<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442726.8	1	GCATTAATATAGATCTTTGTATATTGATTCAAATTAAGGTTATAATTGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140130	GCATTAATATAGATCTTTGTATATTGATTCAAATTAAGGTTATAATTGGT	140179

CU442726.8	51	TGCATAGGTATAGATCCCTGTATATTGATACAAAGTAAGGTTATATTTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140180	TGCATAGGTATAGATCCCTGTATATTGATACAAAGTAAGGTTATATTTTG	140229

CU442726.8	101	GTTACAACATACTATGTATCAACCTCAGAATATTAAGATACCCATGTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140230	GTTACAACATACTATGTATCAACCTCAGAATATTAAGATACCCATGTAAT	140279

CU442726.8	151	TTTTAAAAATGCAATAGGAAATTCCAGTCCTTTTGAAATCTCCTATTACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140280	TTTTAAAAATGCAATAGGAAATTCCAGTCCTTTTGAAATCTCCTATTACA	140329

CU442726.8	201	AACTGTTTAAGAAAAAAATTTTTAATGTAAGTTAATAGTTAATTAAACTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140330	AACTGTTTAAGAAAAAAATTTTTAATGTAAGTTAATAGTTAATTAAACTT	140379

CU442726.8	251	TTGTTTGGTTGGTTTGTTAGGTACTAGTTCTCAAAAATCTCAGACATCTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140380	TTGTTTGGTTGGTTTGTTAGGTACTAGTTCTCAAAAATCTCAGACATCTG	140429

CU442726.8	301	CAGAATATGGCATTTAAAGATTTTTTATTAATTCAACTTTTTTACAGTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140430	CAGAATATGGCATTTAAAGATTTTTTATTAATTCAACTTTTTTACAGTGA	140479

CU442726.8	351	GATATGTCAGCTCCTGGCAGCATCCCCATACTACTTCAAGGAAGATGTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140480	GATATGTCAGCTCCTGGCAGCATCCCCATACTACTTCAAGGAAGATGTTG	140529

CU442726.8	401	AGCACTGGAGAACCTCCTTATGGAGTTTGCTTCAAATGTGGCAAGCTGCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140530	AGCACTGGAGAACCTCCTTATGGAGTTTGCTTCAAATGTGGCAAGCTGCC	140579

CU442726.8	451	ACTGGGCAAGAAACTGCCCTTGCTTCAACTGCAGACAGAACACTGTCCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140580	ACTGGGCAAGAAACTGCCCTTGCTTCAACTGCAGACAGAACACTGTCCAA	140629

CU442726.8	501	ACTGGGCAAAGAAAGAACAGGAAGTCAAGTGCTTAACTCTGCCAGGACTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140630	ACTGGGCAAAGAAAGAACAGGAAGTCAAGTGCTTAACTCTGCCAGGACTA	140679

CU442726.8	551	CATAGAGATGAAGTCCCTCATGATTCCTGTTTTGAAGAACAATCTGTCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140680	CATAGAGATGAAGTCCCTCATGATTCCTGTTTTGAAGAACAATCTGTCAG	140729

CU442726.8	601	ATGTTCTGGGCCAGCAGCTTGAAGACATGGGTGTTGCAAAGTTGCAGAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140730	ATGTTCTGGGCCAGCAGCTTGAAGACATGGGTGTTGCAAAGTTGCAGAGG	140779

CU442726.8	651	GACCCTTGGTTCAGCGAGCCAGCAGTCTCTGTCATTTCTATAGTTCTAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140780	GACCCTTGGTTCAGCGAGCCAGCAGTCTCTGTCATTTCTATAGTTCTAGT	140829

CU442726.8	701	AGCTGCTTGTTCTGCATTTCCTGTCTATGTTGATAAGATCCATTCTACTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140830	AGCTGCTTGTTCTGCATTTCCTGTCTATGTTGATAAGATCCATTCTACTC	140879

CU442726.8	751	AGGTCTCTGATGGGGTTCATAACTAGATATACTCTCACAGTTAAGACTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140880	AGGTCTCTGATGGGGTTCATAACTAGATATACTCTCACAGTTAAGACTAA	140929

CU442726.8	801	GGATTTAAGAAATTGTTTTAAGGTTTAAAAAGAGATTTTGTGTTGATAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140930	GGATTTAAGAAATTGTTTTAAGGTTTAAAAAGAGATTTTGTGTTGATAAA	140979

CU442726.8	851	TATGATAGAAAGTGATTTAAGTACAGACCGTTGGACTCACCAAGATTAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	140980	TATGATAGAAAGTGATTTAAGTACAGACCGTTGGACTCACCAAGATTAGA	141029

CU442726.8	901	TAGATAATGGAATACTTTCTCCAAGGTTGTGGACTGGACATTGTGAATGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141030	TAGATAATGGAATACTTTCTCCAAGGTTGTGGACTGGACATTGTGAATGT	141079

CU442726.8	951	AATTCTTAACAGATAATAGCATATAGTTTACTGATGTTAGAGAGACAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141080	AATTCTTAACAGATAATAGCATATAGTTTACTGATGTTAGAGAGACAGTT	141129

