<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU392853.2	155947	GAATTCCACAGGAAGAATGACATAGTCAACTAACCTAAACCACTAGAGCT	155898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	86917	GAATTCCACAGGAAGAATGACATAGTCAACTAACCTAAACCACTAGAGCT	86966

C  CU392853.2	155897	CTCAGAGTCTGAACCACCAACCAAAGAACATACACAGGCTGGATACAATA	155848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	86967	CTCAGAGTCTGAACCACCAACCAAAGAACATACACAGGCTGGATACAATA	87016

C  CU392853.2	155847	CAAAGAATACGAAGAATACAATACAAAGAATACAATACACAGGCTGGACC	155798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87017	CAAAGAATACGAAGAATACAATACAAAGAATACAATACACAGGCTGGACC	87066

C  CU392853.2	155797	TAGACCTCTCTGAACATATGCAGTTGTGCAGCCTGGTCTTCATGTAGGTC	155748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87067	TAGACCTCTCTGAACATATGCAGTTGTGCAGCCTGGTCTTCATGTAGGTC	87116

C  CU392853.2	155747	CTGAACAACTGGAATGGATGGGGCTATCCCAAAAATTGTTGCCTGTAGGT	155698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87117	CTGAACAACTGGAATGGATGGGGCTATCCCAAAAATTGTTGCCTGTAGGT	87166

C  CU392853.2	155697	GGGATATGGTCTTCTGACTGGGTTTCATTGTCTGGCCTCAATGGGAAAGG	155648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87167	GGGATATGGTCTTCTGACTGGGTTTCATTGTCTGGCCTCAATGGGAAAGG	87216

C  CU392853.2	155647	TGCTGAGTTTTGCAGAGTCTTGAAGTACCAGGGTGGAGGGATACCAGGGT	155598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87217	TGCTGAGTTTTGCAGAGTCTTGAAGTACCAGGGTGGAGGGATACCAGGGT	87266

C  CU392853.2	155597	CAGAGGAAAAGGGGAAGGGGGATGGAGGAAGGTTTGTAGAAAGGGGAGAT	155548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87267	CAGAGGAAAAGGGGAAGGGGGATGGAGGAAGGTTTGTAGAAAGGGGAGAT	87316

C  CU392853.2	155547	GAGGAGGGAGCAGTGAGTGGGATATGAAGTGACTAATGAAAATAATGAAA	155498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87317	GAGGAGGGAGCAGTGAGTGGGATATGAAGTGACTAATGAAAATAATGAAA	87366

C  CU392853.2	155497	TTAAATTTAAAAGAAACAGATTGTCATACAAGTACTATGTATGTGTTAAA	155448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87367	TTAAATTTAAAAGAAACAGATTGTCATACAAGTACTATGTATGTGTTAAA	87416

C  CU392853.2	155447	AAAGGCTTCTTAGTTAACTGGTATAAATCACTAGTTACAGTTTCCTGTCT	155398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87417	AAAGGCTTCTTAGTTAACTGGTATAAATCACTAGTTACAGTTTCCTGTCT	87466

C  CU392853.2	155397	TAAAAGGGATACTCTGAAAGTGATAATAATTTAAGCATAAAATATTCTGA	155348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87467	TAAAAGGGATACTCTGAAAGTGATAATAATTTAAGCATAAAATATTCTGA	87516

C  CU392853.2	155347	CAGCCAAGGTGCTGTCATTTGTATGTTTACATCTGTATCCAATTCACTCA	155298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87517	CAGCCAAGGTGCTGTCATTTGTATGTTTACATCTGTATCCAATTCACTCA	87566

C  CU392853.2	155297	CTGAAATTTAATCTACAGTATTATATTCTCTATATTAGAACCCAGGGACT	155248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87567	CTGAAATTTAATCTACAGTATTATATTCTCTATATTAGAACCCAGGGACT	87616

C  CU392853.2	155247	TTAGGAAGTATTTACTGACTATGGTGGCACTTATCTCATTAAAAATGTGA	155198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87617	TTAGGAAGTATTTACTGACTATGGTGGCACTTATCTCATTAAAAATGTGA	87666

C  CU392853.2	155197	ATAGTATTATTGTGAAAGAGACTGAGAGAATAATTAATCTAGAAAAGTGC	155148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87667	ATAGTATTATTGTGAAAGAGACTGAGAGAATAATTAATCTAGAAAAGTGC	87716

C  CU392853.2	155147	CATTCATTAGTCAAGAACAAGACTTGACTAGTTCTGAATCTGCCATCACT	155098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87717	CATTCATTAGTCAAGAACAAGACTTGACTAGTTCTGAATCTGCCATCACT	87766

C  CU392853.2	155097	TTGATTTTGATTTTTCCCATCCTCCAGAATGGTGCTAAATAAATTTCTGT	155048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87767	TTGATTTTGATTTTTCCCATCCTCCAGAATGGTGCTAAATAAATTTCTGT	87816

C  CU392853.2	155047	TGTTCAGTAGCCAATCACTTCATGGTAAACTTCTAATAGCTGGCTCAACA	154998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87817	TGTTCAGTAGCCAATCACTTCATGGTAAACTTCTAATAGCTGGCTCAACA	87866

C  CU392853.2	154997	GACTGTTATAAGGCTTTTTACTGGTGATGTGGGGAGTTCCCATTATCTCC	154948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87867	GACTGTTATAAGGCTTTTTACTGGTGATGTGGGGAGTTCCCATTATCTCC	87916

