<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406964.19	1	GAATTCACTCTGTAGATCAGGTTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211683	GAATTCACTCTGTAGATCAGGTTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCC	211732

CU406964.19	51	TCTGCCCAGCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGGGCCACCACTGCCTGGCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211733	TCTGCCCAGCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGGGCCACCACTGCCTGGCC	211782

CU406964.19	101	AGTTGAATATTTAGAACTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211783	AGTTGAATATTTAGAACTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAA	211832

CU406964.19	151	GATTTACTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211833	GATTTACTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACATT	211882

CU406964.19	201	CCAGAAGAGGGCATCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211883	CCAGAAGAGGGCATCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTG	211932

CU406964.19	251	GTTGCTGGGATTTGAACTCCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGTTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211933	GTTGCTGGGATTTGAACTCCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGTTCTT	211982

CU406964.19	301	ACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCTGTCTTTTTTTTTAGTAGTAAAAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	211983	ACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCTGTCTTTTTTTTTAGTAGTAAAAAT	212032

CU406964.19	351	AACAAAGTTATCACCAAAGAGGTCAATATTAGCATAAATGTTAAAAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212033	AACAAAGTTATCACCAAAGAGGTCAATATTAGCATAAATGTTAAAAAAAT	212082

CU406964.19	401	ATAAAATTTTACTTTATTATATTTTTTTTGTTTGTTTTTTAGTTTTGTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212083	ATAAAATTTTACTTTATTATATTTTTTTTGTTTGTTTTTTAGTTTTGTTT	212132

CU406964.19	451	TTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTTACTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212133	TTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTTACTCT	212182

CU406964.19	501	TTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCCCCTGCCTCTGCCTCCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212183	TTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCCCCTGCCTCTGCCTCCTG	212232

CU406964.19	551	AGTGCTGGGATTAAAGGTGCATGCCACCTCCGCTGGCTTTGTTTTTGAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212233	AGTGCTGGGATTAAAGGTGCATGCCACCTCCGCTGGCTTTGTTTTTGAAG	212282

CU406964.19	601	CAGGGTAGACTCCCAGTGAGCTCACTATTTTCCTTGGTATCTTAATCTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212283	CAGGGTAGACTCCCAGTGAGCTCACTATTTTCCTTGGTATCTTAATCTCC	212332

CU406964.19	651	TGAGGGCTGAGATTACTGATGTGGGCTCCCATGCTTTTATGACTAACAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212333	TGAGGGCTGAGATTACTGATGTGGGCTCCCATGCTTTTATGACTAACAAC	212382

CU406964.19	701	AACAAAAAACTGTTTTTTTCCCCTGAACTATTTAGATTTTAAAATCGCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212383	AACAAAAAACTGTTTTTTTCCCCTGAACTATTTAGATTTTAAAATCGCTT	212432

CU406964.19	751	AAAAATTGGATATATTATGCTCTCCTCTTCTTTACTGTGACTTCTGGTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212433	AAAAATTGGATATATTATGCTCTCCTCTTCTTTACTGTGACTTCTGGTGA	212482

CU406964.19	801	GAGTAGTCAAATTTGCAGTAGATCTCCCAAAATTTAACAAGTTCTTCAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212483	GAGTAGTCAAATTTGCAGTAGATCTCCCAAAATTTAACAAGTTCTTCAGG	212532

CU406964.19	851	CATTTTGCCTAGAAACCTTATACATCACTTCTGCCTCTCCCCCACTCTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212533	CATTTTGCCTAGAAACCTTATACATCACTTCTGCCTCTCCCCCACTCTCA	212582

CU406964.19	901	CTGTCCTTGATTTCTCCAGCCAGTCTTAATATTTAATGGTTTCATTTTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212583	CTGTCCTTGATTTCTCCAGCCAGTCTTAATATTTAATGGTTTCATTTTAA	212632

CU406964.19	951	GCAGCCCCACATCCTTGGACTGTTGTAAATAAATGATAACATCCAGGGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212633	GCAGCCCCACATCCTTGGACTGTTGTAAATAAATGATAACATCCAGGGGC	212682

CU406964.19	1001	AGCAATGACTCAGTGACTCATCTGGTTAAGGTGCTCCTCCCAAGCCTGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212683	AGCAATGACTCAGTGACTCATCTGGTTAAGGTGCTCCTCCCAAGCCTGAC	212732

CU406964.19	1051	GTTTCATCTCGGGGGCTCACATGGCATGAGTGGTGAACTGCACCTTATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212733	GTTTCATCTCGGGGGCTCACATGGCATGAGTGGTGAACTGCACCTTATTT	212782

