<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU468043.5	2000	GAATTCCAGAGTTTAGAAGTATTGAAAGATGCCCTCTTCCCATCCCGAGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1	GAATTCCAGAGTTTAGAAGTATTGAAAGATGCCCTCTTCCCATCCCGAGT	50

C  CU468043.5	1950	CTACCACAGAGAACTTCACAGTCTAAAACAACAACTGTGTGTTTTGAAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	51	CTACCACAGAGAACTTCACAGTCTAAAACAACAACTGTGTGTTTTGAAAA	100

C  CU468043.5	1900	GGGAATTGTGCAAGCTCCGAGAAAACCTGAAGGTTGGTATCACCAAACAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	101	GGGAATTGTGCAAGCTCCGAGAAAACCTGAAGGTTGGTATCACCAAACAA	150

C  CU468043.5	1850	GTCTGGAGATTTTATCTGAAAAGGCTATTACAGTAGGAAGATACGCTGGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	151	GTCTGGAGATTTTATCTGAAAAGGCTATTACAGTAGGAAGATACGCTGGA	200

C  CU468043.5	1800	TATGAATTTGGGTATTACCTTAAGTATCAGGCAAAAAGGGTTCCTTTGCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	201	TATGAATTTGGGTATTACCTTAAGTATCAGGCAAAAAGGGTTCCTTTGCA	250

C  CU468043.5	1750	AAAGGAAAAGACAAGACTATAATGGGGGCACTGGAGGGATGGCTGCCCAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	251	AAAGGAAAAGACAAGACTATAATGGGGGCACTGGAGGGATGGCTGCCCAG	300

C  CU468043.5	1700	TTAAGAGAGTGTACTGTTCTTGCAGAGGATCAGGCTTGGGTCCTAGCACC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	301	TTAAGAGAGTGTACTGTTCTTGCAGAGGATCAGGCTTGGGTCCTAGCACC	350

C  CU468043.5	1650	TATAATGGGAGTCTTACACATGCCTGTAACTCCTGCTTCAAGGGGTCCAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	351	TATAATGGGAGTCTTACACATGCCTGTAACTCCTGCTTCAAGGGGTCCAA	400

C  CU468043.5	1600	CCTCTCTGGCCTCCACAGGAATGTGTGTATATGTGCACTCATGAGTATAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	401	CCTCTCTGGCCTCCACAGGAATGTGTGTATATGTGCACTCATGAGTATAC	450

C  CU468043.5	1550	ACACATCCACATAATTAAAATTTAAATCTATTTTTAAATGTACATTTAGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	451	ACACATCCACATAATTAAAATTTAAATCTATTTTTAAATGTACATTTAGA	500

C  CU468043.5	1500	AAAAGTAATGGTCTTGGCCACACAAACAAAATAAAAGTATAAAAAGAAAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	501	AAAAGTAATGGTCTTGGCCACACAAACAAAATAAAAGTATAAAAAGAAAT	550

C  CU468043.5	1450	AGAACTATAAAAGGAAATTCAGTGGGCAACACTAAACTTAATCAGATTGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	551	AGAACTATAAAAGGAAATTCAGTGGGCAACACTAAACTTAATCAGATTGA	600

C  CU468043.5	1400	CAAAACAACCAAAAACCCTAAAAGGTTTGGGAAATAGATGCTTTCTTACA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	601	CAAAACAACCAAAAACCCTAAAAGGTTTGGGAAATAGATGCTTTCTTACA	650

C  CU468043.5	1350	TTATTGAGAAGAGTATAAGCTAATGGCGCCTTTATGTGCTATGGGGAGGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	651	TTATTGAGAAGAGTATAAGCTAATGGCGCCTTTATGTGCTATGGGGAGGA	700

C  CU468043.5	1300	AATGACCCTGGGTTAAGAGTACTTGCTGCTCTTGCTGAGAACCCAAATTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	701	AATGACCCTGGGTTAAGAGTACTTGCTGCTCTTGCTGAGAACCCAAATTT	750

C  CU468043.5	1250	AGTTCACAGCACCAATGTCGGGTGTCTCCTCACTGCCTGTAACCCTAGTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	751	AGTTCACAGCACCAATGTCGGGTGTCTCCTCACTGCCTGTAACCCTAGTA	800

C  CU468043.5	1200	CCAGGGAGTCAGACTCCCTCTCCTGACCTCTGCAGGCACCTATACCCACA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	801	CCAGGGAGTCAGACTCCCTCTCCTGACCTCTGCAGGCACCTATACCCACA	850

C  CU468043.5	1150	CAGTGCACATTTCAAACAGACAGGCATATATGCGTATATATAACATAAAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	851	CAGTGCACATTTCAAACAGACAGGCATATATGCGTATATATAACATAAAA	900

C  CU468043.5	1100	TTAGTAACTCAAAACTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	901	TTAGTAACTCAAAACTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGC	950

C  CU468043.5	1050	CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGGTGGCCTCGAACTCAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	951	CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGGTGGCCTCGAACTCAG	1000

C  CU468043.5	1000	AAATCTACCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1001	AAATCTACCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCA	1050