C  CU392853.2	154947	CATTTGGAGGGGAAACACTCAATAAATTGTGCTACCTAATCATAATGCAT	154898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87917	CATTTGGAGGGGAAACACTCAATAAATTGTGCTACCTAATCATAATGCAT	87966

C  CU392853.2	154897	ACAATTCATAGCACTGATCAGCACAGCAAAAGGAACACAAAGGTGTAATA	154848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	87967	ACAATTCATAGCACTGATCAGCACAGCAAAAGGAACACAAAGGTGTAATA	88016

C  CU392853.2	154847	GTGGCACTCTCATATTGGTGGTAACCAGTAGCCATCAAATTTGCCTTAAG	154798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88017	GTGGCACTCTCATATTGGTGGTAACCAGTAGCCATCAAATTTGCCTTAAG	88066

C  CU392853.2	154797	GACCAGTTGATAGGAAGATCCTCATGCCTGCTATGGCAAACCTAGCCAAT	154748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88067	GACCAGTTGATAGGAAGATCCTCATGCCTGCTATGGCAAACCTAGCCAAT	88116

C  CU392853.2	154747	TACATATCGTATAAGATCTTTGACTCTAGAGAAGAACCTAGTACTTCAAC	154698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88117	TACATATCGTATAAGATCTTTGACTCTAGAGAAGAACCTAGTACTTCAAC	88166

C  CU392853.2	154697	TTCCTTAACAAAATAATTCCAAGCCATATTATAAATAAATACCATTATAA	154648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88167	TTCCTTAACAAAATAATTCCAAGCCATATTATAAATAAATACCATTATAA	88216

C  CU392853.2	154647	CCACATTTAAGTTTAGTCCTCATCTATCATCGAAGAACATTCATTGTCTG	154598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88217	CCACATTTAAGTTTAGTCCTCATCTATCATCGAAGAACATTCATTGTCTG	88266

C  CU392853.2	154597	GAGATATATCAATAGAGAAGTTTACAATGTCAAAATGCAGAGAATAACTG	154548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88267	GAGATATATCAATAGAGAAGTTTACAATGTCAAAATGCAGAGAATAACTG	88316

C  CU392853.2	154547	ATGGTGGTATACCTAACCCCAACTGATAAGTCTATGACCCAATCCTACAA	154498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88317	ATGGTGGTATACCTAACCCCAACTGATAAGTCTATGACCCAATCCTACAA	88366

C  CU392853.2	154497	CAAAGAGGCTATCTCAGAAGAGGGGGGAAACATTTTTAAAACCAGAGGAC	154448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88367	CAAAGAGGCTATCTCAGAAGAGGGGGGAAACATTTTTAAAACCAGAGGAC	88416

C  CU392853.2	154447	GAAGACATTTGTTGTGAGACCGTGTGTTCTGTGATGACAAGAACAAGGAA	154398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88417	GAAGACATTTGTTGTGAGACCGTGTGTTCTGTGATGACAAGAACAAGGAA	88466

C  CU392853.2	154397	GGATGGATTATTGCATCTCTTTGAAAAGGAAAACAAGGGTGAATCACTGT	154348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88467	GGATGGATTATTGCATCTCTTTGAAAAGGAAAACAAGGGTGAATCACTGT	88516

C  CU392853.2	154347	ATCTCCTTGATAGAAAAGGATAGATGGATTATTTTATCTTCTTTTCAACT	154298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88517	ATCTCCTTGATAGAAAAGGATAGATGGATTATTTTATCTTCTTTTCAACT	88566

C  CU392853.2	154297	AGAAAGCAATGACAAATCTCAAACATTTTAGATTGGTATACGTTTCTTTA	154248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88567	AGAAAGCAATGACAAATCTCAAACATTTTAGATTGGTATACGTTTCTTTA	88616

C  CU392853.2	154247	TGTTGATATAAATTTAAGGATATATTTGTTACAATATACTGTATATGTGA	154198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88617	TGTTGATATAAATTTAAGGATATATTTGTTACAATATACTGTATATGTGA	88666

C  CU392853.2	154197	TTTTTTTACCCTTGTTTAAGGTATATGTACATACATAACTTATTTAAAAA	154148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88667	TTTTTTTACCCTTGTTTAAGGTATATGTACATACATAACTTATTTAAAAA	88716

C  CU392853.2	154147	TTTAATGTATAGCCCTAGTCTTATGAAAGCTACTATCATTGACTGTTTAG	154098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88717	TTTAATGTATAGCCCTAGTCTTATGAAAGCTACTATCATTGACTGTTTAG	88766

C  CU392853.2	154097	AATAATTAAGAAATGCAAGTTAGTAGCCAGTCACCTTTAAATAATCAAAC	154048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88767	AATAATTAAGAAATGCAAGTTAGTAGCCAGTCACCTTTAAATAATCAAAC	88816

C  CU392853.2	154047	TTGTAGTTGTGACAGGTACTAGTTTAGGTAATTACATAAATAAGCTTTAT	153998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88817	TTGTAGTTGTGACAGGTACTAGTTTAGGTAATTACATAAATAAGCTTTAT	88866

C  CU392853.2	153997	TTACCCTCCTGCATATGCTTTCAAAAATAAGCAGAAAGTAAGTAACTAGA	153948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407129.10	88867	TTACCCTCCTGCATATGCTTTCAAAAATAAGCAGAAAGTAAGTAACTAGA	88916

Overview

Query
CU392853.2 - 155947 bps
Hit
CU407129.10 - 88916 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000153948155947-186917889161
Short-link