGAGACATTATTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182011	GGCAGCTGTGATAGTTTGTATTTGCTTGGCCCAGGGAGAGACATTATTTG	182060

CU407310.14	1101	GGGGTGTGGCCTTGTTGAAGTAGGTGTGTCACTGTAGGTGTGAGCTTTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182061	GGGGTGTGGCCTTGTTGAAGTAGGTGTGTCACTGTAGGTGTGAGCTTTAA	182110

CU407310.14	1151	TACCCTCACCCAAGCTGCATGGAAACCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182111	TACCCTCACCCAAGCTGCATGGAAACCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTCAG	182160

CU407310.14	1201	ATGAAGATGTACAACCCTCTGCTCCTCCTGCCCCATGCCTGCCTGGATGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182161	ATGAAGATGTACAACCCTCTGCTCCTCCTGCCCCATGCCTGCCTGGATGC	182210

CU407310.14	1251	TGCCATGCTCCTGCCTTGATGGTAATTGACTGAACCTCTGAACCTGTAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182211	TGCCATGCTCCTGCCTTGATGGTAATTGACTGAACCTCTGAACCTGTAAG	182260

CU407310.14	1301	TAGCCGCAGTTAAATGTTGTCTTTTATAAGACTTGCCTTGGGCATGGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182261	TAGCCGCAGTTAAATGTTGTCTTTTATAAGACTTGCCTTGGGCATGGTGT	182310

CU407310.14	1351	CTGTTCACAACAGTAAAACCCTAAAATTCGTAAGTCATACAGACTATACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182311	CTGTTCACAACAGTAAAACCCTAAAATTCGTAAGTCATACAGACTATACA	182360

CU407310.14	1401	AATAAGAGAATGCCACTATGTTGCTATAAAACTTTATTAATAGATACAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182361	AATAAGAGAATGCCACTATGTTGCTATAAAACTTTATTAATAGATACAGA	182410

CU407310.14	1451	AAATTGAGATTCTCACAATTTTTACTCACCACAAAGTATTATTTGATATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182411	AAATTGAGATTCTCACAATTTTTACTCACCACAAAGTATTATTTGATATT	182460

CU407310.14	1501	TTACAAGAACTATAAACATTTAATATAAAATTACATTAAATATAAATATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182461	TTACAAGAACTATAAACATTTAATATAAAATTACATTAAATATAAATATT	182510

CU407310.14	1551	TACAGGACACACAAAAACAGTTTAATCCAGTTTCAGTCATAGTTGATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182511	TACAGGACACACAAAAACAGTTTAATCCAGTTTCAGTCATAGTTGATTTT	182560

CU407310.14	1601	TCACTTCTCACTGGGAGAAAAAAATTATTGATAGATTTTGAATATATTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182561	TCACTTCTCACTGGGAGAAAAAAATTATTGATAGATTTTGAATATATTAA	182610

CU407310.14	1651	ATGAAAAATGATTTAAGTTGATAAAGCTGTATATTTTGGCTGTTTTTATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182611	ATGAAAAATGATTTAAGTTGATAAAGCTGTATATTTTGGCTGTTTTTATT	182660

CU407310.14	1701	TTGTTTTACAACCTGAGTATTACACCCAGTACTCTAGAATGATAGAGCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182661	TTGTTTTACAACCTGAGTATTACACCCAGTACTCTAGAATGATAGAGCTG	182710

CU407310.14	1751	AAACCCAGTACCTGGAGCAGCAGGAAGCTGAGAGCTTAGGCCTCAAGCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182711	AAACCCAGTACCTGGAGCAGCAGGAAGCTGAGAGCTTAGGCCTCAAGCAC	182760

CU407310.14	1801	AAGCAGGAACAGAGACAGCAGACTGGAAGTGATGCCCTGGTTTGAAGCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182761	AAGCAGGAACAGAGACAGCAGACTGGAAGTGATGCCCTGGTTTGAAGCTT	182810

CU407310.14	1851	CAAATCCCACCCCAGTGACACACTTCATCAAGGACATGTGTCCTAAACCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182811	CAAATCCCACCCCAGTGACACACTTCATCAAGGACATGTGTCCTAAACCT	182860

CU407310.14	1901	ACGCCAACACTACAGCCAACTGGAGACCAACAATCCAAACACTTCTCTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182861	ACGCCAACACTACAGCCAACTGGAGACCAACAATCCAAACACTTCTCTGT	182910

CU407310.14	1951	ATGAGGGATGTTTTCATTCAAGCCATGACACTTATCTACAAAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407311.8	182911	ATGAGGGATGTTTTCATTCAAGCCATGACACTTATCTACAAAGAGAATTC	182960

Overview

Query
CU407310.14 - 156322 bps
Hit
CU407311.8 - 182960 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link