C  CU468043.5	950	CCACACCCGGCCCTGAGCATATAATTTAATGGTAAAACATTTGCCTGGCG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1051	CCACACCCGGCCCTGAGCATATAATTTAATGGTAAAACATTTGCCTGGCG	1100

C  CU468043.5	900	TGTGGACTCTAAATTCAATCTCTAATGTGAGGGAAGGGAGAGTTGCAGAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1101	TGTGGACTCTAAATTCAATCTCTAATGTGAGGGAAGGGAGAGTTGCAGAT	1150

C  CU468043.5	850	AATAAATACTGAAGTGGGATGAGTGTGCAAATGTGTGCAAATAGAACATT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1151	AATAAATACTGAAGTGGGATGAGTGTGCAAATGTGTGCAAATAGAACATT	1200

C  CU468043.5	800	CATGAGCCTGGGAGTGTAGCTCAGTGGCAGACTGTTTACCTAAAATGTCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1201	CATGAGCCTGGGAGTGTAGCTCAGTGGCAGACTGTTTACCTAAAATGTCA	1250

C  CU468043.5	750	GATGTTCAATTTTCAGCACAGCAATGAGCAGCAAAAGAAGCTAGGACGCC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1251	GATGTTCAATTTTCAGCACAGCAATGAGCAGCAAAAGAAGCTAGGACGCC	1300

C  CU468043.5	700	AAGAACCCCCTGCACCCAGTGCCAACAGTTTTCATTAGGAGAGGGAGGGC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1301	AAGAACCCCCTGCACCCAGTGCCAACAGTTTTCATTAGGAGAGGGAGGGC	1350

C  CU468043.5	650	ATGCCAAAGATCACAGAGTGAGTTCTGGGCTGCTGTGAGCTAGAGAATGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1351	ATGCCAAAGATCACAGAGTGAGTTCTGGGCTGCTGTGAGCTAGAGAATGA	1400

C  CU468043.5	600	GACTCCTCTGCAAGAGCTGCAAGCTTGTAACTGCCTAGCCTTCTCTGTAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1401	GACTCCTCTGCAAGAGCTGCAAGCTTGTAACTGCCTAGCCTTCTCTGTAG	1450

C  CU468043.5	550	CCCAATAAACATTAGAACTGTTGAAGCAAATTTGTTATTGTCAGAAGTAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1451	CCCAATAAACATTAGAACTGTTGAAGCAAATTTGTTATTGTCAGAAGTAG	1500

C  CU468043.5	500	TCTATATCCTTGTAATCCTAACACCAGCAAGGCTAAGGAAATAGTTTGCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1501	TCTATATCCTTGTAATCCTAACACCAGCAAGGCTAAGGAAATAGTTTGCC	1550

C  CU468043.5	450	TTTAGTTTAAGGCCAGCCTAAACTACGGTATGAAACACTGTTTGAAAAAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1551	TTTAGTTTAAGGCCAGCCTAAACTACGGTATGAAACACTGTTTGAAAAAA	1600

C  CU468043.5	400	GAAAAAAACAAAACCAAATCTATCCATCACCCAATTAATCTATTGTCCAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1601	GAAAAAAACAAAACCAAATCTATCCATCACCCAATTAATCTATTGTCCAT	1650

C  CU468043.5	350	TTTTCAAATATGGTATCTTCCAGAGCATCTCAGAAAACTCCTCCTGTTCA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1651	TTTTCAAATATGGTATCTTCCAGAGCATCTCAGAAAACTCCTCCTGTTCA	1700

C  CU468043.5	300	AGCTGTTGTCACAAGTGTTGCCCGAGTGATAAACTTACAACTGTGCCTGC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1701	AGCTGTTGTCACAAGTGTTGCCCGAGTGATAAACTTACAACTGTGCCTGC	1750

C  CU468043.5	250	CTGTGCTCCAACGACGAATGGGGAATCCCAAACAGTGCTTTCTTCCACAC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1751	CTGTGCTCCAACGACGAATGGGGAATCCCAAACAGTGCTTTCTTCCACAC	1800

C  CU468043.5	200	AGCCACAGCCAGCCAATCATCCTCCTTCTCCTCCTCCCCTTCCTCCCCCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1801	AGCCACAGCCAGCCAATCATCCTCCTTCTCCTCCTCCCCTTCCTCCCCCT	1850

C  CU468043.5	150	CCTCCCCCTCCTCCTCCTCTCCCTCCACCTCCACCACCTTTAGCACCTTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1851	CCTCCCCCTCCTCCTCCTCTCCCTCCACCTCCACCACCTTTAGCACCTTT	1900

C  CU468043.5	100	GCTGCTCAGAAAATCTGGTACCACTAAAGCACTTCAGGTAAGAAATAATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1901	GCTGCTCAGAAAATCTGGTACCACTAAAGCACTTCAGGTAAGAAATAATT	1950

C  CU468043.5	50	AGAAACAGTATGTCTTAGTTAGAGTGTAATACAGGAGAAAAGCCAAGCGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407131.8	1951	AGAAACAGTATGTCTTAGTTAGAGTGTAATACAGGAGAAAAGCCAAGCGG	2000

Overview

Query
CU468043.5 - 78834 bps
Hit
CU407131.8 - 233513 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link