<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424424.15	1	GAATTCATTATGTAGCCCAGGCTGGTCTCAAACCCAGAGAGATCTGCTCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104283	GAATTCATTATGTAGCCCAGGCTGGTCTCAAACCCAGAGAGATCTGCTCG	104332

CU424424.15	51	CTTCTACTTGGAGTGCTGGGATTAACAGCCTGTGCCCCCAAGGTCTGCTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104333	CTTCTACTTGGAGTGCTGGGATTAACAGCCTGTGCCCCCAAGGTCTGCTA	104382

CU424424.15	101	ACCGCCCTCAAGTAGCCCTTGAGAAGTTTGATGTAGCCGAGCAGGCTTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104383	ACCGCCCTCAAGTAGCCCTTGAGAAGTTTGATGTAGCCGAGCAGGCTTGG	104432

CU424424.15	151	GTCTGTGAACAGGCTTGGGTCTGGGAGCTCAGCTTCCTGGATAGTGGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104433	GTCTGTGAACAGGCTTGGGTCTGGGAGCTCAGCTTCCTGGATAGTGGTGA	104482

CU424424.15	201	AGGGAGAGGGGCAGAAGTTGCAGGTAGTTTGCTCATAATGTTTGTGACTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104483	AGGGAGAGGGGCAGAAGTTGCAGGTAGTTTGCTCATAATGTTTGTGACTG	104532

CU424424.15	251	AGGTGTCTCTCCTCTCTCCCCAGGGGAAATGGCCATTCCCTTCTTCACGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104533	AGGTGTCTCTCCTCTCTCCCCAGGGGAAATGGCCATTCCCTTCTTCACGG	104582

CU424424.15	301	GCCGCATCACTGACTGGATTCTTCAGGATAAGACAGTTCCTAGCTTCACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104583	GCCGCATCACTGACTGGATTCTTCAGGATAAGACAGTTCCTAGCTTCACC	104632

CU424424.15	351	CGCAACATATGGCTCATGTCCATTCTCACCATAGCCAGGTGTGGAGGATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104633	CGCAACATATGGCTCATGTCCATTCTCACCATAGCCAGGTGTGGAGGATG	104682

CU424424.15	401	GGAATGGGGGTCCCAGAGCAGAGGGGACTGGCTGTTGGGACTGTCATTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104683	GGAATGGGGGTCCCAGAGCAGAGGGGACTGGCTGTTGGGACTGTCATTTA	104732

CU424424.15	451	AGTTACACTTCTGTGGGGATCTGGGACTCTGTCTCAGGAAGGAGACAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104733	AGTTACACTTCTGTGGGGATCTGGGACTCTGTCTCAGGAAGGAGACAACT	104782

CU424424.15	501	GATCCTCCCGTGTCTCTGACTCTAGCACAGCGCTGGAGTTTGCAAGTGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104783	GATCCTCCCGTGTCTCTGACTCTAGCACAGCGCTGGAGTTTGCAAGTGAT	104832

CU424424.15	551	GGAATCTACAACATCACCATGGGACACATGCACGGCCGTGTGCACAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104833	GGAATCTACAACATCACCATGGGACACATGCACGGCCGTGTGCACAGAGA	104882

CU424424.15	601	GGTGTTTCGGGCCGTCCTTCGCCAGGAGACAGGGTTTTTCCTGAAGAACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104883	GGTGTTTCGGGCCGTCCTTCGCCAGGAGACAGGGTTTTTCCTGAAGAACC	104932

CU424424.15	651	CAGCAGGTCTCTCATGAAACCTTTTCACTTGTATGCTATAATCTCTATAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104933	CAGCAGGTCTCTCATGAAACCTTTTCACTTGTATGCTATAATCTCTATAC	104982

CU424424.15	701	CGCCACACACGCTCTCGACTGCCCCCCCAAACATGTCCACACACACATGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	104983	CGCCACACACGCTCTCGACTGCCCCCCCAAACATGTCCACACACACATGC	105032

CU424424.15	751	CCAGGCTGGATCCTCAGAACCATATGGATGGGGTGTGGTAATTCCAACAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105033	CCAGGCTGGATCCTCAGAACCATATGGATGGGGTGTGGTAATTCCAACAC	105082

CU424424.15	801	TTGGGGGATGGAGGCAGGACCTAGAGGTCAAAGTTCAAAGTCTTTCAGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105083	TTGGGGGATGGAGGCAGGACCTAGAGGTCAAAGTTCAAAGTCTTTCAGCT	105132

CU424424.15	851	ACATAGTCAATCTGGGGCTACCCTAGGCTACATGAGATCCTTTCTCTATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105133	ACATAGTCAATCTGGGGCTACCCTAGGCTACATGAGATCCTTTCTCTATA	105182

CU424424.15	901	TCCAAGACTTCCTGTATGTTAGGGAAAAGCTCTAACAACTGAGTGACCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105183	TCCAAGACTTCCTGTATGTTAGGGAAAAGCTCTAACAACTGAGTGACCCC	105232

CU424424.15	951	CAAGCCTTATTCATGGTATATCTCAAATGTAGCAAAACATTGTCTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105233	CAAGCCTTATTCATGGTATATCTCAAATGTAGCAAAACATTGTCTTTTTT	105282