CU406964.19	1101	TCTGACTTTCACACATGGGCCATGGCATGACCCACCACCCCAAGACACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212783	TCTGACTTTCACACATGGGCCATGGCATGACCCACCACCCCAAGACACAA	212832

CU406964.19	1151	TATGCATAACATAAAAATTAAAAACTAAAAATTACAGTATAAAGAATCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212833	TATGCATAACATAAAAATTAAAAACTAAAAATTACAGTATAAAGAATCAC	212882

CU406964.19	1201	CCTTAGAACCTGTGGGGATCCGACTTAGCATATTTATTAGTGATAGGGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212883	CCTTAGAACCTGTGGGGATCCGACTTAGCATATTTATTAGTGATAGGGTC	212932

CU406964.19	1251	GACACAGCTCTGGCTGGCCTTGAACCCTGAAATTCCGCTTCCCAAAAACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212933	GACACAGCTCTGGCTGGCCTTGAACCCTGAAATTCCGCTTCCCAAAAACT	212982

CU406964.19	1301	TCAAGAGGCATTTACCACTACGCCTGGCTGTCTCTATCCAATCATGAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	212983	TCAAGAGGCATTTACCACTACGCCTGGCTGTCTCTATCCAATCATGAAAG	213032

CU406964.19	1351	GCTCTGGTTTTAGCTGGGAGGTAGTGACTTTGATCCCAGCACTCAGAAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213033	GCTCTGGTTTTAGCTGGGAGGTAGTGACTTTGATCCCAGCACTCAGAAGG	213082

CU406964.19	1401	CAGGAACTCCAGGACAGCCAGGGGTACACAGAGAAATCGTGTCTCAAACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213083	CAGGAACTCCAGGACAGCCAGGGGTACACAGAGAAATCGTGTCTCAAACA	213132

CU406964.19	1451	AAACAACCCCAAAACAAAAACAACACCAAGAAAACGTTTTGTTTGTTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213133	AAACAACCCCAAAACAAAAACAACACCAAGAAAACGTTTTGTTTGTTTTT	213182

CU406964.19	1501	CAATATTTTTAATAGAAAGGGTTTCCCTGAATGTCCCGGGCTAACCTTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213183	CAATATTTTTAATAGAAAGGGTTTCCCTGAATGTCCCGGGCTAACCTTTC	213232

CU406964.19	1551	CCCCCGCCGCCCCTTTGGTTTTTCGAGACAGGGCTTCTCTGTATAGCCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213233	CCCCCGCCGCCCCTTTGGTTTTTCGAGACAGGGCTTCTCTGTATAGCCCT	213282

CU406964.19	1601	GGCTGTCCTGGAACTCACTCAGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCTGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213283	GGCTGTCCTGGAACTCACTCAGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCTGAAA	213332

CU406964.19	1651	TCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGCGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213333	TCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGCGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCA	213382

CU406964.19	1701	CTGCCCGGCTCCGGGATAACCTTTACTAGAACTGTGTATAACAGGGTAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213383	CTGCCCGGCTCCGGGATAACCTTTACTAGAACTGTGTATAACAGGGTAGG	213432

CU406964.19	1751	CTGGACCCTCCTTGCCTCAGCTTCCGGAGTGATAGGATTTCAGGCACACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213433	CTGGACCCTCCTTGCCTCAGCTTCCGGAGTGATAGGATTTCAGGCACACA	213482

CU406964.19	1801	AGCTTAAGTCCAGATTGGTTTGCTTTTATTATAATTCGAGTTCATTAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213483	AGCTTAAGTCCAGATTGGTTTGCTTTTATTATAATTCGAGTTCATTAACA	213532

CU406964.19	1851	ACACTACAAGGCCGTATGATTTCACACGTAAGGCTCTTCTATTCCCGTTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213533	ACACTACAAGGCCGTATGATTTCACACGTAAGGCTCTTCTATTCCCGTTA	213582

CU406964.19	1901	TTACAAAACAAAGAAGCAAAATTGTGGTATCCAATGCAAGAATCCTTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213583	TTACAAAACAAAGAAGCAAAATTGTGGTATCCAATGCAAGAATCCTTTTG	213632

CU406964.19	1951	CAGATAGATAATCTTGGCAAAATAAACAAATAAATTAATAATCTCCCTAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407108.18	213633	CAGATAGATAATCTTGGCAAAATAAACAAATAAATTAATAATCTCCCTAG	213682

Overview

Query
CU406964.19 - 244206 bps
Hit
CU407108.18 - 213682 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link