CU442726.8	1001	GTGATTCAGACAAAAGGGGGAAATGTGGCAAGATATTAGATCTTATTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141130	GTGATTCAGACAAAAGGGGGAAATGTGGCAAGATATTAGATCTTATTGTG	141179

CU442726.8	1051	TAGACCAAGATTCTGAAATTGGAACAGGAAAATCTGTTTCTGCTTGTGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141180	TAGACCAAGATTCTGAAATTGGAACAGGAAAATCTGTTTCTGCTTGTGGA	141229

CU442726.8	1101	GTTGCACAGCCCTAACAGATACCTTGAAGCCAAGAGCTTTCTGTTAAGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141230	GTTGCACAGCCCTAACAGATACCTTGAAGCCAAGAGCTTTCTGTTAAGTG	141279

CU442726.8	1151	TAAACAGGTTGTTGTGGTGTGGCTCAGCCCTTACACATAGCCTTTTCCCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141280	TAAACAGGTTGTTGTGGTGTGGCTCAGCCCTTACACATAGCCTTTTCCCC	141329

CU442726.8	1201	AAAAGCTTTCTGTAAACAATATTATTTAGACCCAACCATAGGTCAAGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141330	AAAAGCTTTCTGTAAACAATATTATTTAGACCCAACCATAGGTCAAGAGG	141379

CU442726.8	1251	CAGAACATGCAACCAGTTGACAGGGGTGATCATAGGAAAACACAGGAAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141380	CAGAACATGCAACCAGTTGACAGGGGTGATCATAGGAAAACACAGGAAGT	141429

CU442726.8	1301	AGAAAGGAGAGAGATTGATTTAGAGGGAATTGAAGACAGTGTGGAGAAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141430	AGAAAGGAGAGAGATTGATTTAGAGGGAATTGAAGACAGTGTGGAGAAGG	141479

CU442726.8	1351	AGGAGGAGCCTTCTGAGACCTTGGTGGAGTAGACAGGTCTTTTCTCTGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141480	AGGAGGAGCCTTCTGAGACCTTGGTGGAGTAGACAGGTCTTTTCTCTGCC	141529

CU442726.8	1401	TCACTGAGCCAGCAGGTTTTCACCCCAGCATGTGGCCCATTCATCTTCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141530	TCACTGAGCCAGCAGGTTTTCACCCCAGCATGTGGCCCATTCATCTTCAT	141579

CU442726.8	1451	TGGTAAAATTGAATGACAGGGATTTTGTTTCTAAAAACAACAGACTATGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141580	TGGTAAAATTGAATGACAGGGATTTTGTTTCTAAAAACAACAGACTATGA	141629

CU442726.8	1501	AAACAGATGTTTTAAGATATGAACCATATGGTTCTCCTCCATTTTGGCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141630	AAACAGATGTTTTAAGATATGAACCATATGGTTCTCCTCCATTTTGGCTG	141679

CU442726.8	1551	ATGACCTCATCAAAATCTAAGATGCCATATGCCTGGCAGCCATCTTTACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141680	ATGACCTCATCAAAATCTAAGATGCCATATGCCTGGCAGCCATCTTTACT	141729

CU442726.8	1601	AAGCTTAAAGACTACATCCCATGTTAGTTTACCACCACCTTCAGGTGACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141730	AAGCTTAAAGACTACATCCCATGTTAGTTTACCACCACCTTCAGGTGACC	141779

CU442726.8	1651	ATTTGCTACAGAACAATGACCTTAAAACTTTTTTTGTCCTAATGAGTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141780	ATTTGCTACAGAACAATGACCTTAAAACTTTTTTTGTCCTAATGAGTTTT	141829

CU442726.8	1701	CTATATATCATAGTATCTCTTTGTAGATTAAGAAATATTTCTGATCAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141830	CTATATATCATAGTATCTCTTTGTAGATTAAGAAATATTTCTGATCAGCA	141879

CU442726.8	1751	TAATTTTTTGTATGAAGATAAAAATCTAAGGATATAGTTGTTACAACATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141880	TAATTTTTTGTATGAAGATAAAAATCTAAGGATATAGTTGTTACAACATA	141929

CU442726.8	1801	CTAAATATGTGATTGTACTTAGGTTTAGAATATAGTATATGTGATGATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141930	CTAAATATGTGATTGTACTTAGGTTTAGAATATAGTATATGTGATGATAA	141979

CU442726.8	1851	AAATTTAAGGTTATAAAGATCTACTTATATTAGCAGTAGCTGCTATAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	141980	AAATTTAAGGTTATAAAGATCTACTTATATTAGCAGTAGCTGCTATAAGA	142029

CU442726.8	1901	TGTATGTCTATCCTCCTATGTCTTTGCTAACTGCTCAGCACACAGTTGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	142030	TGTATGTCTATCCTCCTATGTCTTTGCTAACTGCTCAGCACACAGTTGTT	142079

CU442726.8	1951	ACAAAATGTAGATAAGTACAACACACGTTTGAGGAATAAGGTATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407309.9	142080	ACAAAATGTAGATAAGTACAACACACGTTTGAGGAATAAGGTATGAATTC	142129

Overview

Query
CU442726.8 - 148410 bps
Hit
CU407309.9 - 142129 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link