CU424424.15	1001	ACCCTAAGGAAAACTGTATTTGCATTCATTGTTCCCCATATGAAGCAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105283	ACCCTAAGGAAAACTGTATTTGCATTCATTGTTCCCCATATGAAGCAGCA	105332

CU424424.15	1051	GACTTACAGCCCTGGAAAGCCAGAGACCCTCAACTCCAACGGCCTCATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105333	GACTTACAGCCCTGGAAAGCCAGAGACCCTCAACTCCAACGGCCTCATTT	105382

CU424424.15	1101	TAAATGGAGGAAACTGAATCCTAGACACTAGACGCTGAAACCTACCTAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105383	TAAATGGAGGAAACTGAATCCTAGACACTAGACGCTGAAACCTACCTAGG	105432

CU424424.15	1151	CAGATGCACCGAGGTTAGACCCGAGGGTCTCCATTTCCTAAAGGACCCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105433	CAGATGCACCGAGGTTAGACCCGAGGGTCTCCATTTCCTAAAGGACCCTG	105482

CU424424.15	1201	GGCCTGCCTCTCTGGTTGCTTCCTCCCTTCTCTCCACGGCTACTGGAGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105483	GGCCTGCCTCTCTGGTTGCTTCCTCCCTTCTCTCCACGGCTACTGGAGGG	105532

CU424424.15	1251	AGGGCCAGCGGCAGGCAACAGACAGGAGTTAAAGTAACTGAAGAGCTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105533	AGGGCCAGCGGCAGGCAACAGACAGGAGTTAAAGTAACTGAAGAGCTGAA	105582

CU424424.15	1301	AGCTTTCAGGGAACTGGAAGTTCACTTCACATTACAGGGCATCACTGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105583	AGCTTTCAGGGAACTGGAAGTTCACTTCACATTACAGGGCATCACTGTGT	105632

CU424424.15	1351	AGCCTTGGCTGGCCTAGAATTCACTAGGTAGCCCAGAGTGGCCTTTGCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105633	AGCCTTGGCTGGCCTAGAATTCACTAGGTAGCCCAGAGTGGCCTTTGCTG	105682

CU424424.15	1401	CCTTTGCCCCCAGTCTGTTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACACCCAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105683	CCTTTGCCCCCAGTCTGTTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACACCCAGC	105732

CU424424.15	1451	GACAACTCCTTTACTGGCAAGCACAGGCCTAACCAGATCTTTCCTTTCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105733	GACAACTCCTTTACTGGCAAGCACAGGCCTAACCAGATCTTTCCTTTCTT	105782

CU424424.15	1501	TTCCCCTGCATTGAAGTTCCTGCGCCTCCCCAGTCTCCTACCCGTTACCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105783	TTCCCCTGCATTGAAGTTCCTGCGCCTCCCCAGTCTCCTACCCGTTACCC	105832

CU424424.15	1551	GCCTCAGGATGCTGTGCTGCCGGGCCCACCCTGGCCCCCACTCTCAGCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105833	GCCTCAGGATGCTGTGCTGCCGGGCCCACCCTGGCCCCCACTCTCAGCTC	105882

CU424424.15	1601	CTCTTGTCTCTGTGAACCGCTTGCTCACTGTCTCTCTTCTCAATCTGGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105883	CTCTTGTCTCTGTGAACCGCTTGCTCACTGTCTCTCTTCTCAATCTGGGC	105932

CU424424.15	1651	AGGTTCCATCACATCTCGGGTGACTGAGGACACAGCCAACGTGTGCGAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105933	AGGTTCCATCACATCTCGGGTGACTGAGGACACAGCCAACGTGTGCGAGT	105982

CU424424.15	1701	CCATTAGTGACACGCTGAGCCTGCTGCTGTGGTACCTGGGGCGAGCCCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	105983	CCATTAGTGACACGCTGAGCCTGCTGCTGTGGTACCTGGGGCGAGCCCTG	106032

CU424424.15	1751	TGTCTCTTGGTGTTCATGTTTTGGGGGTCACCGTACCTCACTCTGGTCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	106033	TGTCTCTTGGTGTTCATGTTTTGGGGGTCACCGTACCTCACTCTGGTCAC	106082

CU424424.15	1801	CCTGATCAATCTGCCCCTGCTTTTTCTTTTGCCTAAGAAGCTGGGAAAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	106083	CCTGATCAATCTGCCCCTGCTTTTTCTTTTGCCTAAGAAGCTGGGAAAAG	106132

CU424424.15	1851	TGCACCAGGTACGTCCCCAGATCCTCAGCTCCTACATTTAGTTTCTCCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	106133	TGCACCAGGTACGTCCCCAGATCCTCAGCTCCTACATTTAGTTTCTCCTA	106182

CU424424.15	1901	GACTGCTTTCAGTGTGGCTTTCCAGTCCTCCATCATCCTGAACCTCTGAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	106183	GACTGCTTTCAGTGTGGCTTTCCAGTCCTCCATCATCCTGAACCTCTGAC	106232

CU424424.15	1951	CTGTGACCTCTGACCCCGCACTGCCCTGTACCTGCATCTCTGTACTCTGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407132.14	106233	CTGTGACCTCTGACCCCGCACTGCCCTGTACCTGCATCTCTGTACTCTGC	106282

Overview

Query
CU424424.15 - 147549 bps
Hit
CU407132.14 - 106282 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link